Antibiogramma rapido nell`iter diagnostico delle emocolture 2014

Mauro M.V., Dodaro S., Perugini D., Pingitore P., Gaccione C., Nudo L., Varisano L., Giraldi C.1
La sepsi è un’emergenza sanitaria ed è fondamentale la sinergia tra microbiologo
e clinico per arrivare tempestivamente a una diagnosi etiologica ed un’adeguata
impostazione terapeutica. E’ stato, infatti, dimostrato che una impostazione
terapeutica iniziale non adeguata è correlata ad un outcome sfavorevole che
diminuisce di 5 volte la sopravvivenza del paziente: appare dunque evidente la
necessità di produrre risultati più rapidamente possibile. Ad influenzare il Turn
Around Time (TAT) delle emocolture contribuiscono principalmente il tempo di
positivizzazione dei flaconi ed il tempo di risposta (preliminare e definitiva).
Quindi, le possibilità di migliorare e ridurre il TAT sono indirizzate
necessariamente sui tempi di risposta preliminare. A tal fine, nella nostra UOC,
abbiamo introdotto, accanto alle indagini diagnostiche tradizionali, sistemi rapidi
di identificazione ed antibiogramma per consentire, nel più breve tempo
possibile, di dare informazioni al clinico ed indirizzarne l’approccio terapeutico.
Per garantire un flusso analitico continuo, soprattutto nella processazione delle
emocolture, l’organizzazione della nostra Microbiologia prevede un’apertura del
laboratorio dalle 8:00 alle 18:00 nei giorni feriali con turnazione del personale
anche nei giorni festivi, e addestramento di tutto il personale al nuovo iter
diagnostico delle sepsi. Scopo del nostro lavoro è stato valutare la possibilità di
affiancare all’identificazione e antibiogramma diretti, già in uso nel nostro
laboratorio, la lettura precoce delle MIC ottenute mediante E-test.
L’identificazione e l’antibiogramma mediante test diretti e metodiche tradizionali
sono stati eseguiti su 220 emocolture positive.
L’allestimento dei test diretti ha previsto il trasferimento di 8 ml di brodocoltura
prelevata dal flacone positivo in una provetta sterile munita di gel separatore, la
centrifugazione della stessa a 3000 rpm per 15 minuti e, dopo eliminazione del
sovranatante, la risospensione batterica con soluzione fisiologica fino a una
concentrazione di 0,5 Mc-Farland. L’inoculo così ottenuto è poi stato utilizzato
per l’identificazione e l’antibiogramma mediante VITEK 2 e per l’allestimento
dell’E-test mediante semina su Muller Hinton Agar (MH) ed incubazione in
termostato a 37°C. La prima lettura delle MIC è stata effettuata dopo 6 ore di
incubazione per i Gram negativi ed 8 ore per i Gram positivi. Nello studio sono
stati testati i seguenti farmaci: Piperacillina/tazobactam, Cefotaxime,
Gentamicina, Amikacina, Ertapenem, Imipenem, Meropenem, Colistina per i
batteri Gram negativi; Cefoxitina, Vancomicina, Daptomicina e Linezolid per
Staphylococcus aureus, Ampicillina, Vancomicina e Teicoplanina per
Enterococcus sp.
Tutte le emocolture positive sono state comunque sottoposte a procedura
tradizionale, ovvero sottocoltura con successiva identificazione e antibiogramma
dalle colonie isolate ed interpretazione dei risultati secondo le regole EUCAST.
Nella comparazione tra E-test diretti ed
E-test da sottocoltura, sono state stabilite
differenti classi di errore:
• Very Mayor Error (VME): variazione
dell’interpretazione da S a R
• Mayor Error (ME): variazione
dell’interpretazione da R a S
• Minor Error (mE): errori non inclusi
nelle prime due categorie.
Nella figura 1 è illustrata la flow-chart
operativa nei casi di emocoltura positiva
Figura 1
Su un totale di n. 220 emocolture analizzate, sono stati isolati i seguenti
microrganismi: n. 33 E.coli, n. 15 K.pneumoniae, n. 3 P.mirabilis, n. 3
S.maltophilia, n.2 E.cloacae, n.2 E. aerogenes, n.2 A.baumannii, n. 2 R.picketii,
. A.hydrophila, n. 1 P.aeruginosa, n.1 C.braakii, n.1 Salmonella gruppo B, n.1
n.1
C.jejuni jejuni, n. 20 S.aureus, n. 112 Stafilococchi coagulasi negativi (CoNS), n.
17 Enterococcus spp., n. 3 microorganismi anaerobi, n. 1 S.pneumoniae., n. 17
Enterococcus spp.)
Il confronto tra i risultati ottenuti da identificazione e antibiogramma
automatizzato mediante VITEK 2 eseguito direttamente dal flacone di
emocoltura positiva e quelli ottenuti mediante procedura tradizionale hanno
rilevato:
per i Gram negativi: una concordanza per identificazione ed antibiogramma pari
al 95,5 %, con tempi rispettivamente di 6 ore e 10 ore. Solo tre ceppi non sono
stati identificati da VITEK 2 eseguito direttamente dal flacone di emocoltura
positiva. Per questi tre ceppi, rappresentati da n.1 E. cloacae, n.1 E.coli e n.1
R.pickettii, è stato dunque impossibile eseguire la comparazione
dell’antibiogramma diretto con quello tradizionale (figura 2, tabella 1);
per i Gram positivi: VITEK 2 eseguito direttamente dal flacone di emocoltura
positiva non ha consentito l’identificazione e di conseguenza la valutazione
dell’antibiogramma (n. 20 S. aureus, n. 22 Stafilococchi coagulasi negativi, n. 17
Enterococcus spp.)
Figura 2
Tabella 1
I risultati ottenuti con E-test diretto da emocoltura positiva con lettura della
MIC a 6 ore per i Gram negativi ed 8 ore per i Gram positivi (“lettura rapida”)
comparati con E-test ottenuto dalle sottocolture hanno rilevato:
per i Gram negativi: una concordanza pari al 90,5%.
I
dati
discordanti
riguardavano
esclusivamente
la
MIC
di
Piperacillina/tazobactam di n.1 E. coli e n.2 K. pneumoniae che risultava
maggiore di una diluizione nella valutazione secondo “lettura rapida” anche se
l’interpretazione non variava in termini di sensibilità (mE) (figura 3a, 3b).
Per i Gram positivi: una concordanza pari al 100% ottenuta però solo su n. 20 S.
aureus e n. 17 Enterococcus spp. (figura 4a, 4b)
Figura 3a
Figura 4a
Figura 3b
Figura 4b
L’importanza di arrivare tempestivamente ad una diagnosi etiologica di sepsi
con risposte preliminari di antibiogramma rapido e conseguente approccio
terapeutico mirato, è l’obiettivo prioritario della microbiologia clinica. Il nostro
studio, conferma come l’introduzione nella routine di laboratorio dei test diretti
di identificazione ed antibiogramma da emocolture positive offra al clinico degli
strumenti indispensabili nell’approccio diagnostico-terapeutico di queste gravi
patologie.
E’ possibile, infatti, ormai ottenere una rapida valutazione della chemiosensibilità, mediante “lettura precoce” delle MIC, sia per i Gram negativi che per
Gram positivi quali S. aureus ed Enterococcus spp., che sono i maggiori
responsabili delle infezioni del torrente circolatorio. Nel nostro lavoro abbiamo
avuto una buona concordanza utilizzando il sistema E-test con lettura delle MIC
entro le sei o otto ore, ed invio al clinico di referti preliminari nella stessa
giornata del rilievo dell’emocoltura positiva. Abbiamo osservato anche una
buona concordanza per l’identificazione e l’antibiogramma con VITEK diretto,
solo però riferito ai batteri Gram negativi, per i quali è stato possibile ottenere
una rapida identificazione del ceppo in 5-7 ore, ed antibiogramma entro le 10
ore. L’approccio sistematico alle diagnostiche rapide di identificazione ed
antibiogramma in patologie gravi come le sepsi, insieme ad un’adeguata
organizzazione di laboratorio, riduce notevolmente i tempi di referto ed offre al
clinico risposte appropriate alle necessità di emergenza/urgenza di queste
gravi patologie.