Relazione tecnica PrenatalSAFE® Karyo

Cos’è PrenatalSAFE® Karyo?
PrenatalSAFE® Karyo è un esame prenatale non invasivo che, analizzando il DNA fetale libero circolante isolato da
un campione di sangue materno, rileva aneuploidie e alterazioni cromosomiche strutturali fetali a carico di ogni
cromosoma, con risultati molto simili alla determinazione del cariotipo fetale eseguito con tecniche invasive di
diagnosi prenatale.
Il test evidenzia sia aneuploidie fetali comuni in gravidanza, quali quelle relative al cromosoma 21 (Sindrome di
Down), al cromosoma 18 (Sindrome di Edwards), al cromosoma 13 (Sindrome di Patau) e dei cromosomi sessuali
X e Y (quali per esempio la Sindrome di Turner o Monosomia del cromosoma X), che aneuploidie meno comuni
(quali per esempio la trisomia dei cromosomi 9, 16, 22) e delezioni o duplicazioni segmentali, rilevabili su tutti i
cromosomi.
PrenatalSafe® Karyo Plus rappresenta un’evoluzione del test PrenatalSafe® Karyo, e aggiunge alle potenzialità di
PrenatalSafe® Karyo la possibilità di individuare la presenza nel feto di alterazioni cromosomiche strutturali
submicroscopiche, quali alcune comuni sindromi da microdelezione.
PrenatalSAFE® Karyo e Karyo Plus comprendono anche la determinazione del sesso fetale (opzionale).
PrenatalSAFE® Karyo e Karyo Plus sono integrati gratuitamente con il test RhSafe®, un esame prenatale non
invasivo che, analizzando il DNA fetale isolato da un campione di sangue della gestante, consente di determinare il
Fattore Rh(D) fetale. Il test RhSafe® è opzionale, e viene eseguito (su richiesta) in gestanti Rh(D) negative, con
partner maschile Rh(D) positivo.
PrenatalSAFE® Karyo: anomalie cromosomiche fetali evidenziabili
ANEUPLOIDIE COMUNI
•
Trisomia 21 (Sindrome di Down)
•
Trisomia 18 (Sindrome di Edwards)
•
Trisomia 13 (Sindrome di Patau)
•
Monosomia X (Sindrome di Turner)
•
XXX (Trisomia X)
•
XXY (Sindrome di Klinefelter)
•
XYY (Sindrome di Jacobs)
ALTRE ANEUPLOIDIE CROMOSOMICHE MENO FREQUENTI
•
Trisomia 1
•
Trisomia 4
•
Trisomia 5
•
Trisomia 7
•
Trisomia 9*
•
Trisomia 12
•
Trisomia 16*
•
Trisomia 22*
* A maggiore incidenza tra le aneuploidie fetali meno frequenti. Il test PrenatalSAFE® Karyo consente di rilevare
aneuploidie su tutti i cromosomi.
La presenza nel feto della trisomia dei cromosomi 9, 16, 22, nella forma completa, è incompatibile con la vita ed
esita generalmente in aborti spontanei. Le forme a mosaico possono generare sopravvivenza postnatale.
ALTERAZIONI CROMOSOMICHE STRUTTURALI
In linea generale, il test PrenatalSAFE® Karyo consente di rilevare Delezioni e Duplicazioni segmentali a carico di
ciascun cromosoma del cariotipo fetale.
PrenatalSafe® Karyo Plus consente di individuare la presenza nel feto di 9 tra le più comuni sindromi da
microdelezione:
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Sindrome da microdelezione
Sindrome di DiGeorge
Sindrome Cri-du-chat
Sindrome di Prader-Willi
Sindrome Angelman
Sindrome da delezione 1p36
Sindrome di Wolf-Hirschhorn
Sindrome di Jacobsen
Sindrome di Langer-Giedion
Sindrome di Smith-Magenis
Regione cromosomica
delezione 22q11.2
delezione 5p15.3
delezione 15q11.2
delezione 15q11.2
delezione 1p36
delezione 4p16.3
delezione 11q23-q24.3
delezione 8q24.11-q24.13
delezione 17p11.2
Prevalenza (alla nascita)
1/2.000 - 1/4.000
1/15.000 - 1/50.000
1/25.000
1/10.000 - 1/20.000
1/5.000 – 1/10.000
1/20.000 -1/50.000
1/100.000
1/200.000
1/15.000 - 1/25.000
Tali sindromi presentano un’importanza clinica variabile a seconda del cromosoma coinvolto, della regione
cromosomica interessata e delle relative dimensioni.
Tuttavia è consigliabile ricorrere all’utilizzo del PrenatalSafe® Karyo Plus solo in determinati contesti clinici
(esempio dubbi ecografici suggestivi di sindrome da microdelezione cromosomica) per i quali risulta giustificato un
approfondimento diagnostico di secondo livello.
Cosa sono le aneuploidie?
Le aneuploidie sono anomalie cromosomiche caratterizzate da alterazioni del numero dei cromosomi, cioè da un
numero maggiore o minore di cromosomi rispetto al numero standard. Si parla, ad esempio, di trisomia, quando si
riscontra la presenza di un cromosoma in più o di monosomia, quando si riscontra l'assenza di un cromosoma. In questi
casi si parla di monosomia e trisomia completa, ma si possono verificare anche monosomie/trisomie parziali, per
assenza o presenza in triplice copia di singoli segmenti di cromosoma.
Le monosomie complete sono incompatibili con la vita postnatale, l'eccezione è rappresentata dalla monosomia del
cromosoma X, associata alla sindrome di Turner (45,X).
Le trisomie complete di alcuni cromosomi, come la trisomia 21 o sindrome di Down (47,XX,+21), trisomia 18 o
sindrome di Edwards (47,XX,+18), trisomia 13 o sindrome di Patau (47,XX,+13) sono invece compatibili con la vita
postnatale e sono associate a ritardo mentale e, talora, a malformazioni e difetti di crescita.
•
•
•
•
TRISOMIA 21: E’ causata dalla presenza di una copia in più del cromosoma 21 ed è anche conosciuta come
Sindrome di Down. E’ la causa genetica più comune di ritardo mentale. Si stima che la trisomia 21 sia
presente in 1/700 nati.
TRISOMIA 18: E’ causata dalla presenza di una copia in più del cromosoma 18. Conosciuta anche come
Sindrome di Edwards, si associa a una elevata abortività. E’ causa di grave ritardo mentale. Neonati affetti da
trisomia 18 hanno spesso difetti cardiaci congeniti, nonché altre condizioni patologiche che riducono la loro
aspettativa di vita. Si stima che la trisomia 18 sia presente in 1/5.000 nati.
TRISOMIA 13: E’ causata dalla presenza di una copia in più del cromosoma 13. Nota anche come Sindrome
di Patau, si associa a elevata abortività. Neonati affetti da trisomia 13 hanno numerosi difetti cardiaci e altre
condizioni patologiche. La sopravvivenza oltre l’anno di età è rara. Si stima che la trisomia 13 sia presente in
1/16.000 nati.
ANEUPLOIDIE DEI CROMOSOMI SESSUALI: Anche i cromosomi del sesso possono andare incontro a
difetti numerici (47,XXY;47,XXX; 47,XYY) compatibili con la vita postnatale, ma spesso sono causa di una
sintomatologia più lieve. Le più frequenti aneuploidie dei cromosomi sessuali sono le seguenti:
Sindrome di Turner o Monosomia X: E’ la più frequente aneuploidia dei cromosomi sessuali. Questa
sindrome è causata dalla mancanza di una copia del cromosoma X. Ne sono affette solo le donne, che
presentano una statura inferiore alla media. Alcune hanno difetti cardiaci o renali, problemi di udito, o
difficoltà di apprendimento.
Altre aneuploidie dei cromosomi sessuali riscontrabili con l’esame sono: Trisomia X (XXX); Sindrome di
Klinefelter (XXY); Sindrome di Jacobs (XYY).
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Cosa sono le alterazioni cromosomiche strutturali?
Con il PrenatalSAFE® Karyo è inoltre possibile individuare anche alterazioni di struttura dei cromosomi.
Le anomalie strutturali originano dalla rottura di uno o più cromosomi e, poiché queste rotture possono teoricamente
avvenire ovunque nel genoma, il numero di potenziali riarrangiamenti è praticamente infinito. Tali alterazioni
provocano perdita/guadano di materiale genetico, perciò vengono identificate in soggetti con fenotipo clinico. I
principali tipi di anomalie strutturali sono:
1) Le delezioni, che consistono nella perdita di un segmento di un cromosoma, che può essere terminale o
interstiziale. Di solito le sindromi da delezione interessano segmenti relativamente grandi di cromosoma (> 10
Mb = Megabasi).
2) Le duplicazioni consistono nella presenza di due copie di un segmento di cromosoma, e pertanto costituiscono
delle trisomie parziali.
3) Le traslocazioni sbilanciate, originano dalla rottura di due o, raramente, più cromosomi, con perdita o
acquisizione di materiale cromosomico.
Cosa sono le Microdelezioni?
Le sindromi da microdelezione sono anomalie cromosomiche caratterizzate dalla perdita (microdelezione) di un tratto
cromosomico di piccole dimensioni e, di conseguenza, dei geni localizzati su quel frammento cromosomico. Queste
alterazioni causano sindromi di importanza clinica variabile a seconda del cromosoma coinvolto, della regione
cromosomica interessata e delle relative dimensioni.
La Sindrome di DiGeorge, è una malattia causata da una delezione submicroscopia del braccio lungo del
cromosoma 22 (regione cromosomica 22q11.2), ed è caratterizzata dall'insieme di diverse malformazioni: ipoplasia
del timo e delle ghiandole paratiroidi, cardiopatia congenita e dimorfismi del viso caratteristici. La prevalenza è di
1/2.000-1/4.000 nati vivi. La maggior parte dei casi non è trasmessa per via ereditaria (de novo) ma si rileva la
trasmissione da un genitore portatore di delezione 22q11 in ~7% dei casi.
Sindrome Cri-du-chat: è una malattia cromosomica dovuta alla delezione di una porzione variabile del braccio
corto del cromosoma 5 (5p-). I segni clinici principali comprendono il pianto acuto monotono (da cui origina il
nome della sindrome del 'miagolio del gatto''), la microcefalia, tratti caratteristici del volto e il grave ritardo
psicomotorio e mentale. L'incidenza varia tra 1/15.000 e 1/50.000 nati vivi. La maggior parte dei casi non è
trasmessa per via ereditaria (de novo) ma la trasmissione da un genitore non malato portatore di una traslocazione
bilanciata è rilevata in ~10% dei casi.
Sindrome di Prader-Willi/ Angelman: queste due sindromi coinvolgono lo stesso tratto cromosomico (regione
critica 15q11.2-q13), ma presentano manifestazioni differenti a seconda se il cromosoma interessato è di origine
materna o paterna.
La sindrome di Prader-Willi è una condizione caratterizzata principalmente da bassa statura, obesità,
ipotonia muscolare, alterazioni endocrinologiche, dismorfismi del volto e ritardo di sviluppo psicomotorio.
La malattia colpisce 1/25.000 nati.
La sindrome di Angelman è una malattia neurologica caratterizzata da grave ritardo mentale e
dismorfismi facciali caratteristici. La sua prevalenza è stimata tra 1/10.000 e 1/20.000.
Sindrome da delezione 1p36: è un'anomalia cromosomica causata da una delezione eterozigote parziale della
parte distale del braccio corto del cromosoma 1, con punti di rottura tra 1p36.13 e 1p36.33, caratterizzata da
dismorfismi facciali tipici, ipotonia, ritardo dello sviluppo, deficit cognitivo, convulsioni, cardiopatie, sordità e
ritardo della crescita a esordio prenatale. È considerata una delle più comuni sindromi da delezione cromosomica,
con un'incidenza di 1/5.000-10.000 nati vivi. Nella maggior parte dei casi non è trasmessa per via ereditaria (de
novo).
La Sindrome di Wolf-Hirschhorn è una malattia dello sviluppo, determinata da una delezione del braccio corto
del cromosoma 4 (regione 4p16.3), e caratterizzata da segni craniofacciali caratteristici, ritardo della crescita
prenatale e postnatale, deficit cognitivo, grave ritardo dello sviluppo psicomotorio, convulsioni e ipotonia. La
prevalenza è di 1:50.000 nati. Interessa più spesso le femmine rispetti ai maschi (2:1). Nella maggior parte dei casi
non è trasmessa per via ereditaria (de novo).
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La Sindrome di Jacobsen è causata da una delezione del braccio lungo del cromosoma 11 (11q23). È
caratterizzata da ritardo dello sviluppo, facies caratteristica, malattie emorragiche e alcuni disturbi del
comportamento. La prevalenza è di 1:100.000 nati. Nella maggior parte dei casi non è trasmessa per via ereditaria
(de novo).
La Sindrome di Langer-Giedion o sindrome tricorinofalangeale tipo 2, è causata da una microdelezione del
braccio lungo del cromosoma 8 (regione 8q24.11-q24.13), che porta alla perdita di almeno due geni: TRPS1 e
EXT1.. È caratterizzata da deficit cognitivo, associato a varie anomalie, compresa la cute ridondante, le esostosi
cartilaginee multiple, la facies caratteristica e le epifisi falangeali 'a cono''. Sono stati descritti anche ritardo di
crescita, microcefalia, ipotonia e problemi uditivi. Si trasmette come carattere autosomico dominante, ma sono stati
descritti soprattutto casi sporadici.
La Sindrome di Smith-Magenis è una malattia genetica complessa con deficit cognitivo variabile, disturbi del
sonno, anomalie craniofacciali e scheletriche, disturbi psichiatrici, ritardo motorio e del linguaggio. La prevalenza
mondiale è di 1/15.000-25.000. Sono comuni il deficit cognitivo lieve-moderato, il ritardo significativo del
linguaggio, la ridotta sensibilità al dolore, la neuropatia periferica, i disturbi del sonno (caratteristici) e i
comportamenti disadattivi (capricci/scatti d'ira, ricerca costante dell'attenzione, aggressività, disobbedienza,
distrazione e comportamenti autolesionistici). La SMS è una malattia sporadica da delezione 17p11.2 del gene
RAI1 (retinoic acid-induced 1; 90%) o da mutazione del gene stesso (10%).
Il rischio di queste sindromi non è aumentato a causa dell'età, ma è, in assenza di storia familiare, lo stesso per tutte le
coppie. La ragione per la quale è stato scelto di rappresentare in maniera specifica queste 9 patologie si basa sui
seguenti criteri selettivi:
• frequenza relativamente alta nei nati vivi (1:4000’ 1:200.000), rispetto ad altre sindromi rare;
• esistono mutazioni diverse dalle microdelezioni o microduplicazioni identificate dalla tecnica, ma nella
maggior parte dei casi (>70%) per queste sindromi il meccanismo patogenetico è questo, ed è identificabile
dalla tecnica;
• assenza di segni ecografici prima delle 26 settimane, quindi mancanza di segni che possano ragionevolmente
indirizzare la diagnosi in modo specifico su sospetto clinico in assenza di storia familiare;
• elevata mortalità e morbidità alla nascita:
• quadro clinico e storia naturale post-natale noti, anche se in alcuni casi la penetranza è variabile e non sempre
tutti i segni e sintomi descritti sono presenti.
Indicazioni al test PrenatalSAFE® Karyo
PrenatalSAFE® Karyo è indicato nei seguenti casi:
• Gravidanze in cui è controindicata la diagnosi prenatale invasiva (es. rischio di aborto spontaneo);
• Screening del primo trimestre (Bi-Test) positivo;
• Età materna avanzata (>35 anni);
• Positività ai test di screening del primo o secondo trimestre;
• Quadro ecografico di anomalie fetali suggestive di aneuploidia.
• Anamnesi personale/familiare di anomalie cromosomiche
• Partner(s) della coppia portatore di traslocazione bilanciata.
Chi può sottoporsi al test PrenatalSAFE® Karyo?
Tutte le donne in gravidanza con un età gestazionale di almeno 10 settimane.
Il test può essere utilizzato in caso di:
• gravidanze singole, ottenute mediante concepimento naturale;
• gravidanze singole, ottenute con tecniche di fecondazione assistita omologhe;
• gravidanze singole, ottenute con tecniche di fecondazione assistita eterologhe;
• gravidanze gemellari, ottenute mediante concepimento naturale;
• gravidanze gemellari, ottenute con tecniche di fecondazione assistita omologhe;
• gravidanze gemellari, ottenute con tecniche di fecondazione assistita eterologhe;
• precedenti gravidanze andate a termine;
• precedenti gravidanze esitate in aborto spontaneo o seguite da interruzione volontaria di gravidanza.
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In cosa PrenatalSAFE® Karyo differisce da altri test prenatali non invasivi?
Il test PrenatalSAFE® Karyo è un esame diverso dai test di screening del primo e secondo trimestre. Questi sono test
statistici indiretti che si basano su valutazioni di rischio a priori (età della gestante), riscontri ecografici sul feto e/o
indagini biochimiche sul sangue materno. L’insieme di questi dati produce una percentuale di rischio di aneuploidia
fetale.
PrenatalSAFE® Karyo, invece, è un’analisi diretta del DNA fetale circolante. Il test misura, con grande accuratezza, la
quantità relativa di DNA fetale in tutti i cromosomi del cariotipo fetale, per rilevare l’eventuale presenza di aneuploidie
fetali e alterazioni cromosomiche strutturali (delezioni/duplicazioni).
I test di screening del primo trimestre, a differenza di PrenatalSAFE®, hanno una percentuale di falsi positivi fino al
5% e non rilevano il 5-15% dei casi di trisomia 21(falsi negativi).
Come viene effettuato il test PrenatalSAFE® Karyo?
Il test PrenatalSAFE® Karyo analizza il DNA fetale circolante nel sangue materno mediante tecnologie di
sequenziamento di nuova generazione (NGS) sofisticate analisi bioinformatiche.
Durante la gravidanza, alcuni frammenti del Dna del feto circolano nel sangue materno. Il DNA fetale consiste in corti
frammenti di DNA (~145/200 bp), presenti nel plasma in percentuali variabili a seconda del periodo gestazionale,
derivanti dai trofoblasti placentari. Tale DNA è rilevabile a partire dalla 5° settimana di gestazione; la sua
concentrazione aumenta nelle settimane successive e scompare subito dopo il parto. La quantità di DNA fetale
circolante dalla 9°-10° settimana di gestazione è sufficiente per garantire l’elevata specificità e sensibilità del test.
Il test viene eseguito mediante il prelievo di un campione ematico della gestante con un’età gestazionale di almeno 10
settimane. Tramite un’analisi complessa di laboratorio, Il DNA fetale libero circolante è isolato dalla componente
plasmatica del sangue materno. Successivamente, attraverso un processo tecnologico avanzato, le regioni
cromosomiche del DNA fetale circolante vengono sequenziate ad elevata profondità di lettura (~30 milioni di
sequenze), mediante l’innovativa tecnologia di sequenziamento massivo parallelo (MPS) dell’intero genoma fetale,
utilizzando sequenziatori Next Generation Sequencing (NGS) ILLUMINA. Le sequenze cromosomiche vengono quindi
quantificate attraverso una sofisticata analisi bioinformatica, per determinare la presenza di eventuali aneuploidie
cromosomiche fetali, identificate da un sovrannumero di sequenze allineabili ad uno specifico cromosoma.
PrenatalSAFE® Karyo: determinazione della frazione fetale e limit of detection della metodica
La frazione fetale (FF), cioè la quantità di cfDNA fetale rilevata nel campione di plasma analizzato rispetto al cfDNA
totale, è un parametro importante da determinare durante l'esecuzione dei test NIPT, in quanto a FF molto basse le
aneuploidie potrebbero non essere rilevabili, e quindi produrre risultati falsi negativi.
Per ridurre tale rischio, alcune metodiche NIPT attualmente in uso utilizzano un cut-off del 4% di frazione fetale. A
valori di FF inferiori a tale cut-off, viene refertato un risultato non conclusivo a causa di bassa quantità di DNA fetale e
viene richiesto un nuovo prelievo.
Il limite di FFe 4% necessario per refertare un risultato è stato determinato utilizzando un modello statistico, e non
tramite studi di validazione che determinano l'effettivo Limit of Detection (LOD) della metodica NIPT, cioè la più
bassa FF alla quale è possibile rilevare un’aneuploidia.
Un recente studio condotto da Genoma (Fiorentino et al. 2016), ha avuto l’obiettivo di determinare l’effettivo LOD del
test Prenatalsafe per la trisomia 21, 18 e 13 e di valutare la performance del test a basse frazioni fetali (<4%) su
campioni clinici.
Lo studio ha dimostrato che le principali aneuploidie cromosomiche possono essere rilevate in modo affidabile dal test
Prenatalsafe a FFe 2%. Ciò ha consentito di ridurre l’incidenza dei risultati non conclusivi a causa di bassa
frazione fetale, dal 8.7% (se si fosse utilizzato un cut-off del 4% di FF), al 2.2% (utilizzando un cut-off del 2% di FF).
Inoltre, se si fosse utilizzando il cut-off FF>4%, il 23,8% delle aneuploidie non sarebbero state rilevate.
Lo stesso studio ha evidenziato che l’incidenza delle aneuploidie è 6 volte più elevata nei campioni con bassa
frazione fetale (2%<FF<4%) rispetto a quelli con FF>4%. Un aumentata incidenza di aneuploidie cromosomiche, da 4
a 10 volte, è stata riportata anche da altri studi in campioni con risultato non conclusivo a causa di bassa frazione fetale
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(<4%). Quindi, utilizzando il cut-off FF>4%, si escludono dall’analisi i campioni a rischio maggiore di
aneuploidia.
Risultati ottenibili
“POSITIVO“ – Presenza di aneuploidia o alterazione cromosomica strutturale: indica che il test ha rilevato nel
feto un’aneuploidia o un’alterazione cromosomica strutturale a livello di uno (o più) dei cromosomi investigati.
L’affidabilità del risultato viene riportato nella sezione “Risultati” del referto e nella sezione “Accuratezza del test”
della relazione tecnica. Tale risultato indica che il feto presenta una specifica anomalia cromosomica, ma non assicura
che il feto abbia tale condizione. Il follow-up consigliato è un test di diagnosi prenatale invasiva, come il prelievo dei
villi coriali (Villocentesi) o l'Amniocentesi. Il nostro genetista (o in generale uno specialista in genetica), in sede di
consulenza genetica, vi spiegherà in maniera dettagliata il risultato del test e vi consiglierà di confermare il risultato
mediante diagnosi prenatale invasiva. In nessun modo è possibile avvalersi della Legge 194/78 sulla interruzione
volontaria della gravidanza senza prima aver confermato il risultato del test mediante amniocentesi o villocentesi.
“NEGATIVO” - Assenza di aneuploidia o alterazione cromosomica strutturale: indica che il test non ha rilevato la
presenza di aneuploidie o alterazioni cromosomiche strutturali a livello dei cromosomi esaminati. L’affidabilità del
risultato viene riportato nella sezione “Risultati” del referto e nella sezione “Accuratezza del test” della relazione
tecnica. Tale risultato indica che il feto non presenta aneuploidie o alterazioni cromosomiche strutturali a livello dei
cromosomi investigati, ma non assicura che il feto sia sano per tali anomalie. Infatti, a causa della fisiologia placentare,
tale risultato potrebbe non riflettere un reale stato di normalità del feto.
In alcuni casi (circa il 2%) il test potrebbe produrre un risultato non ottimale o non conclusivo. In tali evenienze verrà
richiesto alla gestante il prelievo di un nuovo campione ematico al fine di ripetere l’esame. Anche dopo la ripetizione, il
test potrebbe non produrre un risultato conclusivo. In questi casi, è consigliato di ricorrere a metodi di diagnosi
prenatale alternativi, quali per esempio l’amniocentesi o la villocentesi, in quanto in letteratura scientifica è stato
riportato un aumento dell’incidenza di aneuploidie fetali nei campioni con risultato non conclusivo, per esempio a causa
di bassa frazione fetale.
In altri casi, l’esame potrebbe fornire un risultato che indica un sospetto di presenza di aneuploidia o alterazione
cromosomica strutturale (risultato borderline). In tale evenienza verrà consigliato di confermare il risultato mediante
diagnosi prenatale invasiva, così come per il risultato positivo.
Nel caso in cui venga richiesta l’analisi del sesso del feto, può essere fornito anche questo risultato.
Nelle gravidanze gemellari, verrà riportato un unico risultato per entrambi i feti. Il sesso fetale, in queste gravidanze,
viene indicato come maschile o femminile, basandosi sulla presenza o assenza del cromosoma Y.
Accuratezza del test
L’esame ha dimostrato, in studi di validazione preclinica, un’attendibilità superiore al 99% nel rilevare le aneuploidie
cromosomiche comuni in gravidanza (trisomia 21, trisomia 18, trisomia 13, Monosomia X), con percentuali di falsi
positivi <0.1%. Sebbene l’errore del test sia molto basso, tuttavia non è escludibile.
Di seguito si riportano le performance del test PrenatalSAFE® nella casistica clinica, sia con procedura standard che
FAST:
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Performance PrenatalSAFE® (Protocollo Standard): casistica con follow-up (aggiornamento Marzo 2016)
Veri positivi
Trisomia 21
(n=31.800)
257
Trisomia 18
(n=31.800)
47
Trisomia 13
(n=31.800)
32
Monosomia X
(n=31.800)
77
SCA
(n=31.800)
160
Falsi positivi
6
6
7
48
58
Veri negativi
31536
31746
31746
31675
31582
1
99,61%
(97.86% - 99.99%)
0,39%
99,98%
(99.96% - 99.99%)
0,02%
97,72%
(95.10% - 99.16%)
100,00%
(99.98% - 100.00%)
1
97,92%
(88.93% - 99.95%)
2,08%
99,98%
(99.96% - 99.99%)
0,02%
88,68%
(76.97% - 95.73%)
100,00%
(99.98% - 100.00%)
0
100,00%
(89.11% - 100.00%)
0,00%
99,98%
(99.95% - 99.99%)
0,02%
82,05%
(66.47% - 92.46%)
100,00%
(99.99% - 100.00%)
0
100,00%
(95.32% - 100.00%)
0,00%
99,85%
(99.80% - 99.89%)
0,15%
61,60%
(52.48% - 70.16%)
100,00%
(99.99% - 100.00%)
0
100,00%
(99.72% - 100.00%)
0,00%
99,82%
(99.76% - 99.86%)
0,18%
73,39%
(67.01% - 79.13%)
100,00%
(99.99% - 100.00%)
Falsi negativi
Sensibilità
(95% CI)
• % Falsi Negativi
Specificità
(95% CI)
• % Falsi Positivi
PPV
(95% CI)
NPV
(95% CI)
Performance PrenatalSAFE® (Protocollo FAST): Casistica con follow-up (aggiornamento Marzo 2016)
Veri positivi
Trisomia 21
(n=15.258)
156
Trisomia 18
(n=15.258)
30
Trisomia 13
(n=15.258)
20
Monosomia X
(n=15.258)
57
SCA
(n=15.258)
91
Falsi positivi
2
1
1
18
22
Veri negativi
15100
15227
15279
15183
15145
0
100,00%
(88.43% - 100.00%)
0,0%
99,99%
(99.96% - 100.00%)
0,01%
98,73%
(83.30% - 99.92%)
100,00%
(99.98% - 100.00%)
0
100,00%
(88.43% - 100.00%)
0,0%
99,99%
(99.96% - 100.00%)
0,01%
96,77%
(83.30% - 99.92%)
100,00%
(99.98% - 100.00%)
0
100,00%
(83.16% - 100.00%)
0,0%
99,99%
(99.96% - 100.00%)
0,01%
95,24%
(76.18% - 99.88%)
100,00%
(99.98% - 100.00%)
0
100,00%
(93.73% - 100.00%)
0,0%
99,88%
(99.81% - 99.93%)
0,12%
76,00%
(64.75% - 85.11%)
100,00%
(99.98% - 100.00%)
0
100,00%
(96.03% - 100.00%)
0,0%
99,85%
(99.78% - 99.91%)
0,15%
80,53%
(72.02% - 87.38%)
100,00%
(99.98% - 100.00%)
Falsi negativi
Sensibilità
(95% CI)
• % Falsi Negativi
Specificità
(95% CI)
• % Falsi Positivi
PPV
(95% CI)
NPV
(95% CI)
Performance PrenatalSAFE® Karyo: dati validazione pre-clinica
Trisomia 21
(n=1419)
Trisomia 18
(n=1419)
Trisomia 13
(n=1419)
Veri positivi
100
31
14
SCA
(n=1419)
36
Falsi positivi
0
0
0
0
0
1382
0
Veri negativi
1319
1388
1405
1383
Falsi negativi
0
0
0
0
CNV
(n=1419)
37
100,00%
100,00%
100,00%
100,00%
100,00%
Sensibilità
(96.38% - 100.00%) (88.78% - 100.00%) (76.84% - 100.00%) (90.26% to 100.00%)
(95% CI)
(90.51% to 100.00%)
100,00%
100,00%
100,00%
100,00%
100,00%
Specificità
(99.72% - 100.00%) (99.73% - 100.00%) (99.74% - 100.00%) (99.73% to 100.00%)
(95% CI)
(99.73% to 100.00%)
100,00%
100,00%
100,00%
100,00%
100,00%
PPV
(96.38% - 100.00%) (88.78% - 100.00%) (76.84% - 100.00%) (90.26% to 100.00%)
(95% CI)
(90.51% to 100.00%)
100,00%
100,00%
100,00%
100,00%
100,00%
NPV
(99.72% - 100.00%) (99.73% - 100.00%) (99.74% - 100.00%) (99.73% to 100.00%)
(95% CI)
(99.73% to 100.00%)
PPV: Valore Predittivo Positivo; NPV: Valore Predittivo Negativo; SCA: aneuploidie dei cromosomi sessuali; CNV: Copy Number
Variation (alterazioni cromosomiche strutturali o trisomie non comuni) (Fiorentino et al., ESHG conference 2016; ISPD Conference
2016)
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Limiti del test
L’esame prenatale non invasivo che analizza il DNA fetale libero circolante isolato da un campione di sangue materno è
un test di screening e non è un test diagnostico. Benché questo test sia molto accurato, i risultati non sono diagnostici
e devono essere valutati nel contesto del quadro clinico della gestante e dell’anamnesi familiare. Inoltre, l’esame non è
sostitutivo della diagnosi prenatale invasiva (Villocentesi o Amniocentesi).
Il test è stato validato su gravidanze singole o gemellari, monozigotiche o dizigotiche, con almeno 10 settimane di
gestazione.
Il test PrenatalSAFE® Karyo non può escludere la presenza di tutte le anomalie cromosomiche fetali. L’esame
evidenzia il 92,6% delle anomalie cromosomiche fetali rilevabili in epoca prenatale e il 96.2% di quelle riscontrate alla
nascita.
Il test PrenatalSAFE® Karyo Plus evidenzia il 95,5% delle anomalie cromosomiche fetali rilevabili in epoca prenatale
e il 99.1% di quelle riscontrate alla nascita.
Il test PrenatalSAFE® Karyo non è in grado di evidenziare riarrangiamenti cromosomici bilanciati, mosaicismi
cromosomici fetali e/o placentari (cioè la presenza di due linee cellulari con differente assetto cromosomico), mutazioni
puntiformi, difetti di metilazione, poliploidie. Il test non evidenzia altre malformazioni o difetti non specificamente
ricercati. In particolare, l’esame non evidenzia la presenza di malattie genetiche ereditarie a trasmissione mendeliana.
Il test PrenatalSAFE® Karyo evidenzia le alterazioni cromosomiche strutturali, con un limite di risoluzione stimato di
circa 10 Mb, mentre il test PrenatalSAFE® Karyo Plus evidenzia alterazioni cromosomiche strutturali ad una
risoluzione di circa 7 Mb.
Nelle gravidanze gemellari non è possibile distinguere la condizione del singolo feto, né di valutare le aneuploidie dei
cromosomi sessuali. E’ tuttavia possibile riscontrare la presenza/assenza del cromosoma Y. Nel caso in cui venga
individuata la presenza del cromosoma Y, non è possibile discernere se solo uno o entrambi i feti siano di sesso
maschile. Nelle gravidanze che sono iniziate come gemellari o plurime, seguite dall’aborto spontaneo di uno o più feti
con riassorbimento della camera gestazionale (vanishing twin), potrebbe essere presente nel sangue materno anche il
DNA fetale libero del feto abortito. Ciò potrebbe interferire nella qualità dei risultati, determinando falsi positivi nel
caso in cui la causa dell’aborto sia dovuta alla presenza nel suddetto feto di aneuploidie cromosomiche a carico di uno
dei cromosomi investigati. Similmente, potrebbe determinarsi una incongruenza nei risultati del sesso (es. diagnosi di
sesso maschile, in cui la presenza del cromosoma Y è originata dal DNA feto abortito).
Nei casi di gravidanze pregresse, esitate in aborto spontaneo di uno o più feti o aborto terapeutico a causa di diagnosi
di feto affetto da cromosomopatia, potrebbe essere presente nel sangue materno anche il DNA fetale libero del feto
abortito. Ciò potrebbe interferire nella qualità dei risultati, determinando falsi positivi nel caso in cui la causa
dell’aborto fosse dovuta alla presenza nel suddetto feto di aneuploidie cromosomiche a carico di uno dei cromosomi
investigati. Similmente, potrebbe determinarsi una incongruenza nei risultati del sesso (es. diagnosi di sesso maschile,
in cui la presenza del cromosoma Y è originata dal DNA feto abortito).
L’esistenza di una condizione tumorale (metastasi) nella gestante potrebbe determinare risultati del test falsi positivi.
Il test è basato sulla quantificazione dei frammenti di DNA fetale libero circolante nel sangue materno, che sono di
origine placentare. Pertanto, a causa di condizioni di mosaicismo cromosomico (frequenza: 1-2%) potrebbero esservi
discordanze nei risultati (falsi positivi o falsi negativi) che giustificano la sensibilità e specificità del test <100%. In
particolare, il test potrebbe produrre un risultato positivo (aneuploidia rilevata), ma tale anomalia cromosomica
potrebbe essere confinata alla placenta a causa del mosaicismo cromosomico, e quindi il feto potrebbe infine risultare
con cariotipo normale al controllo in diagnosi prenatale invasiva (falso positivo). Viceversa, il test potrebbe produrre un
risultato negativo (aneuploidia non rilevata), ma a causa del mosaicismo cromosomico il DNA fetale privo di
aneuploidia potrebbe essere confinato alla placenta, e quindi il feto potrebbe infine risultare con cariotipo aneuploide al
controllo in diagnosi prenatale invasiva (falso negativo).
Il sesso fetale viene indicato come maschile o femminile, basandosi sulla presenza o assenza del cromosoma Y, ma non
dà informazioni sulla presenza o assenza del gene SRY.
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Le gravidanze con riscontri ecografici suggestivi di patologia fetale dovrebbero essere studiate con altri tipi di
indagini prenatali, quali il cariotipo fetale molecolare su villi coriali o liquido amniotico, in considerazione del
maggiore detection rate.
Esiste la possibilità di identificare con questo test, anomalie dei cromosomi sessuali presenti nella madre (omogenee o a
mosaico) che possono interferire con l’accuratezza dei risultati riguardanti i cromosomi sessuali fetali.
Un risultato “NEGATIVO - Assenza di aneuploidia o alterazione cromosomica strutturale” riduce notevolmente le
possibilità che il feto abbia una aneuploidia o un’alterazione cromosomica strutturale a livello dei cromosomi esaminati,
ma non può garantire che i cromosomi siano effettivamente normali o che il feto sia sano.
Non è possibile eseguire questo test a donne portatrici esse stesse di aneuploidie.
Per i limiti sopra esposti, in caso di risultato positivo si raccomanda di eseguire un colloquio con un genetista e la
conferma del risultato attraverso l’analisi del cariotipo su liquido amniotico.
PrenatalSAFE® Karyo: Tempi di Refertazione
I tempi stimati di refertazione sono di circa 5-10 giorni lavorativi, a seconda del tipo di test effettuato:
Tipo di esame
Procedura FAST
Procedura STANDARD
®
PrenatalSAFE Karyo
∼5 gg.
∼7 gg.
PrenatalSAFE® Karyo Plus
Non Eseguibile
∼10 gg.
I tempi di refertazione, tuttavia, non sono perentori e potrebbero prolungarsi in caso di ripetizioni dell’esame, risultati
non ottimali, approfondimenti dell’esame o dubbi interpretativi.
Grazie alla recente introduzione della tecnologia FAST ad alta risoluzione, è possibile ottenere i risultati dell'esame
PrenatalSAFE® Karyo dopo soli 5 giorni lavorativi, mantenendo i medesimi parametri di sensibilità e specificità del
test.
Alternative diagnostiche prenatali
L’esame prenatale non invasivo che analizza il DNA fetale presente nel sangue materno, è solo una delle opzioni per la
gestante per determinare il rischio di patologie cromosomiche durante la gravidanza. Esistono diversi altri screening
effettuabili in questo periodo. In particolare, un’indagine citogenetica (cariotipo fetale tradizionale) o molecolare
(cariotipo fetale molecolare) più approfondita può essere ottenuta mediante “diagnosi prenatale invasiva”, che può
essere eseguita su villi coriali o liquido amniotico.
Il prelievo dei villi coriali (tessuto placentare che, pur essendo separato dal feto, ne contiene lo stesso DNA), o
villocentesi, è effettuato tra la 11^ e la 12^ settimana di gestazione e consiste nel prelievo, sotto controllo ecografico, di
un piccolo campione di villi coriali mediante una puntura attraverso l’addome materno. Tale prelievo comporta un
rischio di aborto inferiore al 2%. Il cariotipo fetale viene condotto sulle cellule fetali (o dal DNA estratto da queste
cellule) contenute nei villi coriali.
Il prelievo del liquido amniotico o amniocentesi viene eseguito mediante puntura transaddominale ecoguidata tra la 16^
e la 18^ settimana di gravidanza e comporta un rischio di aborto inferiore all’1%. In questo caso, il cariotipo fetale
viene condotto sulle cellule fetali (o dal DNA estratto da queste cellule) presenti nel liquido amniotico. Le suddette
indagini possono inoltre fornire un’analisi cromosomica completa del feto e sono fortemente raccomandate, in
particolar modo, alle gestanti con età superiore ai 35 anni.
Confronto del detection rate tra PrenatalSAFE® e cariotipo fetale
Il test PrenatalSAFE® 3 e 5 permettono di evidenziare, rispettivamente, il 71% e l’83.1% delle anomalie
cromosomiche riscontrabili in gravidanza.
Con test PrenatalSAFE® Plus il detection rate diviene l’86%.
Il PrenatalSAFE® Karyo, invece, consente di rilevare il 92.6% delle anomalie cromosomiche evidenziabili in
gravidanza ed il 96.2% di quelle riscontrate alla nascita.
Il test PrenatalSAFE® Karyo Plus evidenzia il 95,5% delle anomalie cromosomiche fetali rilevabili in epoca prenatale
e il 99.1% di quelle riscontrate alla nascita, raggiungendo un livello di detection rate molto simile a quello del
cariotipo fetale tradizionale (96.9%), ottenuto mediante tecniche di diagnosi prenatale invasiva.
Il cariotipo fetale molecolare – array-CGH (l’esame prenatale considerato il gold standard) eseguito su cellule fetali
prelevate con amniocentesi o villocentesi, permette di rilevare il 99.8% delle anomalie cromosomiche riscontrabili in
gravidanza. (Wellesley, D, et al., 2012; Wapner et al., 2012; Fiorentino et al., 2011; 2013).
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Confronto del detection rate di anomalie cromosomiche tra il test PrenatalSAFE®, a diversi livelli di
approfondimento, e cariotipo fetale
Wellesley et al. (2012) European Journal of Human Genetics 20:521–526
Consulenza Genetica
Il nostro centro offre gratuitamente la consulenza genetica, sia pre-test che post-test, al fine spiegare alla gestante le
finalità dell’analisi, i risultati ottenibili, e i risultati emersi al completamento dell’esame, in particolar modo nei casi di
riscontro patologico.
Bibliografia
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