CARTA SERVIZI PIATTAFORMA GENOMICA Questa Carta Servizi è

Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it CARTA SERVIZI PIATTAFORMA GENOMICA Questa Carta Servizi è di proprietà della PGP e non può essere riprodotta o divulgata a terzi senza autorizzazione scritta della Direzione del PTP. REV. 0 1 2 3 4 5 6 7 DATA 29/04/2008 26/05/2009 27/01/2010 30/09/2010 26/01/2011 15/10/2012 02/12/2014 24/07/2015 CAUSALE
Prima Emissione
Seconda Emissione
Aggiornamento contenuti – vedi AC012/09 Aggiornamento contenuti – vedi AC012/09 Aggiornamento contenuti – vedi AC005/10 Aggiornamento contenuti – vedi AP003/12 Aggiornamento contenuti ‐
Aggiornamenti contenuti ‐ vedi Riunione del Redatto da :
Valentina Gualdi Verificato da:
Gianluca Carenzo DETTAGLI ENTE Piattaforma Genomica del Parco Tecnologico Padano Via Einstein – Località Cascina Codazza 26900 Lodi Tel 03714662662‐663 Fax 03714662217 E‐mail [email protected] Sito internet www.ptp.it Pagina 1 di 23
Approvato da: Valentina Gualdi Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it MISSION DELLA PGP La Piattaforma Genomica è la divisione del Parco Tecnologico Padano che si propone di svolgere Analisi e Studi di genomica applicati al settore agroalimentare (con particolare riferimento alle problematiche di Sicurezza Alimentare, di tracciabilità, certificazione e controlli di qualità dei prodotti agroalimentari), zootecnico, e umano (sia in ambito di ricerca pre‐clinica che di diagnostica clinica). Dotato di strumentazioni di ultima generazione, di un elevato grado di automazione e di un sistema informatizzato per la gestione dei campioni e dei risultati generati, la Piattaforma Genomica si pone come obbiettivo di divenire uno dei principali centri di riferimento nel settore delle analisi del DNA a livello Europeo. CERTIFICAZIONI e SISTEMA QUALITA’ Certificazione Norma UNI EN ISO ISO9001:2008 La Piattaforma Genomica del PTP il 5 Luglio del 2007 ha ottenuto la Certificazione ISO9001 dall’ Ente Certificatore BureauVeritas. Il certificato è consultabile sul sito web www.ptp.it nella pagina dei Servizi, Qualità al seguente link: http://www.ptp.it/research/portfolio/genomics‐core/ Accreditamento Ministeriale La Piattaforma Genomica del PTP il 23 Aprile 2009 ha ottenuto l’ Accreditamento Ministeriale ‐ Decreto n. 3973 ‐ ai sensi dell'art. 3 del D.P.R. 21.12.96 n. 697 e del D.P.R. 21.12.96 n. 698, e dell'art. 10 D.lgs. 151/2000 e relativi decreti attuativi: decreti 14.04.97, decreto 9 agosto 2000 per l’effettuazione delle analisi per l’accertamento della rispondenza varietale per le seguenti categorie di materiali: 9
piantine ortive e relativi materiali di moltiplicazione; 9
piante da frutto e relativi materiali di moltiplicazione; 9
materiali di moltiplicazione delle piante ornamentali; L’ottenimento di tale Accreditamento della Piattaforma Genomica del Parco Tecnologico Padano e’ stato pubblicato sul BURL S.O. N. 18 del 4/05/2009 Accreditamento Norma UNI CEI EN ISO/IEC 17025:2005 In data 16 Dicembre 2009 il Comitato Settoriale per l’Accreditamento dei Laboratori ACCREDIA (Ente Unico Italiano di Accreditamento) ha approvato la concessione dell’Accreditamento N°1002 al Laboratorio Piattaforma Genomica. Tra ACCREDIA e la Fondazione Parco Tecnologico Padano esiste una convenzione di accreditamento; tale convenzione può essere visionata presso il laboratorio su richiesta del Cliente; le prescrizioni contenute nei documenti ACCREDIA possono essere visionate sul sito ACCREDIA (www.accredia.it) alla voce Documenti. Il marchio o il riferimento all'accreditamento non devono essere utilizzati dai clienti nella documentazione concernente un prodotto, a meno che non venga allegata una copia del rapporto di prova. Se il Cliente lo richiede potrà essere presente all'esecuzione delle sue prove presso il laboratorio della PGP. Un contro campione è sempre conservato per almeno 30 gg. dall’invio dei risultati. Tutte le registrazioni relative alle Pagina 2 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it analisi vengono conservate nell’archivio della PGP per un tempo minimo di 10 anni. Per l'elenco aggiornato delle prove accreditate ACCREDIA consultare il sito www.accredia.it. Numero di Accreditamento del Laboratorio PGP: n° 1002, Data del primo accreditamento: 16/12/2009 Certificazione Illumina CSPro A partire dal mese di Luglio 2013 la Piattaforma Genomica del Parco Tecnologico Padano è stata certificata come CSPro da Illumina, il colosso americano delle tecnologie di sequenziamento di ultima generazione. La certificazione, oltre a indicare il Parco come un fornitore di servizi di alta qualità, apre con Illumina una collaborazione operativa nel settore dell'analisi genomica. STANDARD di QUALITA' La Piattaforma Genomica del Parco Tecnologico Padano è consapevole che una Politica per la Qualità costituisce uno strumento essenziale ed irrinunciabile per garantire un servizio di altissima qualità. Per poter soddisfare appieno i propri Clienti e migliorare i margini di efficienza interna, la Direzione del PTP si è definita i seguenti obiettivi minimi: 9 Certificare il proprio sistema di gestione della qualità secondo le norme UNI EN ISO 9001 e 17025; 9 Partecipare a programmi di Valutazione Interna ed Esterna di Qualità (minimo 1 visita ispettiva Interna; 1 visita ispettiva esterna ad opera di Ispettori dell'ente Bureau Veritas; 1 visita ispettiva esterna ad opera di Ispettori dell'ente Accredia) 9 Partecipare a Ring Test Interlaboratorio organizzati ad opera di Enti Terzi Certificati 9 Garantire il Rispetto dei Tempi di risposta indicati al cliente PRESENTAZIONE DELLA PGP La Piattaforma Genomica del Parco Tecnologico Padano e’ stata creata nell’ Ottobre del 2005 come Laboratorio Centralizzato per la realizzazione di analisi genomiche applicate al settore vegetale, animale e microbico per attività di Ricerca e Sviluppo del CERSA (Centro Ricerca e Studi Agroalimentari). Nel corso degli anni le attività si sono progressivamente orientate anche al settore della genetica umana con l'avvio di servizi di genotipizzazione low‐medium troughput e di DNA e RNA sequencing grazie all'implementazione di un laboratorio di Next Generation Sequencing (NGS). SCOPO E CAMPO DI APPLICAZIONE SERVIZI DELLA PGP La presente Carta dei Servizi, regola i rapporti tra il cliente/utente e la Piattaforma Genomica del PTP (PGP), laboratorio di analisi genomiche applicate al settore agroalimentare, della bio_economia, della medicina translazionale e della genetica umana. La Carta dei Servizi è ritenuto lo strumento che permette la tutela dei diritti degli utenti che usufruiscono di tali servizi ed il suo obiettivo è quello di illustrare alla nostra utenza l’offerta della PGP e le modalità di fruirne in modo ottimale. Pagina 3 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it La Carta dei Servizi è uno strumento che attribuisce al cliente/utente la possibilità di momenti di controllo effettivo sui servizi erogati e sulla loro qualità. Il fine è quello di perseguire la soddisfazione del Cliente nell’ambito del miglioramento continuo, con l’evidenza documentata delle caratteristiche organizzative della qualità dei servizi erogati dal Laboratorio e con la possibilità, per l’utente, di poter inoltrare reclami di disservizi, in maniera da risolverli tempestivamente. La PGP si impegna ad indicare, per ogni indagine effettuata, il metodo con cui è stato eseguita. Al fine di assicurare l'obbligo di controllo della qualità delle prestazioni erogate (D.L. 517/93), la PGP partecipa a programmi di valutazione esterna di qualità per tutte le tipologie di analisi. La PGP si impegna a rendere pubbliche le tariffe delle analisi erogate mettendo a disposizione dei clienti/utenti l'elenco delle prestazioni con i relativi prezzi. La PGP persegue come obiettivo il raggiungimento di un elevato livello di informatizzazione ed automazione delle apparecchiature per ottenere riscontri analitici sempre più precisi e riproducibili. La PGP è dotata di un generatore di corrente che consente l'espletamento del lavoro, senza interruzione, anche in caso di black‐out elettrico. La PGP ha attivato apposite procedure per la tutela della privacy e del segreto professionale. LA PGP si impegna a diffondere la presente "Carta dei Servizi" presso i propri clienti/utenti mediante pubblicazione nel sito web www.ptp.it. I PRINCIPI FONDAMENTALI DELL'EROGAZIONE DEI SERVIZI DELLA PGP L'erogazione dei servizi da parte della PGP si uniforma progressivamente ai seguenti principi, sanciti dalla direttiva del Presidente del Consiglio dei Ministri del 27 gennaio 1994: ‐ eguaglianza: i servizi sono erogati secondo regole uguali per tutti a prescindere da sesso, razza, lingua, religione, opinione politiche. L'uguaglianza va intesa come divieto di ogni ingiustificata discriminazione e non, invece, quale uniformità delle prestazioni sotto il profilo delle condizioni personali e sociali ‐ imparzialità: nell'erogazione del servizio; verso gli utenti deve essere tenuto un comportamento obiettivo, imparziale, neutrale; ‐ continuità: i servizi sono erogati con continuità nel tempo; ‐ diritto di scelta: ove sia consentito dalla legislazione vigente, l'utente ha diritto di scegliere il soggetto erogatore del servizio di suo gradimento; ‐ partecipazione: al cliente/utente è garantita la partecipazione alla prestazione del servizio. Il diritto di accesso è esercitato secondo le modalità disciplinate dalla normativa vigente e dal regolamento adottato dalla Struttura. ‐ efficienza ed efficacia: il servizio deve essere reso in modo da garantire l'efficienza e l'efficacia; la PGP adotta le misure idonee al raggiungimento di tali obiettivi. La PGP opera nel principio della massima precisione nel più breve tempo possibile, fornendo un servizio all’avanguardia con l’utilizzo di strumentazioni tecnologicamente avanzate per la Pagina 4 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it realizzazione di analisi diagnostiche applicate al settore agroalimentare, alla bio_economia, alla medicina translazionale e alla genetica umana. GESTIONE SERVIZI ANALISI DIAGNOSTICA MOLECOLARE I clienti/utenti che intendono effettuare analisi presso la PGP possono sottomettere una richiesta mediante: ‐ posta elettronica inviando E‐mail al seguente indirizzo [email protected] ‐ fax inviando messaggio allo 03714662217 alla C.A. Dr.ssa Valentina Gualdi Presi i contatti iniziali viene inviata una Scheda Progetto (MD17 ‐ MD96) o un Accordo Tecnico, con relativa offerta e una descrizione delle analisi che saranno realizzate, gli operatori coinvolti, le tempistiche previste per il completamento del Progetto ed i relativi costi di realizzazione, le modalità e i tempi di conservazione dei campioni e delle registrazioni relative alle analisi. La Scheda Progetto o l’Accordo Tecnico si intendono sottoscritti al ricevimento della stessa con la firma del cliente per approvazione via Fax o via E‐mail o al ricevimento di un Buono d’Ordine o altra forma di accettazione scritta da parte del cliente/utente. L'invio dei campioni unitamente ad un foglio di richiesta analisi si intende come richiesta effettiva di esecuzione dei protocolli citati nell'offerta o nella presente Carta dei Servizi alle condizioni ivi riportate. SISTEMA INFORMATICO della PGP La PGP è dotata di un sistema computerizzato in rete locale (attualmente 12 postazioni più il Server) per garantire il monitoraggio continuo delle attività di laboratorio e interazione tra gli operatori e le divisioni interne (Amministrazione, Direzione). Il Sistema Informatico, è dotato di un software LIMS (Laboratory Integrated Management System) di ultima generazione che gestisce le fasi di accettazione, realizzazione analisi, l’archivio dei dati, la refertazione e le statistiche al fine di ridurre al minimo gli errori di natura umana. La gestione amministrativa degli ordini (archiviazione Buono d’Ordine o altra forma di accettazione) e la fatturazione vengono effettuate dall’amministrazione del PTP secondo le modalità e i tempi indicati nelle note contrattuali se non diversamente specificato nella Scheda Progetto/Accordo Tecnico. ORGANIZZAZIONE INTERNA dei LABORATORI All'interno della struttura della PGP sono stati identificati i 3 seguenti laboratori con spazi, apparecchiature, personale e flussi di lavoro dedicati: 9 Laboratorio di Genetica Umana ‐ svolge analisi di biologia molecolare e Next Generation Sequencing su campioni di origine umana. 9 Laboratorio Servizi Agroalimentare ‐ svolge analisi di biologia molecolare su campioni di origine animale, vegetale e loro derivati. 9 Laboratorio Genhome ‐ svolge analisi di Next Generation Sequencing su campioni di origine animale, vegetale e loro derivati. Pagina 5 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it Oltre ai laboratori dedicati sono disponibili locali per l'accettazione dei campioni, locali uffici e archivio e locali per la pulizia e la disinfezione dei materiali utilizzati. Pagina 6 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it PERSONALE PGP La PGP si avvale di personale altamente qualificato composto da biologi, medici, medici veterinari, biotecnologi, tecnologi alimentari bioinformatici e tecnici specialisti che annualmente seguono un piano di addestramento e formazione per l’aggiornamento professionale. Di seguito vengono riportati i nominativi dei Responsabili dei Laboratori della PGP e del personale ad essi dedicato: Dott.ssa Valentina Gualdi ‐ Responsabile Piattaforma Genomica e Responsabile Laboratorio Servizi Agroalimentari Dott.ssa Sara Botti‐ Responsabile Sanitario Laboratorio Genetica Umana Dott.ssa Chiara Ferrandi ‐ Responsabile Laboratorio Genetica Umana e Genhome Dott.ssa Chiara Gorni ‐ Tecnico di laboratorio ‐ Laboratorio di Genetica Umana Dott.ssa Valeria Rizzi ‐ Tecnico di laboratorio ‐ Lab. Servizi Agroalimentari Dott.ssa Debora Agisti ‐ Tecnico di laboratorio ‐ Laboratorio di Genetica Umana Dott.ssa Paola Ramelli ‐ Tecnico di laboratorio ‐ Lab. Servizi Agroalimentari e Lab. Genhome Maria Cecere ‐ Tecnico di laboratorio ‐ Lab. Servizi Agroalimentari e Lab. Genhome GESTIONE RECLAMI Come da procedura di qualità i clienti/utenti della PGP che desiderino esprimere le loro osservazioni ed eventuali reclami possono farlo mediante: - posta elettronica inviando E‐mail al seguente indirizzo [email protected] - fax inviando messaggio allo 03714662217 alla C.A. Dr.ssa Valentina Gualdi (Responsabile Qualità e Responsabile Piattaforma Genomica). La Direzione della PGP esegue una valutazione tecnica delle analisi realizzate ed identificate le eventuali cause di non conformità e le responsabilità, apportando un’azione correttiva. Il Responsabile Qualità provvede a contattare l’utente entro e non oltre 3 giorni lavorativi dall’inoltro del reclamo, indicando i tempi necessari per la risoluzione del problema. Tutte le attività inerenti i reclami dall’inoltro delle azioni correttive, vengono registrate ed archiviate assieme a tutti i documenti tecnici generati per risolvere la non conformità individuata. SERVIZI DI ANALISI DIAGNOSTICA MOLECOLARE OFFERTI dalla PGP MODALITA' di INVIO CAMPIONI I campioni da sottoporre ad analisi possono essere inviati alla PGP tramite posta/corriere oppure possono essere consegnati (dal Lunedì al venerdì dalle ore 8.00 alle ore 17.30) direttamente dagli utenti al personale della PGP al presente indirizzo: Parco Tecnologico Padano Lab. Piattaforma Genomica Pagina 7 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it Via Einstein Loc. Cascina Codazza 26900 LODI ITALIA Vista l' eterogenea natura dei servizi offerti dalla PGP, i quantitativi di campioni richiesti al cliente vengono stabiliti all'interno delle singole schede progetto sulla base della tipologia di analisi a cui il campione deve essere sottoposto. All'interno della Scheda progetto (MD17 o MD96) vengono anche definite le modalità di invio del campione da sottoporre ad analisi da parte del cliente. In particolare sono indicati i quantitativi minimi di campione che il cliente deve inviare al fine di effettuare l'analisi richiesta e le indicazioni delle condizioni di trasporto e/o conservazione. Per quanto riguarda le condizioni di trasporto e/o conservazione dei campioni da sottoporre ad analisi, vengono anch'esse stabilite all'interno delle singole schede progetto, ma in linea generale viene richiesto di inviare congelati e/o refrigerati i campioni di materiale vegetale fresco ed i campioni di acidi nucleici/prodotti di amplificazione, mentre per quanto riguarda i campioni di alimenti, viene richiesto di rispettare la temperatura di conservazione del campione originario. Se non diversamente specificato nelle Schede progetto si possono considerare valide le seguenti indicazioni: Matrice Applicazione Quantità minima Modalità di conservazione DNA o amplificato di PCR 50 ng ‐20°C +/‐ 3°C PCR qualitativa/quantitativa; sequenziamento Matrice vegetale fresca Estrazione DNA/RNA 5 grammi +5 +/‐ 3°C Matrice vegetale Estrazione DNA/RNA 1 grammo T. ambiente essicata/estratto Sementi e derivati Estrazione DNA/RNA 100 grammi; 3000 semi T. ambiente per MP_PGP004 e 005 secondo metodo ENSE Alimenti Estrazione DNA/RNA 50 grammi Condizione di conservazione prevista dall'alimento Tamponi ambientali Estrazione DNA/RNA 1 tampone +5 +/‐ 3°C Tamponi buccali Estrazione DNA/RNA 2 tamponi T. ambiente Per i servizi di Next Generation Sequencing, se non diversamente specificato nelle Schede Progetto, si intendono valide le seguenti indicazioni: Pagina 8 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Total RNA‐Seq RNA RNA‐Seq Total "lite" RNA RiboMin
us RNA‐
Seq miRNA Total RNA Total RNA RNA‐Seq from CDNA cDNA Genome
, whole reseque
ncing Exome Capture gDNA gDNA MeDIP gDNA Amplico
n PCR product
s ChIP'ed ChIP DNA Construc
ted Libraries library 10 ug 100 ng 5 ug 5 ug 100 ng 5 ug 2 ug 2 ug 100 ng other Additional info Quality value Method of Quality assessment Method of Quantification Accepted Buffer 2.5 ug 10 ug for plant >50 ng/uL (volume 10mM 10‐60uL) Tris,TE Agilent Agilent Bioanalyzer,
Bioanalyzer, RNA nano RNA nano chip chip 15 ng >5 ng/uL (volume ≥3uL) 10mM Tris,TE Agilent Agilent Bioanalyzer, Bioanalyzer, RNA nano RNA nano chip chip RIN > 7, 28S/18S greater that 1.6 1.2 ug >25 ng/uL (volume ≥10uL) 10mM Tris,TE Agilent Agilent Bioanalyzer, Bioanalyzer, RNA nano RNA nano chip chip RIN > 7, 28S/18S greater that 1.6 1.2 ug >250 ng/uL (volume ≥ 4uL) 10mM Tris,TE Agilent Agilent Bioanalyzer, Bioanalyzer, RNA nano RNA nano chip chip RIN > 7, 28S/18S greater that 1.6 10 ng >300 pg/uL 10mM Tris,TE Quant‐iT dsDNA HS Assay Agilent DNA chip correct size 2.5 ug >40 ng/uL (volume 10‐40uL) 10mM Tris,TE Quant‐iT dsDNA HS Assay Nanodrop intact in agarose gel 1.2 ug >40 ng/uL (volume 10‐40uL) 10mM Tris,TE Quant‐iT dsDNA HS Assay Nanodrop intact in agarose gel 1.2 ug >40 ng/uL (volume 10‐40uL) 10mM Tris,TE Quant‐iT dsDNA HS Assay Nanodrop intact in agarose gel >1 ng/uL 10mM Tris,TE Nanodrop correct size A260/280 should be 1.8‐
2.0 , A260/230 should be close to 2 A260/280 should be 1.8‐
2.0 , A260/230 should be close to 2 A260/280 should be 1.8‐
2.0 , A260/230 should be close to 2 A260/280 should be 1.8‐
2.0 , A260/230 should be close to 2 A260/280 should be 1.8‐
2.0 , A260/230 should be close to 2 A260/280 should be 1.8‐
2.0 , A260/230 should be close to 2 A260/280 should be 1.8‐
2.0 , A260/230 should be close to 2 A260/280 should be 1.8‐
2.0 , A260/230 should be close to 2 A260/280 should be 1.8‐
2.0 , A260/230 should be close to 2 NA 10mM Tris,TE PAGE if possible NA Agilent DNA chip Expected size range 50 ng 5 ‐ 10 ng NA 20 nM; 20 ul Concentration Minimum amount Recommended submission amount Starting material Sequencing Type requested Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it 10 nM; 20 ul > 10 nM 10mM Tris,TE Quant‐iT dsDNA HS Assay Quant‐iT dsDNA HS Assay Quant‐iT dsDNA HS Assay Pagina 9 di 23
RIN > 7, 28S/18S greater that 1.6 DNase digestion strongly recommended DNase digestion strongly recommended DNase digestion strongly recommended DNase digestion strongly recommended Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it LABORATORIO SERVIZI AGROALIMENTARE La PGP offre i seguenti servizi di analisi molecolari/genomiche applicate al settore agroalimentare: Identificazione specie animali in prodotti alimentari Clienti/utenti: GDO, Industria trasformazione carne, Industria trasformazione latte e derivati, Industria conserviera, Laboratori di analisi, Enti di Certificazione, Istituzioni pubbliche. In numerosi preparati carnei, la lavorazione del prodotto (hamburger, svizzera, insaccati) è tale da rendere quasi impossibile l’identificazione della specie animale impiegata dal punto di vista fenotipico/organolettico. Le metodiche basate sull’ analisi del DNA permettono di identificare l’origine delle carni utilizzate ed evitare che avvengano delle frodi, come la sostituzione intenzionale di una carne pregiata con una carne di minor pregio e valore. Metodi qualitativi di identificazione di 6 specie animali (bovino, suino, cavallo, tacchino, pollo, bufalo) basati sulla PCR sono stati implementati sulla Piattaforma Genomica. Tali metodi potranno essere resi anche quantitativi a seguito di una messa a punto da realizzarsi su richiesta del cliente. Su richiesta del Cliente sarà comunque possibile sviluppare metodi per l'identificazione tramite PCR e/o sequenziamento di altre specie animali. Tempistica realizzazione Analisi: 5 giorni lavorativi dal ricevimento del/dei campione/i; opzionale su richiesta servizio Fast data (3 gg. lavorativi) Costo analisi: identificazione della specie suino identificazione della specie bovina identificazione della specie equina identificazione della specie pollo identificazione della specie tacchino Identificazione delle specie bufalo Maggiorazione servizio Fast data 55 euro 55 euro 55 euro 55 euro 55 euro 55 euro 20 euro identificazione della specie con tecnica PCR qualitativa
MP_PGP010 identificazione della specie con tecnica PCR qualitativa
MP_PGP001 identificazione della specie con tecnica PCR qualitativa
MP_PGP011 identificazione della specie con tecnica PCR qualitativa
MP_PGP012 identificazione della specie con tecnica PCR qualitativa
MP_PGP013 identificazione della specie con tecnica PCR qualitativa
MP_PGP028 Costo per singolo campione Identificazione delle specie ittiche Clienti: GDO, Industria trasformazione ittica, Industria conserviera, Laboratori di analisi, Enti di Certificazione, Istituzioni pubbliche. Pagina 10 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it Metodo per identificare le diverse specie ittiche La sostituzione intenzionale o accidentale di specie ittiche di elevato pregio commerciale con specie di minor valore, oppure di specie ittiche velenose, rappresenta oggi una problematica di grande importanza nel settore del controllo degli alimenti. Molte specie sono, infatti, processate fino al punto da perdere totalmente o parzialmente le caratteristiche distintive, quali testa, pinne, organi interni, pelle e non sono più riconoscibili sulla base di semplici criteri morfologici, aumentando così le opportunità di sostituzioni e adulterazioni. Nel caso di pesci interi è abbastanza semplice, quindi, procedere all’identificazione macroscopica, mentre per i prodotti lavorati l’identificazione su base molecolare è l’unica che, in determinati casi, può discriminare correttamente specie con masse muscolari dotate di caratteristiche morfologiche e cromatiche molto simili. In questo contesto, l’analisi del DNA può essere usata per distinguere tra loro le diverse specie ittiche. Si riportano a titolo di esempio alcune delle ricerche condotte presso il PTP sull’argomento. Nel caso del tonno sono stati disegnati test per la distinzione delle varie specie di tonno in scatola: • E’ stato costruito un database di sequenze di DNA del genere Sgombroidi per analizzare la variabilità a livello di specie. • E’ stato disegnato un saggio sulle sequenze del DNA mitocondriale in grado di discriminare varie specie del genere Sgombroidi. • Il test molecolare messo a punto consente una buona discriminazione delle specie del genere Sgombroidi. Si è poi proceduto ad affinare ulteriormente il test in modo da permettere una distinzione per tutte le seguenti specie: Thunnus tynnus (Tonno rosso), Thunnus alalunga (Tonno alalunga), Thunnus albacares (tonno a pinne gialle), Thunnus tonggol (Tonno indopacifico), Thunnus atlanticus (Tonno atlantico), Thunnus orientalis (Tonno orientale), Thunnus obesus (Tonno obeso), Thunns maccoyii (Tonno australe), Euthynnus alletteratus (Tonnetto o Alletterato), Katsuwonus pelamis (Tonnetto striato), Sarda sarda (Palamita), Auxis rochei rochei (Biso o Tombarello), Auxis thazard thazard (Biso tropicale), Scomber scombrus (Sgombro), Scomber japonicus (Lanzardo o sgombro occhione), Scomber colias (Lanzardo o sgombro occhione), Scomber australasicus (Sgombro australe). Tempistica realizzazione Analisi: 5 giorni lavorativi dal ricevimento del/dei campione/i; opzionale su richiesta servizio Fast data (3 gg. lavorativi) Costo analisi: 70,00€/campione Metodo di prova l’identificazione di specie ittiche – Famiglia sgombridae Metodo di prova l’identificazione di specie ittiche mediante PCR e 70 euro identificazione della specie con tecnica PCR + sequenziamento MP_PGP022 70 euro identificazione della specie con tecnica PCR + sequenziamento MP_PGP025 Pagina 11 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it sequenziamento di geni target Maggiorazione servizio Fast data 20 euro Costo per singolo campione Controlli OGM su prodotti di origine vegetale Clienti/utenti: Mangimistiche, consorzi allevatori, Consorzi agrari, Cooperative agricole, Consorzi di tutela di prodotti tipici, Sementieri, Vivaisti, GDO, Industria conserviera, Industria trasformazione cereali e derivati, Laboratori di analisi, Enti di Certificazione, Istituzioni pubbliche, Associazioni di categoria. Normativa Vigente Per pianta transgenica s’intende una pianta il cui materiale genetico è stato modificato cioè è stato trasferito nel suo genoma un gene estraneo proveniente da un organismo lontano, quale un virus, un animale o un’altra pianta, attraverso le tecniche dell’ingegneria genetica. Le piante transgeniche di potenziale interesse economico possono essere raggruppate in diverse categorie: piante tolleranti agli erbicidi, piante resistenti ai parassiti, ai virus, ai funghi, piante modificate nella fertilità o nella maturazione dei frutti o con effetti sulla qualità del prodotto – per esempio, con modifiche nella composizione degli oli, del contenuto in carotenoidi o del metabolismo degli zuccheri. Le piante OGM sono già molto diffuse nel mondo e comunque in rapida crescita: mais, cotone, colza, papaya, patata, soia, melone, pomodoro, tabacco, radicchio, riso e zucca. In Europa e in Italia esistono una serie di OGM che possono essere commercializzati (soia, mais, colza, radicchio e tabacco) fatto salvo l’obbligo di riportare in etichettatura la presenza di OGM nel caso il loro contenuto superi la soglia del 0,9% riferita al singolo ingrediente. Tale soglia vale sia sul FOOD che sul FEED. Ovviamente tutti gli altri vegetali OGM ora diffusi nel resto del mondo non possono essere commercializzati da noi. Inoltre, per quanto riguarda la semente per la semina, al momento la legge ribadisce la ‘tolleranza zero’, cioè non è ammesso nessun tipo di contaminazione accidentale. L’analisi del DNA distingue e riconosce i vegetali naturali da quelli geneticamente modificati andando a ricercare nel loro DNA elementi che sono comuni alla maggior parte degli OGM: il promotore 35S e il terminatore NOS. Il test del DNA viene dunque applicato: • per effettuare uno screening generico su tutti i tipi di vegetali verificando la presenza/assenza di sequenze geniche comuni nella maggior parte degli OGM (test del promotore 35S e del terminatore NOS) • per ricercare la presenza di eventi specifici quali la soia Roundup Ready oppure i mais Bt11, Bt176, LibertyLink e YieldGard Le analisi di diagnostica OGM realizzate presso la PGP sono di due tipi: • PCR qualitativa che verifica la presenza/assenza dell’OGM. Il test è applicabile a tutti i vegetali e derivati. Si rileva la presenza di OGM mediante lo screening del promotore 35S e del terminatore NOS. Nel caso particolare della soia, del mais e loro derivati l'analisi può Pagina 12 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it essere estesa alla ricerca dell'evento specifico di trasformazione: soia Roudup Ready, mais Bt11, Bt176, LibertyLink e YealdGard. •
PCR quantitativa Real Time che, oltre a identificare la presenza dell’OGM, ne determina anche la quantità, cioè la percentuale riferita al singolo ingrediente presente nell’alimento. L'analisi quantitativa può essere applicata alla soia, al mais e ai loro derivati. Essa permette di quantificare la percentuale di OGM riferita al singolo ingrediente. Nel caso dei controlli sulle sementi di mais e soia viene applicato il metodo ENSE secondo quanto previsto dal Decreto Ministeriale 27/11/2003 G.U.R.I. del 03/12/2003. Questo prevede una doppia estrazione del DNA cui segue analisi quantitativa in triplicato da ciascuna estrazione; il risultato dell’analisi viene quindi espresso, per approssimazione alla prima cifra decimale, come media delle 6 repliche e viene ritenuto valido se il coefficiente di variazione non supera il 30%. Alla luce delle nuove disposizioni legislative sull’etichettatura, test del DNA per rintracciare la presenza di OGM sono richieste principalmente su sementi e sfarinati di soia e mais. I test del DNA possono anche essere applicati su matrici trasformate (es. mangimi, biscotti, amido di mais, latte di soia) come pure ad altre specie vegetali (es. pomodoro, zucchino, patata, frumento, colza) che siano state geneticamente modificate o contengano ingredienti derivati da organismi geneticamente modificati. I metodi di prova per la ricerca qualitativa degli eventi NOS (MP_PGP003) e CAMV 35S (MP_PGP002), dei geni endogeni mais (MP_PGP008), soia (MP_PGP009), cloroplasto (MP_PGPP06) e pomodoro (MP_PGP006) e i metodi di prova per la ricerca quantitativa di mais e soia OGM (MP_PGP004 e MP_PGP005) sono stati accreditati. Per l'elenco aggiornato delle prove accreditate ACCREDIA consultare il sito www.accredia.it. Numero di Accreditamento del Laboratorio PGP: n° 1002, Data del primo accreditamento: 16/12/2009. Tempistica realizzazione Analisi: 5 giorni lavorativi dal ricevimento del/dei campione/i; su espressa richiesta del cliente, modalità Fast Data, 36 ore dal ricevimento campioni (max. 12 campioni) con maggiorazione di 20,00 €/campione. Costo analisi: Organismi geneticamente modificati: ricerca qualitativa MP_002; MP_003; MP_006; MP_007; MP_008; MP_009 Analisi del DNA (PCR qualitativa): il test è applicabile a tutti i vegetali e derivati. Si rileva la presenza di OGM mediante 60 euro lo screening del promotore 35S o del terminatore NOS più ricerca di un gene endogeno (es. MP_PGP002 + MP_PGP008 oppure MP_PGP003 + MP_PGP009) Organismi geneticamente modificati: ricerca quantitativa – metodo ENSE MP_004; MP_005 Analisi del DNA (PCR Real Time): l'analisi quantitativa può essere applicata alla soia, al mais e ai loro derivati. Essa 85 euro permette di quantificare la percentuale di OGM riferita al singolo ingrediente Pagina 13 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it Organismi geneticamente modificati: ricerca quantitativa – metodo non ENSE MP_004; MP_005 Analisi del DNA (PCR Real Time): l'analisi quantitativa può essere applicata alla soia, al mais e ai loro derivati. Essa 70 euro permette di quantificare la percentuale di OGM riferita al singolo ingrediente Analisi rispondenza varietale specie orticole, fruttifere, ornamentali Clienti: Sementieri e Vivaisti, Enti di Certificazione, Istituzioni pubbliche, Industrie alimentari Nel settore sementiero e vivaistico si parla spesso di ‘identificazione varietale’, ovvero del riconoscimento e della distinzione delle singole varietà presenti all’interno di ogni specie coltivata. Esistono, a questo proposito, principalmente due categorie di metodi per l’identificazione, quelli basati sull’analisi del fenotipo della pianta e quelli basati sull’analisi del genotipo della pianta. L’analisi del fenotipo consiste nel rilevare i caratteri morfologici, fenologici ed agronomici della pianta e questo solitamente viene fatto compilando le schede pomologiche. Sebbene questo tipo di analisi sia fondamentale ai fini dell’identificazione varietale, essa comunque presenta alcuni limiti. Per questo si è sentita la necessità di affiancare all’analisi del fenotipo, quella del genotipo (fingerprinting), basata essenzialmente sull’analisi del DNA delle piante con tecniche quali, microsatelliti, SNPs e sequenziamento del DNA. Le analisi di fingerprinting del DNA permettono di distinguere e riconoscere in modo preciso e riproducibile ogni singola varietà vegetale. Il test di fingerprinting viene dunque applicato per: 9 effettuare i controlli di rispondenza su piante, semi, materiali derivati da micro‐
propagazione, fiori moltiplicati dai vivaisti verificando la corretta etichettatura del materiale moltiplicato 9 risolvere controversie commerciali, ovvero casi di sinonimia e omonimia. 9 effettuare il ‘fingerprinting’ delle nuove varietà in fase di registrazione o brevettazione delle stesse. Disporre infatti di una serie di profili del DNA (codice a barra del DNA) per la nuova varietà permette al costitutore di cautelarsi da eventuali frodi che possono essere commesse da terzi nei suoi confronti. 9 effettuare, nel settore sementiero, test di comparazione (verifica se due o più campioni sono riconducibili alla stessa varietà o meno) e test di omogeneità/purezza Il 23 Aprile 2009 la Piattaforma Genomica del PTP ha ottenuto l’ Accreditamento Ministeriale ‐ Decreto n. 3973 ‐ ai sensi dell'art. 3 del D.P.R. 21.12.96 n. 697 e del D.P.R. 21.12.96 n. 698, e dell'art. 10 D.lgs. 151/2000 e relativi decreti attuativi: decreti 14.04.97, decreto 9 agosto 2000 per l’effettuazione delle analisi per l’accertamento della rispondenza varietale per le seguenti categorie di materiali: ‐ piantine ortive e relativi materiali di moltiplicazione; ‐ piante da frutto e relativi materiali di moltiplicazione; ‐ materiali di moltiplicazione delle piante ornamentali; Pagina 14 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it Test di omogeneità mediante analisi del 20,00 €/piantina 5 giorni lavorativi DNA con tecnica da analizzare fingerprint Test di comparazione mediante analisi del 120,00 € DNA con tecnica fingerprint 5 giorni lavorativi Analisi di pedigree mediante analisi 120,00 € fingerprint del DNA 5 giorni lavorativi Analisi di identificazione varietale mediante 120,00 € analisi fingerprint del DNA 5 giorni lavorativi Analisi del DNA di campioni di semente di un ibrido (es. di mais, pomodoro) il numero di semi da analizzare e’ solitamente pari a 100) si calcola la % di fuoritipo (outcross) Tariffa da intendersi sulla base di ogni campione analizzato; analisi di fingerprint del DNA per mettere a confronto due o più piante e verificare se le stesse sono riconducibili allo stesso genotipo o diverse tra loro. Tale test viene applicato per:
‐effettuare controlli di rispondenza varietale
‐ risolvere controversie commerciali (varietà registrate) ‐ protezione, valorizzazione di varietà brevettate, registrate,e/o certificate Tariffa da intendersi sulla base di ogni campione analizzato; analisi di fingerprint del DNA per definire il pedigree di una varietà; tale test viene realizzato su tre campioni: i due parentali impiegati nell’incrocio e la varietà da essi derivata Le analisi di fingerprint del DNA: permettono di identificare in modo univoco una specifica varietà; tale test viene applicato per‐ protezione, valorizzazione di varietà brevettate, registrate, e/o certificate e tracciabilità in prodotti processati I prezzi sopra descritti sono da considerarsi indicativi (prezzi minimi applicati). Per alcune specie vegetali (pomodoro, orzo, frumento, fagiolo, girasole, barbabietola, aglio, tasso, echinacea, riso, vite, patata) presso la PGP sono già stati sviluppati e validati dei set dei marcatori molecolari (marcatori SSR/SNPs) che possono essere direttamente impiegati per le analisi sopra‐descritte. La lista delle specie già studiate è in continua evoluzione; per qualsiasi altra specie di potenziale interesse del cliente la fase propriamente analitica viene preceduta da uno studio di fattibilità (ricerca bibliografica, messa a punto dei marcatori e validazione su campioni di riferimento noti, verifica di applicabilità del metodo alla matrice di interesse del cliente); i costi di tale fase di sviluppo variano per ciascuna tipologia di richiesta e vengono quotati a seguito di ogni singola richiesta). SERVIZIO DI IDENTIFICAZIONE VARIETALE DI CAMPIONI DI VITE – VITE‐ID Clienti:, centri di ricerca pubblici e privati, Laboratori di analisi, Enti di Certificazione, Istituzioni pubbliche. Il Servizio di Identificazione Varietale di campioni di vite (ID‐VITE) viene offerto dalla PGP in collaborazione con il CRA‐ Centro di ricerca per la viticoltura – di Conegliano (TV) – referente Dott.ssa Manna Crespan. Pagina 15 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it Il CRA‐VIT ha maturato una grande esperienza nel settore dell’ampelografia, disciplina che descrive, identifica e caratterizza le varietà di vite; attraverso collaborazioni sia a livello nazionale che internazionale ha messo a punto di un set di marcatori molecolari SSR che consentono di identificare in modo rapido ed univoco una specifica varietà di vite; il CRA‐VIT ha costituito ed arricchito progressivamente il proprio database con i profili molecolari di centinaia di vitigni. A partire dal 2007 tra CRA‐VIT e PGP si e’ stabilita una proficua collaborazione che ha consentito di sviluppare presso la PGP un metodo di fingerprinting varietale in vite impiegando un pannello di 11 microsatelliti sufficienti per identificare un vitigno con una probabilità di identità pari a 7,3 x 10‐
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. L’iter analitico prevede che la PGP svolga le analisi sul campione incognito il cui profilo di fingerprinting (marcatori SSR) viene poi elaborato dal CRA‐VIT (che riceve i dati grezzi) e li confronta con il proprio data base per identificarne la varietà. Costo del servizio: 150,00 €/campione. Tempo esecuzione analisi e refertazione: 5 gg. lavorativi dal ricevimento campioni SERVIZIO DI IDENTIFICAZIONE VARIETALE DI CAMPIONI DI RISO – RICE‐ID Clienti: ditte sementiere riso, Industria trasformazione riso, Laboratori di analisi, Enti di Certificazione, Istituzioni pubbliche. Il Servizio di Identificazione Varietale di campioni di riso (RICE‐ID) viene offerto dalla PGP ed è stato implementato grazie alla collaborazione con la Sezione di Ricerca di Genomica del Riso del Parco Tecnologico Padano. Il metodo si applica a campioni di riso, risone, riso integrale, farine di riso, riso pre‐cotto o altri prodotti alimentari a base di riso in cui sia possibile estrarre DNA analizzabile con metodologie PCR. Il metodo si basa sull’amplificazione di un set di 24 marcatori molecolari SSR e consente di identificare se nel campione è presente un’unica varietà o una miscela di due o più varietà. Nel caso di presenza di un’unica varietà, il profilo ottenuto per il campione in esame viene confrontato con quello delle 400 varietà di riso (sottospecie indica e japonica) presenti nella banca dati del DNA (RICLASS) della PGP al fine dell’identificazione della varietà incognita. Nel caso di presenza di due o più varietà in miscela l'analisi può essere approfondita su semi singoli al fine dell'identificazione delle singole varietà presenti in miscela. Il Metodo di Prova MP_PGP017 (Richiesta Servizio RICE‐ID) è stato oggetto di accreditamento. Per l'elenco aggiornato delle prove accreditate ACCREDIA consultare il sito www.accredia.it. Numero di Accreditamento del Laboratorio PGP: n° 1002, Data del primo accreditamento: 16/12/2009. Costo del servizio: 200,00 €/campione. Se campione in miscela, analisi successiva su seme singolo: 200,00 €/campione Tempo esecuzione analisi e refertazione: 5 gg. lavorativi dal ricevimento campioni SERVIZIO DI IDENTIFICAZIONE VARIETALE DI CAMPIONI DI RISO – DISTINZIONE tra VATIETA' CARNAROLI/KARNAK Pagina 16 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it Clienti: ditte sementiere riso, Industria trasformazione riso, Laboratori di analisi, Enti di Certificazione, Istituzioni pubbliche. Il Servizio di Identificazione Varietale di campioni di riso (RICE‐ID) non consente di distinguere tra le varietà Carnaroli/Karnak. Al fine della distinzione tra queste due varietà è necessaria una successiva analisi di minisequenziamento SNaPshot. ‐ servizio Karnak‐ID Costo del servizio: 80,00 €/campione Metodo di Prova MP_PGP026 Se campione in miscela, analisi successiva su seme singolo: 200,00 €/campione Tempo esecuzione analisi e refertazione: 5 gg. lavorativi dal ricevimento campioni SERVIZIO DI IDENTIFICAZIONE VARIETALE DI CAMPIONI DI RISO BASMATI – BASMATI ‐ ID Clienti: GDO, Industria trasformazione riso, Laboratori di analisi, Enti di Certificazione, Istituzioni pubbliche. Il Servizio di Identificazione Varietale di campioni di riso Basmati (BASMATI‐ID) viene offerto dalla PGP ed è stato implementato grazie alla collaborazione con la Sezione di Ricerca di Genomica del Riso del Parco Tecnologico Padano. Il metodo di applica a campioni di riso, risone, riso integrale, farine di riso, riso pre‐cotto o altri prodotti alimentari a base di riso in cui sia possibile estrarre DNA analizzabile con metodologie PCR. Il metodo si basa sull’amplificazione di un set di 24 marcatori molecolari SSR (più eventuali altri 5 SSRs) e consente di identificare se nel campione è presente un’unica varietà o una miscela di due o più varietà. Nel caso di presenza di un’unica varietà, il profilo ottenuto per il campione in esame viene confrontato con il profilo delle varietà di riso Basmati (varietà autorizzate nella UE e non autorizzate) presenti nella banca dati del DNA (RICLASS) della PGP al fine dell’identificazione della varietà incognita. Nel caso di presenza di due o più varietà in miscela l'analisi può essere approfondita su semi singoli al fine dell'identificazione delle singole varietà presenti in miscela. Il Metodo di Prova MP_PGP017 (Richiesta Servizio BASMATI‐ID) è stato oggetto di accreditamento. Per l'elenco aggiornato delle prove accreditate ACCREDIA consultare il sito www.accredia.it. Numero di Accreditamento del Laboratorio PGP: n° 1002, Data del primo accreditamento: 16/12/2009. Costo del servizio: 200,00 €/campione. Se campione in miscela, analisi successiva su seme singolo: 200,00 €/campione Tempo esecuzione analisi e refertazione: 5 gg. lavorativi dal ricevimento campioni SERVIZIO DI QUANTIFICAZIONE DI VARIETA' di RISO CONTAMINANTI IN CAMPIONI DI RISO BASMATI – BASMATI‐
QUANT Pagina 17 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it Clienti: GDO, Industria trasformazione riso, Laboratori di analisi, Enti di Certificazione, Istituzioni pubbliche. Il Servizio di Quantificazione di varietà di riso contaminanti in campioni di Riso Basmati (BASMATI‐
QUANT) viene offerto dalla PGP ed è stato implementato grazie alla collaborazione con la Sezione di Ricerca di Genomica del Riso del Parco Tecnologico Padano. Il metodo di applica a campioni di riso, risone, riso integrale, farine di riso, in cui sia possibile estrarre DNA analizzabile con metodologie PCR. Il metodo consente di rilevare e quantificare la % di contaminazione da 4 varietà di Riso Basmati (Superfine, Sherbati, Pak386 o Mugad Sughanda) non ammesse alla commercializzazione in Europa in una qualsiasi delle altre 20 varietà ammesse. Il metodo si basa sull’amplificazione di uno specifico marcatore molecolare SSR e consente di quantificare la presenza del contaminante come previsto dalla normativa di riferimento (Reg. CE 972/2006). Il Metodo di Prova MP_PGP018 (Richiesta Servizio QUANT‐ID) è stato oggetto di accreditamento. Per l'elenco aggiornato delle prove accreditate ACCREDIA consultare il sito www.accredia.it. Numero di Accreditamento del Laboratorio PGP: n° 1002, Data del primo accreditamento: 16/12/2009. Costo del servizio: 400,00 €/campione. Identificazione di ceppi batterici e fungini Clienti: GDO, Industria trasformazione carne, Industria trasformazione latte e derivati, Industria conserviera, altre industrie alimentari, Laboratori di analisi, Enti di Certificazione, Istituzioni pubbliche. La tassonomia delle specie batteriche e fungine è in continua evoluzione e le classificazioni basate su tecniche molecolari di sequenziamento di regioni del genoma conservate sono diveute di riferirimento per attività di autocontrollo e anche di controllo ufficiale. Le banche dati pubbliche si arricchiscono sempre più di dati di sequenze di micro‐organismi rendendo la tassonomia una scienza in continua evoluzione. Presso la PGP sono stati implementati 2 metodi per l’identificazione mediante amplificazione e sequenziamento di ceppi batterici e fungini, rispettivamente. Per l’identificaizone dei batteri la regione target e’ rappresentata dal locus 16S rDNA mentre per i ceppi fungini (lieviti e muffe) viene amplificata e sequenziata la regione intergenica ribosomale tra le subunità ribosomiali 5.8S e 28S (ITS2). La caratterizzazione a livello di genere e specie di contaminanti in isolati da linee produttive/prodotti alimentari è di grande aiuto a livello di piani di HACCP in quanto consente di identificare con precisione la fonte di contaminazione, di tracciare la presenza del/i contaminati lungo le linee produttive ed implementare le più efficaci strategie di controllo. Pagina 18 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it Costo del servizio: 60,00 €/campione ‐ metodo di prova MP_PGP020 (batteri) MP_PGP021 (miceti). Tempo esecuzione analisi e refertazione: 5 gg. lavorativi dal ricevimento campioni Estrazione, quantificazione e normalizzazione di acidi nucleici Clienti: Laboratori di ricerca pubblici e privati, Laboratori di analisi pubblici e privati La purificazione degli acidi nucleici è uno step critico per tutti i progetti di ricerca/servizi; i protocolli e le tecnologie ottimali per la purificazione degli acidi nucleici variano molto in funzione della matrice di partenza (qualità, quantità, stato di degradazione, conservazione). Grazie all’ esperienza acquisita nel campo dell’estrattomica la PGP ha messo a punto protocolli standardizzati per la purificaiozne di acidi nucleici da innumerevoli matrici (sangue, tessuti animali, piante di diverse specie, radici, campioni di erbario, estratti vegetali, semi, suolo, feci, alimenti di diversi tipi, batteri, lieviti e muffe, plasmidi, cosmidi, BAC, tamponi buccali). Qualsiasi esigenza del cliente viene valutata attentamente e viene proposto uno studio pilota in cui viene identificata e ottimizzata la tecnologia più appropriata. La Piattaforma Genomica è organizzata per consentire l’estrazione in modalità completamente automatizzata di acidi nucleici (DNA/RNA) da matrici differenti (animali, vegetali microbiche, alimentari) ed utilizzando diverse tecnologie (kit a colonnina, kit a biglie magnetiche, estrazioni rapide) in base alla tipologia del materiale di partenza. L’estrazione in modalità automatizzata garantisce alta processività, tracciabilità e precisione in quanto viene eseguita su un robot Tecan Freedom Evo 150 interamente dedicato ed equipaggiato con un braccio per la dispensazione liquidi a 8 canali indipendenti (Li‐Ha), una testa a 96 puntali (MCA), un braccio per la movimentazione delle piastre (Ro‐Ma), un sistema per il vuoto e uno shaker‐termostato. Costo del servizio: variabile in base alla matrice/numero dei campioni Tempo esecuzione analisi: variabile in base alla matrice/numero dei campioni VERIFICA QUALITA’ e QUANTITA’ del DNA/RNA ESTRATTO Clienti: Centri di Ricerca pubblici e privati, Laboratori di analisi pubblici e privati Grazie ad uno spettrofotometro integrato la PGP offre un servizio di quantificazione del DNA estratto mediante fluorescenza (Picogreen) o assorbanza (rapporto 260/280) e la successiva normalizzazione dei campioni alla concentrazione richiesta dal cliente. La verifica della qualità/quantità di campioni di RNA estratto viene effettuata attraverso l’impiego del Bioanalyzer‐Agilent o mediante assorbanza in base alle richieste del cliente. Le operazioni di normalizzazione vengono sempre effettuate in modalità automatizzata su un robot Tecan Freedom Evo 100 dedicato e dotato di un sistema di lettura di codici a barre dinamico (POS‐ID) che consente di leggere i codici a barre da supporti diversi (piastre, vacutainer, tubi eppendorf etc.). Tutte le movimentazioni subite dal campione vengono tracciate e gestite da Pagina 19 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it “worklist” generate in automatico dai dati di quantificazione attraverso apposite macro e caricate sul robot consentendo di ridurre al minimo qualsiasi tipo di errore umano. Costo del servizio: variabile in base alla matrice/numero dei campioni Tempo esecuzione analisi: variabile in base alla matrice/numero dei campioni Caratterizzazione di popolazioni microbiche complesse Clienti: GDO, Industria trasformazione carne, Industria trasformazione latte e derivati, Industria conserviera, altre industrie alimentari, Laboratori di analisi pubblici e privati, Enti di Certificazione, Istituzioni pubbliche. Negli ultimi anni presso la PGP sono stati svolti numerosi progetti mirati alla caratterizzazione di popolazioni microbiche complesse attraverso l’impiego della tecnologia ARISA. L’ARISA (Automated ribosomal intergenic spacer analysis) è una tecnica che negli ultimi anni è stata utilizzata con successo per lo studio di comunità microbiche complesse presenti in diversi ambienti ed all’interno di organismi viventi (es. uomo, animali, piante) La tecnica si basa sull’utilizzo di primers marcati fluorescenti per l’amplificazione della regione intergenica ribosomale ITS (intergenic spacers) partendo da DNA estratto dalla popolazione microbica caratteristica di un certo campione. I prodotti di PCR così ottenuti vengono analizzati mediante un sistema di elettroforesi capillare ottenendo un elettroferogramma in cui ciascun picco corrisponde ad un frammento di DNA specifico; la sensibilità del metodo è molto elevata grazie alla capacità risolutiva del sistema di elettroforesi capillare in grado di distinguere differenze di 1 solo nucleotide. L’ARISA è stata utilizzata con successo per lo studio della struttura genetica di comunità batteriche e fungine complesse originate da campioni ambientali (acque superficiali, bacterioplankton, campioni di suolo) permettendo un’accurata stima della complessità delle comunità studiate grazie a profili caratterizzati da 38 a 232 picchi. Punti critici per l’ottimizzazione della metodica su campioni di origine diversa sono la scelta dei primers e l’ottimizzazione della reazione di PCR in quanto la sensibilità e l’efficienza della reazione di PCR possono più o meno favorire l’amplificazione delle popolazioni meno rappresentate nel campione in esame. L’ARISA può essere con successo applicata anche per la caratterizzazione di prodotti alimentari, ad esempio con lo scopo di individuare marcatori molecolari tipici, oppure per tracciare l’evoluzione della comunità microbica/fungina presente in diverse fasi di lavorazione o nel corso della shelf life del prodotto stesso Costo del servizio: variabile in base alla matrice/numero dei campioni Tempo esecuzione analisi: variabile in base alla matrice/numero dei campioni Genotipizzazione Pagina 20 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it Clienti: Industrie alimentari, Farmaceutiche, Laboratori di analisi pubblici e privati, Enti di Certificazione, Istituzioni pubbliche, Enti di ricerca Pubblici e Privati Nel campo dello studio degli SNPs la PGP può offrire approcci tecnologici differenti che meglio si adattano alle esigenze del cliente (numero totale dei campioni, numero totale di SNPs, tempi di risposta/costi) grazie alla versatilità delle strumentazioni per il genotyping rappresentate da: una real time PCR 7900 HT, un sequenziatore a 48 capillari 3730 (Applied Biosystem), Bead Express Illumina e I‐scan Illumina. Il 7900HT equipaggiato con il blocco da 384‐wells viene impiegato sia per studi di genotyping mediante saggi di discriminazione allelica che saggi Kaspar. Il sequenziatore AB 3730 di Applied Biosystems è equipaggiato con 48 capillari e grazie alla sua versatilità viene utilizzato per diverse applicazioni di genotyping (SnaPshot, Tilling, fingerprinting multilocus). L’Illumina BeadXpress Reader , primo strumento di questo tipo ad essere installato in Italia e tra i primi in Europa, è stato specificatamente sviluppato per analizzare saggi basati sulla tecnologia VeraCodeTM che garantisce ai ricercatori accuratezza, flessibilità, scalabilità per un ampio range di applicazioni nel campo della biologia molecolare. Grazie alla combinazione dei validati kit GoldenGate Genotyping Assay con la nuova tecnologia VeraCode, il sistema Illumina rappresenta una delle più robuste tecnologie di genotipizzazione attualmente disponibili sul mercato per lo studio in multiplexing a basso costo fino 384 SNPs. In ultimo la Piattaforma I‐scan Illumina è dotata di uno scanner ad alta precisione che supporta un ampio range di applicazioni array Illumina per analisi genetiche innovative di genotyping, citogenomica, analisi di campioni FFPE, metilazione del DNA e analisi di espressione genica. Costo del servizio: variabile in base alla matrice/numero dei campioni/numero SNPs Tempo esecuzione analisi: variabile in base alla matrice/numero dei campioni/numero SNPs LABORATORIO GENHOME Next Generation Sequencing (NGS) Clienti: Industrie alimentari, Farmaceutiche, Laboratori di analisi pubblici e privati, Enti di Certificazione, Istituzioni pubbliche, Enti di ricerca Pubblici e Privati Grazie alla recente implementazione di un laboratorio di NGS dotato di strumentazioni Illumina (Hiseq2000, C‐Bot, Miseq) e di tutte le piccole attrezzature di supporto necessarie alla preparazione e quantificazione delle librerie (Agilent Tape station, Covaris, Pippin prep, Bioruptor), la Piattaforma Genomica del PTP è in grado di offrire anche Servizi di NGS, dalla preparazione dei campioni fino all'analisi bioinformatica dei dati (in collaborazione con la facility di Bioinformatica/Biostatistica (Bioinformatica basic o avanzata). Le analisi su matrici di qualsiasi origine (campioni umani, animali, vegetali e loro derivati) comprendono: DNA resequencing e variation discovery( Whole genome sequencing, Targeted Resequencing, EXOME sequencing, Genotyping by Sequencing con tecnologia EZ‐RAD). Pagina 21 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it RNA sequencing e analisi del trascrittoma (Whole‐transcriptome sequencing, Novel and long non‐
coding transcriptome sequencing, Small RNA Sequencing) Analisi di piccoli genomi e metagenomica ‐ Small genome de‐novo Sequencing, Metabarcoding Sequencing, Metagenomics sequencing) Epigenetica (CHIP‐seq‐ Methil‐seq) Costo del servizio: variabile in base alla matrice/numero dei campioni/coverage desiderato. Tempo esecuzione analisi: variabile in base alla matrice/numero dei campioni/coverage/tecnologia impiegata LABORATORIO di GENETICA UMANA Clienti: Industrie Farmaceutiche, Laboratori di analisi pubblici e privati, Istituzioni pubbliche, Enti di ricerca Pubblici e Privati, Medici e Biologi Specialisti Il questo laboratorio, mediante tecniche di genetica molecolare, vengono identificate le mutazioni geniche che possono essere responsabili o correlate a particolari fenotipi patologici, malattie mendeliane o patologie di natura ereditaria‐familiare. Nel laboratorio di Genetica umana vengono inoltre condotte indagini per l'identificazione di polimorfismi genici che conferiscono una predisposizione a patologie o sindromi a componente mista genetico‐ambientale oltre a indagini di Farmacogenetica per la identificazione delle varianti geniche responsabili della suscettibilità alla azione terapeutica o alla insorgenza di eventi avversi nei confronti di specifici farmaci. Nell'ambito della Genetica Umana il PTP si pone come centro di ricerca di riferimento nel settore della nutrigenetica e nutrigenomica. NUTRIGENETICA La NUTRIGENETICA è una scienza di ultima generazione, che studia proprio il singolo individuo e sulle sue caratteristiche genetiche relazionandole alla sua alimentazione, al proprio metabolismo, alle predisposizioni individuali e all’ambiente in cui vive; nello specifico si occupa di individuare quelle piccole variazioni genetiche caratteristiche di ognuno (SNPs) che possono tradursi in risposte “errate” dell’organismo in seguito all’introduzione di determinati alimenti o sostanze. L’obiettivo finale della nutrigenetica è quindi quello di creare un'alimentazione mirata per ogni singolo individuo in modo che si possa mantenere o ripristinare la salute, prevenire l’insorgenza di patologie e migliorare le prestazioni fisiche e intellettuali partendo dalle proprie caratteristiche genetiche (DNA) individuali. Attraverso la collaborazione con diversi partner leader nel settore della nutrigenetica presso il PTP sono già stati predisposti una serie di pannelli predittivi di SNPs così suddivisi: ALIMENTAZIONE e DIETA PERSONALIZZATA Pagina 22 di 23
Fondazione Parco Tecnologico Padano 26900 Lodi ‐ Via Einstein ‐ Località Cascina Codazza Codice Fiscale 92535850157 Tel. 0371/4662200 Fax 0371/4662217 mail: [email protected] ‐ web: www.ptp.it Pannelli customizzabili e dedicati a medici, dietologi e biologi nutrizionisti. I pannelli analizzano diverse combinazioni di SNPs specifici e tra loro complementari che consentono di caratterizzare diverse vie metaboliche e di studiare le intolleranze alimentari su base genetica. GENETICA DELLO SPORT Pannelli customizzabili e dedicati a medici specialisti dello sport e preparatori atletici. I pannelli analizzano diverse combinazioni di SNPs specifici che forniscono informazioni sulle proprie caratteristiche genetiche e su come il proprio organismo reagisce all'attività sportiva ed alla alimentazione consentendo il raggiungere di prestazioni migliori nel grazie ad una dieta mirata e ad un allenamento personalizzato. GENETICA PREDITTIVA e FARMACOGENETICA Pannelli customizzabili e dedicati a medici specialisti in diversi settori (cardiologia e malattie tromboemboliche, paradontiti, malattie metaboliche). I pannelli analizzano diverse combinazioni di SNPs che vanno ad investigare le variazioni genetiche legate ai diversi metabolismi per individuare le predisposizioni individuali ed attuare interventi preventivi personalizzati per mantenere uno stato di benessere duraturo. Anche l’utilizzo dei farmaci e il connesso rischio di reazioni avverse dipende dalle caratteristiche genetiche di ciascun individuo. L'impiego di molti farmaci può essere personalizzato al fine di attuare trattamenti mirati e più efficaci. Costo del servizio: variabile in base alla matrice/numero dei campioni/numero SNPs Tempo esecuzione analisi: variabile in base alla matrice/numero dei campioni/numero SNPs LA NUTRIGENOMICA Se la nutraceutica studia come il nostro corredo genetico regola la risposta individuale al cibo di cui ci nutriamo, la NUTRIGENOMICA si occupa invece di studiare le correlazioni tra alimenti e modifiche indotte del DNA; negli ultimi anni è infatti emerso che il cibo può cambiare in modo significativo l’espressione genica attraverso tre meccanismi fondamentali metilazione degli istoni, metilazione del DNA e microRNA. Grazie alle competenze maturate nell'ambito di diversi progetti di ricerca, presso il PTP sono stati implementati diversi protocolli di Epigenetica, in grado cioè di investigare i diversi meccanismi di regolazione dell'espressione genica. Tempo esecuzione analisi: variabile in base alla matrice/numero dei campioni/coverage/tecnologia impiegata Pagina 23 di 23