Metodologie informatiche per la chimica
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Metodologie informatiche per la chimica Dr. Sergio Brutti Esr 3 – algebra lineare e molecole Esercizio 1 Considerate la molecola di metano. • • • • • • • Calcolare le distanze di legame C-H; Calcolare l’angolo H-C-H; Determinate l’equazione del piano H(1)CH(2); Calcolate la distanza di H(3) dal piano H(1)CH(2); Calcolate l’angolo tra il piano H(1)CH(2) e H(3); Determinate l’equazione del piano H(3)CH(4); Calcolate l’angolo diedro tra i due piani HCH considerati; C H(1) H(2) H(3) H(4) -1.47920 -0.40920 -1.91597 -1.83550 -1.77928 3.60226 3.60226 4.31105 3.78561 2.63551 0.00000 0.00000 -0.67212 0.99213 -0.34678 Esercizio 2 Considerate la molecola d’acqua ossigenata. 1. Verificate che i quattro atomi siano complanari. 2. Calcolare le (6) distanze tra coppie di atomi diverse (H-H, O-H e OO) 3. Costruite la connettività della molecola (quale atomo è legato a quale atomo) 4. Calcolate i due angoli H-O-O nella molecola di acqua ossigenata e verificate che siano identici O(1) O(2) H(1) H(2) -6.59737 -5.28101 -6.84481 -5.03357 5.00129 5.00241 4.25955 5.74415 -0.00378 -0.00470 0.60408 -0.61256 Esercizio 3 Considerate l’acido acetico. 1. Calcolare le (4) distanze C-O e dire quali coppie sono legate e quali formano un legame semplice e quale un legame doppio. 2. Verificate se la subunità C-C(=O)-O è planare 3. Calcolare le (4) distanze O-H (escludendo dai calcoli l’ossigeno O=C) identificate l’atomo di idrogeno legato O-H e la lunghezza di tale legame. 4. Costruite la connettività degli atomi nella molecola 5. Verificare se la subunità O=C-O-H è planare 6. Calcolate gli angoli H-C-C, C-C=O, O=C-O e C-O-H 7. Calcolate l’angolo tra il legame H-C e il piano C-C=O C(1) C(2) O(1) O(2) H(1) H(2) H(3) H(4) -3.65956 -4.98723 -3.51786 -2.61794 -5.78707 -5.08272 -5.08450 -2.88529 4.62839 3.93229 5.84040 3.76820 4.67763 3.31034 3.32649 2.83004 -0.00010 -0.00483 0.00278 -0.00048 0.00314 0.88874 -0.90919 -0.00344 Esercizio 4 Considerate la molecola di metilborano CH3BH2. 1. Individuare quali H sono legati al boro e quali al carbonio e calcolarne le distanze di legame. 2. Costruite la connettività degli atomi nella molecola. 3. Calcolare l’angolo H-B-C e l’angolo B-C-H 4. Verificate se la subunità H2B-C è planare. 5. Calcolare l’angolo tra un H legato a C e il piano HBC. 6. Calcolare l’angolo diedro tra i piani H2B e CH2. B C H(1) H(2) H(3) H(4) H(5) -1.68871 -0.76952 -2.68233 -1.38017 -1.21735 -0.68398 0.23895 3.64957 4.94173 3.62417 2.70948 5.71508 5.34058 4.67574 -0.00419 0.00342 0.63438 -0.64956 0.66136 -1.02821 0.38144