Identificazione non invasiva delle aneuploidie fetali nel

GIORNATE MEDICO-SCIENTIFICHE GYNEPRO 2014
AGGIORNAMENTI IN CAMPO RIPRODUTTIVO E PRENATALE
BOLOGNA, 16 MAGGIO 2014
Identificazione non invasiva delle aneuploidie fetali nel
sangue materno: metodiche a confronto
Dott. Lamberto Camurri
RDI, Rete diagnostica Italiana, Padova e Istituto di Genetica,
Università Torvergata, Roma
ll test prenatale (NIPT) basato su analisi del DNA fetale nel circolo materno è un esame
non invasivo che analizza il rischio di trisomie fetali più comuni e l’aneuploidia dei
cromosomi X e Y in gravidanze dalla 10a settimana di gestazione in poi. Per eseguire il
test è sufficiente un tradizionale prelievo di sangue materno, sul quale viene eseguita
un’analisi diretta del DNA fetale, circolante durante la gravidanza nel sangue della madre.
Lo screening su DNA fetale circolante su sangue materno è una tecnologia emergente che
può fornire un valido screening prenatale per Tri21, Tri18 e Tri13. Può essere preso in
considerazione sia nelle donne risultate ad alto rischio dai test di screening precedenti, sia
nelle donne che non abbiano avuto accesso a nessuno screening (anche considerate ad
alto rischio per età, anomalie ecografiche, storia di precendente gravidanza con
aneuploidia).
Le tecniche di screening sono applicate a DNA placentare e utilizzano metodi XGS, quindi
hanno limiti biologici e biostatistici. Le sequenze per il NIPT derivano dalla pracenta,
quindi, come per la villocentesi, possono non riflettere il cariotipo fetale costituzionale.
Specificità e sensibilità non sono le stesse per tutti i cromosomi, a causa delle differenze
del contenuto in guanina e citosina, della diversa frequenza di mosaici placentari.
Di conseguenza esistono falsi positivi e negativi.
Condizioni generali di accettabilità in statements: ACMG ACOG ISPD
Limiti del test (su base ACMG)
1. la stima del rischio è limitata da specifiche aneuploidie (il 50% delle anomalie
identificate di routine con la DPN non viene identificata)
2. in caso di anomalie ecografiche fetali resta indicata la DPN invasiva
3. NIPT non distingue tra diversi tipi di aneuploidie (T21 libera, da trasloc o mosaicimo
alto).
4. NIPT non è uno screening per mutazioni di singolo gene
5. esistono fattori biologici associati ad una ridotta % di DNA fetale circolante (body
mass index elevato o età gestazionale precoce <10sg)
6. non è uno screening per difetti del tubo neurale (per questi non può essere
un'alternativa al dosaggio dell'alfafeto proteina)
7. non sostituisce le ecografie del primo trimentre, che sono utili per la datazione della
gravidanza, la misurazione della transulcenza nucale, l'identificazione delle
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gravidanze gemellari, delle anomalie placentali e delle anomalie congenite
8. nelle gravidanze gemellari i dati non distinguono fra i feti.
9. non ha un ruolo nella previsione di complicanze del terzo trimentre di gravidanza
10. Sensibilità: la pratica clinica ha dimostrato la inconsistenza di sensibilità#21 al
100%. Esistono falsi negativi
11. Sia con approccio MPSS che TPS la frazione fetale minima per il test è 4%
12. La frazione minima in plasma materno non è diversa nei gruppi a rischio quindi
13. Il test è accettabile per la popolazione generale
14. La specificità per le aneuploidie X è 60-100%
Deve essere proposto con il supporto di consulenza pretest
Devono essere date informazioni pretest da personale adeguato ed informato, in grado di
consentire alla paziente una scelta indipendente e consapevole.
Non si tratta di un test prenatale di routine, è prevedibile che la paziente possa non
sottoporsi al test.
Le informazioni pretest includono:
1. spiegazione dello scopo del NIPT
2. vantaggi rispetto allo screening su siero materno
- detection rate più alta
- valore predittivo negativo per T21 alto (importante per chi vuole evitare DPN
invasiva)
- bassi falsi positivi
- è meno dipendente dall'età gestazionale rispetto agli screening tradizionale (si può
accedere dalla 10
settimana in poi, anche dopo la 20)
3. considerazioni sul follow-up per conferma diagnostica con DPN invasiva in caso di
risultato positivo
4. limiti del NIPT (cromosomi studiati, aneuploidie numeriche, falsi negativi, possibilità
di DNA fetale insufficiente)
Il counseling post-test è raccomandato in caso di screening positivo. Dovrebbe essere
rinforzato il concetto di rischio residuo. Se i care givers osterici / ginecologi non si sentono
a loro agio si raccomanda l'invio ad un genetista “certificato”.
Va fornita anche una consulenza in caso di test “non informativo”, includendo la possibilità
di una DPN invasiva.
Cosa deve essere riportato nel referto
Esistono diversi modi di esprimere un rischio (binari, probabilistici). Il risultato deve essere
espresso nel modo più chiaro possibile per evitare confusione e malintesi.
Tutti i referti devono contenere l'informazione che si tratta di uno screening e non di un
test diagnostico.
Deve anche essere indicata la consulenza post test per i risultati ad alto rischio o non
informativi.
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Tipologie di controlli richiesti
L'ACMG raccomanda compliance con standard e linee guida dei laboratori di genetica
medica. È soggetto agli stessi controlli di qualità richiesti per i test di genetica molecolare.
Conclusioni
Il NIPT è arrivato, ma come per tutte le nuove tecnologie, va definito al meglio.
È necessario uno sforzo per creare e mantenere dei registri non solo per i veri positivi e
negativi, ma anche per i falsi positivi e negativi.
Il costo si ridurrà, in futuro, e deve essere minimizzato nell'ottica di uno screening di
popolazione.
LE CARATTERISTICHE DEI COMPANY-TESTS:
Company
Sequenom
Verinata
NASDAQ
SQNM
ILMN
Prodotto
MaterniT21plus
Verifi
MPSS
MPSS
sequenziamento
tecnologia
SEQureDx
algoritmo
statistic
weeks
condizioni
accreditamento
Ariosa
Natera
BGI
Harmony
Panorama
Nifty
TPS
TPS-SNPbased
MPSS
DANSR
NATUS
SAFeR
FORTE
z-score binary
z-score binary
OR multiple
z-score binary
z-score GC correct
10
10
10
10
12
13,18,21,gender,XX 13,18,21,gender,XX 13,18,21,gender,XX 13,18,21,gender,XX 13,18,21,gender,XX
CAP CLIA
CAP CLIA
CAP CLIA
CAP CLIA
ACMG ACOG ISPD
ACMG ACOG ISPD
ACMG ACOG ISPD
ACMG ACOG ISPD
2500
650
6000
300
2%
5%
<1%
specificity 21
99,4-99,9
99,1-100
99,8-99,9
98,2-100
99,97/99,6
sensibility 21
95,9-99,7
95,9-100
95,5-100
86,3/100
100/100
statements
clinic-patients
failure
3500/11100
Sequenom MaterniT21 Plus.
Utilizza piattaforma Illumina. Azienda quotata NASDAQ. In conflitto con Ariosa che ha
contestato il patent Sequenom sulle tecniche NIPT
La Corte Distrettuale della California ha annullato il patent Sequenom.
In Italia manca un importatore. Custom diretto con home-factory. Prezzo circa 1300€. 810 giorni di lavorazione + trasporto > 15 giorni
Running technology: trisomia 16 e 22; microdelezioni: 22q21 deletion syndrome
(DiGeorge), Cri-du-chat syndrome, Prader-Willi/Angelman syndrome, 1p36 deletion
syndrome. Tecnologia: enhanced sequencing. Mancano dati di sensibilità/specificità. Si
ritiene discutibile la ricerca del rischio di trisomie 16 e 22. I test da microdelezione
registrano già casi di falso positivo.
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Verinata Verifi.
Proprietà Illumina quotata NASDAQ. In Italia manca un importatore. Custom diretto con
home-factory. Prezzo circa 850€. 8-10 giorni di lavorazione + trasporto > 15 giorni.
Testing technology: Subchromosome dup/del via Deep Sequencing/CMA, shearing DNA
mixtures mat/mat+. Technology: MPSS/200kbDNA fragments, 11 cases successful.
(Srinivasan A et al 2013)
Ariosa Harmony.
Utilizza piattaforma Illumina. In conflitto con Sequenom di cui ha contestato il patent sulle
tecniche NIPT. La Corte Distrettuale della California ha annullato il patent Sequenom. In
Italia CAM-Labco come importatore. Prezzo circa 700€. 8-10 giorni di lavorazione +
trasporto > 15 giorni.
Testing technology: NIFWGS, non invasive fetal whole genome sequencing (WGS) (Snyder
M et al 2013)
Natera Panorama.
Utilizza piattaforma Illumina. In Italia manca un importatore. Custom diretto con homefactory. Richiede DNA materno e paterno per la migliore performance
BGI Nifty.
Utilizza piattaforma Illumina. In territorio italiano importatore a SAN MARINO. Prezzo circa
850€. 8-10 giorni di lavorazione + trasporto > 15 giorni.
Testing technology: Subchromosome dup/del via Deep Sequencing/CMA. 6 cases
successful (Chen S et al 2013, Yu S et al 2013)
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