Rassegna genoma carciofo

Il Crea, Genomics Research Centre,
Fiorenzuola d’Arda (Team leader Luigi
Cattivelli)ha partecipato al consorzio
internazionale coordinato dal DISAFA Genetica agraria - dell'Università degli
Studi di Torino (nell'ambito del Compositae
Genome Project(CGP), che ha decodificato il
genoma del carciofo.
A cura dell’Ufficio Stampa
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Ricerca:Scoperti geni carciofo,Crea con Università di Torino
Decodifica importante, Italia primo produttore mondiale
(ANSA) - ROMA, 26 GEN - Il genoma del carciofo è stato sequenziato anche grazie al Crea che ha
partecipato al consorzio internazionale, coordinato dall'Università degli Studi di Torino.
L'ente italiano di ricerca agroalimentare con il suo Centro per la Genomica vegetale, ha contribuito al
lavoro di sequenziamento dei geni, in particolare identificandone una specifica categoria, quelli
codificanti per microRNA. Si tratta di piccole molecole con funzione regolatrice, presenti sia negli
animali che nelle piante, capaci di intervenire in processi fondamentali quali lo sviluppo e la risposta alle
malattie ed agli stress abiotici. Nel genoma del carciofo sono stati trovati 73 differenti microRNA, alcuni
dei quali presenti in decine o centinaia di copie nel genoma. Un risultato importante appena pubblicato
sulla rivista Scientific Reports, commenta il Crea, non solo per il mondo della ricerca ma anche per
l'agricoltura, visto che l'Italia è il primo produttore mondiale di carciofi.
''La decodifica del suo genoma - afferma Luigi Cattivelli, direttore del Crea Genomica Vegetale che ha
contributo al progetto - è un passo fondamentale per comprendere le basi genetiche dei caratteri di
interesse agronomico, come le resistenze alle malattie ma anche per identificare i geni che controllano
le particolari caratteristiche nutrizionali ed organolettiche, molto apprezzate in cucina; conoscenze
conclude il ricercatore - che permetteranno di migliorare le varietà coltivate ma anche di difendere le
peculiarità delle varietà più pregiate''. Il prossimo obiettivo sarà il sequenziamento del grano duro e a tal
fine il Crea è impegnato con i suoi due Centri di Genomica e di Cerealicoltura, in un consorzio
internazionale che comprende, tra i partner italiani, anche Cnr, Università di Bologna ed Enea.(ANSA).
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25 gennaio 2016
DISAFA: Decodificato il genoma del carciofo
Comunicato stampa: La sequenza del genoma è stata pubblicata nell'ultimo numero della
rivista Scientific Reports
ll genoma di carciofo (Cynara cardunculus var. scolymus L.), di cui l’Italia è il primo paese produttore a
livello mondiale, è stato recentemente decodificato ad opera di un consorzio internazionale coordinato
dal DISAFA - Genetica agraria - dell'Università degli Studi di Torino (Team leader Prof. Sergio Lanteri),
nell'ambito del Compositae Genome Project (CGP). Il progetto è iniziato nel 2011 in collaborazione con
il Di3A dell’Università di Catania (Team leader Prof. Giovanni Mauromicale) ed il Genome Center
dell'University of California, Davis, (Team leader Prof. Richard Michelmore) a cui, in una seconda fase,
si sono associati l'University of British Columbia (Team leader Prof. Loren Rieseberg) ed il Crea,
Genomics Research Centre, Fiorenzuola d’Arda (Team leader Luigi Cattivelli).
Il carciofo, così come il cardo coltivato (C. cardunculus var. altilis DC) sono il risultato di processi di
domesticazione indipendenti avvenuti nel bacino del Mediterraneo, luogo di origine della specie, a
partire da un comune progenitore: il cardo selvatico [Cynara cardunculus var. sylvestris (Lamk) Fiori].
La specie, oltre che a scopo alimentare, è sfruttata come fonte di composti ad azione antiossidante,
quali fenilpropanoidi e sesquiterpeni lattonici, inulina (un prebiotico estratto dalle radici) ed olio (estratto
da semi - acheni) dotato di ottime caratteristiche organolettiche ed utilizzato come biocarburante.
Inoltre, studi recenti condotti anche presso il DISAFA, ne hanno evidenziato le ottime potenzialità per la
produzione di biomassa quale fonte energetica alternativa.
La sequenza del genoma del carciofo è stata pubblicata nell'ultimo numero della rivista Scientific
Reports (Nature Publishing Group) ed i dati riportati nello studio sono disponibili nel sito
www.artichokegenome.unito.it e in NCBI. Tale sequenza è la prima, completamente fruibile
dalla comunità scientifica, di una specie coltivata appartenente alla famiglia delle Compositae
(Asteraceae), che include specie ampiamente diffuse in coltivazione e di notevole rilevanza economica
quali il girasole, la lattuga e la cicoria.
L’assemblaggio copre 725 delle 1.084 Mb che costituiscono il genoma della specie. La sequenza
codifica per circa 27.000 geni ed ha un contenuto di elementi ripetuti pari al 58,4%, la cui espansione si
stima sia avvenuta circa 2,5 milioni di anni fa. A seguito del risequenziamento di un genotipo di
carciofo, di un genotipo di cardo coltivato e della loro progenie F1, il genoma è stato ancorato in 17
pseudomolecole, che corrispondono all’assetto cromosomico aploide della specie. Ciò grazie allo
sviluppo della pipeline SOILoCo (Scaffold Ordering by Imputation with Low Coverage), che rappresenta
un valido strumento per analisi genomiche anche in altre specie allogame.
La comprensione della struttura del genoma del carciofo è fondamentale per identificare le basi
genetiche di caratteri di interesse agronomico e la futura applicazione di programmi di selezione
assistita.
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CREA
CREA: IL NOSTRO CONTRIBUTO ALLA
DECODIFICA DEL GENOMA DEL
CARCIOFO
Pubblicato il 26/01/2016 at 15:25
Anche il CREA, il più importante ente italiano di ricerca agroalimentare, ha partecipato al consorzio
internazionale, coordinato dall’Università degli Studi di Torino, che, nell’ambito del Compositae
Genome Project (CGP), ha sequenziato il genoma del carciofo.
Nello specifico, il CREA, con il suo Centro di ricerca per la Genomica vegetale, ha contribuito all’attività
di annotazione dei geni sul genoma, cioè a quella parte del lavoro di sequenziamento in cui si dà un
nome e, quando possibile, una presunta funzione ai vari geni. In particolare, i ricercatori CREA hanno
identificato una specifica categoria di geni, quelli codificanti per microRNA. Si tratta di piccole molecole
con funzione regolatrice, presenti sia negli animali che nelle piante, capaci di intervenire in processi
fondamentali quali lo sviluppo e la risposta alle malattie ed agli stress abiotici. Nel genoma del carciofo
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sono stati trovati 73 differenti microRNA, alcuni dei quali presenti in decine o centinaia di copie nel
genoma.
Un risultato importante, appena pubblicato su Scientific Reports – la prestigiosa rivista del gruppo
Nature – non solo per la nostra ricerca, ma anche per la nostra agricoltura. Basti pensare che l’Italia è il
primo produttore mondiale di carciofi e che questa coltura tipica, con le sue peculiari caratteristiche
organolettiche, è al centro di tanti piatti e ricette della nostra cultura alimentare, dal Piemonte alla
Sicilia.
“La decodifica del suo genoma – afferma Luigi Cattivelli, direttore del CREA Genomica Vegetale che ha
contributo al progetto – è un passo fondamentale per comprendere le basi genetiche dei caratteri di
interesse agronomico come le resistenze alle malattie, ma anche per identificare i geni che controllano
le particolari caratteristiche nutrizionali ed organolettiche, molto apprezzate in cucina. Queste
conoscenze – conclude lo studioso – permetteranno di migliorare le varietà coltivate, ma anche di
difendere le peculiarità delle varietà più pregiate”.
Ora, il prossimo obiettivo degli scienziati sarà il sequenziamento del grano duro, un’altra tipica coltura
italiana. A tal fine, il CREA, è impegnato sia con il suo Centro di Genomica sia con quello di
Cerealicoltura, in un consorzio internazionale che comprende, tra i partner italiani, anche CNR,
Università di Bologna, ENEA.
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CREA: il nostro contributo alla decodifica del genoma del carciofo
Anche il CREA, il più importante ente italiano di ricerca agroalimentare, ha partecipato al consorzio
internazionale, coordinato dall'Università degli Studi di Torino, che, nell'ambito del Compositae Genome
Project (CGP), ha sequenziato il genoma del carciofo.
Nello specifico, il CREA, con il suo Centro di ricerca per la Genomica vegetale, ha contribuito all'attività
di annotazione dei geni sul genoma, cioè a quella parte del lavoro di sequenziamento in cui si dà un
nome e, quando possibile, una presunta funzione ai vari geni.
In particolare, i ricercatori CREA hanno identificato una specifica categoria di geni, quelli codificanti per
microRNA. Si tratta di piccole molecole con funzione regolatrice, presenti sia negli animali che nelle
piante, capaci di intervenire in processi fondamentali quali lo sviluppo e la risposta alle malattie ed agli
stress abiotici. Nel genoma del carciofo sono stati trovati 73 differenti microRNA, alcuni dei quali
presenti in decine o centinaia di copie nel genoma.
Un risultato importante, appena pubblicato su Scientific Reports - la prestigiosa rivista del
gruppo Nature - non solo per la nostra ricerca, ma anche per la nostra agricoltura. Basti pensare che
l'Italia è il primo produttore mondiale di carciofi e che questa coltura tipica, con le sue peculiari
caratteristiche organolettiche, è al centro di tanti piatti e ricette della nostra cultura alimentare, dal
Piemonte alla Sicilia.
"La decodifica del suo genoma – afferma Luigi Cattivelli, direttore del CREA Genomica Vegetale che
ha contributo al progetto - è un passo fondamentale per comprendere le basi genetiche dei caratteri di
interesse agronomico come le resistenze alle malattie, ma anche per identificare i geni che controllano
le particolari caratteristiche nutrizionali ed organolettiche, molto apprezzate in cucina. Queste
conoscenze – conclude lo studioso - permetteranno di migliorare le varietà coltivate, ma anche di
difendere le peculiarità delle varietà più pregiate".
Ora, il prossimo obiettivo degli scienziati sarà il sequenziamento del grano duro, un'altra tipica coltura
italiana. A tal fine, il CREA, è impegnato sia con il suo Centro di Genomica sia con quello di
Cerealicoltura, in un consorzio internazionale che comprende, tra i partner italiani, anche CNR,
Università di Bologna, ENEA.
Data di pubblicazione: 27/01/2016
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Università degli Studi di Torino: Decodificato il genoma del carciofo
Il genoma di carciofo (Cynara cardunculus var. scolymus L.), di cui l'Italia è il primo paese produttore a
livello mondiale, è stato recentemente decodificato ad opera di un consorzio internazionale coordinato
dal DISAFA - Genetica agraria - dell'Università degli Studi di Torino (Team leader Prof. Sergio
Lanteri), nell'ambito del Compositae Genome Project (CGP). Il progetto è iniziato nel 2011 in
collaborazione con il Di3A dell'Università di Catania (Team leader Prof. Giovanni Mauromicale) ed il
Genome Center dell'University of California, Davis, (Team leader Prof. Richard Michelmore) a cui, in
una seconda fase, si sono associati l'University of British Columbia (Team leader Prof. Loren
Rieseberg) ed il Crea, Genomics Research Centre, Fiorenzuola d'Arda (Team leader Luigi Cattivelli).
Il carciofo, così come il cardo coltivato (C. cardunculus var. altilis DC) sono il risultato di processi di
domesticazione indipendenti avvenuti nel bacino del Mediterraneo, luogo di origine della specie, a
partire da un comune progenitore: il cardo selvatico [Cynara cardunculus var. sylvestris (Lamk) Fiori].
La specie, oltre che a scopo alimentare, è sfruttata come fonte di composti ad azione antiossidante,
quali fenilpropanoidi e sesquiterpeni lattonici, inulina (un prebiotico estratto dalle radici) ed olio (estratto
da semi - acheni) dotato di ottime caratteristiche organolettiche ed utilizzato come biocarburante.
Inoltre, studi recenti condotti anche presso il DISAFA, ne hanno evidenziato le ottime potenzialità per la
produzione di biomassa quale fonte energetica alternativa. La sequenza del genoma del carciofo è
stata pubblicata nell'ultimo numero della rivista Scientific Reports (Nature Publishing Group) ed i dati
riportati nello studio sono disponibili nel sito www.artichokegenome.unito.it e in NCBI. Tale sequenza è
la prima, completamente fruibile dalla comunità scientifica, di una specie coltivata appartenente alla
famiglia delle Compositae (Asteraceae), che include specie ampiamente diffuse in coltivazione e di
notevole rilevanza economica quali il girasole, la lattuga e la cicoria. L'assemblaggio copre 725 delle
1.084 Mb che costituiscono il genoma della specie. La sequenza codifica per circa 27.000 geni ed ha
un contenuto di elementi ripetuti pari al 58,4%, la cui espansione si stima sia avvenuta circa 2,5 milioni
di anni fa. A seguito del risequenziamento di un genotipo di carciofo, di un genotipo di cardo coltivato e
della loro progenie F1, il genoma è stato ancorato in 17 pseudomolecole, che corrispondono all'assetto
cromosomico aploide della specie. Ciò grazie allo sviluppo della pipeline SOILoCo (Scaffold Ordering
by Imputation with Low Coverage), che rappresenta un valido strumento per analisi genomiche anche
in altre specie allogame. La comprensione della struttura del genoma del carciofo è fondamentale per
identificare le basi genetiche di caratteri di interesse agronomico e la futura applicazione di programmi
di selezione assistita.
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AGRA PRESS
RICERCA: DAL CREA CONTRIBUTO A
DECODIFICA GENOMA CARCIOFO
560 - 26:01:16/15:23 - roma, (agra press) - anche il Crea ha partecipato al consorzio
internazionale, coordinato dall'universita' degli studi di torino, che, nell'ambito del
compositae genome project (cgp), ha sequenziato il genoma del carciofo. piu'
specificatamente, il centro di ricerca per la genomica vegetale del consiglio per la
ricerca in agricoltura e l'analisi dell'economia agraria ha contribuito all'attivita' di
annotazione dei geni sul genoma, cioe' a quella parte del lavoro di
sequenziamento in cui si da' un nome e, quando possibile, una presunta funzione
ai vari geni. si tratta - sottolinea il crea - di un "risultato importante, appena
pubblicato su 'scientific reports', prestigiosa rivista del gruppo 'nature', non solo
per la nostra ricerca, ma anche per la nostra agricoltura. basti pensare che l'italia
e' il primo produttore mondiale di carciofi". "la decodifica del genoma del carciofo
- afferma luigi CATTIVELLI, direttore del crea genomica vegetale, che ha
contributo al progetto - e' un passo fondamentale per comprendere le basi
genetiche dei caratteri di interesse agronomico, come le resistenze alle malattie,
ma anche per identificare i geni che controllano le particolari caratteristiche
nutrizionali ed organolettiche, molto apprezzate in cucina". "queste conoscenze conclude lo studioso - permetteranno di migliorare le varieta' coltivate, ma anche
di difendere le peculiarita' delle varieta' piu' pregiate".
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Roma - 27 Gennaio 2016, ore 13:26
L’Italia è primo produttore mondiale di carciofi e ora
Università di Torino e Cra-Crea ne hanno scoperto e
sequenziato i geni: il loro genoma contiene 73 diversi
microRna, piccole molecole fondamentali contro
malattie e stress abiotici
L’Italia è il primo produttore mondiale di carciofi, e ora il suo genoma del carciofo è stato
sequenziato grazie al Cra-Crea che ha partecipato al consorzio internazionale, coordinato
dall’Università degli Studi di Torino. L’Ente italiano di ricerca agroalimentare con il suo Centro per la
Genomica vegetale, ha contribuito al lavoro di sequenziamento dei geni, in particolare identificandone
una specifica categoria, quelli codificanti per microRNA. Si tratta di piccole molecole con funzione
regolatrice, presenti sia negli animali che nelle piante, capaci di intervenire in processi fondamentali
quali lo sviluppo e la risposta alle malattie ed agli stress abiotici. Nel genoma del carciofo sono stati
trovati 73 differenti microRNA, alcuni dei quali presenti in decine o centinaia di copie nel genoma. Un
risultato importante appena pubblicato sulla rivista “Scientific Reports”, commenta il Crea, non solo per
il mondo della ricerca, ma anche per l’agricoltura.
“La decodifica del genoma - afferma Luigi Cattivelli, direttore del Crea Genomica Vegetale che ha
contributo al progetto - è un passo fondamentale per comprendere le basi genetiche dei caratteri di
interesse agronomico, come le resistenze alle malattie, ma anche per identificare i geni che controllano
le particolari caratteristiche nutrizionali ed organolettiche, molto apprezzate in cucina. Conoscenze che
permetteranno di migliorare le varietà coltivate, ma anche di difendere le peculiarità delle varietà più
pregiate”. Il prossimo obiettivo sarà il sequenziamento del grano duro e a tal fine il Crea è impegnato
con i suoi due Centri di Genomica e di Cerealicoltura, in un consorzio internazionale che comprende,
tra i partner italiani, anche Cnr, Università di Bologna ed Enea.
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AGROALIMENTARE: DA CREA CONTRIBUTO A
DECODIFICA GENOMA DEL CARCIOFO
ROMA (ITALPRESS) - Anche il CREA, il piu' importante ente italiano di ricerca agroalimentare, ha
partecipato al consorzio internazionale, coordinato dall'Universita' degli Studi di Torino, che, nell'ambito
del Composita Genome Project (CGP), ha sequenziato il genoma del carciofo. Nello specifico, il CREA,
con il suo Centro di ricerca per la Genomica vegetale, ha contribuito all’attività di annotazione dei geni
sul genoma, cioè a quella parte del lavoro di sequenziamento in cui si da' un nome e, quando possibile,
una presunta funzione ai vari geni. In particolare, i ricercatori CREA hanno identificato una specifica
categoria di geni, quelli codificanti per micron. Si tratta di piccole molecole con funzione regolatrice,
presenti sia negli animali che nelle piante, capaci di intervenire in processi fondamentali quali lo
sviluppo e la risposta alle malattie ed agli stress abiotici. Nel genoma del carciofo sono stati trovati 73
differenti micron, alcuni dei quali presenti in decine o centinaia di copie nel genoma. "La decodifica del
suo genoma - afferma Luigi Cattivelli, direttore del CREA Genomica Vegetale che ha contributo al
progetto - è un passo fondamentale per comprendere le basi genetiche dei caratteri di interesse
agronomico come le resistenze alle malattie, ma anche per identificare i geni che controllano le
particolari caratteristiche nutrizionali ed organolettiche, molto apprezzate in cucina. Queste conoscenze
- conclude - permetteranno di migliorare le varietà coltivate, ma anche di difendere le peculiarità delle
varietà piu' pregiate". Il prossimo obiettivo degli scienziati sara' il sequenziamento del grano duro,
un'altra tipica coltura italiana. (ITALPRESS). ads/com 26-Gen-16 16:05 NNNN
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RICERCA. CREA: ANCHE NOSTRO CONTRIBUTO A
DECODIFICA GENOMA CARCIOFO
(DIRE) Roma, 26 gen. - Anche il Crea, il piu'' importante ente italiano di ricerca agroalimentare, ha
partecipato al consorzio internazionale, coordinato dall''Universita'' degli Studi di Torino, che,
nell''ambito del Compositae Genome Project (Cgp), ha sequenziato il genoma del carciofo. Nello
specifico, il Crea, con il suo Centro di ricerca per la Genomica vegetale, ha contribuito all''attivita'' di
annotazione dei geni sul genoma, cioe'' a quella parte del lavoro di sequenziamento in cui si da'' un
nome e, quando possibile, una presunta funzione ai vari geni. In particolare, i ricercatori Crea hanno
identificato una specifica categoria di geni, quelli codificanti per microRNA. Si tratta di piccole molecole
con funzione regolatrice, presenti sia negli animali che nelle piante, capaci di intervenire in processi
fondamentali quali lo sviluppo e la risposta alle malattie ed agli stress abiotici. Nel genoma del carciofo
sono stati trovati 73 differenti microRNA, alcuni dei quali presenti in decine o centinaia di copie nel
genoma. Un risultato importante, appena pubblicato su Scientific Reports- la prestigiosa rivista del
gruppo Nature- non solo per la nostra ricerca, ma anche per la nostra agricoltura. Basti pensare che
l''Italia e'' il primo produttore mondiale di carciofi e che questa coltura tipica, con le sue peculiari
caratteristiche organolettiche, e'' al centro di tanti piatti e ricette della nostra cultura alimentare, dal
Piemonte alla Sicilia. "La decodifica del suo genoma- afferma Luigi Cattivelli, direttore del Crea
Genomica Vegetale che ha contributo al progetto- e'' un passo fondamentale per comprendere le basi
genetiche dei caratteri di interesse agronomico come le resistenze alle malattie, ma anche per
identificare i geni che controllano le particolari caratteristiche nutrizionali ed organolettiche, molto
apprezzate in cucina. Queste conoscenze permetteranno di migliorare le varieta'' coltivate, ma anche di
difendere le peculiarita'' delle varieta'' piu'' pregiate". Ora, il prossimo obiettivo degli scienziati sara'' il
sequenziamento del grano duro, un''altra tipica coltura italiana. A tal fine, il Crea, e'' impegnato sia con
il suo Centro di Genomica sia con quello di Cerealicoltura, in un consorzio internazionale che
comprende, tra i partner italiani, anche Cnr, Universita'' di Bologna, Enea. Cosi'' in un comunicato il
Crea. (Comunicati/Dire) 15:36 26-01-16 NNNN
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RICERCA: DECODIFICATO GENOMA CARCIOFO,
ANCHE IL CREA NEL TEAM
(AdnKronos) - "La decodifica del genoma del carciofo -afferma Luigi
Cattivelli, direttore del Crea Genomica Vegetale che ha contributo al
progetto- è un passo fondamentale per comprendere le basi genetiche
dei caratteri di interesse agronomico come le resistenze alle
malattie, ma anche per identificare i geni che controllano le
particolari caratteristiche nutrizionali ed organolettiche, molto
apprezzate in cucina".
Queste conoscenze, aggiunge lo studioso, "permetteranno di migliorare
le varietà coltivate, ma anche di difendere le peculiarità delle
varietà più pregiate".
E dopo il carciofo, prossimo obiettivo degli scienziati è il
sequenziamento del grano duro, altra tipica coltura italiana, su cui
il Crea è impegnato sia con il suo Centro di Genomica sia con quello
di Cerealicoltura, in un consorzio internazionale che comprende, tra i
partner italiani, anche Cnr, Università di Bologna, Enea.
(Red/AdnKronos)
ISSN 2465 – 1222
26-GEN-16 15:51
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