A.M.E.R. Onlus - 2° Corso/workshop sulla sistematica molecolare

2° CORSO/WORKSHOP SULLA SISTEMATICA MOLECOLARE FUNGINA
Cari amici e soci, l’AMER, Associazione Micologica ed Ecologica Romana, Onlus, sulla scorta degli ottimi
risultati ottenuti nella prima edizione, ha deciso di organizzare una seconda sessione del
CORSO/WORKSHOP SULLA SISTEMATICA MOLECOLARE FUNGINA. Come si era già detto, questo tipo
di corsi hanno lo scopo di riempire quel vuoto di conoscenza che si sta creando tra tutti coloro che a vario
titolo studiano i funghi e il mondo della micologia nel momento in cui in campo micologico, ai fini di una
ricerca più approfondita, si fa ricorso all’analisi molecolare. Ciò rende necessario acquisire una cultura
scientifica più avanzata imparando a leggere i dati delle sequenze effettuate da laboratori specializzati nelle
estrazioni del DNA in modo da renderci autonomi nell’interpretazione dei dati ottenuti.
Il corso in questione sarà articolato, come il precedente in sei giorni full-time e si svolgerà in due week end
(orientativamente dalle 9 alle 17 di venerdì, sabato, domenica), il primo dal 1 al 3 e il secondo dal 15 al 17
aprile 2016. La scelta di svolgere il corso nei week end intende favorire coloro che lavorano, non
costringendoli a ricorrere all’uso di un periodo di ferie prolungato. Il corso sarà tenuto da due docenti
dell'Università di Torino, Dr. Enrico Ercole e Prof. Alfredo Vizzini, e avrà per argomento le materie già
trattate nella prima edizione e delle quali vi diamo una sintesi qui sotto. Il costo previsto è di 300 euro, cifra,
che comprende, oltre al corrispettivo per il corso, il servizio di break coffee per sei giorni, nonché una cena la
sera del sabato del secondo week end come chiusura del corso stesso. Le iscrizioni e un versamento di
anticipo di euro 50 dovranno essere effettuati entro il 28 febbraio 2016. Il pagamento della quota potrà
avvenire tramite bonifico ordinario, intestato a: A.M.E.R. Onlus, Via Sardegna,161, 00187 Roma, presso
Credito Valtellinese – Agenzia 22, Via XX settembre 50/52 – Codice IBAN (per l’Italia): IBAN IT 95 I 05216
03222 000 000 000 340. Unitamente al bonifico si prega di comunicare il proprio indirizzo di recapito, nonché
un indirizzo mail per l’invio della conferma dell’avvenuta iscrizione. I posti a disposizione non potranno
superare orientativamente i venti partecipanti, quindi si invitano tutti gli interessati a comunicare al più
presto la propria adesione. Per evitare l’annullamento del corso, qualora si dovesse verificare che i posti a
disposizione non raggiungano le venti unità, si potrà valutare, di comune accordo con coloro che hanno già
versato l’anticipo, di introdurre una quota aggiuntiva in ragione proporzionale al numero inferiore di iscritti.
Sarà consentito in alternativa il diritto di recesso con restituzione del versato.
In tempi brevi sarà fornito un dettagliato programma del corso.
Argomenti e procedure generali
Nozioni propedeutiche di avvicinamento alla materia / Introduzione sulla sistematica fungina: dalla
sistematica tradizionale al molecolare / La nuova sistematica fungina rivista a seguito dell’utilizzo
dell’analisi molecolare in campo micologico / Biologia molecolare dei funghi: dal DNA all’albero filogenetico
/ Estrazione del DNA dei funghi (da carpoforo fresco o essiccato, da colture in vivo, da campioni di erbario,
da matrici complesse -es. da suolo-): metodi e procedura / Markers molecolari (fungini e non): scelta
fondamentale per le diverse analisi molecolari, sistematiche e filogenetiche / Cosa sono, come si scelgono,
come si utilizzano / Amplificazione dei markers molecolari tramite PCR (con approfondimenti sull’uso della
PCR) / Sequenziamento: cenni sui metodi di sequenziamento tradizionali e di ultima generazione /
Procedura pratica dall’amplicone alla sequenza bioinformatica / Strada alternativa per il sequenziamento di
casi complessi: il clonaggio / Software per la visualizzazione e la manipolazione delle sequenze (Geneious,
Sequencer, Chromas, Mega, SeaView, Mesquite, etc.); stoccaggio dei dati e analisi primarie delle sequenze
(forward/reverse, merge assembling, etc.) / Formati dei files di lavoro (FASTA, NEXUS, PHYLIP, MEG, etc.).
corso/workshop sulla
SISTEMATICA MOLECOLARE FUNGINA
Roma, 1-3 Aprile, 15-17 Aprile 2016
Docente Dr. Enrico Ercole con la collaborazione del Prof. Alfredo Vizzini (Università degli Studi di Torino, Dip. Scienze
della Vita e Biologia dei Sistemi)
Venerdì 1 Aprile:
9:00 - 9:30 Accoglienza/Registrazione partecipanti
9:30 - 11:00 Presentazione del corso/workshop, scopi e obiettivi.
Introduzione Propedeutica: concetti e terminologia di base per la sistematica fungina. Breve introduzione
propedeutica per gettare le basi concettuali e terminologiche sulla sistematica molecolare fungina. Queste poche ore
hanno lo scopo di iniziare (in modo semplice) ad affrontare i difficili argomenti che verranno trattati successivamente (ad
esempio il DNA, la cellula fungina, i marcatori molecolari, dal DNA alla sequenza, etc.).
11:00 - 11:15 Coffee-break
11:15 - 13:00 Introduzione Propedeutica: concetti e terminologia di base per la sistematica fungina. Continuazione.
Propedeutica alla Bioinformatica: Software, files & tutto ciò che ci serve. Introduzione ai software e le tipologie di file
che servono nelle analisi sistematiche, molecolari e filogenetiche.
Propedeutica alla Bioinformatica: File Format. I vari formati con i vari utilizzi. Formati cromatogramma, formati
sequenze e formati di lavoro.
pausa pranzo
14:30 - 16:00 Introduzione del corso: concetti di base per la sistematica fungina. Nozioni basilari sui concetti di
sistematica, tassonomia, filogenesi e classificazione. I caratteri sistematici-tassonomici. Concetto di specie, speciazione ed
evoluzione.
16:00 - 16:15 Coffee-break
16:15 - 18:00 Filogenesi molecolare: alberi filogenetici. Cos’è un albero filogenetico, come è costituito e come si
interpreta. Nozioni basilari sull’albero filogenetico.
Discussioni e tavola rotonda.
Sabato 2 Aprile:
9:00 - 11:00 Biologia molecolare dei funghi: dal campione alla sequenza. DNA fungino, estrazione da carpoforo fresco o
essiccato, da colture in vivo, da campioni di erbario, da matrici complesse -es. da suolo-), metodi e procedura. Marker
molecolari (fungini e non): scelta fondamentale per le diverse analisi molecolari, sistematiche e filogenetiche. Cosa sono,
come si scelgono, come si utilizzano. Amplificazione dei marker molecolari tramite PCR (con approfondimenti sull’uso
della PCR).
11:00 - 11:15 Coffee-break
11:15 - 12:30 Biologia molecolare dei funghi: dal campione alla sequenza: continuazione.
pausa pranzo
14:00 - 14:30 Sequenziamento e cromatogramma: cenni sui metodi di sequenziamento tradizionali e di ultima
generazione. Procedura pratica dall’amplicone alla sequenza bioinformatica. Strada alternativa per il sequenziamento di
casi complessi: il clonaggio. Il cromatogramma dalla A alla Z; lettura, interpretazione, manipolazione.
16:00 - 16:15 Coffee-break
16:15 - 18:00 Tutorial dalla sequenza all’albero filogenetico-1:
Utilizzo dei vari software per l’analisi del cromatogramma. Verifica e pulizia delle sequenze grezze; produzione di
sequenze definitive in formato FASTA e assemblaggio di sequenze forward & reverse; saper riconoscere quando scartare
le sequenze ottenute o evitare di costruire artefatti.
Discussioni e tavola rotonda.
Domenica 3 Aprile:
9:00 - 10:30 Allineamento: l’allineamento di sequenze. Step fondamentale sul quale si basa l’intera analisi filogenetica.
Cos’è, com’è costruito e costituito, la sua importanza e la sua interpretazione e/o manipolazione.
10:30 - 10:45 Coffee-break
10:45 - 12:30 BLAST: ricerca e analisi di sequenze su NCBI + BLAST: ricerca e analisi di sequenze su UNITE. Il BLAST
(Basic Local Alignment Search Tool) e il sito NCBI; una piattaforma dalle infinite risorse da saper utilizzare nel modo
corretto. Il/i database internazionali di sequenze, l’analisi tramite BLAST e la ricerca al suo interno; saper valutare e
interpretare in modo critico e corretto i risultati di ricerca BLAST. Il sito europeo UNITE come piattaforma dedicata alla
micologia; ricerca e analisi delle sequenze nel database UNITE..
pausa pranzo
14:00 - 16:00 Tutorial dalla sequenza all’albero filogenetico-2:
Uso del BLAST su NCBI e UNITE; ricerca nei vari database e con i diversi algoritmi. Pratica e consolidamento delle
tecniche acquisite. Costruzione di dataset per la ricostruzione filogenetica (tree building).
16:00 - 16:15 Coffee-break
16:15 - 17:30 Conclusioni e chiusura lavori prima sessione del corso/workshop
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Venerdì 15 Aprile:
9:00 - 9:30 Accoglienza/Registrazione partecipanti - Ripresa dei “lavori in corso”
9:30 - 10:30 Inferenza filogenetica: la costruzione degli alberi filogenetici
Ripresa degli argomenti della sessione precedente (27-29 Novembre).
Le tracce evolutive nei caratteri molecolari; cambiamenti e modelli evoluti per la ricostruzione filogenetica. Metodi di
ricostruzione filogenetica; metodo di distanza vs metodo dei caratteri, algoritmi e metodi di inferenza. “Tree building”:
analisi e approfondimento dei principali metodi con i software relativi (Neighbour-joining, UPGMA, Minimum
Evolution, Parsimonia Maximum Likelihood, Inferenza Bayesiana). Il metodo del Bootstrap; cos’è e come si interpreta e
metodi analoghi.
10:30 - 10:45 Coffee-break
10:45 - 12:30 Inferenza filogenetica: la costruzione degli alberi filogenetici
Continuazione & Utilizzo dei principali software per l’inferenza filogenetica (pratica).
pausa pranzo
14:00 - 16:00 La sistematica fungina nell’era Molecolare-1: com’è cambiata la sistematica nel regno dei Funghi
dall’approccio tradizionale a quello filogenetico - approfondimento sull’ordine delle Boletales (a cura del Prof. Alfredo
Vizzini).
16:00 - 16:15 Coffee-break
16:00 - 17:30 Discussioni, tavola rotonda e pratica sugli argomenti trattati
Sabato 16 Aprile:
9:00 - 10:30 Inferenza filogenetica: la costruzione degli alberi filogenetici
Approfondimento su RAxML e MrBayes: confronto dei due metodi e pratica sul loro utilizzo. Approfondimento sul
teorema di Bayes e il suo utilizzo nell’inferenza bayesiana.
10:30 - 10:45 Coffee-break
10:45 - 12:30 Tutorial dalla sequenza all’albero filogenetico-3:
Pratica di ricostruzione filogenetica con i vari metodi analizzati.
pausa pranzo
14:00 - 16:00 La sistematica fungina nell’era Molecolare-1: com’è cambiata la sistematica nel regno dei Funghi
dall’approccio tradizionale a quello filogenetico - approfondimento sulle famiglie Hygrophoraceae e Tricholomataceae (a
cura del Prof. Alfredo Vizzini).
16:00 - 16:15 Coffee-break
16:15 - 18:30 Tutorial dalla sequenza all’albero filogenetico-4:
Pratica di ricostruzione filogenetica con i vari metodi analizzati.
18:30 - 19:00 Discussioni, tavola rotonda e pratica generale sull’uso dei software e sugli argomenti trattati
Domenica 17 Aprile:
9:00 - 10:30 Tutorial dalla sequenza all’albero filogenetico-5:
Pratica di ricostruzione filogenetica con i vari metodi analizzati.
10:30 - 10:45 Coffee-break
10:45 - 12:30 Tutorial dalla sequenza all’albero filogenetico-6:
Pratica di ricostruzione filogenetica con i vari metodi analizzati.
pausa pranzo
14:00 - 16:00 Ricostruzione filogenetica PRATICA FINALE, consolidamento degli argomenti trattati e discussione dei
punti critici emersi: tavola rotonda finale.
16:00 - 16:30 Conclusione generale e chiusura lavori
Richieste e informazioni ai partecipanti: PC personale (qualsiasi sistema operativo), materiale già in possesso (campioni,
sequenze, softwares, …). Verrà richiesto ai partecipanti di pre-installare tutti i softwares necessari in modo da non
perdere tempo durante lo svolgimento del corso. La lista dei softwares principali da utilizzare e installare verrà inviata
in tempo utile prima dell’inizio del corso. Si informa inoltre che il NON funzionamento (o funzionamento parziale) di
alcuni softwares, dipende esplicitamente dal PC in possesso. Questi malfunzionamenti sono di natura esclusivamente
informatica. Ogni partecipante è pregato di testare ogni software prima dell’inizio del corso ed eventualmente segnalare
in anticipo malfunzionamenti. La risoluzione di eventuali problemi verrà discussa esclusivamente durante la prima
giornata (nella parte propedeutica), altrimenti al di fuori delle lezioni.
Si fa presente che il corso è di livello universitario.
Per contatti:
Dr. Enrico Ercole
email: [email protected] cell: 346.5232134