ImageJ può tornare molto utile quando si tratta di effettuare un

GEL
ImageJ può tornare molto utile quando si tratta di effettuare un’analisi relativa ai Gel, soprattutto per
ricavare un’analisi di densità, grazie al comando Gels (Analyze ->Gels).
Per l’analisi è necessario utilizzare dei rettangoli, che rappresentano le sezioni che contengono il nostro
segnale, ossia le nostre bande di interesse.
Tenendo presente che per effettuare l’analisi è necessario che tutte le sezioni siano uguali, ossia che i
rettangoli abbiano tutti la stessa dimensione, è meglio utilizzare rettangoli non troppo grandi in modo da
non confondere le bande -> Il primo passo da fare è appunto selezionare le bande utilizzando il comando
“Rectangular Selections”, ossia l’icona con il rettangolino che compare sulla barra degli strumenti
.
Una volta che è stata selezionata la prima riga per confermarla basta andare sul comando Select First Lane
(Analyze -> Gels -> Select First Lane) oppure premere Ctrl+1.
Dopodichè per le linee successive basta selezionarle e premere Ctrl+2 o Select Next Lane.
L’immagine appare di questo tipo:
Una volta che tutte le linee sono state selezionate si può ottenere un diagramma relativo alla densità delle
bande, premendo il comando Plot Lanes (Analyze -> Gels -> Plot Lanes) oppure premendo Ctrl+3.
Il risultato è del tipo:
Per calcolare poi i valori di densità dei picchi
basta utilizzare il comando “Straight Line
Selections”, ossia l’icona con la linea
e
delimitare l’area desiderata .
Per poi calcolare il valore dell’area si utilizza il
comando “Wand Tool”, ossia l’icona con la
bacchetta magica
-> appare una finestra
con indicati i risultati:
È poi possibile inserire sul grafico delle etichette che rappresentano la percentuale del picco rispetto al
totale, tramite il comando “Label Peaks” che si trova sempre sotto Gels -> viene modificata anche la
finestra precedente a cui vengono aggiunti i valori relativi alle percentuali.
N.B. Nelle opzioni dei Gel (Gels -> Gel Analyzer Options controllare che sia selezionata l’opzione Invert
Peaks, altrimenti i picchi vengono mostrati verso il basso. )