Ricerche Microbiologiche: Procedure Standard del Regno

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Ricerche Microbiologiche: Procedure
Standard del Regno Unito
Identificazione di Cocchi Anaerobi
Emesso da Standards Unit, Microbiology Services, PHE
Microbiologia - Identificazione I ID 14 I Emissione no: 3 I Data emissione: 04.02.15 I Pagina 1 di 29
© Crown copyright 2015
Ringraziamenti
Le Procedure Standard del Regno Unito per le Ricerche Microbiologiche (SMI - Standards for
Microbiology Investigations) sono sviluppate sotto l'egida della Public Health England (PHE) in
collaborazione con il Servizio Sanitario Nazionale (NHS - National Health Service), la Sanità
Pubblica del Galles e con le organizzazioni professionali i cui loghi sono di seguito elencati sul sito
web https://www.gov.uk/uk-standards-for-microbiology-investigations-smi-quality-and-consistencyin-clinical-laboratories. Le SMI sono sviluppate, revisionate e controllate da diversi gruppi di lavoro
che sono supervisionati da un comitato direttivo (consultare
https://www.gov.uk/government/groups/standards-for-microbiology-investigations-steeringcommittee).
Si ringraziano per contributi forniti i numerosi operatori dei laboratori clinici, gli specialisti e i laboratori
di riferimento che hanno fornito informazioni e commenti durante lo sviluppo di questo documento. Si
ringraziano i Revisori Medici per le modifiche apportate ai contenuti clinici.
Per ulteriori informazioni contattare:
Standards Unit
Microbiology Services Division
Public Health England
61 Colindale Avenue
London NW9 5EQ
E-mail: [email protected]
Website: https://www.gov.uk/uk-standards-for-microbiology-investigations-smi-quality-andconsistency-in-clinical-laboratories
Le Procedure Standard del Regno Unito per le Ricerche Microbiologiche sono sviluppate con la
collaborazione di:
I loghi sono aggiornati al momento della pubblicazione
Batteriologia – Identificazione I ID 14 I Emissione no: 3 | Data emissione: 04.02.15 | Pagina: 2 di 29
UK Standards for Microbiology Investigations | Emesso da Standards Unit, Public Health England
Contenuti
RINGRAZIAMENTI .....................................................................................................................2
TABELLA MODIFICHE ..............................................................................................................4
RICERCHE MICROBIOLOGICHE STANDARD DEL REGNO UNITO: SCOPO E
OBIETTIVO ........................................................................................................................6
SCOPO DEL DOCUMENTO ......................................................................................................9
INTRODUZIONE .........................................................................................................................9
INFORMAZIONE TECNICA/LIMITAZIONI ...............................................................................14
1
CONSIDERAZIONI SULLA SICUREZZA .......................................................................16
2
MICRORGANISMI BERSAGLIO .....................................................................................16
3
IDENTIFICAZIONE ..........................................................................................................17
4
IDENTIFICAZIONE PRESUNTA DI COCCHI ANAEROBICI ................................ 22
5
REFERTAZIONE ...........................................................................................................23
5
INVIO .............................................................................................................................23
9
NOTIFICA ALLA PHE O EQUIVALENTE .......................................................................24
BIBLIOGRAFIA .......................................................................................................................25
NICE ha accreditato la procedura usata dalla Public Health England per elaborare gli Standards for
Microbiology Investigations. L’accreditamento è valido per 5 anni dal Luglio 2011. Informazioni più
dettagliate sull’accreditamento possono essere consultate: www.nice.org.uk/accreditation.
Per ulteriori informazioni sul nostro accreditamento consultare: : www.nice.org.uk/accreditation
Tabella delle Modifiche
Ciascun metodo SMI possiede una registrazione separata delle correzioni. Quelle attuali sono
specificate in questa pagina. Le precedenti modifiche sono disponibili presso la
[email protected].
I documenti nuovi o revisionati devono essere controllati in ciascun laboratorio in accordo con il
sistema locale di gestione della qualità.
Modifica No/Data.
6/04.02.15
Emissione eliminata. no
2.3
Emissione inserita no.
3
Sezione(i) interessate
Modifica
Intero documento
Collegamenti ipertestuali aggiornati al gov.uk
Pagina 2.
Loghi aggiornati aggiunti.
Aggiornata la tassonomia dei cocchi Anaerobi Gram
negativi e dei cocchi Anaerobi Gram positivi.
Introduzione.
Aggiunte maggiori informazioni alla sezione
Caratteristiche. Menzionate le specie clinicamente
importanti.
Aggiornata la sezione sui Principi d’identificazione per
includere il MALDI-TOF.
Informazione Tecnica/Limitazioni.
Aggiunta informazione per quanto riguarda terreni Agar,
sensibilità al metronidazolo, sistemi d’identificazione
commerciali e MALDI-TOF MS.
Microrganismi Bersaglio.
Aggiornata la sezione sui microrganismi bersaglio e
presentata in modo chiaro.
Eseguiti aggiornamenti su 3.2, 3.3 e 3.4 per riflettere gli
standard nella pratica.
Identificazione.
Aggiornate le Sezioni 3.4.3 e 3.4.4 per includere MALDITOF MS e NAAT con bibliografia.
Aggiornata la sottosezione 3.5 per includere i Metodi
Molecolari Rapidi.
Diagramma di flusso per
identificazione.
Eseguita modifica del diagramma di flusso per
l'identificazione dei cocchi anaerobico per facilitare la
lettura.
Refertazione.
Aggiornata la Sottosezioni 5.3 per riflettere le informazioni
richieste per la procedura di refertazione.
Invio.
Aggiornati gli indirizzi dei laboratori di riferimento. .
Intero documento.
Documento presentato in nuovo format o.
Bibliografia.
Bibliografia in parte aggiornata.
Ricerche Microbiologiche Standard del Regno Unito#:
Scopo e Obiettivo
Utilizzatori delle SMI
• Nel Regno Unito le SMI sono principalmente destinate come risorsa generale ai
professionisti che operano nel campo della medicina di laboratorio e delle malattie infettive.
• Le SMI forniscono ai clinici informazioni in merito allo standard dei servizi di laboratorio
riferibili alle ricerche per la diagnosi delle infezioni nei loro pazienti e le documentazioni
forniscono indicazioni che facilitano la prenotazione elettronica di tests appropriati.
• Le SMI forniscono gli standard per le ricerche microbiologiche anche ai responsabili della
sanità pubblica che devono considerarle come parte delle procedure da adottare per la
salute (sia clinica che pubblica) per la propria popolazione.
Informazioni di Base per le SMI
Le SMI comprendono algoritmi e procedure raccomandate che riguardano tutte le componenti del
processo diagnostico dalla fase pre-analitica (sindrome clinica) alle diverse fasi analitiche (prove di
laboratorio) e post-analitiche (interpretazione e comunicazione dei risultati).
Gli algoritmi delle sindromi sono corredati da informazioni più dettagliate contenenti consigli sulle
indagini per specifiche malattie e infezioni. Note orientative riguardano il contesto clinico, la diagnosi
differenziale e indagini appropriate per particolari condizioni cliniche. Le note orientative descrivono
metodologie di laboratorio essenziali che sono alla base della qualità, ad esempio la validazione
della prova.
La Standardizzazione del processo diagnostico conseguente all'adozione delle SMI consente di
garantire in tutto il Regno Unito strategie d’indagine equivalenti nei diversi laboratori ed è una
condizione essenziale per interventi nel campo della sanità pubblica, della sorveglianza, e per le
attività di ricerca e di sviluppo.
Collaborazione Paritaria
La preparazione e stesura delle SMI è effettuata mediante collaborazione paritaria fra PHE, NHS,
Royal College of Pathologists e le organizzazioni professionali.
L'elenco delle organizzazioni partecipanti può essere trovato su sito https://www.gov.uk/ukstandards-for-microbiology-investigations-smi-quality-and-consistency-in-clinical-laboratories.
L'inclusione del logo di una organizzazione in una SMI implica il sostegno degli obiettivi e del
processo di preparazione del documento. I rappresentanti delle organizzazioni professionali fanno
parte del comitato direttivo e dei Gruppi di Lavoro che sviluppano le SMI. Le opinioni dei
rappresentanti possono non essere rigorosamente conformi a quelle dei membri delle
organizzazioni a cui appartengono né a quelle delle loro organizzazioni. I rappresentanti prescelti
rappresentano uno strumento bidirezionale per la consultazione e dialogo. Le opinioni espresse
sono ricercate con un processo di consultazione.
Le SMI sono sviluppate, revisionate ed aggiornate con un ampio processo di consultazione
#
Microbiologia è usato come termine generico per includere le due specialità di Microbiologia Medica riconosciute dal GMC (General Medical
Council), (che comprende Batteriologia, Micologia e Parassitologia) e la Virologia Medica.
Assicurazione di Qualità
Il NICE (National Institute for Health and Care Excellence) ha accreditato la procedura utilizzata dai
Gruppi di Lavoro per produrre le SMI L’accreditamento è applicabile a tutte le linee guida prodotte
dall’Ottobre del 2009. La procedura per lo sviluppo delle SMI è certificata dalla ISO 9001:2008.
Le SMI rappresentano una procedura standard di buona qualità pratica alla quale si devono
attenere per la propria attività tutti i laboratori di microbiologia clinica e di sanità pubblica del Regno
Unito. Le SMI sono accreditate dal NICE e non rappresentano gli standard minimi di attività, e
neppure il più alto livello di complesse indagini di laboratorio disponibili nel Regno Unito.
Utilizzando le SMI, i laboratori dovranno tenere conto delle esigenze locali e intraprendere ricerche
addizionali qualora opportune. Le SMI aiutano i laboratori a soddisfare i requisiti
dell’accreditamento con la promozione di procedure d’elevata qualità che possono essere
verificate. Le SMI forniscono inoltre un punto di riferimento per lo sviluppo del metodo.
Le prestazioni della SMI dipendono dal personale ben addestrato e dalla qualità dei reagenti e
delle attrezzature utilizzate. I laboratori dovrebbero assicurare che tutti i reagenti di tipo
commerciale e quelli messi a punto in laboratorio siano stati validati e risultati idonei allo scopo. I
laboratori devono partecipare a programmi di valutazione di qualità esterni ed eseguire le relative
procedure del controllo di qualità interno.
Coinvolgimento del Paziente e della Comunità
Nello sviluppo delle SMI i rispettivi Gruppi di Lavoro sono impegnati per favorire il coinvolgimento
dei pazienti e dell’opinione pubblica. Grazie al coinvolgendo pubblico, di operatori sanitari,
ricercatori e organizzazioni di volontariato la SMI risultante sarà strutturalmente valida e atta a
soddisfare le esigenze dell'utente. L’opportunità di partecipazione per contribuire alla
consultazione è estesa al pubblico con l’accesso libero al nostro sito web
Informazione della Gestione e dei Dati Sensibili
La PHE è un’organizzazione che condivide le direttive Caldicott. Ciò significa prendere ogni
possibile precauzione per prevenire la diffusione non autorizzata di informazioni sui pazienti e di
garantire che le informazioni relative agli stessi siano mantenute in condizioni di sicurezza.
Lo sviluppo di metodi SMI è assoggetto agli obiettivi PHE di Uguaglianza
https://www.gov.uk/government/organisations/public-health-england/about/equality-and-diversity.I
Gruppi di Lavoro SMI sono impegnati a raggiungere gli obiettivi di parità di consultazione efficace
con gli appartenenti al pubblico, i partner, le parti interessate ed i gruppi specialistici coinvolti.
Dichiarazione Legale
Mentre ogni cura è stata intrapresa per la preparazione delle SMI, PHE e ogni altra
organizzazione di sostegno, deve, per quanto possibile in base a qualunque legge vigente,
escludere la responsabilità per tutte le perdite, costi, reclami, danni o spese derivanti da o
connessi all'uso di una SMI o con qualsiasi informazione ivi contenuta. Se si apportano modifiche
a una SMI, si deve porre in evidenza dove e da chi sono state effettuate tali modifiche.
Le conoscenze di base e la tassonomia microbica per la SMI sono le più complete possibili, al
momento della pubblicazione. Eventuali omissioni e nuove informazioni saranno considerate nel
corso della prossima revisione. Queste procedure standard (SMI) possono essere sostituite solo
da revisioni dello standard, azione legislativa, o in seguito ad indicazioni da parte dell’ente
accreditato NICE.
I diritti d’autore delle SMI sono della “Crown” e questi dovrebbero essere riconosciuti quando
appropriato.
Citazione Suggerita per questo Documento
Public Health England. (2015). Identification of Anaerobic Cocci. UK Standards for Microbiology
Investigations. ID 14 Emissione 3. https://www.gov.uk/uk-standards-for-microbiologyinvestigations-smi-quality-and-consistency-in-clinical-laboratories
Scopo del Documento
Questa SMI descrive le procedure per l’identificazione dei batteri cocchi anaerobi.
I microrganismi anaerobi sporigeni sono descritti in:
ID 8 - Identification of Clostridium species.
I bastoncini Gram negativi anaerobi sono descritti in:
ID 25 – Identification of anaerobic gram negative rods.
ID 15 – Identification anaerobic actinomyces species e
ID 10 - Identification of aerobic actinomycetes riguarda l’identificazione di actinomicet
Questa SMI deve essere usata insieme alle altre SMI.
Introduzione
Tassonomia
Cocchi Anaerobi Gram negativi
I cocchi Gram negativi sono classificati in quattro generi, ma solo tre di loro sono riconosciute
capaci di causare infezioni nell’uomo al momento dell’emissione di questo documento;
Acidaminococcus, Megasphaera e Veillonella.
Cocchi Anaerobi Gram positivi
La classificazione dei cocchi anaerobi Gram-positivi è in continua evoluzione con l'aumento di
nuove specie e loro riclassificazione in nuovi generi1. Attualmente sono sei i generi noti di cocchi
anaerobi Gram-positivi che possono essere isolati dagli esseri umani. Questi includono
Peptostreptococcus, Peptoniphilus, Parvimonas, Finegoldia, Anaerococcus e Peptococcus. La
maggior parte degli isolati umani appartiene a Peptostreptococcus, Peptoniphilus e Anaerococcus2
Caratteristiche
Le specie clinicamente importanti sono;
Specie Veillonella
Sono ora note 13 specie e 7 sottospecie di questo genere3. Poche sottospecie sono state
riclassificate all'interno del genere. Questw rappresentano gli unici cocchi Gram-negativi anaerobi
che sono più frequentemente isolati da materiale clinico umano e raramente in coltura pura. Le
specie Veillonella sono costituite da piccoli cocci asaccarolitici presenti come diplococchi e in corte
catene, con diametro di circa 0.3-0.5 μm. Non sono mobili e non formano spore. Le loro esigenze
nutrizionali sono complesse, richiedono CO2 per la crescita. La temperatura ottimale di crescita è
di 30-37°C. Queste specie emettono fluorescenza se esposte a luce ultravioletta (365nm), ma ciò
dipende dallle caratteristiche del terreno e può decadere dopo pochi minuti di esposizione
all’ossigeno. Sono ossidasi e catalasi negative, ma alcune specie producono un’atipica catalasi
carente di porfirina. Fermentano piruvato, lattato, malato, fumarato e ossalacetato ma non i
carboidrati e i polioli. Non producono indolo e riducono il nitrato a nitrito4.
Si trovano nella cavità orale, nel tratto intestinale e respiratorio dell'uomo. Sono state implicate in
rari casi di meningite, osteomielite, infezioni pleuropolmonari, endocardite e patologia
parodontale5.
Specie Megasphaera
Sono ora note 5 specie appartenenti a questo genere6. Le cellule sono costituite da cocci con 0.42.0 μm o più di diametro e che si presentano in coppie o occasionalmente in catenelle. Sono
rigorosamente anaerobie e non mobili e non formano spore. La crescita avviene a 25-40° C, ma
generalmente non a 45° C. Sono catalasi e indolo negative. Fermentano lattato e glucosio con
produzione di acidi grassi a catena corta, CO2, e poco H27.
Su agar sangue, le colonie sono rotonde, convesse, lucide, traslucide con superficie liscia e
diametro di circa 0.5-1.0 mm, non sono pigmentate e non emolitiche. Sono leggermente ruvide e di
consistenza da aderente a butirrosa.
Si trovano nelle feci e dell'intestino dell'uomo e anche in altri campioni clinici come gli ascessi8.
Specie Acidaminococcus
Ora sono note 2 specie appartenenti a questo genere9. Le cellule sono costituite da cocci, con
diametro di 0.6-1.0 μm, spesso presenti come diplococchi ovali o reniformi. Sono strettamente
anaerobie e non compare crescita sulla superficie delle piastre di agar incubate in aria. La loro
temperatura ottimale di crescita è 30-37° C. Le esigenze nutrizionali sono complesse. Le colonie
su agar sangue sono in genere di circa 0.1-0.2 mm di diametro e rotonde, margine continuo,
leggermente rialzate, e colore biancastro grigio o quasi trasparente, non pigmentate e non
emolitiche. Sono ossidasi e catalasi negative. Gli amminoacidi, e fra questi l'acido glutammico è il
più importante, potrebbero servire come unica fonte di energia per la crescita. Producono acido
acetico e butirrico e CO2, ma non acido propionico e idrogeno10.
I microrganismi sono stati isolati nell'intestino dell'uomo e anche da altri campioni clinici11.
Cocchi Anaerobi Gram-positivi
Le specie clinicamente importanti sono;
Specie Peptococcus
Al genere Peptococcus appartiene ora una sola specie, Peptococcus niger12. Tipicamente, le
cellule hanno diametro di 0.3-1.3 μm disposte singolarmente, in coppie o in raggruppamenti,
crescono molto lentamente. Non sono mobili. Su agar sangue, le colonie appaiono come piccole
perle nere, tonde, lisce e scintillanti, non emolitiche. Producono pigmento nero dopo cinque giorni
d’incubazione, ma è perso sulla sottocultura. Tuttavia, su agar infusione di carne peptone, sono
formate colonie profonde, nere, da isolati freschi e da ceppi che non avrebbero formato a lungo
pigmento sulle piastre di agar sangue1.
I batteri sono catalasi positivi e non fermentano i carboidrati. Si differenziano da
Peptostreptococcus anaerobius per la loro incapacità di fermentare i carboidrati e per la
pigmentazione nera su agar sangue.
Sono state isolati da campioni clinici umani - tampone ombelicale, ascesso rettale e da tampone in
sede vaginale.
Specie Peptostreptococcus
Sono ora note 4 specie validamente pubblicati appartenenti a questo genere, di queste, solo 2
causano infezioni nell'uomo - P. anaerobius e P. stomatis che è stata recentemente identificata13.
Le cellule assumono forma di cocchi e coccobacilli, non sono mobili. Variano di dimensione da 0.32.0 μm e di solito sono disposte in catene, coppie, tetradi o grappoli; la maggior parte delle specie
sono presenti come catene o a grappolo. La maggior parte delle specie conserva bene la
colorazione di Gram, ma alcune presentano il caratteristico aspetto da decolorazione dopo
un'incubazione di 48 ore. La crescita su agar sangue arricchito è più rapida rispetto ad altre specie
di cocchi Gram positivi anaerobi (CGPA); la maggior parte dei ceppi forma colonie caratteristiche,
1 millimetro di diametro dopo 24 ore, colore grigio con centro bianco lievemente rialzato, di solito
emana un caratteristico odore dolciastro. Sono batteri debolmente saccarolitici, catalasi e indolo
negativi. Non riducono i nitrati a nitriti.
I microrganismi sono state anche isolate da ascessi di numerose sedi da campioni clinici umani
includenti cervello, orecchio, mascella, cavità pleurica, sangue, liquido spinale, congiuntivale e
pelvico, regione urogenitale e addominale. Sono principalmente associati a sedi d’infezione miste
ma in alcune segnalazioni sono state isolati in culture pura1.
Specie Peptoniphilus
Algenere Peptoniphilus appartengono ora 12 specie validate e pubblicate, delle quali 10 state
isolate da campioni clinici umani14. Le cellule sono a forma di cocci non mobili e possono
presentarsi in coppie, corte catene, tetradi o piccoli gruppi. Su agar sangue le colonie sono di
colore grigio, convesse, circolari, margine continuo, opache, con diametro di 2 - 3 millimetri e un
picco centrale bianco. Non fermentano i carboidrati. Il principale prodotto finale del metabolismo da
terreno peptone/estratto di lievito/glucosio (PYG - Peptone Yeast Extract Glucose) è l'acido
butirrico. I risultati del test dell’indolo sono ceppo-dipendenti. Le specie sono negative la coagulasi
tranne Peptoniphilus indolicus15.
Queste specie sono spesso isolate da diversi campioni clinici umani, quali perdite vaginali,
dall'ovaio e ascessi peritoneali. Inoltre il microrganismo è stato isolato da ulcera sacrale umana e,
nell’uomo, da un abscessi della ghiandola lacrimale1.
Specie Parvimonas
Al genere Parvimonas appartiene ora una sola specie, Parvimonas micra16. Le cellule sono a
forma di cocchi non mobili che si presentano in catenelle. Non fermentano i carboidrati e sono
indolo, coagulasi e ureasi negative. Le loro colonie hanno un diametro di 1 mm e di solito sono di
colore bianco, cupoliformi, scintillanti e di tipicamentye circondate da un alone di colore giallomarrone di agar sbiadito ampio fino a 2 mm su piastre di agar sangue arricchito. Questa specie
possono formare 2 tipi di colonie; una a morfologia liscia (S), riconoscibile da colonie bianche, a
forma di cupola, mucose; e una a morfologia rugosa (R), che produce colonie bianche secche con
bordi rugosi. Questi due tipi di colonie sono distinguibili con prove sierologiche; il tipo di colonia S
rappresenta il sierotipo a, mentre la colonia R rappresenta il sierotipo b. Possono essere isolati
entrambi i tipi da campioni della placca sub-gengivale; il tipo R è sempre isolato associato al tipo
S, mentre il tipo S può anche essere isolato da solo17.
I batteri sono isolati dalle placche dentali nella maggior parte dei pazienti affetti da parodontite.
Spesso sono isolati da altre infezioni orali, quali lesioni di origine endodontica e infezioni
peritonsillari. Questa specie è anche comunemente isolata da ascessi associati alle infezioni
anaerobiche miste in tutte le parti del corpo umano; da casi di infezioni da ascessi polimicrobici
polmonari e cerebrali, infezioni del tratto genitale femminile, ed endocardite1.
Specie Finegoldia
Al genere Finegoldia appartiene ora una sola specie, Finegoldia magna18. Le cellule variano di
diametro da 0.8 - 1.6 μm e si presentano prevalentemente in agglomerati, ma talvolta in coppie o
corte catene. La crescita in vitro è relativamente lenta. Su agar sangue arricchito, dopo 2-5 giorni
le colonie presentano diametro di 1-2 mm. Il colore delle colonie è di solito trasparente, ma può
variare da bianco a grigio e anche giallo.
L'acido acetico è il principale prodotto di fermentazione e la maggior parte dei ceppi produce
debole acidità dal fruttosio e solo pochi ceppi dal glucosio1. I peptoni e gli aminoacidi possono
essere utilizzati come principali fonti energetiche. Non producono coagulasi, indolo e ureasi.
Sono state spesso isolate da campioni patologici umani, in particolare da infezioni della cute,
tessuti molli, ossa e articolazioni19-21. Sono state inoltre isolate da una ferita addominale1. Questo
microrganismo è stato associato a più sindromi cliniche - incluse le infezioni cardiache e
polmonari, quali l'endocardite primitiva e da protesi valvolari, pericardite, mediastinite, polmonite
necrotizzante, empiema, cute, tessuti molli e infezioni muscolo-scheletriche, quali fascite
necrotizzante, artrite settica, infezioni articolari primitive e protesiche e vaginosi polimicrobica21.
Specie Anaerococcus
Ora sono note 7 specie validamente pubblicate e tutte coinvolgono l’uomo22. Le cellule presentano
forma di cocchi non mobili in coppie, tetradi, agglomerati irregolari o catenelle. Le cellule isolate
sono di dimensioni variabili da 0.6-0.9 μm di diametro. Sulla piastra di agar sangue dopo 5 giorni le
colonie sono grigie, piatte o poco convesse, margine continuo, circolare, spesso opache, 1-2 mm
di diametro con centri più bianchi. Metabolizzano peptoni e aminoacidi e i principali prodotti
catabolici finali sono acido butirrico, acido lattico e piccole quantità di acidi propionico e succinico.
La maggior parte delle specie è in grado di fermentare alcuni carboidrati, ma la maggior parte sono
debolmente fermentanti. I principali zuccheri fermentati sono glucosio, fruttosio, saccarosio e
lattosio. La maggior parte delle specie non produce indolo e sono ureasi e coagulasi negative15.
I componenti del genere sono di solito isolati dalle secrezioni purulente vaginali e da numerose
altre secrezioni purulenti umane15.
Altri cocchi Gram-positivi associati a infezione umana sono;
Specie Atopobium
Sono note cinque specie appartenenti a questo genere23. La colorazione Gram è positiva e rileva
piccoli coccobacilli o elementi a forma ellittica; i batteri non sono mobili, si presentano isolati, in
coppia o in corte catene. Non formano spore e crescono solo in condizioni anaerobiche (a 25-45°
C), come piccole colonie non-emolitiche di colore grigiastro. Sono anche noti per produrre grandi
quantità di acido lattico dalla fermentazione dei carboidrati. Sono indolo, catalasi e ureasi negativi.
Le specie Atopobium fanno parte del microbiota commensale umano e sono state segnalate solo
raramente nelle infezioni orali, nelle ferite addominali, sangue, ascessi pelvici, e nella maggior
parte dei casi, questi batteri sono stati trovati associati con altri microorganisms24. Inoltre è stato
isolato da donne con ascesso tubo-ovarico e da un soggetto sano25.
Specie Coprococcus
A questo genere appartengono tre specie26. Le cellule non sono mobili, a forma di cocchi che di
solito si presentano in coppie. Le cellule possono essere facilmente decolorate, soprattutto in
terreni contenenti un carboidrato fermentabile. Sono di solito tonde, con diametro di 0.7-1.3 μm;
possono essere leggermente allungate in coltura di estratto di lievito peptone glucosio(PY). Su
agar sangue incubato per 2 giorni in condizioni anaerobiche, le colonie superficiali sono puntiformi,
circolari, margine continuo, convesse, traslucide, di colore biancastro, lisce, lucide, e prive di
attività emolitica27.
Fermentano attivamente i carboidrati, producendo acido butirrico e acetico da acido formico o
propionico e o lattico a differenza dei ruminococci. I carboidrati fermentabili sono necessari e
particolarmente stimolanti per la crescita e le sottocolture continue, a differenza di Peptococcus e
Peptostreptococcus, mentre i peptoni sono utilizzati come fonte di azoto.
Può essere isolato dalle feci umane27.
La specie tipo è Coprococcus eutactus.
Specie Ruminococcus
A questo genere appartengono 18 specie, delle quali 11 sono state riclassificate nei generi Blautia
e Trichococcus28. Le cellule assumono forma di cocchi non mobili che si presentano in catene o a
coppie e non producono spore. Possono fermentare la cellulosa e altri carboidrati, con la
produzione di acido succinico. Su agar, le cellule sembrano quasi sferiche con diametro di 0.8-0.9
μm. Producono anche pigmento giallo sulla cellulosa. Sono catalasi, indolo e ureasi negative.
Queste specie si riscontrano in gran numero nel rumine di bovini e ovini, e probabilmente anche in
quello di altri ruminanti e nel cieco e colon dei mammiferi erbivori29. Sono state isolate anche nelle
feci umane27.
La specie tipo è R. flavefaciens.
Specie Sarcina
Due sono le specie appartenenti a questo genere - Sarcina massima e Sarcina ventriculi30. Le
cellule sono a forma di cocchi e hanno una disposizione cellulare cuboidale. Su agar sangue, le
colonie sono di colore giallo pallido, diametro di 2-4 mm, e nel terreno sono solitamente circondate
da un alone giallo.
Fermentano i carboidrati e riducono i nitrati. La principale differenza tra le due specie è evidenziata
dal rilievo che S. maxima non presenta cellulosa extracellulare e produce acido butirrico dal
glucosio, mentre S. ventriculi produce cellulosa extracellulare ed etanolo e non acido butirrico dal
glucosio.
Sono state isolate da contenuto gastrico e feci di pazienti con disturbi gastrointestinali e sono state
anche segnalate nelle feci di adulti sani31.
Specie Blautia
Ora sono dieci le specie appartenenti al genere, nove sono state isolate nelle feci umane (Blautia
coccoides, Blautia faecis, Blautia hansenii, Blautia hydrogenotrophica, Blautia luti, Blautia
producta, Blautia schinkii, Blautia stercoris e Blautia wexlerae)32.
Le cellule sono di forma ovale o coccoide, non mobili, sono spesso osservate estremità affusolate.
Non sono normalmente osservate spore, ma possono essere prodotte da alcuni ceppi. Le colonie
su agar sangue presentano diametro di 1-2mm, sono grigie con un centro bianco, umbonate e
opache con bordi continui.
I batteri sono chemio-organotrofi e anaerobi obbligati, avendo un catabolismo di tipo fermentativo.
Alcune specie utilizzano H2/CO2 come principali fonti di energia. I cataboliti più prodotti dal
metabolismo del glucosio sono acetato, etanolo, idrogeno, lattato e succinato. Sono indolo e
catalasi negativi, ma sono positivi per l’ureasi33.
La specie del genere tipo è la forma coccoide di Blautia.
Specie Murdochiella
Al genere Murdochiella appartiene ora una sola specie, Murdochiella asaccharolytica, che è il tipo
della specie34. Le cellule sono costituite da cocci e non mobili. Misurano 0.5-0.6 mm di diametro e
si presentano in coppie e corte catene. Sono anaerobie obbligate. Su piastre di agar sangue a 5
giorni le colonie sono grigie, piatte o lievemente convesse, circolari, a margine continuo, bianche e
opache, con diametro di 2-3 mm.
Si batteri sono indole positivi, catalasi e ureasi negativi. Il nitrato non è ridotto. I carboidrati non
sono fermentati. In brodo, sono prodotte grandi quantità di acido lattico e moderate quantità di
acido acetico, butirrico e acido succinico.
Sono stati isolati nell’uomo da campioni di ferita35.
Principi d’Identificazione
Le colonie sono di solito isolate su agar con o senza neomicina per anaerobi esigenti o agar
sangue incubato in anaerobiosi. Possono essere caratterizzate dalla loro morfologia, colorazione
Gram e sensibilità al metronidazolo. Alcune specie possono richiedere più di 48 ore d’incubazione
per produrre crescita visibile. Alcuni anaerobi sono sensibili alla neomicina; tutti i campioni
provenienti da sedi normalmente sterili devono essere coltivati su agar neomicina selettivo e con
un agar non selettivo. L’identificazione è appropriata solo se clinicamente richiesta.
La classificazione delle molte specie anaerobie a o anche a livello di genere richiede altri test
biochimici, quali la fluorescenza con luce a onda lunga UV (365 nm), produzione di pigmenti, test
di fermentazione dei carboidrati o analisi metabolica sul prodotto finale con GLC. Può essere
eseguita un’identificazione successiva utilizzando confezioni commerciali. Può essere usata
iun’dentificazione molecolare completa, quale ad esempio MALDI-TOF MS, in grado di classificare
i cocchi anaerobi isolati a livello di specie.
L’identificazione di microrganismi clinicamente significativi o inusuali può essere eseguita
dall’Anaerobe Reference Laboratory, Cardiff.
Informazione Tecnica/Limitazioni
Terreni agar
L’agar Neomicina è usato come terreno selettivo per anaerobi, ma in certi casi, a causa delle
caratteristiche inibitorie dell’agar, alcuni anaerobi possono non crescere.
Sensibilità al Metronidazolo
Nel laboratorio diagnostico clinico, la sensibilità al metronidazolo è spesso utilizzata come
indicatore della presenza di un anaerobio nel campione clinico. Tuttavia è in fase di registrazione,
un numero crescente di anaerobi resistenti al metronidazolo (ad esempio specie
Peptostreptococcus, specie Anaerococcus, Atopobium vaginae, e, con un tale approccio, questi
microrganismi possono essere persi. E 'importante considerare la possibilità in taluni campioni o
situazioni in cui sono clinicamente sospettati gli anaerobi, di un coinvolgimento di questi batteri
indipendentemente dalla sensibilità al metronidazolo 36,37.
Confezioni Commerciali d’Identificazione
Le banche dati correlate alle confezioni commerciali sono spesso incomplete o inesatte, e con il
rapido aumento del numero delle nuove specie di cocchi anaerobi descritti, questo diventerà un
grande problema. Inoltre, l'interpretazione dei risultati dei test comporta un giudizio soggettivo
consistente ad esempio Anaerococcus vaginalis può essere identificato erroneamente come
Anaerococcus tetradius o Anaercoccus prevotii, così come i batteri Atopobium vaginae che non
sono prontamente identificati dalle confezioni diagnostiche commerciali e quindi i loro risultati
devono essere interpretati con cautela e correlati a quelli di altri accertamenti25,38,39.
MALDI-TOF MS
Il metodo MALDI-TOF ha particolare importanza per l'identificazione di routine di agenti patogeni
che richiedono tempi lunghi d’incubazione per l'isolamento, e sono biochimicamente inattivi, come i
batteri anaerobi. Tuttavia, la possibilità d’identificare le specie anaerobie ora non è efficace come
lo è per l'identificazione di routine specialmente a livello di altri gruppi di batteri. Pertanto, l'uso di
analisi di verifica successive sarà probabilmente necessario per ancora qualche tempo. E’ richiesto
che le banche dati esistenti siano ampliate e ottimizzate per migliorare l’accuratezza dei
risultati40,41.
1
Considerazioni sulla Sicurezza42-58
Fare riferimento alle linee guida sulla sicurezza della manipolazione per tutti i microrganismi
presentati in questo SMI.
Eseguire le procedure di laboratorio che generano aerosol infettivi in cabina di sicurezza
microbiologica.
Le linee guida precedentemente esplicitate devono essere supplementate con la COSHH locale e
con la valutazione del rischio.
E’ essenziale il rispetto delle regolamentazioni di spedizione postale e di trasporto.
2
Microrganismi Bersaglio
Cocchi Anaerobi Gram negativi2,8,11
Specie Veillonella segnalate che hanno causato infezione umana
V. parvula, V. atipico, V. dispar, V. montpellierensis, V. rogosae, V. tobetsuensis
Specie Acidaminococcus segnalate che hanno causato infezione umana
A. fermentans, A. intestini
Specie Megasphaera segnalate che hanno causato infezione umana
M. elsdenii, M. micronuciformis
Cocchi Anaerobi Gram positivi1,36,59
Specie Peptococcus segnalate come causa d’infezione nell’uomo
P. niger
Specie Peptoniphilus segnalate che hanno causato infezione nell’uomo59
P. assacharolyticus, P. harei, P. ivorii, P. lacrimalis, P. gorbachii, P. olsenii, P. coxii, P. duerdenii,
P. koenoeneniae, P. tyrrelliae,
Specie Peptostreptococcus segnalate che hanno causato infezione nell’uomo
P. anaerobius, P. stomatis
Specie Anaerococcus segnalati che hanno causato infezione nell’uomo
A. prevotii, A. Ottavio, A. hydrogenalis, A. Tetradio, A. vaginalis, A. murdochii, A. lactolyticus
Specie Finegoldia segnalate che hanno causato infezione nell’uomo
F. magna
Specie Parvimonas segnalate che hanno causato infezione nell’uomo
P. micra
Altri generi di cocchi Gram positivi anaerobi segnalati come causa d’infezione
nell’uomo
Atopobium parvulum, Atopobium minutum, Atopobium rimae, Atopobium vaginae, Coprococcus
eutactus, Coprococcus comes, Coprococcus catus, Sarcina ventriculi, Ruminococcus
champanellensis, Ruminococcus faecis, Ruminococcus gauvreauii, Blautia hansenii, Blautia
producta, Blautia hydrogenotrophica, Blautia luti, Murdochiella asaccharolytica
Altre specie possono essere associate alla malattia umana.
3
Identificazione
3.1
Aspetto Microscopico
Colorazione TP 39 - Staining Procedures
Cocchi Anaerobi Gram-positivi
Le specie Peptostreptococcus, Peptococcus e Peptoniphilus sono cocchi disposti in catene,
coppie, tetradi o agglomerati.
Le specie Parvimonas sono a forma di cocchi che si presentano in catenelle.
Le specie Finegoldia variano in dimensioni e si presentano prevalentemente in agglomerati,
talvolta in coppie o catene corte.
Le specie Anaerococcus sono a forma di cocchi che si presentano in coppie, tetradi,
raggruppamenti irregolari o in catenelle.
Altri cocchi anaerobi Gram-positivi
Le specie Atopobium sono costituite da piccoli coccobacilli o a forma ellittica, Gram positivi,
osservati come elementi singoli o in coppia o in corte catenelle.
Le specie Coprococcus sono cocchi; talvolta di forma ovoidale, di solito si presentano in coppie.
Le specie Ruminococcus e Murdochiella sono cocchi che si presentano in coppie o catenelle.
Le specie Sarcina sono coccoidi e hanno una disposizione cellulare cuboidale.
Le specie Blautia sono di forma coccoide od ovale, sono spesso osservate estremità affusolate.
Le Veillonella sono a forma di piccoli cocchi disposti in gruppi.
Le specie Acidaminococcus sono cocchi spesso presenti come diplococchi ovali o a forma di rene.
Le specie Megasphaera sono cocchi disposti a coppie o occasionalmente si presentano in
catenelle.
3.2
Terreno di Primo Isolamento
Agar per anaerobi esigenti o equivalenti, con o senza neomicina (alcuni microrganismi anaerobi
possono essere inibiti dalla neomicina), incubazione anaerobica a 35 – 37°C per 40 – 48 ore.
Nota: alcune specie richiedono incubazione più prolungata.
3.3
Aspetto delle Colonie
Genere
Caratteristiche di crescita su agar per anaerobi esigenti dopo
incubazione a 35-37°C
Cocchi Gram positivi anaerobi
Finegoldia magna
Piccole colonie (<1,0 millimetri), spesso con variazioni in termini di
dimensioni e colore. Sulla stessa piastra le colonie possono essere
convesse e biancastre o appiattite e traslucide.
Specie Peptostreptococcus
Colonie 1-2 mm di diametro, grigie con centri leggermente in rilievo
bianche sporco, sensibili a dischi di sodio polianetol sulfonato (SPS).
Specie Anaerococcus s
Colonie con diametro di 1-2 mm, scintillanti, basse convesse e di solito
do colre da biancastro a giallo limone.
Parvimonas micra
Colonie piccole (<1,0 millimetri), di solito bianche (ma a volte grigie),
scintillanti e cupoliformi, a volte circondate da un alone di colore giallomarrone largo fino a 2 mm.
Peptococcus niger
Colonie piccole (<1,0 millimetro), rilevate, grigie, diventando marrone
scuro/nere.
Specie Peptoniphilus
Le colonie sono di colore grigio, convesse, circolari, margine continuo,
opache, 2-3 mm con sommità centrale bianca.
Specie Atopobium
Colonie piccole puntiformi non emolitiche (<1,0 millimetri) si formano su
agar dopo 48 ore d’incubazione.
Specie Coprococcus
La superficie delle colonie è puntiformi, circolare, margine continuo,
convessa, traslucida, di colore biancastro, liscia, lucida, e senza attività
emolitica.
Specie Sarcina
Le colonie sono di colore giallo pallido, 2-4 mm di diametro, e nel terreno
sono solitamente circondate da un alone giallo.
Specie Ruminococcus
Le cellule sono per lo più sferiche con diametro di 0.8-0.9 μm. Producono
anche pigmento giallo sulla cellulosa.
Specie Blautia
Le dimensioni delle colonie su agar sangue sono 1-2 mm di diametro,
grigie con un centro bianco, umbonate e opache con margine continuo..
Murdochiella asaccharolytica
Su agar sangue le colonie a 5 giorni sono grigie, piatte o lievemente
convesse, rotonde, margine continuo, bianche e opache, con diametro di
2-3 mm.
Cocchi anaerobi Gram-negativi
Specie Veillonella
Colonie piccole (<1,0 millimetri) dopo 48 ore d’incubazione. Possono
emettere fluorescenza se esposte a rossa con luce di lunghezza d'onda
UV (365nm)..
Specie Megasphaera
Le colonie sono circolari, convesse, lucide, traslucide con superficie liscia
e diametro di circa 0.5-1.0 mm, non pigmentate e non emolitiche. Sono
leggermente ruvide e da aderenti a butirrose.
Specie Acidaminococcus
Le colonie su agar sangue sono generalmente di circa 0.1-0.2 mm di
diametro e sono rotonde, margine continuo, leggermente rialzate, e
biancastre grigie o quasi trasparenti, non pigmentate e non-emolitiche.
3.4 Procedure di Prova
3.4.1 Test biochimici
Sensibilità al metronidazolo
Una zona d’inibizione attorno al disco con 5 mcg di metronidazolo è considerata sensibile.
Tuttavia, è stata segnalata resistenza per cocchi anaerobi Gram positivi - come Peptococcus niger
e diverse specie appartenenti ai generi Peptostreptococcus (molti dei quali sono stati riclassificati
ad altri generi). Questi organismi possono sfuggire adottando quest’approccio62.
Test di fermentazione dei Carboidrati
Test Ureasi (TP 36 - Urease Test)
E’ usato per facilitare la differenziazione delle specie ad esempio, tra le specie
Peptostreptococcus.
Indolo Spot Test (TP 19 - Indole Test)
Test addizionali:
Test della catalasi (TP 8 – Catalase Test)
Test riduzione dei nitrati
Dischi d’identificazione di Sodio polianetol solfonato (SPS)
Esami specialistici:
Gas cromatografia liquida (GLC)
Nota anche come "gas cromatografia". E’ una tecnica di separazione in cui le sostanze da
separare sono spostate da un gas inerte lungo un tubo riempito con un solido inerte finemente
suddiviso, rivestito con un olio non volatile; ogni componente migra alla velocità determinata dalla
sua solubilità nell’olio e dalla propria pressione del vapore.
Il metodo è stato utilizzato con successo per classificare i cocchi anaerobi Gram-positivi in gruppo
in base ai principali prodotti finali del metabolismo. Le limitazioni sono che molti laboratori non
hanno una pronta disponibilità alle attrezzature della GLC e perché il protocollo non solo è
laborioso ma richiede anche molto tempo63.
3.4.2 Sistemi d’identificazione commerciali
I laboratori devono seguire le istruzioni del produttore e i test rapidi e le confezioni commerciali
devono essere validate e dimostrare di essere idonee allo scopo prefissato prima dell'uso. I
risultati devono essere interpretati con cautela e con l’ausilio di altri test.
3.4.3 Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation - Time of Flight
Matrix-assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) può
essere utilizzato per analizzare la composizione proteica di una cellula batteric;, è emerso come
nuova tecnologia per l'identificazione delle specie. Ha dimostrato di essere un potente strumento
per riproducibilità, velocità e sensibilità analitica. Il vantaggio di MALDI-TOF rispetto ad altri metodi
d’identificazione è che i risultati delle analisi sono disponibili entro poche ore anziché diversi giorni.
La velocità e la semplicità di preparazione del campione e l'acquisizione del risultato, associato a
costi minimi di consumo, rendono questo metodo adatto per l’uso di routine ad all’alta
produttività64.
MALDI-TOF MS è diventato il nuovo standard di riferimento per l'identificazione di routine degli
anaerobi clinici e nel tempo nel laboratorio di microbiologia clinica sostituirà le altre tecniche
d’identificazione 65.
MALDI-TOF MS è stato usato per l'identificazione filogenetica di gruppi eterogenei di
microrganismi, come i cocchi Gram positivi anaerobi e per identificare cocchi Gram negativi
anaerobi come le specie Veillonella41,66,67. Tuttavia, le attuali banche dati dovranno essere
ampliate e ottimizzate per migliorare il grado di accuratezza esistente40.
3.4.4 Nucleic Acid Amplification Tests (NAATs)
La PCR è generalmente considerata un buon metodo di rilevazione batterica perché semplice,
rapida, sensibile e specifica. La base per l’applicazione diagnostica della PCR in microbiologia
risiede nella rivelazione di agenti infettivi e la differenziazione dei ceppi non patogeni da quelli
patogeni in virtù di geni specifici. Tuttavia ha dei limiti. Sebbene il gene 16S rRNA sia
generalmente destinato alla progettazione di primer PCR specie-specifici per l'identificazione,
questa è difficile quando le sequenze dei geni omologhi hanno elevata affinità.
Questo metodo è stato usato per la rapida identificazione dei cocchi Gram positivi anaerobi e
pertanto consente una valutazione più accurata del ruolo delle varie specie di infezione da GPAC
(Gram-Positive Anaerobic Cocci) e del grado di resistenza antimicrobica in ciascuno dei
componenti del gruppo38 .
3.5
Identificazione Successiva
Metodi rapidi
Un certo numero di metodi di tipizzazione attuali è stato sviluppato per isolati da campioni clinici;
inclusi tecniche molecolari quali PCR- restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP), 16S
rRNA gene sequencing and even whole-genome sequencing (WGS).Tutti questi approcci
permettono la sottotipizzazione dei ceppi, ma lo fanno con diversa accuratezza, potere
discriminante, e riproducibilità.
Inoltre, alcuni di questi metodi rimangono accessibili solo ai laboratori di riferimento e sono difficili
da implementare nell’identificazione batterica di routine in un laboratorio clinico.
16S rRNA gene sequencing analysis
E’ un metodo d’identificazione genotipica; il 16S rRNA gene sequencing analysis è stato utilizzato
per studi filogenetici e poi si è dimostrato utile per ri-classificare i batteri in specie, o anche generi
del tutto nuovi. Ha contribuito a descrivere nuove specie che non erano mai state coltivate con
successo.
E’ stato usato per identificare con precisione i cocchi Gram positivi anaerobi, ad esempio
Peptostreptococcus anaerobius, Peptoniphilus harei, Finegoldia magna, Parvimonas micra, specie
Atopobium ecc e dì cocchi Gram-negativi anaerobi, quali specie Megasphaera, specie
Acidaminococcus, ecc36,39,68.
Questa tecnica è stata utilizzata anche per riclassificare microrganismi in altri generi (ad esempio,
per il genere Peptostreptococcus che è molto eterogeneo e pure Peptostreptococcus magnus e
Peptostreptococcus micros che sono stati trasferiti a due nuovi generi,rispettivamente Finegoldia e
Parvimonas,) nonché di descrivere e caratterizzare nuovi specie, come Atopobium vaginae,
Peptoniphilus gorbachii, Peptoniphilus olsenii, e Anaerococcus murdochii isolati da campioni clinici
umani59,60.
PCR- restriction fragment length Polymorphism (PCR-RFLP)
Questo metodo richiede solo la PCR e uno o due enzimi e quindi è tecnicamente meno
impegnativo rispetto alla maggior parte di altri approcci molecolari. E 'facile da utilizzare, meno
costoso e meno dipendente da attrezzature di sequenziamento. A causa del numero limitato di
caratteristiche stabili che possono essere utilizzate per la discriminazione di specie, molti taxa
rimangono difficile differenziare l'uno dall'altro e sono erroneamente identificati con le prove
fenotipiche.
Sono stati sviluppati e utilizzati protocolli PCR basati su sequenze dei geni 16S rRNA per
l'identificazione di Parvimonas micra utilizzando primer specie specifici con successiva analisi
RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) . Questo metodo ha dimostrato di essere uno
strumento adeguato per un’identificazione corretta, a prescindere dalla loro caratterizzazione
fenotipica, ma necessita di altri studi per essere utilizzato per confermare il numero di copie di
operoni rRNA in P. micra e di correlare i diversi genotipi con caratteristiche fenotipici e di
virulenza69.
Nei laboratori di microbiologia clinica è stato anche utilizzato per l'identificazione di specie
Peptostreptococcus l70.
Whole Genome Sequencing (WGS)
Il whole genome sequencing (noto anche come sequenziamento del genoma intero, completo
sequenziamento del genoma, o intero sequenziamento del genoma), è un procedura di laboratorio
che permette di sequenziare l’intero DNA di un organismo in una sola volta. Ciò comporta il
sequenziamento di tutto il DNA cromosomico di un organismo e anche del DNA contenuto nei
mitocondri.
Definito anche completo sequenziamento del genoma, intero sequenziamento del genoma, o
l'intero sequenziamento del genoma. È un processo di laboratorio che determina la sequenza di
DNA completa del genoma di un organismo in una sola volta. Ci sono diverse tecniche highthroughput che sono disponibili e utilizzate per sequenziare un intero genoma, come
Pyrosequencing, nanopore technology, IIIumina sequencing, Ion Torrent sequencing, ecc. Questo
metodo di sequenziamento è una grande promessa per una rapida, precisa e completa
identificazione delle vie di trasmissione batterica nell’ambito delle strutture ospedaliere e
comunitarie, con riduzione concomitante di infezioni, morbilità e costi.
WGS è stato usato per la sequenza completa del genoma di Finegoldia magna ,fra altri GPAC, e in
particolare per la sua natura di patogeno opportunista71. Questo metodo è stato utilizzato anche
per caratterizzare la struttura genomica di Anaerococcus prevotii72.
Questo è metodo rapido ed è stato utilizzato con successo per esplorare la filogenesi di un
patogeno orale umano, Atopobium parvulum che è stato trovato essere associato ad alitosi (alito
cattivo), ma non con la periodontite73.
3.6 Conservazione e Invio
Se richiesto, conservare un isolato puro di anaerobio esigente in brodo di carne cotta per l’invio al
Laboratorio di Riferimento.
4
Identificazione Presunta di Cocchi Anaerobi
Batteriologia – Identificazione | ID 14 | Emissione no: 3 | Data emissione: 04.02.15 | Pagina: 22 di 29
UK Standards for Microbiology Investigations | Issued by the Standards Unit, Public Health England
5
Refertazione
5.1
Identificazione Presunta
Se si riscontrano appropriate caratteristiche di crescita, aspetto della colonia, colorazione Gram e
sensibilità al metronidazolo.
5.2
Conferma dell’Identificazione
Successiva a identificazione con confezione commerciale e/o referto del Laboratorio di
Riferimento.
5.3
Medico Microbiologo
In accordo con i protocolli locali, informare il medico microbiologo di tutti gli anaerobi presunti o
confermati quando il modulo di richiesta contiene informazioni importanti quali:
•
•
•
•
•
Setticemia
Empiema, infezione ferita chirurgica, presenza di ascessi (specialmente cerebrali,
intraperitoneali, polmonari, epatici o splenici).
Sepsi puerperale
Miofascite necrotizzante
Sospetto di Sindrome di Lemierre (successiva a sepsi da angina, spesso con endoflebite
suppurativa della giugulare e ascessi ematogeni polmonari)
Seguire i protocolli locali per la refertazione al clinico.
5.4
CCDC
Fare riferimento al Memorandum locale di Informazione.
5.5
Health Protection Agency74
Fare riferimento alle linee guida attuali del CDSC ed alle indicazioni COSURV.
5.6
Gruppo Controllo Infezione
N/D
6
Invio
6.1 Laboratorio di Riferimento
Contattare l’appropriato laboratorio nazionale di riferimento per informazioni su accertamenti
disponibili, tempi di risposta, procedure di trasporto e altre informazioni riguardanti l’invio del
campione:
Anaerobe Reference Laboratory
Public Health Wales Microbiology Cardiff
University Hospital of Wales
Heath Park
Cardiff
CF14 4XW
Telefono +44 (0) 29 2074 2171 or 2378
https://www.gov.uk/government/collections/anaerobe-reference-unit-aru-cardiff
Contattare il centralino della PHE: Tel. +44 (0) 20 8200 4400
Inghilterra e Galles
https://www.gov.uk/specialist-and-reference-microbiology-laboratory-tests-and-services
Scozia
http://www.hps.scot.nhs.uk/reflab/index.aspx
Irlanda del Nord
http://www.belfasttrust.hscni.net/Laboratory-MortuaryServices.htm
7
Notifica al PHE74,75 o Equivalente76-79
Le Norme di Denuncia del 2010 rendono obbligatorio ai laboratori diagnostici di denunciare alla
Public Health England (PHE) tutti i casi nei quali s’identificano gli agenti causali elencati nella
Scheda 2 della Direttiva. Le denunce devono pervenire per scritto, su carta o per via elettronica,
entro sette giorni. I casi urgenti devono essere notificati il più presto possibile verbalmente: si
raccomanda entro le 24 ore. Questi stessi devono essere in seguito denunciati in forma scritta entro
sette giorni.
Secondo la Notification Regulations il laboratorio ricevente la notifica è l’ufficio locale della PHE.
Se il caso è già stato notificato da un professionista medico abilitato, al laboratorio diagnostico è
ancora richiesta la denuncia del caso qualora si riscontrino evidenze d’infezione imputabili ad
agenti causali soggetti a tale disposizione.
La denuncia secondo la Direttiva dell’Health Protection (Notification) Regulations 2010 non
sostituisce l’informazione volontaria alla PHE. La maggior parte dei laboratori del NHS segnala
spontaneamente al PHE gran parte delle diagnosi di laboratorio sostenute da vari agenti eziologici
e molte sezioni della PHE hanno definito accordi con i laboratori locali per segnalazioni urgenti di
alcuni tipi d’infezione. Queste iniziative devono continuare.
Nota: La linea guida dell’Health Protection Legislation Guidance (2010) include la segnalazione
per Human Immunodeficiency Virus HIV & Sexually Transmitted Infections STIs, Healthcare
Associated Infections e HCAIs e Creutzfeldt–Jakob disease CJD da includere nel ‘Notification
Duties of Registered Medical Practitioners’, e non al ‘Notification Duties of Diagnostic
Laboratories’.
https://www.gov.uk/government/organisations/public-health-england/about/our-governance#healthprotection-regulations-2010
Esistono accordi diversi in Scotland76,77, Wales78 e Northern Ireland79.
Traduzione a cura di Roberto Rescaldani, già primario del Laboratorio di Microbiologia e Virologia A.O. San
Gerardo dei Tintori - Monza.
I testi originali e le traduzioni sono disponibili sul Web APSI - www.apsi.it - Webmaster Sergio Malandrin,
Dirigente di primo livello del Laboratorio di Microbiologia e Virologia A.O. San Gerardo dei Tintori di Monza
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Ricerche Microbiologiche: Procedure Standard del Regno

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