LA TRASCRIZIONE
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LA TRASCRIZIONE
LA TRASCRIZIONE De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 La velocità della reazione è di ~40 nt/sec a 37°C (per la RNA pol batterica); molto più lenta di quella di replicazione del DNA (800 bp/sec) De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Nomenclatura � � � � � � � � � � la coding strand (Sense strand) del DNA ha la stessa sequenza del mRNA la antisense strand (Template strand) è quella che funge da template per la sintesi del mRNA. RNA polymerases sono enzimi che sintetizzano RNA usando DNA come template. Un promoter è una regione di DNA dove la RNA polimerasi si lega per iniziare la trascrizione. Startpoint (Startsite) si riferisce alla posizione sul DNA che corrisponde alla prima base incorporata nel RNA A terminator è una sequenza di DNA fa terminare la trascrizione alla RNA polymerase. A transcription unit è la distanza tra i siti di iniziazione e di terminazione della RNA polymerase; può includere più di un gene. Upstream = a monte. Downstream = a valle. A primary transcript è il prodotto di RNA non modificato che corrisponde ad una unità di trascrizione. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Trascrizione � � La trascrizione produce un filamento di RNA complementare ad un filamento di DNA Esistono vari tipi di RNA De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 la sequenza “codificante” del DNA è uguale a quella del messaggero Promotore batterico I De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Un promotore è definito dalla presenza di una corta sequenza consenso in una localizzazione specifica. La sequenza consenso del promotore consiste in una purina al punto di inizio, l’esamero TATAAT a –10, ed un altro esamero a–35. I diversi promotori di solito differiscono dal consenso in una o più posizioni. Un promotore è una sequenza particolare di DNA che è riconosciuta dalla RNA polimerasi. Ogni promotore deve includere questa sequenza e nel genoma batterico la sequenza minima che da un segnale adeguato è di 12 bp. Consenso e spaziatura Promotore batterico II De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Un putativo sito di riconoscimento del DNA può essere definito come una sequenza ideale che rappresenta la basi più spesso trovate in ogni posizione. Una sequenza consenso è definita dall’allineamento di tutti gli esempi noti così da massimizzare la loro omologia. � Ci sono quattro caratteristiche conservate in un promotore batterico: � Il punto di inizio (startpoint) � � � � La sequenza –10; La sequenza–35; La distanza tra le sequenze–10 e –35; L’elemento UP (qualche volta) Leo - Fasano - Ginelli – Biologiaae Genetica, Ed. tutti – Capitolo 4 promotore: De sequenza presente monteII di i geni, riconosciuta dal fattore sigma dell’RNA polimerasi, necessaria per l’inizio della trascrizione. La sequenza è conservata promotori riconosciuti dal fattore sigma-70 di E. coli De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 mutazioni “down”: diminuisce l’efficienza del promotore TTGACa TAtAaT lettera maiuscola = basi più conservate (presenti in quella posizione rispetto al +1 in quasi tutti i casi lettera minuscola = basi presenti in molti casi ma non sempre De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Startpoint � Lo startpoint è di solito (>90% delle volte) una purina. Spesso è la base centrale della sequenza CAT. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 La sequenza -10 � � la regione di 6 bp è riconoscibile in quasi tutti i promotori. Il centro dell’esamero è generalmente circa 10 bp a monte dello startpoint, ma la distanza varia da -18 a -9. L’esamero è spesso chiamato la sequenza -10 sequence. Il consenso è TATAAT, e può essere indicato nella forma T80A95T45A60A50T96 dove il pedice indica la percentuale dell’occorrenza della base più comune, che varia 4596%. (dove non c’è evidente preferenza si usa una N). La basi più importanti sembrano essere le più conservate: la TA iniziale e la T finale. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 La sequenza -35 � � � Un altro esamero conservato è centrato ~35 bp a monte dello startpoint. È chiamata la sequenza -35. Il consenso è TTGACA; in forma più dettagliata T82T84G78A65C54A45 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Distanza –10 / -35 � � La distanza che separa i siti–35 e –10 è tra 16-18 bp nel 90% dei promotori; ma può essere fino a 15 o 20 bp. La sequenza nella regione non è importante, ma la distanza è critica per tenere i due siti nella geometria corretta per il legame al promotore. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Elemento UP � � Alcuni promotori hanno una sequenza ricca di A-T localizzata ancora più a monte. E’ denominata elemento UP. Interagisce con la subunità della RNA polimerasi. La si trova tipicamente nei promotori che sono molto espressi, quali quelli dei geni per rRNA. E’ riconosciuto dal dominio Cterminale della subunità alfa (�CTD) De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 regolazione dell’espressione genica mediante l’intervento di fattori sigma alternativi geni “heat-shock”: CCCCCC - 15/17 basi - CCCC promotore riconosciuto dal fattore sigma32 attivato solo in caso di aumento della temperatura. I geni che hanno questo promotore vengono espressi (trascritti) SOLO IN PRESENZA DI QUESTO SPECIFICO FATTORE SIGMA geni “spo” in B. subtilis sono silenti e vengono trascritti solo durante la sporulazione per la presenza di fattori sigma specificamente attivati in sporulazione De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 La RNA polimerasi batterica è fatta da subunità multiple � � � L’oloenzyme (enzima completo) è un complesso di 5 subunità che comprende il “core enzyme” ( 2 e il factor che è competente per l’inizio della trascrizione batterica. RNA core polimerasi batteriche sono ~500 kD complessi multisubunità con la struttura generale �2 ������. Negli eubatteri un solo tipo di RNA polimerasi è responsabile della sintesi di tutti i RNA (mRNA, rRNA e tRNA) De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 RNA polimerasi batterica � � � Le subunità and insieme fanno il centro catalitico. La subunità è necessaria per assemblaggio del core enzyme. La subunità è interessata specificamente con il riconoscimento del promotore Mg �=blue �’ = viola � = giallo e verde regolazione dell’espressione genica mediante l’intervento di fattori sigma alternativi De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 geni “heat-shock”: CCCCCC 15/17 basi - CCCC - promotore riconosciuto dal fattore sigma32 attivato solo in caso di aumento della temperatura. I geni che hanno questo promotore vengono espressi (trascritti) SOLO IN PRESENZA DI QUESTO SPECIFICO FATTORE SIGMA geni “spo” in B. subtilis sono silenti e vengono trascritti solo durante la sporulazione per la presenza di fattori sigma specificamente attivati in sporulazione Fattori sigma De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 � � E. coli ha diversi sigma factors, ognuno dei quali fa sì che la RNA polimerasi inizi a dei promotori definiti da specifiche sequenze–35 e –10. I promotori per ogni enzima hanno tutti la stessa dimensione e localizzazione relativa allo startpoint, ed hanno sequenze conservate solo intorno ai siti –35 e –10. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Legame al DNA Il DNA binding domain del fattore sigma è helix-turn-helix che riconosce il sito –35 Il sito –10 è riconosciuto dalla subunità alfa. Ha amino acidi aromatici che aiutano l’apertura del DNA La forza di un promotore è collegata alla affinità di legame ed alla capacità di evadere dal promotore De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 La RNA pol � La distanza tra i siti De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 La trascrizione avviene con l’appaiamento di basi in una “bolla" di DNA RNA pol separa i due filamenti di DNA in una “bolla” transiente ed usa un filamento come template per la sintesi di una sequenza di RNA complementare. La bolla è lunga ~12-14 bp, e la lunghezza dell’ibrido RNA-DNA è di ~8-9 bp. La velocità della reazione è di ~40 nt/sec a 37°C (per la RNA pol batterica); che è simile alla velocità di traduzione (15 amino acidi/sec), ma molto più lenta di quella di replicazione del DNA (800 bp/sec) La reazione di trascrizione ha tre passaggi De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 � � � Iniziazione descrive il passaggio fino alla sintesi del primo legame del RNA. Include il legame della RNA polimerasi al promotore ed il “melting” di una corta regione di DNA in singolo filamento. Elongazione è il passaggio nella reazione di sintesi della macromolecola (per la replicazione, trascrizione, o traduzione) quando la catena nucleotidica o peptidica si allunga per l’aggiunta della subunità. Terminazione è il passaggio che termina la sintesi della macromolecola bloccando l’addizione delle subunità, e generalmente causando la dissoluzione dell’apparato di sintesi De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Tensione superelica- DNA supercoiling De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 La terminazione nei batteri De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 La terminazione è sempre letta sulla sequenza di DNA trascritta, non su DNA Ci sono due tipi di terminatori: Rho-indipendenti: una sequenza � invertita (palindromica) di 20 nt seguita da circa 8 nt A-T � Rho-dipendenti: reclutano la proteina rho, una ATPasi ad anello che separa il RNA dallo stampo. Circa 40 nt ricchi di C. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Terminatore forte o rhoindipendente: -struttura secondaria stabile e forte per la presenza di molte G e C nello “stem” - sequenza di tante U al 3’ della struttura secondaria (che facilita la separazione dell’ibrido DNA/RNA) Dal Volume: La Cellula, un approccio molecolare Piccin Nuova Libraria S.p.A. Rho-indipendenti De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 � � La responsabilità della terminazione sta nella sequenza già trascritta dalla RNA polimerasi I terminatori rhoindipendenti richiedono la formazione di una forcina nella struttura secondaria seguita da una sequenza di A (>8) De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Rho factor � � � Il fattore Rho è una proteina terminatore che si lega al RNA nascente si muove fino a una sequenza che è ricca in C e povera di G che precede il sito di terminazione. È ~275 kD esamero di Rho subunità identiche, della famiglia delle elicasi ATPdipendenti che funzionano passando l’acido nucleico nel foro dell’esamero. I terminatori Rho-dipendenti sono la metà dei terminatori di E. coli. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Terminatore debole o rho-dipendente De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Le RNA polimerasi eucariotiche sono composte da piu’di 10 subunità De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Dal Volume: La Cellula, un approccio molecolare Piccin Nuova Libraria S.p.A. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 TATA BOX BINDING PROTEIN TBP Saddle-like domain DNA BINDING TATA BOX De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 TAF5 stabilizes TAFs interaction, specially histonelike ones (TAF6, TAF9) TAF1: Acetyl transferase activity Interaction with TFIIF TAF12 TAF8 TAF7 TAF4 TAF10 TBP TAF6 TAF11 TAF5 TAF5 TAF8 TAF3 TAF11 TAF9 TAF13TAF12 TATA BOX TAF6 TAF9TAF10 TAF13 TAF4 TAF3 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 DNA BENDING De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 TFIID HETEROTETRAMER (RAP30)2 (RAP74) 2 (RAP30)2 BINDS RNA POL II AND TFIIB. RAP74 INTERACTS WITH DNA. TFIIF STABILIZES THE INTERACTION OF RNA POLII WITH PROMOTER AND STIMULATES ELONGATION RATE De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 DAB TWO DOMAIN: HETEROTRIMER N-TERMINAL (A, B, C SUBUNITS) BINDS PROMOTER REGION WITH TFIID Zn-RIBBON AND TFIIA TFIIF TFIID CORE DOMAIN TFIIE TFIIB TFIIH TFIIE MODULATES THE HELICASE AND KINASE ACTIVITIESOF TFIIH BY STIMULATING CTD TFIIB INTERACTS WITH SADDLE-LIKE DOMAIN OF TBP AND WITH BENDED DNA ON SIDES OF TATA BOX. TBP/TFIIB COMPLEX RECRUITS RNA POLII AND OTHER GTF P DOMAIN RNA POLII PHOSPHORYLATION TFIIH STIMULATES PROMOTER OF RNA MELTING ANDPHOSPHORYLATION IT HAS KINASE POLII CTD STIMULATES ACTIVITY AGAINST PROMOTER MELTING AND RNA POL II TRANSCRIPTION START De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Dal Volume: La Cellula, un approccio molecolare Piccin Nuova Libraria S.p.A. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Dal Volume: La Cellula, un approccio molecolare Piccin Nuova Libraria S.p.A. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Dal Volume: La Cellula, un approccio molecolare Piccin Nuova Libraria S.p.A. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Dal Volume: La Cellula, un approccio molecolare Piccin Nuova Libraria S.p.A. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Dal Volume: La Cellula, un approccio molecolare Piccin Nuova Libraria S.p.A. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Dal Volume: La Cellula, un approccio molecolare Piccin Nuova Libraria S.p.A. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Dal Volume: La Cellula, un approccio molecolare Piccin Nuova Libraria S.p.A. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 The carboxy-terminal domain (CTD) of the polymerase comprises repeats of a seven-aminoacid motif and undergoes reversible modification by phosphorylation. In particular, phosphorylation of a serine amino acid at position 2 in each repeat increases as the polymerase moves along the mRNA. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 b, Kim et al. have found that the Rtt103 protein binds a CTD peptide carrying the serine 2 phosphorylation, and also associates with the exonuclease Rat1 (Xrn2 in humans) and its cofactor Rai1. Thus, Rat1 may be recruited to the nascent mRNA via Rtt103 bound to the polymerase CTD, and by an independent system that involves Rai1. Following cleavage of the poly(A) site, Rat1 binds and eats away at the free end of the RNA, halting transcription when it catches the polymerase (c). De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 The newly synthesized human -globin mRNA will be cut at two positions: at the normal site of poly(A) addition and within the co-transcriptional cleavage (CoTC) site, showed to be self-cleaving. This allows the entry of Xrn2 (the human Rat1 counterpart), which again eats away at the mRNA until it catches up with the RNA polymerase. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Dal Volume: La Cellula, un approccio molecolare Piccin Nuova Libraria S.p.A. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Cappuccio De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, Ed. – Capitolo 4 MetilIItransferasi aggunge CH3 al 7’ di Funzioni: protezione al 5’; esportazione; G; anche i primi 2 nt sono metilati traduzione Struttura del Aggiunta di guanina al 1° nt trascritto dopo la cappuccio trascrizione di 20-30 nt.; legame 5’-5’ trifosfato De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 I cleavage factors (CF) e i cleavage and polyadenilation factors (CPF) consentono alla poli(A) polimerasi (PAP) di riconoscere il sito di taglio. La PAP aggiunge solo una decina di A. Questa corta coda viene riconosciuta dalla polyA binding protein (PABII) che la allunga fino ad arrivare a 200 A. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Dal Volume: La Cellula, un approccio molecolare Piccin Nuova Libraria S.p.A. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Splicing Rimozione di un introne attraverso due reazioni sequenziali di trasferimento di fosfato, note come transesterificazioni. Queste uniscono due esoni rimuovendo l’introne come un “cappio” De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Dal Volume: La Cellula, un approccio molecolare Piccin Nuova Libraria S.p.A. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Dal Volume: La Cellula, un approccio molecolare Piccin Nuova Libraria S.p.A. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Dal Volume: La Cellula, un approccio molecolare Piccin Nuova Libraria S.p.A. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Trasporto dell’mRNA dal nucleo al citoplasma Complesso di carico: Proteina cargo, Ran+GTP, Esportina1, Procarioti trascrizione e traduzione avvengono contemporaneamente nel citoplasma NLS Eucarioti NES Ran+GD P Ran+GT P De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Structure of eukaryotic mRNA 5’ Cap 7mGppp initiation 5’ untranslated region AUG translated region UGA termination 3’ untranslated region polyadenylation signal AAUAAA (A)~200 3’ poly(A) tail • all mRNAs have a 5’ cap and all mRNAs (with the exception of the histone mRNAs) contain a poly(A) tail • the 5’ cap and 3’ poly(A) tail prevent mRNA degradation • loss of the cap and poly(A) tail results in mRNA degradation De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 Gli snRNA creano assieme alla coilina uno scaffold proteico (corpi di Cajal). Questi RNA vengono da introni di mRNA (non codificanti per proteine; e.g., UHG). Si legano nel nucleolo alla fibrillarina. Hanno regioni complementari agli rRNA 18s e 28s. De Leo - Fasano - Ginelli – Biologia e Genetica, II Ed. – Capitolo 4 La modificazione dell’uracile in pseudouracile è ad opera della Ψ-sintasi De LeoModificazioni - Fasano - Ginelli – post-trascrizionali Biologia e Genetica, II Ed. –tRNA Capitolo 4 3’CCA trascritto in E.C. Nei tRNA precursori vengono eliminati gli spaziatori, delle sequenze al 5’ e 3’, ed in alcune specie, un introne (splicing canonico). Modificazione delle basi: ipoxantina, pseudouracile Aggiunta al 3’ della sequenza CCA, comune a tutti i tRNA, grazie all’azione dell’enzima tRNA nucleotidil transferasi ��������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������������������� �����������������������������������������������������