cv Paris Marzo 2013

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cv Paris Marzo 2013

FORMATO
EUROPEO
PER IL CURRICULUM
VITAE
INFORMAZIONI PERSONALI
Nome
PARIS, Roberta
Indirizzo
9, via Putti, 40136 Bologna, Italia
Telefono
+39 051 6316823
E-mail
Nazionalità
Data di nascita
[email protected]
Italiana
30-11-1976
ESPERIENZA LAVORATIVA
•
Date
• Nome e indirizzo del datore di
lavoro
• Tipo di azienda o settore
• Tipo di impiego
• Principali mansioni e responsabilità
•
Date
lavoro
• Tipo di impiego
•
Date
lavoro
• Tipo di impiego
• Date
Pagina 1 - Curriculum vitae di
PARIS, Roberta
Marzo 2013-01
28/12/2013 – oggi
Consiglio per la Ricerca e la sperimentazione in Agricoltura – Centro di ricerca per le Colture
Industriali
Via di Corticella 133, 40128 Bologna (Italy)
Enta nazionale di ricerca – Ricerca e sperimantazione nel settore agricolo e agroindustriale
Ricercatore III livello
Ricerca Scientifica, Divulgazione
01/07/2011 – 27/12/2012
Alma Mater Studiorum – Università di Bologna
Dipartimento di Colture Arboree
Viale Fanin 46, 40127 Bologna (Italy)
Università – Ricerca Scientifica
Assegno di ricerca (secondo D.R. n 416/2011) Rep. N. 09/11 Prot. n. 771 del 20/06/2011
Titolo del progetto di ricerca: Fruit Breedomics – Integrated approach for increasing breeding
efficiency in fruit tree crops
Titolo dell’assegno di ricerca: Selezione assistita da marcatori: identificazione di marcatori
associati e loro utilizzo per aumentare l’efficienza di selezione nei programmi di breeding.
01/07/2010 – 30/06/2011
Assegno di ricerca ‘’Senior’’ sul Progetto DRUPOMICS (Art. 51, comma 6 della L. 449/97 e
D.R. n. 705 del 23/05/2008)
Titolo del progetto di ricerca: DRUPOMICS: Utilizzo della sequenza del genoma in programmi
di miglioramento della qualità del frutto del pesco e della resistenza ai virus.
Titolo dell’assegno di ricerca: Re-sequencing di un genotipo di pesco per lo sviluppo e relativo
mappaggio di marcatori SSR ed SNP.
01/07/2009 - 30/06/2010
Per ulteriori informazioni:
www.cedefop.eu.int/transparency
www.europa.eu.int/comm/education/index_it.html
www.eurescv-search.com
lavoro
• Tipo di impiego
• Date (da – a)
lavoro
• Tipo di impiego
• Date (da – a)
lavoro
• Tipo di impiego
Assegno di ricerca ‘’Senior’’ sul Progetto DRUPOMICS (Art. 51, comma 6 della L. 449/97 e
D.R. n. 705 del 23/05/2008)
Titolo del progetto di ricerca: DRUPOMICS: Utilizzo della sequenza del genoma in programmi
di miglioramento della qualità del frutto del pesco e della resistenza ai virus.
Titolo dell’assegno di ricerca: Sviluppo di SNPlex per genotipizzazione high-throughput e
mappaggio di marcatori SNP di geni funzionali in pesco.
01/01/2009 al 30/06/2009
Borsa di Studio (MIUR e Ateneo), su fondi di ricerca del Dipartimento di Colture Arboree di
Bologna (Bando n. 2538), conferita con D.R. 2117, Prot. n 66020, del 23/12/2008 sui temi:
allergens in pollen and fruits modulation by climate changes of their allergenic potential’
(Progetto Strategico d’Ateneo E.F. 2006, Università di Bologna, acronimo: “Crossallergenecity”).
‘Piattaforma per la genomica nel settore vegetale e zootecnico High Throughput Technological
Platform for DNA analysis (Progetto FIRB 2003 HTTP://DNA)’
01/01/2006 al 31/12/2008
Post-Doc – Assegno di Ricerca sul progetto FIRB 2003 HTTP://DNA (Art. 51, comma 6 della L.
449/97 e D.R. n. 1152 del 15/6/2004)
• Date (da – a)
• Nome e tipo di istituto di istruzione
o formazione
• Tipo di impiego
Titolo del Progetto di ricerca: Metodologie automatizzate per la determinazione di sequenze di
DNA in microorganismi di interesse agrario e agroalimentare.
Titolo dell’assegno di ricerca: Automazione clonaggio TDF (Transcript Derived Fragments)
per la resistenza a patogeni.
01/05/2002 - 31/12/2002
Contratto di collaborazione a tempo determinato per attività relative a colture in vitro e
trasformazione gentica di albicocco per la resistenza a Plum Pox Virus, agente della Sharka.
ISTRUZIONE E FORMAZIONE
• Date (da – a)
o formazione
• Principali materie / abilità
professionali oggetto dello studio
PARIS, Roberta
Marzo 2013-01
01/01/2003 - 31/12/2005
Via Fanin 46, 40127 Bologna (Italy)
Interazione Pianta-Patogeno, Resistenza delle Piante alle Malattie, Biotecnologie Vegetali,
Trasformazione Genetica, Biologia Molecolare
• Qualifica conseguita
• Livello nella classificazione
nazionale (se pertinente)
• Date (da – a)
o formazione
• Date (da – a)
o formazione
Dottore in Ricerca in Biotecnologie Cellulari e Molecolari
Conseguita presso l’Alma Mater Studiorum – Università di Bologna – in data 01/06/2006, con la
dissertazione dal titolo: ‘Geni di melo differenzialmente espressi dopo infezione con Venturia
inaequalis’ (Settore disciplinare AGR/03-Arboricoltura Generale e Coltivazioni Arboree; tutore:
Prof. A. Masia; co-tutore Prof. S. Sansavini)
PhD
Titolo della Tesi: ‘Geni di melo differenzialmente espressi dopo infezione con Venturia
inaequalis’
1996 – 03/2002
Via Fanin 46, 40127 Bologna (Italy)
Interazione Pianta-Patogeno, Resistenza delle Piante alle Malattie, Biotecnologie Vegetali,
Trasformazione Genetica, Biologia Molecolare Vegetale
Laurea (con lode) in Biotecnologie Agrarie e Vegetali (v.o)
Conseguita presso l’Alma Mater Studiorum – Università di Bologna – Facoltà di Scienze VeterinFarm-Agraria-Md. Chirur, in data 26/03/2002.
Votazione: 110 su 110 e lode
Tesi sperimentale, dal titolo: ‘Studi di morfogenesi in vitro e trasformazione genetica in
albicocco’ (Relatore: Prof. Silviero Sansavini; Materia: Coltivazioni Arboree).
1991- 1996
Liceo Scientifico Statale ‘G. Dal Piaz’
Feltre (BL) – Italy
Scienze Naturali, Filosofia, Lettere
Diploma con pieni voti (60/60)
CAPACITÀ E COMPETENZE
PERSONALI
PRIMA LINGUA
ALTRE LINGUE
• Capacità di lettura
• Capacità di scrittura
• Capacità di espressione orale
RELAZIONALI
ORGANIZZATIVE
PARIS, Roberta
Marzo 2013-01
ITALIANO
INGLESE
Eccellente
Buono
Buono
Buone capacità relazionali e ottima capacità di lavorare con altre persone, acquisite in seguito a
diverse collaborazioni ed esperienze di lavoro in altri laboratori, sia all’estero sia in Italia.
Buona capacità e competenza organizzativa nello scrivere progetti e coordinare persone. Sono
stata correlatrice di tre tesi di laurea in Biotecnologie Agrarie e Vegetali:
1. ‘Clonaggio, caratterizzazione ed espressione dei geni Mal d 1, Mal d 2 e Mal d 3 in melo
(Malus x domestica), discussa dalla Dott.ssa Pagliarani G., Sessione I, A.A. 2005-2006,
nell’ambito del Corso di Laurea in Biotecnologie Agrarie e Vegetali, v.o.
2. ‘Mappaggio di geni candidati per la resistenza a ticchiolatura in melo (Malus x
domestica), discussa dal Dott. Galli M., Sessione II, A.A. 2006/07, Laurea Specialistica
in Biotecnologie Vegetali.
3. ‘Characterization of Apple Genes Involved in the Defense Response to Venturia
inaequalis’, discussa dal Dott. Zannini G., Sessione III, A.A. 2009-2010, nell’ambito del
Corso di Laurea in Biotecnologie delle Colture Frutticole, v.o.
Sono inoltre co-tutore della tesi di Dottorato dal titolo: ‘Genomic and transcriptional analysis of
allergen genes in apple (Malus x domestica) nell’ambito del Dottorato in Colture Arboree e
Agrosistemi forestali, ornamentali e paesaggistici (XXII ciclo, A.A. 2009-2010) della Dr.
Pagliarani G.
TECNICHE
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PATENTE O PATENTI
PARIS, Roberta
Marzo 2013-01
Programmazione di un esperimento scientifico, con disegno degli schemi sperimentali
Presentazione e pubblicazione dei risultati della ricerca
Raccolta dei dati, analisi ed elaborazione
Esperienza di coltura in vitro e rigenerazione di specie arboree da frutto.
Trasformazione genetica mediata da Agrobacterium tumefaciens di albicocco e melo anche
con utilizzo di marker di selezione alternativi alla resistenza alla kanamicina.
Valutazione dell’efficienza di trasformazione genica attraverso l’impiego dell’analisi
istochimica GUS.
Preparazione di costrutti per VIGS e impostazione di esperimenti per indurre il
silenziamento genico in melo.
PCR, RT (Reverse Transcriptase)-PCR
Produzione di mutazioni attraverso utilizzo della PCR
Clonaggio di frammenti di DNA genomico e cDNA in vettori di clonaggio T/A e vettori di
espressione
Trasformazione di batteri (E. coli e A. tumefaciens C58, EHA105, GV3101) e selezione su
mezzo di coltura addizionato di antibiotici ed espressione di proteine eterologhe.
Estrazione di acidi nucleici (DNA/RNA) da diversi tessuti vegetali e quantificazione su gel e
allo spettrofotometro.
Estrazione di proteine ed analisi elettroforetica tramite SDS-PAGE. Cromatografia di
proteine.
Costruzione di librerie di cDNA sottrattive utilizzando la tecnica SSH (Suppression
Subtractive Hybridization) via PCR-Select per collezionare sequenze differenzialmente
espresse fra trattamenti diversi.
Dot Blot Array e Differential Screening con sonde marcate con fosforo radioattivo (32P).
Sequenziamento con tecnologia ABI PRISM BigDye Terminator e sequenziatore
automatico ABI PRISM 3700.
Analisi ELISA
Analisi microscopiche (tecniche di microscopia ottica)
cDNA-AFLP per l’analisi dei profili di trascrizione utilizzata (1) con gel di poliacrilamide e
colorazione con sali di argento oppure (2) con dHPLC WAVE abbinata al collettore
automatico di frazioni.
Sviluppo e mappaggio di marcatori SSR e SNP.
SNP Genotyping con utilizzo della piattaforma SEQUENOM
Bioinformatica (esperienza con programmi di allineamento di sequenze, predizione genica,
annotazione genica, identificazione di motivi funzionali, analisi di espressione genica,
disegno di primer per SNP e SSR; utilizzo del pacchetto DNASTAR Lasergene per analisi
di sequenze; utilizzazione dei genome browser di pesco e melo per l’analisi di sequenze
d’interesse e analisi comparative).
Analisi quantitative dell’espressione genica tramite Real Time PCR con SYBR Green.
Strumenti utilizzati: ABI PRISM ™7300, 7500, 7900 e One Step Plus_ABI e RotorGene
6000 (Corbett)
Produzione di cDNA microarray con lo strumento SpotArray™24 (Perkin Elmer Packard
BioScience, BioChip Technologies)
Ibridazioni di Microarray a cDNA, utilizzando la stazione d’ibridazione automatizzata
HybArray12 (Perkin Elmer) e lo scanner ScanArray Lite (Perkin-Elmer); esperimenti di
Comparative Profiling e analisi dei dati di Microarray. Utilizzo del software ScanArray
Express (Perkin-Elmer) per l’analisi delle immagini e del software GeneSpring per l’analisi e
la normalizzazione dei dati.
Screening di librerie genomiche a largo inserto (librerie BAC) per l’isolamento di geni utili
per il miglioramento genetico di piante arboree da frutto.
Informatica: sistemi operativi (Microsoft Windows e Mac OS X) e software standard
(Office).
Licenza di guida italiana: n°BO5203241E
ULTERIORI INFORMAZIONI
ALLEGATI
PARIS, Roberta
Marzo 2013-01
Premi e riconoscimenti
Premio SIGA (Società Italiana di Genetica Agraria) 2006 per la tesi di Dottorato di
Ricerca in BIOTECNOLOGIE CELLULARI E MOLECOLARI, presentata nell’anno
accademico 2004-2005 (Ischia, 13 Settembre 2006).
Premio di studio ‘Prof. Gabriele Goidanich’ – Anno 2007- per studi meritevoli nel campo
della patologia vegetale, conferita il giorno 7 Dicembre 2007 dalla Facoltà di Agraria,
Università di Bologna.
Lista delle pubblicazioni, Riassunto delle attività svolte (in inglese)
Lista delle PUBBLICAZIONI – ATTI DI CONVEGNI – POSTER
Pubblicazioni su Riviste Internazionali referenziate
Pagliarani G., Paris R., Arens P., Tartarini S., Ricci G., Smulders MJM, van de Weg E. (2013)A qRT-PCR assay for the
expression of all Mal d 1 isoallergen genes. BMC Plant Biology. doi:10.1186/1471-2229-13-51
Paris R., Dondini L., Zannini G., Bastia D., Marasco E., Gualdi V., Rizzi V., Piffanelli P., Mantovani V., Tartarini S. (2012)
dHPLC efficiency for semi-automated cDNA-AFLP analyses and fragment collection in the apple scab resistance
gene model", Planta. 235:1065–1080, DOI: 10.1007/s00425-012-1589-y.
Iorio RA., Di Sandro A., Paris R., Pagliarani G., Tartarini S., Ricci G., Serafini-Fracassini D., Verderio E., Del Duca S. (2012).
Simulated environmental criticalities affect transglutaminase of Malus and Corylus pollens having different allergenic
potential. Amino Acids 42: 1007-1024.
Pagliarani G., Paris R., Iorio A.R., Tartarini S., Del Duca S., Arens P., Peters S., van de Weg E. 2012. Genomic organisation
of the Mal d 1 gene cluster on linkage group 16 in apple. Molecular Breeding 29: 759-778.
Ricci G., Dondi A., Belotti B., Baldi E., Tartarini S., Paris R., Pagliarani G., Serafini-Fracassini D., Tasco G., Giannetti A., Masi
M. 2010. Allergenicity of different apple cultivars assessed by means of skin prick test and sensitization to
recombinant allergens Mal d 1 and Mal d 3 in a group of Italian apple-allergic patients”. International Journal of Food
Science and Technology 45: 1517–1523.
Cova V., Paris R., Passerotti S., Zini E., Gessler C., Pertot I., Loi N., Musetti R., Komjanc M. 2010. Mapping and functional
analysis of four apple receptor-like protein kinases related to LRPKm1 in HcrVf2-transgenic and wild-type apple
plants. Tree Genetics & Genomes: 6 (3): 389-403.
Pagliarani G., Paris R., Tartarini S., Sansavini S. Cloning and Expression of the major allergen genes in apple fruits. 2009. J. of
Horticultural Science and Biotechnology, ISAFRUIT Special Issue: 176-181.
Szankowski I., Waidmann S., Degenhardt J., .Patocchi A., Paris R., Silfverberg-Dilworth E., Broggini G., Gessler C. 2009
Highly scab resistant transgenic apple lines achieved by introgression of HcrVf2 controlled by different native
promoter lengths. Tree Genetics & Genomes 5 (1): 349-358; DOI 10.1007/s11295-008-0191-8
Paris R., Cova V., Pagliarani G., Tartarini S., Komjanc M., Sansavini S. 2009. Expression profiling in HcrVf2-transformed apple
plants in response to Venturia inaequalis. Tree Genetics & Genomes 5 (1): 81-91; DOI 10.1007/s11295-008-0177-6).
Silfverberg-Dilworth E., Besse S., Paris R., Belfanti E., Tartarini S., Sansavini S., Patocchi A., and Gessler C. 2005.
Identification of functional apple scab resistance promoters. Theoretical and Applied Genetics 110: 1119-1126.
Atti di Congressi Internazionali
Gessler C., Broggini G. , Galli P. , Szankowski I. , Paris R. , Patocchi A. 2011. Genetic modification of apple to control
diseases. IOBC/wprs Bulletin. 54: 15-16.
Paris R., Dondini L., Bastia D., Tartarini S., Mantovani V., Sansavini S. 2009. An optimized cDNA-AFLP protocol for the
Identification of TDFs involved in the Malus-Venturia inaequalis interaction. International Symposium Eucarpia,
Zaragoza 16-20 Settembre 2007. Acta Horticolturae 814: 841-844.
Paris R., Dondini L., Bastia D., Gualdi V., Tartarini S., Piffanelli P., Mantovani V., Sansavini S. 2009. First evidence of the dHPLC efficiency for an automated cDNA-AFLP in the apple scab resistance model. Proc. 1st IS on Biotechnol. of Fruit
Species (Dresda Sept. 1-5 2008) Acta Hort. 839: 457-62.
Belfanti, E. Barbieri, M. Tartarini, S. Vinatzer, B. Gennari, F. Paris, R. Sansavini, S. Silfverberg-Dilworth, E. Patocchi, A.
Hermann, D. Gianfranceschi, L. Gessler, C. 2004. Gala apple transformed with the putative scab resistance gene
HcrVf2. Proceedings of the Eleventh Eucarpia Symposium on Fruit Breeding and Genetics, Angers, France, 1-5
September 2003. Acta Horticulturae No.663(Vol.1): 453-456.
Pratesi, D.; Paris, R.; Negri, P.; Scotti, A. 2004. Competence to Agrobacterium- mediated genetic transformation of different
Prunus explants, as revealed by Gus expresssion. Proceedings of the Eleventh Eucarpia Symposium on Fruit
Breeding and Genetics, Angers, France, 1-5 September 2003. Acta Horticulturae No.663(Vol.1): 495-498.
PARIS, Roberta
Marzo 2013-01
Paris R.; Pratesi D.; Negri P. 2004. In vitro morphogenic ability of mature or embryonic apricot tissues. Proceedings of the
Eleventh Eucarpia Symposium on Fruit Breeding and Genetics, Angers, France, 1-5 September 2003. Acta
Horticulturae No.663(Vol.1): 487-490.
Altre pubblicazioni
Paris R., Dondini L., Gualdi V., Zannini G., Piffanelli P., Bastia D., Mantovani V., Tartarini S. 2010. Utilizzo della d-HPLC per
l’identificazione di geni coinvolti n ella risposta di difesa del melo alla ticchiolatura. Rivista di Frutticoltura e di
ortofloricultura – Speciale Melo - 2010, n.11
Pagliarani G., Paris R., Tartarini S., Serafini-Fracassini D., Del Duca S., Iorio A.R., Ricci G., Belotti T., Sansavini S. 2009.
Gli allergeni della mela. Rivista di Frutticoltura e di ortofloricultura 12: 30-37.
Paris R. Studio dell’espressione genica nelle piante attraverso l’analisi dei profili di trascrizione. Review in: Sansavini S.,
Tagliavini M. (eds.) Metodologie avanzate e ricerca innovativa in arboricoltura- seminari dei dottorandi 2004-2006.
Presentazioni orali a congressi
Paris R., Pagliarani G., Tartarini S., Sansavini S. Allergen Expression in Control and Transgenic Apple Plants. Presentazione
Orale al 28th IHC, Lisbon, August 22-27, 2010.
Paris R., Gualdi V., Zannini G., Piffanelli P., Bastia D., Mantovani V., Tartarini S. Utilizzo della d-HPLC per l'identificazione di
geni differenzialmente espressi di melo in risposta a Venturia inaequalis. Presentazione orale alle IX Giornate
Scientifiche SOI, Firenze 8-10 Marzo 2010.
Altre presentazioni a congressi.
Dondini L., De Franceschi P., Liang W., Paris R., Gennari F., Sansavini S., Tartarini S. Evaluation of genetic variability inside an
Italian apple germplasm collection. Presentazione Poster al XIII Eucarpia Symposium on Fruit Breeding and
Genetics, Warsaw, Poland 11-15 September, 2011
Tartarini S., Dondini L., Paris R., Pagliarani G., Venturi S., Sansavini S., Marasco E., Mantovani V., Pirona R., Rossini L.,
Scalabrin S., Cattonaro F., Pacheco Cruz I., Bassi D., Verde I. Resequencing of a peach genotype and SNP
development for mapping and genetic diversity analysis. Presentazione Poster al XIII Eucarpia Symposium on Fruit
Breeding and Genetics, Warsaw, Poland 11-15 September, 2011
Granozio S.M., Paris R., Pagliarani G., Negri P., Tartarini S., Sansavini S. Expression studies and Promoter Characterization of
the 1-Aminocyclopropane-1-Carboxylase Synthase 1 Gene (ACS-1) in Apple. Presentazione Orale al 28th IHC,
Lisbon, August 22-27, 2010.
Pagliarani G., Paris R., Tartarini S., Peters S., Arens P., Van de Weg E. Genomic Organization of the Mal d 1 gene cluster on
the LG16 of Apple. Presentazione Orale al 28th IHC, Lisbon, August 22-27, 2010.
Serra S., Paino D'Urzo M., Paris R., Masia A., Bressan R., Musacchi S. Lo stress salino: studio di risposte fisiologiche e
molecolari in pero e cotogno in coltura idroponica. Presentazione orale alle IX Giornate Scientifiche SOI, Firenze 810 Marzo 2010.
Pagliarani G., Paris R., Arens P., Tartarini S., Peters S., van de Weg E. Caratterizzazione genomica del principale allergene
della mela: Mal d 1. Presentazione poster alle IX Giornate Scientifiche SOI, Firenze 8-10 Marzo 2010.
Iorio R. Pagliarani G., Paris R., Tartarini S., Belotti T., Ricci G., Tasco G., Casadio R., Petrelli N., Verderio E. E., Del Duca S.,
Serafini-Fracassini D. Influence of climate changes on cross allergies: possible involvement of pollen
transglutaminase. Presentazione Orale al: International Congress “Biogenic Amines: Biochemical, Physiological and
Clinical Aspects” 11-14 maggio 2009, Bertinoro
Del Duca S., Pagliarani G., Paris R., Tartarini S., Belotti T., Ricci G., Tasco G., Casadio R., Petrelli N., Verderio E., Iorio R.,
Serafini-Fracassini D. L’allergenicita’ crociata fra polline e frutto di melo: possibili influenze delle variazioni climatiche.
Presentazione orale al 104° Congresso Società Botanica Italiana 16-19 settembre 2009, Campobasso
Iorio R., Di Sandro A., Belotti T., Ricci G., Pagliarani G., Paris R., Tartarini S., Tasco G., Casadio R., Verderio Edwards E., Del
Duca S., and Serafini-Fracassini D. Possible involvement of transglutaminase in pollen/fruit allergenicity. International
PARIS, Roberta
Marzo 2013-01
Congress: Biogenic Amines: Biochemical, Physiological and Clinical Aspects", Alberè di Tenna (Trento) May 14-18,
2008. Società Italiana di Biochimica e Biologia Molecolare, Gruppo Amine Biogene, pag 33.
G. Pagliarani, R Paris, S Tartarini, S Sansavini. Allergens Expression in Apple Fruits. Poster at 4th Rosaceae Genomics
Conference, Pucon, Chile. 16-19 March 2008.
R. Paris, L. Dondini, S. Tartarini, D. Bastia, V. Mantovani, S. Sansavini. An Optimized cDNA-AFLP Protocol for the Identification
of TDFs Involved in the Malus x domestica-Venturia inaequalis Interaction. Presentazione Poster al Convegno
Internazionale ‘Molecular Mapping & Marker Assisted Selection in Plants’, Vienna (Austria), 3-7 febbraio 2008
Belotti T., Ricci G., Pagliarani G., Paris R., Tartarini S., Serafini D., Bendandi B., Masi M. Risposta differenziale a Skin Prick
Test (SPT) in pazienti allergici a diversi genotipi di melo. Presentazione orale al X Congresso Nazionale di
Allergologia ed Immunologia Pediatrica – Salsomaggiore (PR) 3-5 aprile 2008
R. Paris, V. Cova, G. Pagliarani, F. Carbone, S. Tartarini, M. Komjanc, S. Sansavini. The Malus – Venturia inaequalis
interaction: recent advances in the comprehension of the molecular basis of apple scab resistance. Presentazione
Poster al XIII International Congress on Molecular Plant-Microbe Interaction, Sorrento 21-27 Luglio 2007
Paris R., Pagliarani G., Granozio S., Tartarini S., Sansavini S. DCA-BO Activity in WP6.2-Development of safe and efficient
transgenic techniques applicable to sustainable quality fruits production. Presentazione Poster per Meeting IsafruitBologna 20-22 Giugno 2007.
E. Chvreau, V. Hanke, F. Krens, S. Tartarini, S. Djennanne S., K. Loridon, R. Paris, J. Schaart. TRANSFRUIT: A European
action to develop innovative strategies for fruit trees. Presentazione Poster Plant Transformation Technologies,
February 4-7 2007, Vienna, Austria.
V.Cova, R. Paris, E.Zini, E.Barbaro, M.Komjanc. LRPKM multigene family expression profile in Hcrvf2-transgenic and wild-type
apple plants treated with Venturia inaequalis. Presentazione Poster SIGA 2007 Riva del Garda 23-26 settembre
Pagliarani G., Paris R., Tartarini S., Sansavini S. Espressione di allergeni in mele nelle cv ‘Gala’ e ‘Florina’. Presentazione
Orale VIII Giornate Scientifiche SOI Sassari 8-12 Maggio 2007
Tartarini S., Paris R. La genomica per le resistenze agli stress biotici. Presentazione orale al CONVEGNO: La genomica in
frutticoltura. Per la creazione di conoscenza con le nuove biotecnologie Cesena, 28 Aprile 2007
R. Paris, C. Toller, G. Perrotta, S. Sansavini. Characterizing the transcriptome of HcrVf2-transformed resistant apple (Malus x
domestica) in response to Venturia inaequalis inocuation. Presentazione Poster 50° Annual Congress, Ischia (NA)
(September 10-14, 2006)
G. Pagliarani, R. Paris, S. Tartarini, S. Sansavini. Expression of two Mal d 3 (non-specific lipid transfer proteins) genes in fruit
of ‘Gala’ and ‘Florina’. Presentazione Poster 50° Annual Congress, Ischia (NA) (September 10-14, 2006)
S. Sansavini. S. Tartarini, F. Costa, L. Dondini, R. Paris, L. Pierantoni, S. Venturi. Advanced molecular approaches to fruit tree
breeding: overview and prospects. Invited lecture 50° Annual Congress, Ischia (NA) (September 10-14, 2006)
Sansavini S., Tartarini S., Negri P., Belfanti E., Costa F., Dondini L., Galassi E., Gennari F., Palazzetti C., Paris R., Pierantoni
L., Pratesi D., Stella S., Tassinari P. e Venturi S.“ Linee Avanzate Di Ricerca Biotecnologica In Frutticoltura Advances
In Biotechnology Research In Fruit Trees”. (2004) Atti VII Giornate Scientifiche SOI, 28-30 Marzo 2004, Napoli, SOI,
vol 1.
Galassi E., Negri P., Paris R., Pratesi D., Scorza R. Recent advances towards apricot genetic transformation for resistance to
Plum Pox Virus. Proceedings SIFV - SIGA, Lecce (15-18 September 2004).
PARIS, Roberta
Marzo 2013-01
RESUME OF THE RESEARCH ACTIVITY
During the master thesis, my research was focused on the set up of efficient regeneration protocols from both mature and
zygotic tissues of apricot, possibly suited for engineering apricot with resistance to PPV, the causal agent of the plum pox
(sharka) disease of stone fruits. In fact, to improve vegetatively propagated cultivars with gene transfer technologies a crucial
point is the availability of genoptype-suited methods for plant regeneration from mature tissues. Such protocols are still lacking
for apricot (P. armeniaca L.), which can be more easily regenerated in vitro from seed explants, like other recalcitrant fruit
species. In the present study, the regeneration from both mature (leaves, petioles, internodes, roots, petals and stamen
filaments) and zygotic tissues (cotyledons) was attempted for several apricot cultivars. The explants were collected from either
micropropagated shoots or field-grown plants and cultured on media supplemented with different combinations of auxins (NAA,
IAA, IBA, 2,4-D) and cytokinins (BA, TDZ). A range of hormonal balances was tested, in order to obtain either caulogenesis or
somatic embryogenesis, directly from explant tissues or through callus proliferation. With mature tissues, both direct and
indirect shoot organogenesis was efficiently obtained, mainly from the stipel axils of petioles. On the other hand, the somatic
embryos, sporadically differentiated from ‘Sungiant’ and ‘Portici’ leaf callus, were not able to develop into plantlets. As
compared to any of the mature tissues, the known superiority of zygotic explants in terms of morphogenic ability was confirmed
by our results. The numerous shoots and embryos differentiated from zygotic material were also able to complete their
development in vitro. The research conduced during my master thesis has produced two papers on Acta Horticulturae.
During the PhD, I investigated the incompatible interaction between apple (Malus x domestica) and the fungal pathogen
Venturia inaequalis, the causal agent of apple scab. Different approaches based on transcriptional analyses were used. As
plant material, scab resistant transgenic apple lines of cv Gala carrying the HcrVf2 resistance gene were used, in comparison to
‘Gala’ wild type (scab susceptible). HcVf2 encodes for a putative LRR receptor-like protein, involved in the pathogen
recognition, and confers resistance to the apple cultivar Gala.
A PCR-based suppression subtractive hybridization was used to identify apple genes that are differentially expressed after V.
inaequalis inoculation. Subtractive hybridization was performed between cDNA from challenged leaves of HcrVf2-resistant
transgenic Gala and susceptible cv. Gala plants. A library of 523 unigenes was constructed and characterized by assigning a
putative function by comparison with public databases (Paris et al., 2009). This set of pathogen-modulated apple genes
included many defense-related genes and is therefore an important source of information for understanding the molecular basis
of the Malus - V. inaequalis interaction. Although functional assignment based only on sequence homology needs experimental
verification, it nonetheless provides a measure of the diversity of the genes involved in the defense response. In fact, the
collected genes belong to all the major functional categories.
The collected ESTs were used to construct specialized apple cDNA-microarrays. Experiments of comparative profiling were
performed in order to: 1. identify genes differentially expressed in a transgenic Gala line, Ga2-2 (Belfanti et al., 2004), respect
to the cv. Gala, as effect of integration and expression of the transgene; and 2. isolate genes modulated at different times after
fungal infection in the same Ga2-2 line. Microarray data were confirmed by quantitative Real Time RT-PCR (qRT-PCR).
31 EST were modulated, putatively as a consequence of transgenosis. As this fact doesn’t affect the plant phenotype, except
for the resistance response, it might be assumed that these sequences contribute to scab resistance. Interestingly, genes
involved in the cell wall structure and cell metabolism were found either up or down-regulated in Ga2-2. Between the upregulated sequences a putative lectin, a putative LRR kinase and a catalase were also identified. Expression of HcrVf2 was
also analysed by qRT-PCR, and it appears not significantly modulated during plant-pathogen interaction, when controlled by
the strong CaMV35S promoter.
62 EST were significantly modulated in Ga2-2 at different hours after inoculation. 29 were up- and 33 down-regulated. Most of
the up-regulated genes were classified as Disease Defense (28%) while most of the down-regulated ESTs were classified as
Energy and Metabolism. The repression of genes involved in photosynthesis (energy) and basic metabolism have already been
reported in other incompatible interactions, associated with a reduction in plant growth. It has been postulated that, during a
pathogen attack, plant metabolic resources are preferentially used for defense response than for general metabolism. The
repression of defense genes like beta-1,3-glucosidase and defensin was also revealed. The down-regulation of similar
sequence was detect in Arabidopsis after induction with chitin oligomers. As an endochitinase was also found up-regulated in
Ga2-2 48 hours post inoculation, it can be hypothesized that chitin oligomers might be the inducers of defense responses.
From this work, two papers on international journals, and many presentations at National and International Congresses were
produced. Another paper is in preparation.
From 2006 to 2009 I carried out a post-doctoral work within the FIRB 2003 project HTTP://DNA. In this project, the cDNAAFLP technique, successfully applied to study plant-microbe interactions (Cooper et al., 2001; Escalettes et al., 2006), was
chosen to identify sequences (TDFs, transcript derived fragments) which are differentially expressed after challenge with V.
inaequalis. An optimized and highly reproducible cDNA-AFLP protocol was set up on polyacrylamide gel (PAGE), starting with
the RNA extraction from apple leaves until gel band elution from gel (Paris et al., 2009). Even if DNA fragment sizing is a
routine analysis traditionally performed on agarose or polyacrylamide gels, electrophoresis is time-consuming with a labourintensive preparation and clean up and it requires the use of hazardous chemicals for data analysis. Furthermore, it has only
limited potential for automation and the recovery of DNA fragments from gels is slow and rarely efficient. Therefore, we decided
to verify the possibility of separating cDNA fragments by chromatography, using the d-HPLC (denaturing high performance
liquid chromatography) Transgenomic WAVE® System (Hecker et al., 2000) and collecting fragments of interest by fraction
collection. The Wave® System revealed a high sensitivity and repeatability (Paris et al., 2009). The analysis, performed under
PARIS, Roberta
Marzo 2013-01
non-denaturing conditions, was confirmed to be faster than gel separation and almost all steps were automated. To date a large
set of cDNA-AFLPs were successfully fractioned, eluted and directly sequenced; of the analysed fragments a large proportion
were found to encode defense-related genes. Moreover, the different intensities of the detected peaks upon d-HPLC analysis
were confirmed to reflect the different levels of expression of the identified genes, by qRT-PCR. In the FIRB project, I worked
with the Parco Tecnologico Padano (PTP, Lodi, Italy) and the Centro Unificato di Ricerca Biomedica Applicata (CRBA,
Bologna, Italy).
Form the FIRB project one paper for International Peer-Rewiew Journal, two papers on Acta Horticulturae and one paper for a
national journal were produced.
During this period, I’ve also been involved in two other projects: the European project ISAFRUIT (for the development of safe
and efficient transgenic techniques applicable to sustainable quality fruit productions) and the “Crossallergenecity” Progetto
Strategico d’Ateneo E.F. 2006, of the University of Bologna, on food and pollen cross-allergies. The main topics of these
projects were the isolation and the genomic characterization of apple allergens and other genes putatively related to pollen
allergenicity (apple TGase). The analysis of the expression of the allergen genes in plant tissues (leaves, pollen and fruit) from
different apple genotypes and in genetically modified apple plants (with a scab resistance gene) was also performed in order to
evaluate the effect of the transgene on the expression of the major allergens.
Five papers on international peer reviewed journals and many presentations at National and International Congresses were
produced. For the ‘Crossallergenicity’ project, one paper on a national journal was produced.
From 2009 to mid 2011, I’ve been involved in the Project ‘DRUPOMICS’ for the development and mapping of SNP and SSR
molecular markers. In this project I was mostly involved in SNP retrieval from the peach genomic sequence, SNPlex
development and genotyping using the Sequenom (MassARRAY MALDI-TOF MS) platform. In 2009 I also spent some time at
Zurich, at the Plant Pathology Group, Institute of Plant Science, ETHZ LFW (Zurich) for a work on the characterization of GM
transgenic and cisgenic apple plants (COST action 864). A paper is in preparation.
From 2011 to end 2012 I worked in the EU Project ‘Fruit Breedomics’, for the screening of an apple germplasm collection (419
accessions), available at DCA-UNIBO, in order to define a ‘core collection’ to be used for association studies.
From end 2012 I am researcher at CRA-CIN (Bologna) on this topics:.
- early response of Beta vulgaris to low temperature through the analysis of the whole transcriptome (RNA seq) for the
identification of genes differentially expressed after cold treatment
- induced resistance in maize by using BCA (biological control agents)
PARIS, Roberta
Marzo 2013-01

cv Paris Marzo 2013

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