Curriculum Vitae di Claudia Calabrese Informazioni personali Nome

Curriculum Vitae di Claudia Calabrese
Informazioni personali
Nome / Cognome- Claudia Calabrese
Indirizzo di residenza - Via Veneto 116, 74121 Taranto (TA)
Cittadinanza - Italiana
Data e luogo di nascita – 23/03/1985, Taranto (TA)
Telefono- +39 3496538612
E-mail - [email protected]
Attività Professionale
Aprile 2014 – Marzo 2015: Assegnista di ricerca presso il Dipartimento di Scienze Mediche e
Chirurgiche, Università degli Studi di Bologna. Titolo del bando: “Ricerca di varianti nucleari
associate a mutazioni mitocondriali frameshift del Complesso I”. Responsabile scientifico: Dr.
Giuseppe Gasparre.
Gennaio 2010 – Gennaio 2014: Dottorato in Genetica Umana, Scuola di Scienze Biomediche ed
Oncologia Umana, Università degli studi di Torino, in consorzio con l’Università degli studi di
Bologna.
6 Luglio 2012 - 5 Luglio 2013: Assegnista di ricerca presso il Dipartimento di Scienze Mediche e
Chirurgiche, Università degli studi di Bologna. Titolo del bando: “Bioinformatic analyses and
validation of NGS-derived transcriptomic data”. Responsabile scientifico: Dr. Giuseppe Gasparre.
Luglio 2011 – Marzo 2012: Contratto di collaborazione coordinata e continuativa presso il
Dipartimento di Biochimica e Biologia Molecolare “Ernesto Quagliariello” (ora Dipartimento di
Bioscienze, Biotecnologie e Biofarmaceutica) dell’Università degli Studi di Bari, finanziato dalla
Fondazione della Cassa di Risparmio di Puglia di Bari. Responsabile scientifico: Prof. Marcella
Attimonelli. Oggetto della ricerca: “Approcci di sequenziamento di RNA con tecnologia NGS”.
Gennaio 2010 – Gennaio 2011: Borsista a tempo determinato presso il dipartimento di Scienze
Ginecologiche, Ostetriche e Pediatriche (ora Dipartimento di Scienze Mediche e Chirurgiche)
dell’Università di Bologna. Responsabile scientifico: Dr. Giuseppe Gasparre.
Novembre 2009: Laurea Specialistica (S/6) in Biologia Cellulare e Molecolare Curriculum Genetico
Molecolare (110 e lode), Università degli Studi di Bari.
Dicembre 2006: Laurea Triennale in Biologia Cellulare e Molecolare (110 e lode), Università degli
Studi di Bari.
Attività di ricerca
Gennaio 2010 – Gennaio 2014
1) Analisi di dati Next Generation Sequencing (NGS) per l’identificazione di meccanismi
molecolari e pathways metabolici che regolano l’arresto proliferativo nelle cellule tumorali
2) Studio del ruolo delle mutazioni mitocondriali nel cancro.
3) Integrazione e sviluppo di metodi bioinformatici per la genomica mitocondriale e l’analisi di dati
NGS
Titolo della tesi di Dottorato in Genetica Umana: “Optimization and implementation of Next
Generation Sequencing and bioinformatics approaches in mitochondrial genomics unveil cancer
metabolic pathways triggered by mitochondrial DNA mutation.”
Novembre 2009 – Titlo della tesi di Laurea Specialistica: “Disegno ed implementazione di un
protocollo per il pirosequenziamento parallelo di genomi mitocondriali umani”.
Competenze tecniche
Altra lingua – Inglese
Strumenti bioinformatici e conoscenze informatiche di base:
Databases pubblici: UCSC Genome Browser, Gene Ontology, KEGG databases, GenBank (NCBI),
Human mitochondrial Database (HmtDB).
Programmi di allineamento: Muscle, MAFFT, BLAST, BLAT, Mosaik, Newbler, GMAP, GSNAP.
Strumenti per l’analisi in silico di dati NGSs: samtools, Galaxy, vcftools, FastQC, Picard suite,
Bioconductor packages.
Sistemi operativi: Windows, MacOS and Unix.
Gestione databases: MySQL (basic).
Linguaggi di programmazione: Python (intermedio), R scripting (base).
Tecniche di biologia molecolare - Gel Electrophoresis, PCR, Reverse-Transcriptase PCR,
Sonication, quantification techniques (Nanodrop, Bioanalyzer).
Partecipazione a Corsi e Workshops:
- Maggio 21-23, 2013 - Bioinformatics Italian Society (BITS) X annual meeting, Udine
- Dicembre 5-7, 2012 - Next Generation Sequencing & Epigenomics Workshop, Bari
- Marzo 1-2, 2012 - RNA-seq workshop, an introductory course to RNA- seq, Torino
- Giugno 20-22, 2011 - Bioinformatics Italian Society (BITS) VIII annual meeting, Pisa
- Aprile 14-16, 2010 - Bioinformatics Italian Society (BITS) VII annual meeting, Bari
- Novembre 3-6, 2010 - Course in Mitochondria and Cancer, European Genetics Foundation,
Bologna (Italy)
- Ottobre 6-8, 2010 - Next Generation Sequencing Workshop (second edition), Bari
- Settembre 16-18, 2009 - Next Generation Sequencing Workshop, Bari
Presentazioni orali a Conferenze, Meetings e Workshops:
- Dicembre 7, 2012 - Title: "A novel general-purpose RNA-Seq protocol optimizing the detection
of transcriptome expression complexity”, Next Generation Sequencing & Epigenomics Workshop,
5-7 December 2012, Bari (Italy).
Pubblicazioni:
1. Diroma MA, Calabrese C, Simone D, Santorsola M, Calabrese FM, Gasparre G, Attimonelli M.
2014. Extraction and annotation of human mitochondrial genomes from 1000 Genomes Whole
Exome Sequencing data. BMC Genomics. 2014 15(Suppl 3):S2.
2. Calabrese C, Mangiulli M, Manzari C, Paluscio AM, Caratozzolo MF, Marzano F, Kurelac I,
D'Erchia AM, D'Elia D, Licciulli F, Liuni S, Picardi E, Attimonelli M, Gasparre G, Porcelli AM,
Pesole G, Sbisà E, Tullo A. A platform independent RNA-Seq protocol for the detection of
transcriptome complexity. BMC Genomics. 2013 Dec 5; 14:855.
3. Vidone M, Alessandrini F, Marucci G, Farnedi A, de Biase D, Ricceri F, Calabrese C, Kurelac I,
Porcelli AM, Cricca M, Gasparre G. Evidence of association of human papillomavirus with
prognosis worsening in glioblastoma multiforme. Neuro Oncol. 2014 Jan; 16(2):298-302.
4. Calabrese C, Iommarini L, Kurelac I, Calvaruso MA, Capristo M, Lollini PL, Nanni P,
Bergamini C, Nicoletti G, Giovanni CD, Ghelli A, Giorgio V, Caratozzolo MF, Marzano F,
Manzari C, Betts CM, Carelli V, Ceccarelli C, Attimonelli M, Romeo G, Fato R, Rugolo M, Tullo
A, Gasparre G, Porcelli AM. Respiratory complex I is essential to induce a Warburg profile in
mitochondria-defective tumor cells. Cancer Metab. 2013 Mar 18; 1(1):11.
5. Petruzzella V, Carrozzo R, Calabrese C, Dell'Aglio R, Trentadue R, Piredda R, Artuso L, Rizza
T, Bianchi M, Porcelli AM, Guerriero S, Gasparre G, Attimonelli M. Deep sequencing unearths
nuclear mitochondrial sequences under Leber's hereditary optic neuropathy-associated false
heteroplasmic mitochondrial DNA variants. Hum Mol Genet. 2012 Sep 1; 21(17):3753-64.
6. Rubino F, Piredda R, Calabrese FM, Simone D, Lang M, Calabrese C, Petruzzella V, TommaseoPonzetta M, Gasparre G, Attimonelli M. HmtDB, a genomic resource for mitochondrion-based
human variability studies. Nucleic Acids Res. 2012 Jan;40(Database issue):D1150-9.
7. Kurelac I, Lang M, Zuntini R, Calabrese C, Simone D, Vicario S, Santamaria M, Attimonelli M,
Romeo G, Gasparre G. Searching for a needle in the haystack: comparing six methods to evaluate
heteroplasmy in difficult sequence context. Biotechnol Adv. 2012 Jan-Feb;30(1):363-71.
In fede
Claudia Calabrese
Si autorizza al trattamento dei dati personali in base al decreto legislativo 30 giugno 2003, n. 196.