Curriculum

Alessandro Bruselles
Nazionalità
Data di nascita
Luogo di nascita
Residenza
Telefono
eMail
Stato civile
Obblighi di leva
Italiana
21 Febbraio 1973
Frascati (RM)
Via dei Castelli Romani 89, 00040 Rocca di Papa (RM)
Casa: 06 9497280 - Cell: 328 5628657
[email protected]
Coniugato, 1 figlia.
Assolti
Formazione
2002 – 2005
Dottorato di Ricerca in “Biologia Cellulare e Molecolare”, XVIII ciclo, Università
degli Studi di Roma “Tor Vergata”. Titolo della Tesi: “Studio delle proprietà
strutturali e funzionali della DNA topoisomerasi I umana, attraverso simulazioni
di Dinamica Molecolare Classica”. Relatore Prof. A. Desideri
1993 – 2002
Laurea in Scienze Biologiche, Università degli Studi di Roma “Tor Vergata”.
Titolo della Tesi: “Analisi delle proprietà strutturali e delle modificazioni indotte
dalla mutazione Ala653Pro nel dominio ‘linker’ della topoisomerasi I umana,
attraverso simulazioni di Dinamica Molecolare Classica”. 21 Maggio 2002;
Relatore Prof. A. Desideri; Votazione: 107/110
1987 – 1992
Liceo scientifico statale “Touschek” di Grottaferrata (Roma)
Esperienze Professionali
06.2011- presente
Contratto da ricercatore a tempo determinato (3 anni +2) con Istituto
Superiore di Sanità nell’ambito del progetto “AIRC 5‰” “Genetics- Driven
targeted management of Lymphoid Malignancies”
01.2011- 06.2011
Borsa di studio nell’ambito del progetto “AIRC 5‰” Genetics- Driven targeted
management of Lymphoid Malignancies” volta all’attività di ricerca
sull’elaborazione ed il processamento dei dati di sequenze genomiche di
Whole exome sequencing - Fondazione Adriano Buzzati – Traverso (Pavia)
presso l’Istituto Superiore di Sanità.
2010-2011
Contratto a progetto “AIRC 5‰” Prestazione del servizio di bioinformatica e di
assistenza per l’identificazione e la messa a punto di strumenti e strategie nelle
fasi iniziali del workflow e per l’organizzazione dei dati del sequenziatore
genomico 454 GSFLX Roche Diagnostic” presso l’Istituto Superiore di Sanità.
2009 – 2010
Contratto a progetto Istituto Nazionale delle Malattie Infettive “Lazzaro
Spallanzani” di Roma
2007 – 2008
Contratto a progetto Roche Diagnostics S.p.A. per la Prestazione di servizio
bioinformatica a supporto della fornitura del sistema integrato GSFLX per
l’Istituto Nazionale delle Malattie Infettive “Lazzaro Spallanzani” di Roma
2007 – 2008
Assegno di Ricerca Universitario CIBB (Centro Interdipartimentale
Biostatistica e Bioinformatica) presso l’Università di Roma “Tor Vergata” di
2006 – 2007
Contratto di collaborazione professionale “Business Lab” Filas (Finanziaria
Laziale di Sviluppo) per il progetto “Sviluppo di un test farmacogenetico”
presso l’Università di Roma “Tor Vergata”
2002 – 2005
Borsa di studio CASPUR (Consorzio Interuniversitario per le Applicazioni di
Supercalcolo per Università e Ricerca) Lingue:
Eccellente conoscenza della lingua inglese sia scritta che parlata.
Esperienze di Ricerca:
Durante il periodo della Tesi di Laurea e del Dottorato di Ricerca ha acquisito conoscenze
approfondite sullo studio della correlazione struttura-funzione di proteine, studiando in dettaglio la
DNA topoisomerasi I umana, un enzima responsabile dello stato topologico del DNA, unico target
cellulare di farmaci antitumorali derivati dalla camptotecina, come il topotecano e l’irinotecano.
In tale periodo ha acquisito conoscenze di genomica, proteomica, bioinformatica strutturale e
biochimica computazionale, attraverso l’utilizzo di tecniche di sequence alignment, molecular
modeling, molecular docking e molecular dynamics.
Ha inoltre, attraverso corsi di specializzazione all’estero, sviluppato approfondite conoscenze
bioinformatiche per lo studio dell’evoluzione virale e dell’epidemiologia molecolare; ha inoltre
partecipato alla progettazione ed allo sviluppo di banche dati genomiche e proteomiche, portali
web per l’analisi dei dati di DNA microarray così come lo sviluppo di nuove pipeline
bioinformatiche per l’analisi dei dati di Next Generation Sequencing, sia per studi di ultradeep
amplicon sequencing che di whole genome sequencing per la ricostruzione di genomi sia virali
che umani e per l’identificazione di nuovi organismi presenti in campioni biologici
(metagenomica).
Esperienze tecniche
· Approfondita conoscenza di hardware e software per piattaforme PC, MAC, LINUX e UNIX:
· Installazione e amministrazione di Sistemi Operativi (LINUX Redhat, Suse, Debian, Ubuntu,
Windows XP, Vista, 7 e Mac Os X)
· Approfondita esperienza nella compilazione, amministrazione, aggiornamento ed utilizzo dei
software on-instrument GS FLX Roche e dei software off-instrument con esso forniti: gsRunBrowser,
gs De Novo Assembler, gs Reference Mapper e Amplicon Variant Analyzer
· Software per l’analisi filogenetica (MEGA, Phylip, MrBayes, PAML, PAUP, RAxML, Splitstree, BEAST,
TreeView, ClustalW)
· Conoscenza di tutti i principali strumenti ed algoritmi di assemblaggio, mapping e visualizzazione
di sequenze genomiche (CAP3, Lasergene Seqman, Celera Assembler, Velvet, AMOS, Geneious,
EULER, Tablet, Eagleview, Galaxy)
· Strumenti di analisi e databases di Biologia Molecolare e Biochimica (EMBOSS, Protein Data Bank,
MINT, trEMBL, Entrez, GCG, Fasta, Blast ecc)
· Programmazione Python e conoscenza dei linguaggi di programmazione FORTRAN77,
FORTRAN90, C, Perl e PHP, Shell UNIX, script AWK e cenni di Java Script
· Programmazione HTML, amministrazione e gestione servers e siti Web (APACHE, MYSQL,
PHPMyAdmin, JOOMLA, FRONTPAGE, DREAMWEAVER, FLASH);
· Preparazione testi, immagini e presentazioni (WORD, EXCEL, POWERPOINT, INDESIGN, ADOBE
ACROBAT, ILLUSTRATOR, PHOTOSHOP);
· Strumenti di analisi grafica di Biochimica strutturale (INSIGHT II, RASMOL, VMD, GOPENMOL, SWISS
PDB-VIEWER, QuteMol, YASARA, VEGA);
· Compilazione ed installazione di softwares e suite di biochimica computazionale (GROMACS,
AMBER, CHARMM) su varie architetture (IBM, HP) sia in seriale che in parallelo;
Scuole di Specializzazione
· Bioinformatics using Python for Biologists. Instituto Gulbenkian de Ciência, 19-23 Aprile 2010,
Oeiras, Portugal
· 15th international workshop on virus evolution and molecular epidemiology, Rotterdam, The
Netherlands, 7th-11th Settembre 2009.
· Corso di Addestramento sul Genome Sequencer. 4-5 Ottobre 2010, Roche Diagnostics, Monza,
Italia
· Genome Sequencer FLX System. 1-3 Ottobre 2007, Roche Diagnostics, Penzberg, Germany
· Bologna Winter School - Hot Topics in Structural Genomics. Università di Bologna, 9-15 febbraio
2003.
· Message Passing Programming Course e Shared Memory Programming Course, Edinburgh
Parallel Computing Centre (EPCC), University of Edinburgh, 4-6, 8-11 Novembre 2003.
Esperienze didattiche
Docente al corso “Sequenziamento genico ed applicazioni bioinformatiche per lo studio
dell’evoluzione molecolare della filogenesi dei microorganismi” 13-16 dicembre 2010, presso
l’istituto
Nazionale
per
le
Malattie
Infettive
“L.
Spallanzani”,
Roma.
Docente all’evento formativo “ Tavola rotonda sulle nuove frontiere della genomica: applicazioni
in campo virologico” 28 maggio 2010, presso l’Istituto Nazionale per le Malattie Infettive “L.
Spallanzani”, Roma
Ha tenuto lezioni ed esercitazioni al computer per lo studio delle macromolecole biologiche ed ha
partecipato attivamente alle esercitazioni ed agli esami sia scritti che orali dei corsi di
Bioinformatica e Bioinformatica Strutturale, del corso di laurea in Biotecnologie e del corso di
laurea specialistica in Bioinformatica (docente Prof. M. Falconi) e dei corsi di Biologia
computazionale I e II del corso di laurea specialistica in Bioinformatica (docente Dott. G. Chillemi)
del Dipartimento di Biologia dell’Università di Roma “Tor Vergata”.
Posters e partecipazioni ai congressi:
· Isabella Abbate, Gabriella Rozera, Chiara Tommasi, Alessandro Bruselles, Barbara Bartolini,
Emanuele Nicastri, Pasquale Narciso, Maria R. Capobianchi Co-receptor usage prediction at
quasispecies level using ultra-deep pyrosequencing on both circulating and proviral HIV in
patients candidates to CCR5 antagonist treatment. Oral presentation
16th International Symposium on HIV and Emerging Infectious Diseases (ISHEID) Marseille,
France, 24-26 March 2010
·
Abbate I, Rozera G, Bruselles A, Bartolini B, Capobianchi MR. ”Dynamic variations of
lymphocyte-and monocyte-associated HIV-1 quasispecies after discontinuation of highly active
anti-retroviral therapy as assessed by massively parallel Pyrosequencing”
ICAR - Italian Conference on AIDS and Retroviruses - 24-26 May 2009, Milano
·
Abbate I , Rozera G, Tommasi C, Bruselles A, I Bartolini B, Nicastri E, Narciso P, Ippolito G,
CApobianchi MR “Ultra-deep pyrosequencingn to predict quasispecies co-receptor usage of
circulating and proviral HIV in patients candidates to CCR5 antagonist treatment”
4° Congresso Nazionale SIVIM 5-7 Maggio 2010, Milano
·
Bartolini B, Chillemi G, Bruselles A, Abbate I, Rozera G, Castrignanò T, Paoletti D, Desideri A,
Capobianchi MR, Pesole G. “Direct metagenomic detection and complete characterization of
pandemic influenza a H1N1 in nasopharingeal swabs using high-troughput pyrosequencing”
4° Congresso Nazionale SIVIM 5-7 Maggio 2010, Milano
·
Santoro MM, Alteri C, Abbate I, Svicher V, Brusellas A, Bartolini B, Gori C, Rozera G, Capobinchi
MR, Perno CF, Ceccherini Silvberstein F. “Sentinel mutations in standard population sequencing
predict a high prevalence of RTI-resistance minor varinats in both RNA plasma and DNA cellular
samples from HIV-1 drug naive patients”
4° Congresso Nazionale SIVIM 5-7 Maggio 2010, Milano.
·
Isabella Abbate, Gabriella Rozera, Alessandro Bruselles, Barbara Bartolini, Chrysoula Vlassi,
Gianpiero D'Offizi, Pasquale Narciso, Giovanni Chillemi, Maria Rosaria Capobianchi.
Quantitative Deep Sequencing Reveals Hidden Lineages and Shifts of Viral Population in
Archived and Replicating HIV-1 Genomes
CROI 2010 - 17th Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections February 16-19, 2010,
San Francisco, CA
·
Valentina Svicher, Claudia Alteri, Isabella Abbate, Alessandro Bruselles, Barbara Bartolini,
Federica Forbici, Gabriella Rozera, Maria Mercedes Santoro, Maria Rosaria Capobianchi,
Francesca Ceccherini-Silberstein. Sentinel Mutations in Standard Population Sequencing Can
Predict the Presence of RT Major Mutations Detected Only by 454-Pyrosequencing
CROI 2010 - 17th Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections February 16-19, 2010,
San Francisco, CA
·
Rozera G., Abbate I, Bruselles A., Bartolini B., D’Offizi G., Nicastri E, Tommasi C. and Capobianchi
MR. Comparison of commonly used Real-time PCR methods to detect and quantify HIV-1
proviral DNA in infected patients
XXXVIII Congresso Nazionale AMCLI Rimini 17-20 Novembre 2009
·
Alessandro Bruselles, Gabriella Rozera, Barbara Bartolini, Mattia Prosperi, Franca Del Nonno,
Pasquale Narciso, Maria R. Capobianchi, Isabella Abbate. Near full-length characterization of a
UNIQUE HIV-1 BF recombinant associated with a fatal primary infection through massive parallel
pyrosequencing. Oral presentation
9th National Congress of the Italian Society of Virology September 7 - 9, 2009
·
Abbate I., Rozera G., Bruselles A., Bartolini B., Capobianchi MR. Dymamic variations of
lymphocyte-and monocyte-associated HIV-1 quasispecies after discontinuation of highly active
anti-retroviral therapy as assessed by massively parallel pyrosequencing
ICAR-ITALIAN CONFERENCE on AIDS and RETROVIRUSES Milan 24-26 Maggio 2009
·
Rozera G., Abbate I., Bruselles A., Bartolini B., D’Offizi G., Nicastri E., Tommasi C. and
Capobianchi MR. Comparison of commonly used Real-time PCR methods to detect and
quantify HIV-1 proviral DNA in infected patients - Poster no. 542
ECCMID - European Congress of Clininal Microbiology and Infectious Diseases Helsinki, 16-19
Maggio 2009
·
A Bruselles, A Barbato, M Prosperi, MR Capobianchi, G Chillemi, A Desideri, I Abbate, G Rozera.
A Web Server for HIV Ultra Deep Pyro-Sequencing Data Analysis. Oral presentation
7th European HIV Drug Resistance Workshop, 25 – 27 March, 2009, Stockholm, Sweden
·
Solmone M., Vincenti D., Prosperi M., Bruselles A., Ippolito G., Capobianchi M.R. Methods for
Viral Population Reconstruction via Ultra-Deep Pyrosequencing: Hepatitis B Virus Case Study
EASL 2009 - the 44th annual meeting - Copenhagen, Denmark, April 22-26, 2009
·
Solmone M., Vincenti D., Prosperi M., Bruselles A., Ippolito G., Capobianchi M.R. Second
generation GS FLX platform used to identify HBV mutations by ultra-deep sequencing.
AASLD Annual meeting. S. Francisco, October 31-November 4 2008.
· Prosperi M., Bruselles A., Capobianchi M.R., Vincenti D., Solmone M., Abbate I., Rozera G.
Investigation of Techniques for Viral Population Reconstruction via Ultra-Deep Pyrosequencing:
Hepatitis B Virus Case Study.
Next-Generation Sequencing Data analysis and Exploring Next-Generation Sequencing,
September 22-25, 2008, Providence, Rhode Island, US
· Solmone M ., Vincenti D., Bruselles A., Prosperi M., Ippolito G., Capobianchi M.R.. Identification
of drug-resistance mutations in HBV by ultra-deep pyrosequencing. Poster n.73.
8th National Congress of the Italian Society of Virology, 21-23 September 2008, Orvieto (TR)
· Rozera G., Abbate I., Bruselles A., Vlassi C., D’Offizi G., Narciso P., Chillemi G., Ippolito G.,
Capobianchi M.R. Ultra-deep Pyrosequencing of HIV-1 Deriving From Lymphomonocyte Subpopulations in Chronically Infected Patients Interrupting Succesful HAART°.
8th National Congress of the Italian Society of Virology, 21-23 September 2008, Orvieto (TR)
· Rozera G., Abbate I., Bruselles A., Chillemi G., Vlassi C., D’Offizi G., Narciso P., Capobianchi M.R.
Quasispecies analysis by ultra-deep pyrosequencing of HIV-1 deriving from lymphomonocyte
sub-populations in chronically infected patients at the moment of HAART interruption.
XVII International AIDS Conference 3-8 August 2008 Mexico City
· Solmone M., Vincenti D., Bruselles A., Ippolito G., Capobianchi M.R. Ultra-deep pyrosequencing
as novel, powerful tool to identify drug resistance mutations in HBV.
3° Congresso Nazionale SIVIM, Roma, 6-8 maggio 2008.
· Rozera G., Abbate I., Bruselles A., Chillemi G., Vlassi C., D’Offizi G., Narciso P., Capobianchi M.R..
Studio della Quasispecie HIV di Derivazione Monocitaria e Linfocitaria in Pazienti Cronici al
Momento della interruzione della Terapia HAART° Mediante Ultra-deep Pyrosequencing.
3° Congresso Nazionale SIVIM 6-8 maggio 2008, Roma
·
Rozera G., Abbate I., Bruselles A., Bueno S., Vlassi C., D’Offizi G., Narciso P., Capobianchi M.R.
Ultra-deep Pyrosequencing of HIV-1 ENV from Lymphocytes and Monocytes of Chronically
Infected Patients at HAART° Interruption.
25 Years of HIV, 19-21 May 2008, Institut Pasteur, Paris, France
· G. Chillemi, A. Bruselles, P. Fiorani, S. Bueno, and A. Desideri. The open state of human
topoisomerase I as probed by Molecular Dynamics Simulations.
VII European Symposium of the Protein Society, Stockholm - Uppsala, Sweden, Maggio12-16,
2007
· A. Bruselles, G. Chillemi, A. Desideri. Comparative MD simulations of wild type and T718A mutant
in the DNA-human topoisomerase I complex.
2nd Workshop on "The state-of-the-art of Computational Chemistry in the Universities of
Calabria and Basilicata", Università di Catanzaro 5-6 Febbraio 2004
· A. Bruselles, M. Falconi, G. Chillemi, A. Desideri. Molecular Dynamics Simulation of the Linker
Domain of Human Topoisomerase I: Structural and Functional Modifications Induced by the
Ala653Pro Mutation.
National Conference on Physics of Matter INFM, Bari 24-28 giugno 2002.
· Co-organizzatore del “1st EMBL Monterotondo International PhD Students Minisymposium”:
“Animal Models - Tips and Tricks from Nature”.
EMBL, 12-14 Maggio 2005, Monterotondo (Roma).
Pubblicazioni
1. Rozera G, Abbate I, Ciccozzi M, Lo Presti A, Bruselles A, Vlassi C, D’Offizi G, Narciso P, Giombini E,
Bartolini B, Ippolito G, Capobianchi MR. “Ultra-deep sequencing reveals hidden HIV-1 minority
lineages and shifts of viral population between the main cellular reservoirs of the infection after
therapy interruption”, JVM Accepted
2. Alteri C, Santoro MM, Abbate I, Rozera G, Bruselles A, Bartolini B, Gori C, Forbici F, Orchi N, Tozzi V,
Palamara G, Antinori A, Narciso P, Girardi E, Svicher V, Ceccherini-Silberstein F, Capobianchi MR,
Perno CF. “’Sentinel' mutations in standard population sequencing can predict the presence of
HIV-1 reverse transcriptase major mutations detectable only by ultra-deep pyrosequencing”, J
Antimicrob Chemother. 2011 Nov
3. Bartolini B, Chillemi G, Abbate I, Bruselles A, Rozera G, Castrignanò T, Paoletti D, Picardi E, Desideri
A, Pesole G, Capobianchi MR. “Assembly and characterization of pandemic influenza A H1N1
genome in nasopharyngeal swabs using high-throughput pyrosequencing”, New Microbiol. 2011
Oct 31
4. Alteri C, Santoro MM, Abbate I, Rozera G, Bruselles A, Bartolini B, Gori C, Forbici F, Orchi N, Tozzi V,
Palamara G, Antinori A, Narciso P, Girardi E, Svicher V, Ceccherini-Silberstein F, Capobianchi MR,
Perno CF. “'Sentinel' mutations in standard population sequencing can predict the presence of
HIV-1 reverse transcriptase major mutations detectable only by ultra-deep pyrosequencing”, J
Antimicrob Chemother. 2011 Sep 2
5. Abbate I, Vlassi C, Rozera G, Bruselles A, Bartolini B, Giombini E, Corpolongo A, D’Offizi G, Narciso
P, Desideri A, Ippolito G, Capobianchi MR. “Detection of quasispecies variants predicted to use
cxcr4 by ultra-deep pyrosequencing during early HIV infection”, AIDS. 2010 Dec 14
6. Prosperi MCF, Prosperi L, Bruselles A, Abbate I, Rozera G, Vincenti D, Solmone MC, Capobianchi
MR, and Ulivi G. “Combinatorial analysis and algorithms for quasispecies reconstruction using
next-generation sequencing”, BMC Bioinformatics 2011, 12:5
7. Abbate I, Rozera G, Tommasi C, Bruselles A Bartolini B, Chillemi G, Nicastri E, Narciso P, Ippolito G,
Capobianchi MR. “Analysis of co-receptor usage of circulating viral and proviral HIV genome
quasispecies by ultra-deep pyrosequencing in patients candidate to CCR5 antagonist
treatment” Clin Microbiol Infect. 2010 Aug 20
8. Rozera G, Abbate I, Bruselles A, Bartolini B, D'Offizi G, Nicastri E, Tommasi C, Capobianchi MR.
“Comparison of real-time PCR methods for measurement of HIV-1 proviral DNA” J Virol Methods.
2010 Mar;164(1-2):135-8
9. Rozera G, Abbate I, Bruselles A, Vlassi C, D'Offizi G, Narciso P, Chillemi G, Prosperi M, Ippolito G,
Capobianchi MR. “Archived HIV-1 minority variants detected by ultra-deep pyrosequencing in
provirus may be fully replication competent” AIDS. 2009 Nov 27;23(18):2541-3
10.
Menzo S, Vincenti D, Solmone M, Prosperi M, Bruselles A, Abbate I, Rozera G, Capobianchi
MR. “Low-abundance drug resistance mutations: extending the HIV paradigm to hepatitis B virus”
J Infect Dis. 2009 Dec 1;200(11):1798-9.
11.
Bruselles A, Rozera G, Bartolini B, Prosperi M, Del Nonno F, Narciso P, Capobianchi MR,
Abbate I. “Use of massive parallel pyrosequencing for near full-length characterization of a
unique HIV Type 1 BF recombinant associated with a fatal primary infection” AIDS Res Hum
Retroviruses. 2009 Sep;25(9):937-42
12.
Rozera G, Abbate I, Bruselles A, Vlassi C, D'Offizi G, Narciso P, Chillemi G, Prosperi M, Ippolito
G, Capobianchi MR. “Massively parallel pyrosequencing highlights minority variants in the HIV-1
env quasispecies deriving from lymphomonocyte sub-populations” Retrovirology. Febbraio
2009. 12;6:15.
13.
Solmone M., Vincenti D., Prosperi M., Bruselles A., Ippolito G., Capobianchi M.R. “Use of
massively parallel ultradeep pyrosequencing to characterize the genetic diversity of hepatitis B
virus in drug-resistant and drug-naive patients and to detect minor variants in reverse
transcriptase and hepatitis B S antigen”. Journal of Virology. Febbraio 2009. 83(4):1718-26.
14.
Chillemi G, Fiorani P, Bruselles A, Castelli S, Campagna A, Sarra O, Tesauro C, Fiorentini M,
Vassallo O, D'Annessa I, Santoleri S, Desideri A. “Role of flexibility and long range communication
on the function of human topoisomerase I” Ital J Biochem. Giugno 2007. 56(2):110-4. Review.
15.
Chillemi G, Bruselles A, Fiorani P, Bueno S, and Desideri A. “The open state of human
topoisomerase I as probed by Molecular Dynamics Simulations” Nucleic Acids Res. 2007 Apr
16;35(9):3032-8
16.
Chillemi G, Fiorani P, Castelli S, Bruselles A, Benedetti P, Desideri A. “Effect on DNA relaxation
of the single Thr718Ala mutation in human topoisomerase I: a functional and molecular dynamics
study”. Nucleic Acids Res. Giugno 2005. 8;33(10):3339-50.
17.
Chillemi G, Redinbo M, Bruselles A, Desideri A. “Role of the linker domain and the 203-214 Nterminal residues in the human topoisomerase I DNA complex dynamics”. Biophys J. Dicembre
2004. 87(6):4087-97.
18.
Fiorani P, Bruselles A, Falconi M, Chillemi G, Desideri A, Benedetti P. “Single mutation in the
linker domain confers protein flexibility and camptothecin resistance to human topoisomerase I”.
J Biol Chem. Ottobre 2003. 31; 278(44):43268-75.