BioBanche: aspetti informatici - Mtt

Biobanche: aspetti informatici
pathologica 2008;100:116-127
Biobanche: aspetti informatici
M. Galvagni, S. Cotrupi*, M. Barbareschi*
MTT-pro, Trento; * U.O. Anatomia Patologia, Ospedale “S. Chiara”, Trento
Parole chiave
Banche tissutali • Biobanking • Conservazione tessuti biologici • Criopreservazione tissutale • Informatica
Una biobanca è essenzialmente una raccolta di biomateriali e di dati clinico-patologici e biomolecolari 1. La corretta e ordinata raccolta, conservazione ed integrazione
di tali elementi è fondamentale per la funzionalità di un
biobanca, ed è ciò che distingue una semplice raccolta di
biomateriali da una biobanca propriamente detta. La natura dei dati da raccogliere ed associare ai biomateriali è
tale da richiedere un apposito sistema informatico, sviluppato per rispondere alle varie esigenze della gestione
di una biobanca.
Individuazione architettura di
riferimento della biobanca
Come per tutti i sistemi informatici e informativi di
ultima generazione e per le applicazioni distribuite,
anche per i sistemi che si occupano della gestione della
biobanca non ci si può esimere dal considerare valida
un’architettura software basata su di una struttura a n
livelli di tipo web-based (n-tier web oriented). Questo
tipo di architettura (in Figura 1 è rappresentata l’architettura generale a 3 livelli) trova il suo punto di forza nei
seguenti elementi:
• scalabilità: i sistemi sviluppati su architettura n-tier
permettono facilmente di crescere in funzioni delle
necessità e delle possibilità;
• gestione delle le risorse, che vengono indirizzate;
• gestione ottimale dei risultati;
• complessità delle funzionalità che possono essere
implementate;
• integrazione con qualsiasi altro sistema informativo.
L’architettura ad n-livelli prevede che il sistema venga
scomposto in n livelli (nel caso 3 livelli: livello di pre-
Fig. 1. Architettura generale a 3 livelli.
Il presente contributo è stato possibile grazie al finanziamento
della Fondazione Cassa di Risparmio di Trento e Rovereto per
il progetto “Studio di fattibilità per la creazione di una banca di
tessuti e sangue umani presso la Azienda Provinciale per i Servizi
Sanitari - Trentino Biobank”
Corrispondenza
dott. Mattia Barbareschi, U.O. Anatomia Patologica, Ospedale “S.
Chiara”, largo Medaglie d’Oro, 38100 Trento - E-mail: mattia.
[email protected]
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Biobanche: aspetti informatici
sentazione, livello di applicazione e livello dati) ognuno
indipendente dagli altri e con specifiche interfacce di
comunicazione che consentono ai vari livelli di interagire fra di loro. In questo modo si rendono più agevoli
tutte le operazioni come le variazioni in sede di presentazione, l’aggiunta di nuovi servizi oppure la modifica e
la sostituzione del database.
Un sistema strutturato a livelli richiede per operare in
modo performante e funzionale una piattaforma applicativa composta da diversi componenti quali:
• web server;
• application server;
• database server;
• authentication e authorization server, middleware, e
adattatori.
Grazie all’architettura a n livelli, il sistema informativo
per la gestione della biobanca permette di interagire in
modo agevole con tutti gli altri sistemi che solitamente
sono presenti all’interno delle strutture ospedaliere. Un
sistema informativo per la gestione della biobanca deve
però essere strutturato in modo da essere completamente
autonomo per poter essere utilizzato anche in scenari
esterni alle strutture ospedaliere. Si propone, per il sistema informativo della biobanca un’implementazione con
tecnologia a 3 livelli (Fig. 2).
Il sistema per la biobanca implementato con tecnologia ad n livelli web-oriented prevede la presenza di un
browser (presentation layer) per la consultazione della
biobanca, di un livello di applicazione (business layer)
in cui vengono elaborate tutte le informazioni e preparate per la visualizzazione e di un livello di dati (data
layer). Particolare attenzione va riservata ai livelli data
e business. Nel livello di applicazione risiedono tutte le
logiche, le interfacce e gli applicativi che si occupano di
elaborare l’informazione per consentire poi al sistema di
visualizzarla oppure di immagazzinarla in modo corretFig. 2. Architettura a 3 livelli. per un prototipo di biobanca.
to. Il livello data è il livello in cui risiedono fisicamente
i dati, che si distinguono in:
• dati clinici: sono i dati clinici del paziente che descrivono la storia clinica del paziente;
• dati personale: rappresentano i dati anagrafici del
paziente;
• dati bio: sono i dati propri del tessuto analizzato,
contengono sia dati biologici, molecolari o di stoccaggio (cioè dove vengono archiviati i tessuti).
Questo risulta essere il livello che maggiormente può variare a seconda del contesto in cui viene inserito il sistema
biobanca; cioè se il sistema è o meno inserito in una struttura clinica sanitaria. Nel caso in cui la biobanca sia interna ad una struttura ospedaliera il sistema non necessita di
avere al suo interno i dati personali e i dati clinici, ma è
sufficiente che questi siano collegati agli altri sistemi che
normalmente detengono queste informazioni.
Gli archivi Personal data e clinical data sono necessariamente interni al sistema nel caso in cui la biobanca non
risieda all’interno di una struttura clinica. In questo ultimo
caso la gestione dei dati clinici e personali richiedono
particolare attenzione; l’architettura del sistema deve soddisfare la normativa che regolamenta il trattamento dei dati
personali (DL n. 196 del 30.6.2003 – Codice in materia di
protezione dei dati personali) che prevede che nessuno accidentalmente possa collegare i dati clinici ad una persona
fisica. A tale scopo si è previsto di separare i 3 tipi di dati
in diversi archivi fisici. La procedura che in automatico
collega i dati di diverso tipo fra di loro esclusivamente per
le persone autorizzate viene chiamato binding.
Moduli di riferimento della biobanca
Il sistema informativo per la gestione di una biobanca
prevede la presenza di un applicativo centrale per la me-
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Fig. 3. Architettura ad alto livello.
morizzazione delle informazioni relative ai biomateriali
e al loro stoccaggio. Vi è poi la necessità di correlare
tali informazioni alle informazioni cliniche, patologiche
e genetiche del paziente, gestite prevalentemente da
sistemi legacy nella stessa Unità Operativa di Anatomia
Patologica o in altre Unità Operative.
La banca dei tessuti dovrà essere vista all’occorrenza
come l’unitarietà di tali informazioni.
Gli standard a disposizione dal punto di vista informatico
sono sicuramente HL7 come protocollo di interscambio di
informazioni cliniche fra applicativi legacy (dati patologici, clinici, ecc.) e database dei biomateriali stoccati. XML
dovrà essere preferibilmente lo standard per lo scambio di
informazioni e documenti in particolar modo per la pubblicazione di dati riassuntivi ed anonimizzati via web.
Accessibilità, protezione e sicurezza
Il legislatore regolamenta le misure minime di sicurezza dei sistemi informativi relativamente ai seguenti
aspetti:
• sicurezza di accesso agli elaboratori;
• sicurezza di trasferimento delle informazioni;
• autenticazione e autorizzazione degli accessi.
La sicurezza di accesso agli elaboratori è intesa come
accesso fisico agli elaboratori adibiti alle applicazioni
lato server ed è strettamente correlato ovviamente alla
loro locazione. Per quanto riguarda i server della biobanca, questi dovranno soggiacere alle stesse politiche.
Le informazioni possono essere accedute in ambiente
controllato, all’interno della lan ospedaliera, ma deve
essere necessario garantire un accesso al mondo esterno
usufruendo della rete Internet, per poter consultare, ad
esempio, le informazioni da postazioni o istituzioni remote. Nel caso di accesso al mondo esterno devono essere adottate misure forti di controllo del trasferimento
delle informazioni, di autenticazione degli accessi e di
successivo rilascio dell’autorizzazione.
Una soluzione informatica a garanzia della sicurezza a
livello di trasferimento dei dati dall’elaboratore centrale
(Server Web) all’applicativo utente (Web Browser) potrebbe prevedere, per l’implementazione del canale di
trasmissione, il protocollo SSL (Secure Socket Layer)
Biobanche: aspetti informatici
Fig. 4. Protocollo SSL.
implementato dalla Microsoft per la crittografia a 128
bit, basata su certificato server e chiave asimmetrica. I
certificati sono emessi da un’infrastruttura di PKI (Public Key Infrastructure) composta dalla Certification
Authority (CA) Microsoft Certificate Server con CSP
(Criptographic Service Provider) su Token PRO Aladdin.
Fig. 5. Framework di sicurezza.
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Il protocollo SSL (ora TLS) è stato originariamente progettato da Netscape Communications Corporation per
realizzare comunicazioni cifrate su Internet. Come mostrato nella Figura 4, il protocollo SSL è inserito tra i protocolli di comunicazione (HTTP, SMTP, FTP, Gopher e
NNTP) e il protocollo di connessione TCP/IP.
Utilizzato dalla connessione in protocollo HTTPS per
cifrare i messaggi in protocollo HTTP, SSL è basato su
un meccanismo a coppia di chiavi asimmetriche e certificato rilasciato da una CA ad un Web Server, mediante
il quale il client genera e cifra con la chiave pubblica dal
server una chiave di sessione da utilizzare per cifrare la
comunicazione.
L’autenticazione dell’utente esterno si baserà su firma
digitale apposta dall’utente su dispositivi di autenticazione, quali possono essere token o smart card, in possesso dell’utente stesso. In questa ipotesi la procedura
di autenticazione non inizia fino a quando l’utente non
inserisce il dispositivo di sicurezza nell’apposito slot
(lettore di smart card o porta USB del pc). Se il dispositivo è estratto dal proprio alloggiamento prima che la
sessione sia terminata, questa verrà chiusa immediatamente dall’applicazione (Fig. 5).
L’autorizzazione all’accesso dovrà essere effettuata
lato server il quale controllerà credenziale, validità del
certification e permessi dell’utente in relazione alle informazioni che sta richiedendo.
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Formalizzazione dei flussi informativi
Lo schema di Figura 6 mostra quali tipologie di informazioni, relative ad un paziente, vengono coinvolte
nella gestione di una biobanca.
Nello schema sono mostrate le seguenti tipologie di
informazioni:
• informazioni direttamente correlate al biomateriale
(classi prelievo, campione, aliquota e dati di utilizzo).
Tali informazioni sono gestite nel sistema di raccolta
e stoccaggio. Descrivono le informazioni minimali
sull’origine del materiale (data e ora di arrivo in laboratorio, tipologia, organo di prelievo, quantità, ...), le
informazioni sulla conservazione del materiale (tipo
di manipolazione, coordinate all’interno dei contenitori di conservazione, modalità di stoccaggio, ...) e registrano i dati di utilizzo (identificativi dell’istituzione
e del progetto di studio che ne ha richiesto l’utilizzo,
modalità di stoccaggio, richiesta, ...);
• dati patologici relativi al biomateriale: sono informazioni contenute nei sistemi gestionali delle U.O di Anatomia Patologica (diagnosi istologica, TNM e grading,
marcatori immunoistochimici e biomarcatori, ...);
• dati anagrafici e dati sensibili: sono dati associati al
paziente che permettono i primi, in casi autorizzati e
speciali, l’identificazione della sorgente del campione e i secondi studi mirati di popolazione sui campioni (ad esempio a seconda della prevalente attività
lavorativa);
• dati clinici relativi al biomateriale: rappresentano potenzialmente qualsiasi dato raccolto nel corso della
storia clinica del paziente, associabile al biomateriale, utilizzabile ai fini della ricerca. Sono dati clinici
ad esempio le terapie e il decorso (recidivem visite
di follow-up, …).
Fig. 6. Tipologie di informazioni.
Nella Figura 7 è schematizzato il flusso informativo che
coinvolge il donatore del biomateriale dal momento del
suo ingresso nella struttura sanitaria in poi. Ovviamente
un paziente può acconsentire o meno alla raccolta dei
suoi biomateriali nella biobanca. Nel caso sia stato
rilasciato il consenso dovrà essere effettuata l’accettazione del paziente e del relativo pezzo operatorio, e
l’iter di analisi e stoccaggio proseguirà parallelo, ma
indipendente dal normale percorso di diagnosi e cura
del paziente.
Definizione dell’architettura funzionale
di un sistema per la raccolta dati
Come abbiamo già detto una biobanca è essenzialmente
una raccolta di campioni biologici connessi a un’ampia
raccolta di dati: entrambi questi elementi necessitano
di una gestione accurata e complessa che può essere
garantita solamente attraverso un sistema gestionale
informatico disegnato appositamente. Nella situazione
ideale tale sistema deve interfacciarsi con i sistemi
gestionali delle unità operative di anatomia patologica
e con eventuali altri sistemi, quali le cartelle cliniche
informatizzate dei reparti clinici. Di seguito vengono
riportati i requisiti minimi di un sistema per la gestione
della raccolta di biomateriali.
Il sistema gestionale, eventualmente integrato con il
sistema gestionale delle unità operative di anatomia
patologica deve essere in grado di:
• assegnare un identificativo univoco al materiale,
possibilmente utilizzando sistemi di codifica a barre;
l’identificativo deve essere diverso dal numero istologico dell’esame, presente nel sistema gestionale delle
unità operative di anatomia patologica; in alternativa
Biobanche: aspetti informatici
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Fig. 7. Flussi di informazioni.
il sistema deve essere in grado di ricevere un simile
identificativo specifico, generato all’interno del sistema gestionale della U.O. di Anatomia Patologica;
• permettere, solo al responsabile della biobanca o
a un suo delegato, con una apposita procedura nel
rispetto delle norme giuridiche, la correlazione fra
materiale conservato e donatore;
• registrare i dati relativi al consenso fornito dal pa-
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ziente all’utilizzo del materiale biologico, comprese
le varie restrizioni all’uso del materiale stesso;
• memorizzare i dettagli del materiale in termini di:
– tipologia di materiale (tessuto, materiale citologico, ...),
– topografia del prelievo, diagnosi istologica, codifica TNM (possibilmente tramite sistema codificato interfacciato con il sistema gestionale delle
unità operative di anatomia patologica),
– tipo di campione (tessuto normale, peritumorale,
tumorale, ...),
– manipolazione dei campioni (tipo di processazione, tempistica di prelievo rispetto alla exeresi
chirurgica, …);
• registrare le coordinate del materiale rispetto al luogo di conservazione: freezer, colonna, scatola, ...;
• registrare i movimenti del materiale: quantità prelevate per studio, finalità e identificativo dello studio;
• permettere la registrazione delle informazioni cliniche, possibilmente interfacciandosi con i sistemi
esistenti (cartelle cliniche informatizzate);
• permettere la registrazione dei dati molecolari che
vengono progressivamente prodotti dall’analisi dei
materiali stessi.
Il sistema di raccolta deve inoltre:
• permettere una rapida interrogazione della sua
base dati per verifiche e selezione di materiale di
studio;
• pubblicare periodicamente un report sulla consistenza della biobanca per riversare tali dati in sistemi
web pubblici, per permettere ad altre istituzioni di
venire a conoscenza e usufruire del materiale per
motivi di studio, ovvero riversare tali dati in un sistema di rete tra biobanche;
• garantire un elevato livello di sicurezza attuando
politiche di protezione sia all’interno dell’istituzione
che soprattutto all’esterno.
Analisi dei requisiti di un sistema per la
raccolta dati
Per consentire la progettazione e l’implementazione di
un sistema biobanca è necessaria una raccolta e analisi
dei requisiti, che possono essere classificati in:
• requisiti utente: cioè quei requisiti identificati direttamente dall’utente per specificare le proprie esigenze e le proprie attese dal sistema. Vengono descritti
ed esplicati con la stesura del database utilizzando il
formalismo entità-relazioni;
• requisiti funzionali: sono le funzioni identificate in
accordo con l’utente.
Progettazione base di dati
Progettazione concettuale
Lo scopo della progettazione concettuale è quello di descrivere, con un opportuno linguaggio (nel nostro caso il
formalismo Entity-Relationship), ciò che il sistema do-
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vrà trattare e quale dovrà essere il suo comportamento.
Tale descrizione coinvolge i seguenti aspetti: ontologico, epistemologico, pragmatico e linguistico.
Aspetto ontologico
L’aspetto ontologico descrive ciò che esiste nel mondo
reale osservato e che alla fine della progettazione concettuale deve generare il diagramma entity-relationship.
Nella progettazione vanno quindi descritte la conoscenza concreta, la conoscenza astratta e la conoscenza
procedurale.
Conoscenza concreta
Nella descrizione della conoscenza concreta si devono
elencare le entità rilevate nella modellazione del sistema. Le entità vengono identificate negli elementi del
mondo reale che compongono il sistema che si va a
modellare, nel nostro caso quindi le entità si possono
riassumere in:
• paziente: è l’entità che identifica il paziente “donatore”; risulta essere elemento fondamentale del
sistema;
• biomateriale (generalmente un pezzo operatorio):
identifica il campione biologico sul quale vengono
effettuate una serie di manipolazioni. Ai fini del sistema risulta essere l’entità principale senza la quale
il sistema non può funzionare;
• campione: il biomateriale (es.: pezzo operatorio)
viene diviso in campioni (frammenti o porzioni del
biomateriale) che vengono raccolti e conservati con
opportune procedure;
• aliquota: questa entità identifica una successiva suddivisione (a livello fisico) del campione per l’utilizzo
della stessa in studi di ricerca o esami particolari.
Le entità sono collegate tra di loro dalle Associazioni
con la seguente cardinalità:
paziente (1,n)
biomateriale (1,n)
campione (1,n)
_
_
_
biomateriale (1,1)
campione (1,n)
aliquota (1,n)
Conoscenza astratta
La conoscenza astratta riassume i possibili vincoli a cui
è soggetta la conoscenza concreta. Qui di seguito riportiamo i vincoli di integrità della base dati.
L’entità paziente, per essere tale deve avere un codice
fiscale, un codice paziente.
L’entità pezzo operatorio deve avere un codice pezzo
operatorio, una data ed un’ora di exeresi
Conoscenza procedurale
La conoscenza procedurale raccoglie tutti quei dati
che vengono ricavati in modo automatico dal sistema
e vengono memorizzati nella base dati; qui di seguito
riportiamo l’elenco dei vincoli procedurali con riportata
nella parentesi l’entità a cui fanno riferimento.
Biobanche: aspetti informatici
Intervallo dal prelievo (entità campione): memorizza il
periodo, espresso in minuti, che trascorre dal momento
delle exeresi al momento in cui il campione viene stoccato in freezer.
Materiale esaurito (entità campione e aliquota): memorizza lo stato di disponibilità del campione o dell’aliquota. Viene calcolato in automatico dal sistema tenendo
presente ogni singolo utilizzo o prelievo del campione
o dell’aliquota.
Fig. 8. Schema entity-relationship.
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Schema concettuale della base dati secondo il
formalismo entity-relationship
Tutte le informazioni raccolte generano così il diagramma E/R (entity-relationship) riportato nella Figura 8.
Progettazione logica
Descriviamo qui in dettaglio le entità del modello E/R
descrivendo gli attributi principali che possono essere
previsti per queste.
Qui di seguito viene riportata la programmazione logica
delle entità di u sistema di gestione di una biobanca,
nella colonna descrizione viene fornita la descrizione
dei campi che non risultano ovvi dal nome.
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Entità paziente (se residenti in archivio i dati devono essere forzatamente criptati e protetti dagli accessi accidentali, in alternativa possono
risiedere nel sistema gestionale della unità operativa):
Nome campo
Descrizione/note
Centro
Centro da cui proviene il paziente
Progressivo paziente
Codice del paziente composto da caratteri alfanumerici
Tipo paziente
Specifica la tipologia del paziente e può assumere i valori
Paziente
Donatore sano
Non definito
Nome
Cognome
Data di nascita
Sesso
Città di nascita
Città di nascita del paziente
Città di residenza
Città di residenza del paziente
Provincia
Provincia di residenza del paziente
Occupazione
Occupazione principale del donatore
Entità pezzo operatorio:
Nome campo
Descrizione/note
Codice pezzo operatorio
Codice univoco
Consenso informato
Sono registrate le varie autorizzazioni/restrizioni decise dal paziente
Data exeresi
Data del prelievo del pezzo operatorio
Ora exeresi
Ora del prelievo del pezzo operatorio
Data arrivo
Data di arrivo del pezzo operatorio all’u.O. di Anatomia Patologica
Ora arrivo
Ora di arrivo del pezzo operatorio all’u.O. di Anatomia Patologica
Materiale
Specifica la tipologia del materiale e può assumere i valori
Tessuto
Citologico per scraping
Citologico per agoaspirato
Citologico da versamento
Sangue intero
Plasma
Urine
Siero
Organo
Riporta da che organo è stato prelevato il pezzo operatorio – possibilmente con codifica
standard (es.: Snomed)
Tipo intervento
Tipo di intervento a cui il pezzo è stato sottoposto possibilmente con codifica standard (es.:
Snomed)
Diagnosi istologica estesa
Diagnosi istologica riferita al pezzo operatorio: testo della diagnosi
Diagnosi codificata snomed-m
Diagnosi istologica riferita al pezzo operatorio: possibilmente con codifica
standard (es.: Snomed)
Tnm
Grading
Immagine
Path dell’immagine (se disponibile)
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Biobanche: aspetti informatici
Entità campione:
Nome campo
Descrizione/note
Codice campione
Codice univoco
Data campione
Data del prelievo del campione
Ora campione
Ora del prelievo del campione
Intervallo
Intervallo di tempo (espresso in minuti) trascorso tra l’exeresi e l’arrivo del pezzo operatorio
Tipo campione
Specifica la tipologia del campione e può assumere i valori
Normale
Peritumorale
Tumore primitivo
Metastasi locoregionale
Metastasi a distanza
Manipolazione
Specifica la tipologia del tipo di manipolazione subita dal campione e può assumere i valori
Cong. ai vapori di azoto
Cong. in isopentano
Cong. per immersione in azoto liquido
Cong. in oct per immersione in azoto liquido
Cong. in oct ai vapori di azoto
Cong. in oct in isopentano
Fissazione in formalina tamponata
Modalità stoccaggio
Specifica la locazione dello stoccaggio specificando dove viene conservato il campione (p. es.: in quale
freezer e, all’interno di questo, in quale colonna e in che scatola – numero e tipo)
Materiale esaurito
Flag che segnala la disponibilità del materiale
Entità aliquota:
Nome campo
Descrizione/note
Codice aliquota
Codice univoco
Data aliquota
Data del prelievo dell’aliquota
Ora aliquota
Ora del prelievo dell’aliquota
Materiale ottenuto
Specifica la tipologia di materiale ottenuto dalla manipolazione e può assumere i valori
DNA da tessuto congelato
DNA da tessuto fissato in formalina
RNA da tessuto congelato
RNA da tessuto fissato in formalina
Frazione proteica
Componente subcellulare
Modalità stoccaggio
Specifica la locazione dello stoccaggio specificando dove viene conservato il campione (p. es.: in quale
freezer, e all’interno di questo in quale colonna e in che scatola – numero e tipo).
Materiale esaurito
Flag che segnala la disponibilità del materiale
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M. Galvagni et al.
Ad ogni entità pezzo operatorio vanno collegati i seguenti dati clinici:
Nome campo
Descrizione/note
Data ultimo
aggiornamento dati
Status del paziente
Specifica lo status attuale del paziente e può assumere i valori:
Vivo senza malattia
Vivo con malattia
Deceduto per malattia
Deceduto per altre cause
Comparsa di altra neoplasia
Familiarità
Specifica la presenza di familiarità della patologia del paziente e può assumere i valori:
Sì
No
Tipo di familiarità
Tipo terapia
Specifica il tipo di terapia postchirurgica seguita e può assumere i valori:
Chemioterapia
Ormonoterapia
Radioterapia
Data ultimo follow-up
Data prima recidiva/metastasi
Tipo recidiva/metastasi
Sede recidiva/metastasi
Data morte
Data altro tumore
Ad ogni entità campione o aliquota vanno collegati i seguenti dati utilizzo.
Nome campo
Descrizione/note
Data utilizzo
Data
Istituto utilizzatore
Nome dell’istituto che utilizza il campione o l’aliquota
Numero progetto studio
Numero identificativo del progetto
Acronimo progetto studio
Acronimo del progetto
Unità operativa utilizzatore
Nome dell’unità che utilizza il campione o l’aliquota
Persona responsabile utilizzo
Recapito telefonico responsabile
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Biobanche: aspetti informatici
Ad ogni entità dati utilizzo vanno collegati ad esempio i seguenti
dati molecolari
Nome campo
Descrizione/note
Gene analizzato
Analisi DNA
Può assumere i valori:
SSCP
Analisi mutazionale
LOH
MSI
SNP
…
Analisi mRNA
Può assumere i valori:
Northern Blot
RT-PCR
Real Time PCR
Microarray
…
Analisi espressione proteica
Può assumere i valori:
Western blot
Espressione
immunoistochimica
Elettroforesi
bidimensionale
…
•
•
•
•
in relazione alle caratteristiche clinico-patologiche e
eventualmente biomolecolari (es.: individuare quanti
biomateriali vi sono in relazione a un dato istotipo
tumorale e di un determinato stadio, di cui si abbia
un follow-up superiore ad un dato periodo);
descrizione delle procedure di biobanking, quali
protocolli di processazione e controlli di qualità dei
biomateriali;
descrizione delle considerazioni etico-giuridiche per
la raccolta e distribuzione dei biomateriali;
descrizione delle procedure di governance della biobanca, con specifico riferimento alle procedure di richiesta di biomateriali e alla loro accettazione; saranno disponibili anche forms elettronici per la richiesta
di biomateriali, che verranno concessi sulla base di
progetti di ricerca approvati dal comitato scientifico
della biobanca; per la trasparenza della biobanca potranno essere elencati i progetti a cui la biobanca ha
aderito concedendo i propri biomateriali;
descrizione delle motivazioni che hanno portato alla
creazione della biobanca, rivolte soprattutto ad eventuali utenti non professionali, ed in modo particolare
i pazienti.
Conclusioni
Sito web
Nella progettazione di un sistema gestionale di una
biobanca, occorre anche considerare la possibilità di
rendere pubblici alcuni contenuti della biobanca stessa,
utilizzando modalità di pubblicazione dati su internet.
Fra i contenuti utili riteniamo esservi:
• descrizione aggiornata della consistenza della raccolta di biomateriali; tale obiettivo può essere raggiunto con la pubblicazione di reports periodici, ove
sia possibile consultare la tipologia dei biomateriali
Bibliografia
Somiari SB, Somiari RI, Hooke J, Garguilo G, Mittal V, Hu H,
et al. Establishment and management of a comprehensive biore-
1
Nella presente analisi abbiamo evidenziato i vari elementi necessari per la implementazione di un sistema
informatico che permetta una completa gestione di una
biobanca. Ovviamente ogni analisi simile deve essere
poi calata nei contesti in cui occorre operare. Fra gli
elementi qualificanti di ogni simile sistema riteniamo
comunque che la modularità e scalabilità dei sistemi
sia fondamentale, per potersi adeguare alle esigenze di
interfacciabilità con altri sistemi, alla implementazione
di nuove funzionalità e all’adeguamento alle crescenti e
variabili necessità di raccolta dati.
pository for integrated high throughput genomics and proteomics
research. Trans Integr Biomed Inform Enabling Technol Symp J
2004;1:131-43.
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M. Galvagni et al.