Report of the activities 2009-2010

Riepilogo dell’attività svolta nel biennio 2009-2010 dal Centro di Risonanza Magnetica Nucleare
(Dip. Biotecnologie) utilizzando la Grande Attrezzatura di Ateneo “Spettrometro di Risonanza
Magnetica Nucleare Bruker Avance 600 con cryoprobe”, installata presso il Dipartimento di
Biotecnologie
Caratteristiche, costo e localizzazione della GA
Installazione: giugno 2007
Collaudo 10/7/2007
Lo strumento è stato operativo immediatamente.
Costo: € 940.000 coperti per una quota di € 700.000 dall’Ateneo e per una quota di € 240.000 dalla
Fondazione CariVerona.
Lo strumento è localizzato nel seminterrato di Cà Vignal 1, presso il Dipartiemnto di Biotecnologie
Gruppo di ricerca
Henriette Molinari (professore ordinario)
Michael Assfalg (ricercatore confermato)
Mariapina D’Onofrio (tecnico-laureato addetto al funzionamento dello spettrometro)
Claudio Gnaccarini (borsista post-doc)
Mara Guariento, Massimo Pedò, Serena Zanzoni, Alberto Ceccon, Filippo Favretto (dottorandi)
Lindsey Ross, University of Colorado (visiting scientist, maggio-luglio 2009)
David Fushman, University of Maryland (visiting scientist, agosto-settembre 2009)
Claudia Napoli, Bruker Italia (visiting scientist, febbraio-aprile 2009)
Laura Del Coco, Università di Bari (visiting scientist settembre-dicembre 2010)
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Lista delle pubblicazioni relative al periodo 2009-2010
1. M. D’Onofrio, L. Ragona, D. Fessas, M. Signorelli, R. Ugolini, M. Pedò, M. Assfalg and H.
Molinari, NMR unfolding studies on a liver bile acid binding protein reveal a global two-state
unfolding and localized singular behaviors, ARCH. BIOPHYS. BIOCHEM., 481 (1),21-9, 2009.
2. M.Pedo, M. D'Onofrio, P. Ferranti, H.Molinari, M.Assfalg, Towards the elucidation of
molecular determinants of cooperativity in the liver bile acid binding protein, PROTEINS,
77(3):718-31, 2009
3. C.Cogliati, S.Tomaselli, M.Assfalg, M.Pedo, P.Ferranti, L.Zetta, H.Molinari, L Ragona,
Disulfide bridge regulates ligand-binding site selectivity in liver bile acid-binding proteins,
FEBS J., 276 (20), 6011-23, 2009.
4. M. Pedò, F. Löhr, M. D’Onofrio, M. Assfalg, V. Dötsch, H. Molinari, NMR studies reveal the
role of biomembranes in modulating ligand binding and release by intracellular bile acid binding
proteins, J.MOL.BIOL. Dec 18;394(5):852-63, 2009.
5. M. Guariento, M. Assfalg, S. Zanzoni, D. Fessas, R. Longhi, H. Molinari, Chicken ileal bile acid
binding protein: a promising target of investigation to understand binding cooperativity across
the protein family, BIOCHEM. J., Dec 23;425(2):413-24, 2009.
6. Cogliati C, Ragona L, D'Onofrio M, Günther U, Whittaker S, Ludwig C, Tomaselli S, Assfalg
M, Molinari H. Site- specific investigation of the staedy-state kinetics and dynamics of the
multistep binding of bile acids molecole to a lipid carrier protein, CHEMISTRY 2010 Oct
4;16(37):11300-10.
7. Cozzi R., Malito E, Nuccitelli A, D’Onofrio M, Martinelli M, Ferlenghi I, Grandi G, Telford
J.L., Maione D. and C. Rinaudo D. Structure analysis and site-directed mutagenesis defined key
residues and motives for pilus-related sortases C in Group B Streptococcus, FASEB J,
submitted
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Servizi svolti
Le operazioni di servizio sono effettuate esclusivamente dal tecnico specializzato NMR (Mariapina
D’Onofrio).
2009
Eurand Spa (Trieste) - Lavoro di ricerca sulla coniugazione di proteine attive a matrici
polimeriche, per aumentarne l’attività in vivo. Tempo macchina impiegato: 18 giorni; tipologia
servizio: esecuzione misure ed analisi dati. Entrate: € 10.000
Prof. Bettinelli (Dip. Biotecnologie, Verona) – studi su complessi metallici. Tempo macchina
impiegato: 1 giorni; tipologia servizio: esecuzione misure (base).
Prof. Bassi (Dip. Biotecnologie, Verona) – studi di stabilità di proteine rilevanti per il fotosistema. I
servizi svolti riguardano lo studio strutturale di GUN 4. Tempo macchina impiegato: 35 giorni;
tipologia servizio: esecuzione misure ed analisi dati (avanzato).
2010
Prof. Bassi (Dip. Biotecnologie, Verona) – studi di stabilità di proteine rilevanti per il fotosistema. I
servizi svolti hanno portato allo sviluppo di un progetto PRIN (vedi sotto) riguardante lo studio
strutturale di GUN 4. Tempo macchina impiegato: 45 giorni; tipologia servizio: esecuzione misure
ed analisi dati (avanzato).
Prof. Monaco (Dip. Biotecnologie, Verona) – studi di interazione proteina-ligando. Tempo
macchina impiegato: 5 giorni; tipologia servizio: esecuzione misure (base).
Prof. Piacentini (Facoltà Medicina, Verona) - Studi di metabolomica applicati alla dermatite
atopica infantile. Tempo macchina impiegato: 6 giorni; tipologia servizio: esecuzione misure ed
analisi dati (avanzato).
Prof. Schena (Università di Bari) – Studio di fattibilità di metabolomica applicato alla nefropatia.
Tempo macchina impiegato: 12 giorni; tipologia servizio: esecuzione misure ed analisi dati
(avanzato).
Novartis Vaccines (Siena) – E’ stato svolto un studio di fattibilità finalizzato alla creazione di un
progetto congiunto JOINT Project, che è stato poi finanziato (vedi sotto). Tempo macchina
impiegato: 20 giorni; tipologia servizio: esecuzione misure ed analisi dati.
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Operazioni mantenimento strumento eseguito dal personale tecnico NMR (M.D.)
2009
Manutenzione strumento, refill gas criogenici, tarature impulsi, messa a punto di sequenze impulsi:
90 giorni (così calcolati: 30 giorni per refill gas criogenici, pulizie e controlli apparecchiature + 1
giorno mese per tarature e calibrazioni + 48 giorni messa a punto esperimenti)
2010
Manutenzione strumento, refill gas criogenici, tarature impulsi, messa a punto di sequenze impulsi:
90 giorni (così calcolati: 30 giorni per refill gas criogenici, pulizie e controlli apparecchiature + 1
giorno mese per tarature e calibrazioni + 48 giorni messa a punto esperimenti)
Didattica relativa allo sviluppo di conoscenze di Risonanza Magnetica
M. Assfalg – modulo di Metabolomica in Metodi Analitici molecolari- Laurea magistrale in
Biotecnologie Agroalimentari. Tempo macchina impiegato: 4 giorni (a.a. 2009-2010)
H. Molinari- Risonanza Magnetica Nucleare e Imaging- Laurea magistrale in Bioinformatica e
Biotecnologie mediche – LM9. Tempo macchina impiegato: 8 giorni (a.a 2009-2010 e 2010-2011)
Tabella riepilogativa giorni utilizzo tempo macchina
(lo strumento è operativo 365 giorni/anno)
2009
2010
Servizio per interni Ateneo
36
56
Servizio per esterni
18
32
213
183
8
4
90
90
Progetti di ricerca finanziati,
gruppo NMR
Didattica
Operazioni di manutenzione e
messa a punto esperimenti
4
Progetti attivati dal gruppo NMR con richieste di finanziamento e progetti sviluppati in
collaborazione con docenti dell’Ateneo:
1. Dr.
Michael
Assfalg,
coordinatore
nazionale. PRIN 2008.
Progetto valutato
positivamente (nel 2010). Titolo: “Meccanismi di riconoscimento molecolare in sistemi a
molte componenti costituiti da proteine trasportatrici di lipidi, i loro leganti specifici,
recettori e membrane fosfolipidiche”.
2. Prof. Henriette Molinari e Dr. Mariapina D’Onofrio partecipanti a un progetto PRIN
2008, coordinatore nazionale Prof. Roberto Bassi. Progetto finanziato. Titolo: “Structural
and functional studies on the Xanthophyll cycle/NPQ photo protection system”. Data inizio:
marzo 2010 Durata: 2 anni. Costi imputati al progetto per l’anno 2010: euro 4000
3. Dr. Michael Assfalg, coordinatore nazionale Progetto FIRB giovani 2008. Progetto
finanziato. Titolo: “Dalla comprensione dell'attivazione allosterica di fatty acid binding
proteins modulata dall'interazione con membrane cellulari e leganti, al disegno di nuovi
inibitori della cattura di lipidi”. Data inizio: 1 dicembre 2010. Durata: triennale. Costo
totale: 540.000 Euro. Costo unità locale: 300.000 Euro.
4. Dr. Michael Assfalg, PRIN 2009. Progetto in valutazione. Titolo: “Metodi di risonanza
magnetica nucleare in cellulo per monitorare in alta risoluzione il rilascio di sonde
molecolari incapsulate in liposomi”.
5. Dr. M. D’Onofrio, Prof. H. Molinari, Prof. G. Vallini, Ricerca Finalizzata 2009,
Ministero della Salute. Progetto in valutazione. Titolo: “Autoimmune pancreatitis
mimicking pancreatic cancer: patho- genetic mechanisms and serological markers”.
6. Prof. H. Molinari Joint Project 2010 in collaborazione con Novartis Vaccines. Progetto
finanziato. Titolo: “Studi strutturali per la determinazione del meccanismo di assemblaggio
dei pili nel battere Gram-positivo Streptococcus agalactiae (Streptococco del GruppoB,
GBS)”. Data inizio: primavera 2011, da definirsi . Durata: 2 anni . Costo totale: 130.000
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Spese di funzionamento anno 2010 dello spettrometro Bruker Avance 600
Contratto di manutenzione, comprendente il ricambio obbligatorio dei componente della pompa del
sistema cryoprobe da effettuarsi annualmente
€ 24000 (IVA inclusa)
Costo gas criogenici
€ 7914 (IVA inclusa)
Costo tubi per servizio
€ 600 (IVA inclusa)
Costo solventi deuterati
€ 300 (IVA inclusa)
Costo materiali addizionali (pipette, vials, ecc.)
€ 100 (IVA inclusa)
COSTO TOTALE
€ 33114 (IVA inclusa)
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