Prof. P.D`Agaro - Siti Triveneto

Transcript

ATTUALITÀ NELL’APPROCCIO ALLA
GESTIONE E AL CONTROLLO DELLE
MALATTIE INFETTIVE
ROVIGO, 1 dicembre 2006
Applicazione delle nuove metodologie alla
ricerca epidemiologica
Prof. Pierlanfranco D’Agaro
Dipartimento Scienze di Medicina Pubblica
UCO Igiene e Medicina Preventiva
Università degli Studi di Trieste
1953 - WATSON JD, CRICK FH,
Molecular structure of nucleic acids; a
structure for deoxyribose nucleic acid.
Nature; 171:737-8.
DNA
1
1975 - Southern EM.
Detection of specific sequences among DNA
fragments separated by gel electrophoresis.
J Mol Biol.; 98:503-17.
Southern blot
1977 - Sanger F, Nicklen S,
Coulson AR.
DNA sequencing with
chain-terminating
inhibitors.
Proc Natl Acad Sci U S A,
74: 5463-7.
1977 - Maxam AM, Gilbert W
A New Method for
Sequencing DNA.
Proc Natl Acad Sci U S A,
74: 560-664 .
Sequenziamento
2
1988 – Saiki RK, Gelfand
DH, Stoffel S, Scharf SJ, et
al. Primer directed
enzymatic amplification of
DNA with a thermostable
DNA polymerase Science;
239: 487-91
PCR
La rivoluzione della PCR
•
•
•
•
•
Ricerca di segnali genetici di agenti non coltivabili
Aumentata importanza delle tecniche dirette
Semplificazione delle tecniche quantitative
Riduzione dei tempi delle indagini di laboratorio
Semplificazione delle tecniche di caratterizzazione
molecolare
– Ibridazione
– Sequenziamento
• Eliminazione/riduzione di tecniche che richiedono
l’uso di sostanze radioattive (Southern blot, dot
blot, sequenziamento, ecc.)
3
Agenti non coltivabili o di difficile
isolamento
•
•
•
•
•
•
•
•
HIV
HCV
HBV
HPV
JCV-BKV
SARS CoV
HHV6
CMV
•
•
•
•
•
•
•
Chlamydia trachomatis
Chlamydia pneumoniae
Mycobacterium tuberculosis
Pneumocystis carinii
Rickettsia sp.
Borrelia sp.
Toxoplasma gondii
La rivoluzione della PCR
•
•
•
•
•
Ricerca di segnali genetici di agenti non coltivabili
Aumentata importanza delle tecniche dirette
Semplificazione delle tecniche quantitative
Riduzione dei tempi delle indagini di laboratorio
Eliminazione/riduzione di tecniche che richiedono
l’uso di sostanze radioattive (Southern blot, dot
blot, sequenziamento, ecc.)
• Semplificazione delle tecniche di caratterizzazione
molecolare
– Ibridazione
– Sequenziamento
4
Numero di sequenze di HA di virus influenzali (umani) di tipo A
per anno di isolamento disponibili nel Influenza Sequence
Database
800
Nr. sequences
700
600
500
Nr. Sequences
400
300
200
100
2004
1996
1988
1980
1972
1964
1956
1948
1940
1932
1924
1916
0
year
1996 – Gibson UE, Heid
CA, Williams PM.
A novel method for real
time quantitative RT-PCR.
Genome Res. 1996; 6: 9951001.
Real Time
PCR
5
Real Time PCR
• Ulteriore semplificazione delle tecniche
quantitative
• Ulteriore riduzione dei tempi delle indagini
di laboratorio
• Semplificazione degli studi di espressione
genica
1991- Fodor SP, Read J, Pirrung MC, Stryer L, Lu AT, Solas D.
Light-directed, spatially adressable parallel chemical synthesis.
Science, 251: 767-73
1995 - Schena M, Shalon D, Davis RW, Brown PO. Quantitative
monitoring of gene expression patterns with a complementary
DNA microarray.
Science; 270: 467-70.
Microarrays
•Studi di espressione
•Identificazione/ tipizzazione di
agenti
•Ricerca di marcatori di
farmacoresistenza
6
Applicazioni
• Epidemiologia molecolare
• Sorveglianza epidemiologica
7
Epidemiologia Molecolare
• Epidemiologia del cancro
• Epidemiologia ambientale
• Epidemiologia delle malattie infettive
EPIDEMIOLOGIA MOLECOLARE
• “L’applicazione di tecniche molecolari per
descrivere le malattie e le condizioni precliniche, per quantificare l’esposizione e i
suoi effetti biologici e per identificare la
presenza di geni di suscettibilità” (Spilberg
et al. J Clin Epidemiol, 1997, 50: 633-638)
METODOLOGIA
EPIDEMIOLOGICA
BIOLOGIA
MOLECOLARE
8
Epidemiologia molecolare dei tumori
Chen Y-C, Hunter DJ, CA Cancer J Clin, 2005, 55: 45-54
Perera FP, Weinstein IP, Carcinogenesis, 2000, 21:517-524
EPIDEMIOLOGIA MOLECOLARE
DELLE MALATTIE INFETTIVE
• “Identifica gli agenti responsabili di malattie
infettive e determina la loro sorgente, le loro
relazioni biologiche, le vie di trasmissione , i geni
responsabili per la loro virulenza, gli antigeni
rilevanti per la profilassi vaccinale, i fenomeni di
resistenza ai farmaci.” (Levin BR et al, Science,
1999, 283: 806-9)
• “L’applicazione della biologia molecolare allo
studio dell’epidemiologia delle malattie infettive.”
(Tompkins LS, in Molecular genetics of bacterial
pathogenesis, ASM, 1994: 63-73)
9
APPROCCIO MOLECOLARE: APPLICAZIONI
NELL’EPIDEMIOLOGIA DELLE MALATTIE INFETTIVE
Sorveglianza epidemiologica - controllo delle malattie
emergenti e ri-emergenti
• Caratterizzazione, Rilevamento, Diagnosi
• Sorveglianza di eventi epidemici
• Sorveglianza al fine di valutare i programmi di intervento
Epidemiologia molecolare
• Ricerca delle origini
• Studio dell’ecologia dell’agente infettivo
• Studio delle vie di trasmissione e dell’interazione ospite/agente
Sorveglianza epidemiologica - controllo
delle malattie emergenti e ri-emergenti
• Sorveglianza al fine di valutare i programmi
di intervento
10
L’ESEMPIO DELL’INFLUENZA
Epidemia
Sorveglianza virologica
Rischio pandemico
attiva
Caratterizzazione
molecolare/antigenica
Rapida identificazione
dei casi
Individuazione nuove
varianti
Contenimento della
diffusione
Vaccino
• Elevata incidenza di ILI (picco >1,6%)
• Interessamento anche di adulti e anziani
2004-05
Influenza – stagione 2004/05 - epidemiologia
Fig. 1 - ILI incidence in the Friuli Venezia Giulia region
Fig. 2 - Age specific ILI incidence in the 2004-05 epidemic
in the years
1999-2005
season
14
35
12
30
1999-00
0-4
2000-01
5-14
2001-02
15-65
2002-03
> 65
2003-04
10
25
8
20
6
15
2004-05
10
4
5
2
0
0
23
20
17
14
11
8
5
2
51
48
45
1
-3
05
20 28
05
20 25
05
20 22
05
20 19
05
20 16
05
20 13
05
20 10
05
20 07
05
20 04
05
20 01
05
20 51
04
20 48
04
20 45
04
20 42
04
20
42
in
10
00
00
0
inc
cid
ide
en
nc
ce
ex
x1
18
45
16
40
week
year-week
11
Influenza – stagione 2004/05 – caratterizzazione
25
2004-05
• Circolazione di virus di tipo A(H3) e B
18
14
12
15
10
8
10
6
ILI incidence (x 1.000)
Influenza positive samples (number)
16
20
4
5
2005/14
2005/12
2005/10
2005/08
Year/week
Influenza – stagione 2004/05
Composizione del vaccino:
– A/New Caledonia/20/99(H1N1)-like
– A/Fujian/411/2002(H3N2)-like
– B/Shanghai/361/2002-like
Ceppi circolanti:
– A/California/7/04
– B/Teheran/80/02
0
A H3
B
A H1
Incidence ILI ‰
Trieste4605
Trieste5005
Trieste5805
Trieste6205
Trieste6705
Trieste6405
Trieste2305
Trieste3405
Trieste2605
Trieste0505
Trieste0805
Trieste6105
Trieste4005
Trieste4805
Trieste2705
K145N
Trieste0305 (n. 1)
Trieste2905
California704
Jiangsu1003
Trieste5405
Trieste2502 Trieste3105
Trieste4405
Trieste1502
Y159F
Trieste3505
Trieste402
Trieste5105
S227P
Trieste1005
Trieste0805
(n. 2)
Trieste3705
Trieste1805
(n. 1)
Trieste0605
Trieste3205
Shanghai36102
Trieste0205
Hongkong54700
Trieste1405
Harbin794
Trieste3905
Trieste6505
Trieste902
Wellington0104
Trieste2402
Trieste1604
Trieste0204
Trieste702
Trieste0704
Trieste2302
Trieste1904
S189N
Trieste1304
Trieste1402
Trieste0804
Trieste1702
Trieste1804
Trieste0304
Trieste2702
Trieste2204
Trieste1802
Trieste1104
Sichuan37900
Trieste0104
Trieste2104
Beijing18493
Trieste1704
Yamagata1688
Trieste0504
Christchurch2803
Victoria287
Trieste2803
Trieste1902
Trieste2903
Trieste0404
Trieste3702
Trieste2603
Hongkong33501
Wyoming0303
Trieste1003
Shangdon797
Trieste0103
Teheran8002
Fujian41102
Trieste0103
Trieste0203
Trieste0903
Brisbane3202
Trieste1803
Trieste0203
Trieste1103
Trieste0703
Trieste1005 (n. 1
Trieste0603
Trieste0105 (n. 21)
Panama200799
Moscow1099
Trieste2205 (n. 1)
ASydney597
Phylogenetic tree of the HA1
sequences of Influenza B
viruses isolated in Friuli
Venezia Giulia in the period
2002-2005
2004-05
2005/06
2005/04
2005/02
2004/52
2004/50
2004/48
2004/46
0
2004/44
2
0.0050.01
12
Influenza – stagione 2005/06
• 5-30 gennaio 2006: segnalati in Turchia 12
casi di influenza H5N1con 4 morti
• 15 gennaio - 2 febbraio 2006: tre casi di ILI
in camionisti turchi sbarcati da un traghetto
a Trieste
Esclusione di Influenza Aviaria
H5, H7 e H9 in meno di 8 ore
mediante Real Time PCR e
conferma dopo 24 ore mediante
block PCR
Identificazione in due casi di
influenza A H3 mediante
Real Time PCR e block PCR
SARS
• 28/04/2003: bambina cinese da sei giorni in
Italia, proveniente dalla Cina centrale, viene
visitata in PS per febbre, sintomi respiratori
• rX
Polmonite interstiziale
• Definizione di “caso probabile” e ricovero
in Malattie infettive
13
Approccio diagnostico
Ricerca del SARS-CoV
•
•
•
•
Ricerca altri agenti
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Isolamento in coltura
Test rapidi
Test molecolari
Sierologia
Influenza A e B
Parainfluenza 1-4
Adenovirus
CMV
RSV
Metapneumovirus
Chlamydia pneum.
Mycoplasma pneum.
Legionella pneum.
altri
SARS
• Esclusione di SARS Coronavirus
– Negatività Real time PCR e RT-PCR
– Negatività coltura
– Negatività sierologica
• Diagnosi di Parainfluenza 3
– Diagnosi molecolare: RT-PCR
– Isolamento in coltura LLC-Mk2
– Sieroconversione
14
di intervento
Incidenza di Epatite A in Liguria: casi notificati
Casi di epatite A notificati al SIMI/mese
65
40
>64 anni
(OERMI, 2006)
0-14 anni
15-24 anni
0-14
35
30
25
Giugno 2005:
Luglio:
Agosto:
Settembre:
2 casi
29 casi
16 casi
5 casi
25-64 anni
20
15
10
5
0
06
.20
.07 06
01 .20
.01 05
01 .20
.07 05
01 .20
.01 04
01 .20
.07 04
01 .20
.01 03
01 .20
.07 03
01 .20
.01 02
01 .20
.07 02
01 .20
.01 01
01 .20
.07 01
01 .20
.01 00
01 .20
.07 00
01 .20
.01
01
Ansaldi F. et al.
15
89 20 virus Cluster epidemico Luglio-Settembre
1a-it-bar00-Puglia200001
1a-it-sch00-Puglia200001
1a-neth-adam055-omosex1
1a-it-mull00-Puglia200001
1a-it-carina-l07708
1a-it-bia01-Puglia200001
53
tun-31-03-dq380524
tun-148-03-ay875650
tun-216-04-ay875668
it-DR-8-2005
67
53 1a-neth-adam121-frommorocco
52 it-PG-5-2006
1a-urug-uru3-aj437166delet
1a-urug-uru6-ajaj309232
1a-chile-chile5-aj306376
1a-thay-ay352221-EpBangkok
54 it-LM-7-2006
1a-it-sib01-Puglia200001
1a-nig-tk002-l20553
1a-thay-l07720-Bangkok1987
1a-chi-l7715-1985
Epatite A in
Liguria 2005-2006
1
59
2005
it-DV-6-2005
1a-it-zam01-Puglia200001
1a-cub-cu26-aj245523
it-MB-4-2006
it-CD-4-2006
50 it-VA-4-2006
1a-it-bon00-Puglia200001
1a-neth-cluster amsterdam MSM
1a-usa-l07679-1990
1a-mex-mex1-l07685
1a-usa-ca86-l07678
1a-bra-rdj-l07681
1a-swiz-kmv1-l07692
82
53
it-AS-6-2006
1a-bra-braz88-l07686
1a-urug-uru13-aj309229
Giu-Settembre 2005
Ottobre 2005
Aprile 2006
Maggio-Luglio 2006
Ottobre 2006
it-FR-5-2006
56
91
74
it-RD-10-2005
89 it-MP-10-2005
1b-it-lom-ay294049-EpBari2002
1b-ned-brab27fromturkey
1b-ned-brab16epidned
1b-ned-brab25fromturkey
1b-mbb-m20273
it-IZ-10-2006
71
63
56
1b-ned-brab26frommarrocco
1b-nedbrab106fromarrocco
it-MA-4-2006
Ansaldi F. et al.
Casi di epatite A notificati al SIMI/mese
Quale è la provenienza del virus “epidemico” ?
E’ un’epidemia da fonte comune?
40
89
20 virus Cluster epidemico Luglio-Settembre 2005
1a-it-bar00-Puglia200001
1a-it-sch00-Puglia200001
1a-it-mull00-Puglia200001
1a-it-carina-l07708
1a-it-bia01-Puglia200001
53
tun-31-03-dq380524
tun-148-03-ay875650
tun-216-04-ay875668
35
30
it-DR-8-2005 Å Nord Africa
25
20
15
10
5
59
67
1a-neth-adam121-frommorocco
53
52 it-PG-5-2006
1a-urug-uru3-aj437166delet
1a-urug-uru6-ajaj309232
54 it-LM-7-2006
1a-it-sib01-Puglia200001
1a-nig-tk002-l20553
1a-thay-l07720-Bangkok1987
1a-chi-l7715-1985
it-DV-6-2005 Å Viaggio S-E Asia
0
06
.20
.07 06
01 .20
.01 5
01 .200
.07
01
Ansaldi F. et al.
16
di intervento
GENOTIPIZZAZIONE MORBILLO
• Nei paesi con morbillo ancora endemico:
il maggior numero dei casi è dovuta a uno o pochi
genotipi circolanti con una discreta variabilità
intra-genotipo
• Nei paesi che hanno eliminato il morbillo o lo
stanno eliminando:
i pochi casi sono dovuti a genotipi diversi con
minima variabilità intra-genotipo
• I genotipi hanno una distribuzione geografica
caratteristica che consente di individuare i casi
importati
• Tutti i ceppi vaccinali sono di tipo A
17
DQ779218.1MVs.Tetouane.MOR/31.04/2
DQ267520.1 gA MVi.Lyon.FRA/20.04/2
AY523577.1 gA MVs/Minsk.BLR/11.03/1
AF266288 gA Edmonston
AF504045.1 MVs/Belfast1.UNK/1956-SSPE
DQ267524.1 gB2 MVi.Libreville.GAB/84(...
DQ267521.1 gB3.1 MVi.Caen.FRA/04
DQ665363.1 gB3 MVs/Stuttgart.DEU/04.06
AF410989.1 gE MVi/Montreal.CAN/11.87
AF410987.1 gC1 MVi/Montreal.CAN/5.79
DQ267531.1 gC2 MVi/Temara.MOR/24.03/1
DQ398079.1 gG3 MVs/Victoria.AU/28.04
AY055851.1 MVs/Vic.AU/47.99
AF481494.1 gG2 MVs/Victoria.AU/26.00
AY160181.1 gH1 MVs/Halifax.CAN/51.00
AY523579.1 gD6 MVs/Minsk.BLR/11.03/3
MVi/FVG.ITA/08.05/1
AY738086.1 gD5 MVs/Taichung.TWN/45.03
AY160183.1 gD3 MVi/Vancouver.CAN/45.01
DQ099555.1 gD4 MVi/Pudukkottai.IND/38.03
GrossetoITA-a205-06
AB186908.1 D9 MVs/Yamagata.Jpn/7.04/2
AF280804 UK160/94
Caso di
morbillo
(05/02/2005) in
pz di 52aa
madre di pz di
33aa
ammalatosi il
29/01/2005 al
ritorno di un
viaggio in
Tailandia
AY841168.1 gD8 MVS.Nilwande.IND/10.04
d7GenoaITA-7-03
DQ190373.1 gD7 MVs/Dundee.UNK/82
0.01
Distribuzione geografica dei genotipi
genotipo
Paesi con morbillo endemico o identificati come sorgente
B3
Africa centrale e occidentale
C2
Marocco, Europa occidentale, Repubblica Ceca
D2
Sud africa, Zambia
D3
Giappone, Taiwan, Filippine
D4
India, Pakistan, Iran, Kenia, Russia, Etiopia, Sud Africa
D5
Giappone, Tailandia
D6
Russia, Brasile, Argentina, Bolivia, Ita, Tur, Ger, Pol, Spa
D7
Germania, Spagna
D8
Etiopia, Nepal, India
d9 n.g.
Indonesia, Venezuela
G2
g3 n.g.
Indonesia, Malesia
Timor Est, Indonesia
H1
Cina, Corea
H2
Vietnam
18
LA POLIOMIELITE
• L’avvento avverso di maggior importanza associato
all’OPV è la paralisi flaccida vaccino associata (VAPP)
Incidenza: 1/2.400.000 dosi; 1/750.000 prime dosi
• Ricerca dei marcatori di attenuazione e di neurovirulenza
• Sorveglianza della circolazione dei virus vaccinali e dei
Poliovirus derivati da Vaccino (VDPV)
Casi di poliomielite in Italia
9000
8000
Vaccino orale attenuato
5000
4000
casi
3000
2000
1998
1994
1990
1986
1982
1978
1974
1970
1966
1962
1958
1954
1000
0
1950
casi
7000
6000
anno
19
Polio in Italia: 1981-2001
16 casi:
• Un caso di importazione dalla Libia
• Due dall’Arabia Saudita
• Uno dall’Iran
• Dodici casi di VAPP (con i tipi 2 o 3)
OPV
Differenze tra ceppo selvaggio e vaccinale
• Tipo 1: 56 nucleotidi (480 nella regione 5’ terminale, 65 nel
gene VP4, 225 nel VP3, 134 nel VP1)
• Tipo 2: 23 nucleotidi (481 nella regione 5’ terminale, nel
2908 VP1)
• Tipo 3: 10 nucleotidi (2-3 critici) (472 nella regione 5’
terminale, 2034 nel VP3)
• 480, 481 e 472 si trovano nella regione corrispondente a
IRES (Internal Ribosome Entry Site), elemento cruciale per
avviare la traduzione virus-specifica
20
VDPV
• Isolati che presentano una divergenza
nucleotidica superiore o uguale all’1%
rispetto ai ceppi vaccinali per VP1:
– Eliminati da soggetti con immunodeficienza
congenita che diventano portatori cronici dopo
esposizione al vaccini OPV (rari).
– Emergenti e circolanti in comunità con bassi
livelli di immunizzazione
– Originati da processi di ricombinazione tra
ceppi vaccinali e virus selvaggi (anche
enterovirus non polio)
cVDPV
Type 1
2000-01
21 cases
Type 2
1988-93
30 cases
Type 1
2001
3 cases
Type 2
2002
5 cases
21
• Classificazione degli isolati:
– Poliovirus selvaggi, ceppi importati
– OPV (VAPP)
– cVDPV
“Epidemiologia molecolare”
• Studio delle vie di trasmissione e
dell’interazione ospite/agente
22
Classificazione
HIV-1
O
• Due tipi: HIV 1 e 2
• Tre gruppi HIV1
– M (Major)
– O (Outlier)
– N (non M non O)
M
N
• Nove sottotipi M (A, B, C, D,
F, G. H, J, K)
• Ricombinanti inter sottotipo
– Almeno 21 Circulating
Recombinant Forms (CRF)
– numerosi Unique Recombinant
Forms (URF)
Prevalenza globale e distribuzione
• Il sottotipo C è responsabile di circa il 50% delle
infezioni da HIV-1 nel mondo
• I virus con la prevalenza più alta appartengono ai
sottotipi A, B, C, D, and CRF01_AE, CRF02_AG
• Molte epidemie regionali sono caratterizzate da
una miscela di sottotipi mentre altre sono
dominate da un solo sottotipo o CRF.
• I pattern epidemiologici regionali sono diversi,
complessi e dinamici.
23
Distribuzione dei sottotipi HIV-1
Source: Los Alamos National Laboratory
HCF9090CF056
H
E
B
7
BU
W
EA
U1
I9
V
B
C
L
RF
6J
S8
BU
S9
0
3
19
91
HB
E9
3
50
1
6M P41
55
P2
5M
5
P2
M
VI9
F1F R9
F1BE93
VI8
9
M1
F2C
95
M
C
F2
97
Analisi della sequenza 7918
W
B
96
96
60
05
W
02
22
TH
6E
T8
CE
20
5
92BR02
CBR92
BUS83
RF
741
CY01
9494
A2CY
DCD8484ZR085
DCD8
A2CD9797
CDKT B48
3ELI
N
83
D
C
D
D
K
A1UG
9292
UG03
7
A1
UG
85
U4
55
GFI
G9
2
92
N
G0
83
96
BE
C
DR
BL
E9
JS
7
88
E7
3S
2
B1
1C
1
9312
H87
G
93H
5734
535
KC
D9
7E
QT
JS
E9
4S
E7
02
KCM96
MP
GN
0 .0 1
Albero filogenetico
Bootstrap
24
PREVALENZA DI BORRELIA b. PER SITO
PREVALENZA ELEVATA (>30%)
PREVALENZA INTERMEDIA (15-30%)
PREVALENZA BASSA (<15%)
sede
Ninfe+Ad
%
Montenars
22
41%
Ovaro
14
7%
Raccolana
129
19%
Forni di S.
36
11%
Pontebba
33
30%
Roveredo
30
30%
Enemonzo
8
25%
Imponzo
13
31%
Paularo
2
-
Paluzza
10
20%
Amaro
16
38%
Chiaranda
8
13%
25
L42876 B. burgdorferi Austria 1995
L42881 B. burgdorferi Austria 1995
Albero filogenetico
costruito con
sequenze del gene
Fla di Borrelia
Burgdorferi s.l.
borr 5-1-2-2
borr 19-6-2-3 (n. 3)
DQ490970 B. garinii Slovacchia 2006
borr 18-16-2-41
borr 5-13-2-1
DQ650331 B. garinii Polonia 2006
B. Garinii
borr 5-12-3-1 (n. 4)
71%
borr 11-5-3-1
DQ016621 B. garinii Polonia 2005
DQ111032 B. garinii Francia 2005
X75203 B.garinii Svezia 1993
borr 5-13-2-5
borr 18-16-2-45 (n. 2)
AY270021 B. burgdorferi Grecia 2003
borr 3-8-3-6 (n. 8)
DQ111037 B. valaisiana Francia 2006
• classificazione di
agenti di difficile
isolamento
• Distribuzione
delle specie
circolanti
• Confronto con
ceppi di aree
vicine
B. Valaisiana
9%
borr 14-14-2-19
DQ016624 B. valaisiana Polonia 2005
borr 15-14-2-6
DQ016620 B. burgdorferi Polonia 2005
AF386506 B burgdorferi Francia 2001
borr 3-8-3-1 (n. 2)
B. burgdorferi
sensu stricto
AB189460 B.burgdorferi Serbia 2004
4%
borr 18-17-3-2F
AF127531 B.burgdorferi Svizzera 1999
AF386505 B. burgdorferi Francia 2001
DQ111033 B. afzelii Francia 2006
X69597 B.burgdorferi Germania 1993
borr 1-1-2-1 (n. 63)
AB253530 B. afzelii Slovacchia 2006
AB189459 B. afzelii Serbia 2004
DQ016619 B. afzelii Polonia 2005
B. Afzelii
borr 11-1-2-5
16%
AB091808 B. afzelii Turchia 2002
AB178780 B. afzelii Russia 2004
borr 5-5-2-1 (n. 2)
borr 11-1-2-3
0.01
Austria U27491
Albero filogenetico costruito con
sequenze del gene NS5 di TBE
Rep Ceca DQ153877
Lituania DQ112086 LithT413
Lituania DQ112090 LithT250
Finlandia AJ298322 Gaeta
Finlandia AJ298321 Kumlinge
Finlandia AJ298323 Isosaari
FVG 21-3-3-3
Sottotipo
Europeo
Austria U27495 Neudoerfl
FVG 12-4-2-1
Austria U39292 Hypr
Svezia AY601108 Toro
Y07863 Louping-ill
Cina AY182009 Senzhang
Cina AY217093 MDJ-01
Russia DQ862460 Glybinnoe
Giappone AB062064
Sottotipo
Asiatico
Giappone AB062064 Sofjin-HO
Russia AF527415 Zausaev
Russia DQ486861 EK-328
Finlandia DQ451299 Kokkola-9
Sottotipo
siberiano
AY323489 Omsk-hemorrhagic-fever Bogolubovka
0.02
26
Prevalenza di Borrelia b., Rickettsia sp. e
TBE nel biennio 2005-06
(2006: dati preliminari)
2005
2006
N°
% POS
N°
% POS
BORRELIA b.
397
24%
240
12.1%
RICKETTSIA sp.
397
6.5%
240
5.8%
TBE
397
0.25%
300
0.33%
27
CURVA EPIDEMICA RIFERITA A 23 CASI DI HCV VERIFICATISI
IN PZ DIALIZZATI NEL PERIODO MAGGIO ‘96 - APRILE ‘97
4
1°
5
• 23 sieroconversioni: sequenziati: 12
• 14 soggetti positivi al 5/96: sequenziati: 14
• Sequenziamento della regione 5’UTR
– Genotipo 1b:
6 pre e 7 SC
– Genotipo 2a/c:
6 pre e 4 SC
– Genotipo 4c-d:
1 pre e 1 SC
– Genotipo 1b*:
1 pre
• Turno Dispari/Pomeriggio: 4 seq
2°
5
2
2
1
2
1
2
2
3
2
4
4
3
1
2
5
5
3
2
5
MAG GIU LUG AGO SET OTT NOV DIC GEN FEB MAR
APR
Pari/Mattina
Turni di dialisi:
(il numero indica
la stanza)
Dispari/Mattina
Dispari/ Pomeriggio
Pari/Pomeriggio
Ansaldi F. et al.
CEPPI ISOLATI NEI PAZIENTI DEL TURNO
DISPARI/POMERIGGIO
STANZA 1
STANZA 2
STANZA 3
STANZA 4
STANZA 5
2a/c 9 acces
1b Paz. 2
1b Paz. 15
1b Paz. 16
4cd, Paz.17
2a/c 9 acces
2a/c 9 acces
1b Paz. 5
1b BE113
4cd,Paz. 7
1b Paz. 18
2a/c 9 access
LEGENDA: in grassetto e corsivo le varianti isolate nei pazienti
sieroconvertiti nel corso dell’epidemia, in stile normale le varianti dei
soggetti già anti-HCV positivi nel maggio ‘96
Ansaldi F. et al.
28
Conclusioni
• Le nuove tecniche molecolari forniscono un supporto
straordinario allo studio dell’epidemiologia delle
malattie infettive:
– Investigazione epidemica
– Sorveglianza epidemiologica
– Valutazione del rischio infettivo ambientale
• Sono tecniche caratterizzate da elevata sensibilità e
presentano rischi elevati di contaminazione
– Devono essere effettuate in strutture controllate da personale
esperto nella esecuzione delle stesse e nella interpretazione
dei risultati
UCO Igiene e Medicina Preventiva
Università degli Studi di Trieste
Dir. Prof. Cesare Campello
Laboratorio di Virologia
•
•
•
•
•
•
•
•
Dal Molin G.
Comar M.
Biagi C.
Petronio F.
Samar E.
Rossi T.
Santon D.
Martinelli E.
29

Prof. P.D`Agaro - Siti Triveneto

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