Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell`Umbria e delle Marche

ISTITUTO ZOOPROFILATTICO
SPERIMENTALE DELL 'UMBRIA E DELLE
MARCHE
DISPOSIZIONE DI SERVIZIO
DEL DIRETTORE SANITARIO
n. 4
del 4 dicembre 2012
Oggetto: Implementazione della strumentazione Real Time peR RT
Opticon II, già in comodato d'uso, con un Termociclatore Stratagene
MX3500P per la Sezione di Fermo.
ISTITUTO ZOOPROFILAlTICO SPERIMENTALE
DELL'UMBRIA E DELLE MARCHE - PERUGIA
IL DIRETTo.RESANITARIO.
C.F. e P. IVA00150090546
OGGETTO: implementazione della strumentazione Real Time PCR RT Opticon Il, già in
comodato d'uso, con un Termociclatore Stratagene MX3500Pper la Sezione di Fermo.
PREMESSO CHE con delibera del Direttore Generale n. 230 del 22.12.2010 è stato
disposto il comodato d'uso di una apparecchiatura Real Time PCR RT Opticon Il, fornito
dalla ditta FOSS ITALIA,per la Sezione di Fermo;
DATOATTO CHE la medesima deliberazione ne prevede l'utilizzo per la durata di anni 2
(due), con possibilità di riscatto finale alla data del 01.03.2013;
VISTA la nota (prot. n. 23116 del 19.11.2012) della Responsabile del Laboratorio
Controllo Alimenti della Sezione di Fermo, Dott.ssa Giuliana Blasi (Allo n.l), a mezzo
della quale, la stessa, manifestava l'esigenza di procedere alla sostituzione, sempre in
regime di comodato d'uso, della strumentazione già in suo possesso (Real Time PCR RT
Opticon Il) con un Termociclatore Stratagene MX3500P;
CONSIDERATOche l'impiego dello strumento indicato consentirebbe di meglio soddisfare
le esigenze del laboratorio in termini di efficienza e precisione nelle metodiche di
svolgimento dei normali processi realizzativi oltre che consentire la possibilità di poter
svolgere, in collaborazione con la Dott.ssa Scuota, ricerche correnti tra le quali quella
volta allo "studio della prevalenza di Coxiella burnetii nella filiera umbro-marchigiana
del latte crudo bovino ed ovino" che richiede l'utilizzo di kit commerciali PCR Real
Time AdiaVET standardizzati su Termociclatori tra i quali lo Stratagene MX3500P;
TENUTO Co.NTO che il contratto di comodato d'uso con la ditta Foss Italia, per lo
strumento Real Time PCR RT Opticon Il, prevede la sola spesa, per lo scrivente Istituto,
inerente il consumo dei Kit per l'esecuzione delle prove, secondo i quantitativi ed i
prezzi indicati, giusta offerta presentata dalla ditta Foss Italia ed acquisita agli atti con
prot. 18686 del 18.11.2010, e successiva revisione acquisita agli atti con protocollo n.
19211/2010;
VISTAla necessità di procedere, pertanto, alla sostituzione della strumentazione con un
Termociclatore
Stratagene MX3500P e al conseguente acquisto di consumabili (kit
analitici e materiale plastico differente) ulteriori e specifici per l'utilizzo della
strumentazione
rispetto a quelli già utilizzati per lo strumento Real Time PCR RT
Opti con Il;
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VISTa il parere favorevole del Dirigente dell'Unità
Lavon;
Operativa G\..\"'~~l~
'~~
Servizi e
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tutto ciò premesso e considerato,
SEDE:
06126 PERUGIA:
Via G. Salvemlnl, 1 - Tel. 075.3431 • Fax 075.35047
SEZIONI:
601 00 ANCONA:
62100 MACERATA:
Via Cupa di Posalora, 3 - TeL 071.41760 - Fax 071.42758
Via dei Velini, 11 - Tel. 0733.262206
- Fax 0733.262069
1 di 2
05100 TERNI:
61100 PESARO:
63023 FERMO:
Via L. A. Muratori, 4 - Tel. 0744.402476
- Fax 0744.59718
Via Canonici, 140 - Villa Fastiggi - Tel. 0721.281677
- Fax 0721.283130
C. da San Martino. 618 - Tel. 0734.621489
- Fax 0734.623449
~.
ISTITUTO ZOOPROFILAITICO
SPERIMEl\'TALE
DELL'UMBRIA E DELLE MARCHE - PERUGIA
C.F. e P. IVA 00150090546
DISPONE
1. di procedere alla sostituzione, formalizzando specifica richiesta alla ditta FOSS
ITALIAS.p.a., della strumentazione Real Time peR RT Opticon Il, già in comodato
d'uso, con un Termociclatore Stratagene MX3500Pper la Sezione di Fermo per le
motivazioni rappresentate dalla Dott.ssa Blasi nella relazione allegata;
2. di dare atto che la strumentazione prevede l'utilizzo di kit specifici, già oggetto di
fornitura per la sede di Perugia;
3. di dare atto che il termine del contratto di comodato d'uso è fissato al 1.03.2013;
4. di dare atto che le ulteriori spese, derivanti dall'acquisto di nuovi ed ulteriori
consumabili, troveranno copertura nel conto n. conto 52115001 "materiali diagnostici
e prodotti chimici";
5. di autorizzare l'Ufficio Acquisizione Beni all'inoltro degli ordini al fornitore
individuato secondo l'uso commerciale, senza necessità di acquisire ulteriori
autorizzazioni, previa registrazione degli appositi contratti nell'ambito del sistema
gestionale GE4;
6. di autorizzare l'Unità Operativa Gestione Economico-Finanziaria al pagamento delle
forniture, entro i termini pattuiti, previo proprio riscontro di regolarità contabile
delle fatture e liquidazione da parte del settore competente;
7. di autorizzare l'Ufficio Acquisizione Beni all'eventuale adeguamento dei contratti
che dovesse rendersi necessario a fronte di un aumento dei quantitativi da ordinare
durante la vigenza degli stessi, tenuto conto che i quantitativi aggiudicati sono da
intendersi indicativi;
/
SEDE:
06126 PERUGIA:
Via G. Salvemini, 1 - Tel. 075.3431 • Fax 075.35047
SEZIONI:
60100 ANCONA:
62100 MACERATA:
Via Cupa di Posalora, 3 - Tel. 071.41760 - Fax 071.42758
Via dei Velini, 11 - Tel. 0733.262206.
Fax 0733.262069
2 di 2
05100 TERNI:
Via L. A. Muratori,
4 - TeL 0744.402476
- Fax 0744.59718
61100 PESARO: Via Canonici, 140 - Villa Fas1iggi - Tel. 0721.281677 - Fax 0721.283130
63023 FERMO:
C. da san Martino, 61a. Tel. 0734.621489.
Fax 0734.623449
Fermo,19.11.2012
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ALLEGATO
4
Sezione FERMO
C.da San Martino, 6/A
63023 FERMO
Direzione Sanitaria
IZS Urribria - Marche
Perugia
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KL.GIS, HO 01 !)f~OIOCU\.LO
N. 0023116 del 19/1112012
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Responsabile Ufficio
Gestione Beni e Servizi
IZS Urnbria - Marche
Perugia
IX.(U
III*0000140018*
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Responsabile Sezione
FERMO
IZS Umbria - Marche
Fermo
E p.c.
Responsabile Ufficio
Acquisizione Beni
IZS Urnbria - Marche
Perugia
LORO SEOI
Oggetto:
relazione
Allègata
chiarimenti
apparecchiatura
alla presente
Rea! Time PCR per sezione di FERMO
si invia quanto
in oggellO.
Rimango
a disposizione
per ulteriori
in merito.
Cordiali saluti
Il Responsabile
La~~ratono
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Controllo Alimentr
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Riscatto apparecchiatura Real Time peR al momento in comodato d'uso - Sezione di
Fermo.
Con riferimento alla Delibera del DG n. 230 del 22 dicembre 2010 con la quale si aulolÌzzava
l'acquisizione in comodato d'uso della strumentazione Real Time denominata PCR RT ( lpticon
Il mediante sottoscrizione di apposito contralto con la ditta Foss Italia S.pA
durata
di
ventiquattro
mesi
decorrenti
dalla
data
di
consegna
di Padov:i
- installaziont:
G
della
della
strumentazione avvenuta il 07/03/2011. visto l'avvicinarsi della scadenza dello stesso, '" ritiene
opportuno fare alcune considerazioni.
L'acquisizione della strumenlazione ha consentito al laboratorio Controllo Alimenti di F",rmo di
attivare analisi di screening più accurate e più rapide rispetto alle metodiche tradizionali in uso
presso la Sezione relative ad alcuni microrganismilVirus come Sa/monella spp, Campy" ,bacter,
Escherichia coli enterotossici ed enteroinvasivi. Lisleria monocytogenes, Versinia entorocolilica
e Norovirus (dati rendicontabili in SIGLA).
Visti i riscontri positivi in termini di efficienza sulle attività svolte, il laboratorio ha ,ic,ciso di
implementare e pprtare in estensione nell'ultima visita ACCREDIA (Novembre 2012 - in attesa
dell'esito della visita) le prove relative alla ricerca di Sa/monella spp. e Campyiubacter
termotolleranti mediante real time PCR Questo consentirà l'utilizzo di tali metodiche Ilon più
solo per attività di ricerca, ma in maniera routinaria per le analisi effettuate nell'anli,ito del
Controllo Ufficiale e dell'Autocontrollo.
Sulla base dell'esperienza fatta il laboratorio ha presentato inoltre, nel 2012, un pro! letto di
ricerca corrente volto allo "Studio della prevalenza di Coxiella burnetii nélla filiera umbromarchigiane
del latte crudo bovino e ovino" mediante l'utilizzo di tecniche diagnostiche
molécolari di real time PCRapprovato ed iniziato ufficialmente il 3 settembre (acronimo: IZS UM
11/11 RC). Il progetto prevede l'utilizzo di kit commerciali PCR real time AdiaVET stand;udizzati
su alcuni termociciatori tra i quali lo Stratagene MX3005P.
L'acquisizione dell'Opticon Il ha permesso inoltre al laboratorio di partecipare in qll;Jlilà di
partner, in collaborazione con la Dr.ssa Scuota S., alla Ricerca Finalizzata EPIFOOll (ltalian
Nètwork for the molecular Epidemiological surveillance of food bome parhogens) eff"lluando
tutte le attività analitiche connesse e relative ai controlli nella Regione Marche ..11citato progetto
prevedeva l'utilizzo dellermociclalore
denominato Stratagene MX3500P acquisito poi ,lall'11S
UM al termine del cofinanziamento con Disposizione n. 30 del 29/06/2012.
Pagill;] 2 di 3
E' necessario specificare che sebbene le melodiche utilizzate su Opticon e Stratagellc, siano
del tutto sovrapponibili in termini di chimica di PCR e performances, dal punto di vi:;ta dei
consumabili necessitano di kit analitici e plastica differenti.
Pur essendo un ottimo strumento, l'Opticon Il risulta non rispondere più in maniera esauriente
alle esigenze del laboratorio.
Sempre più spesso, infatti, sono condivisi con i laboratori degli altri IIZZSS e con i Lahoratori
Nazionali di Riferimento come il Laboratorio di riferimento nazionale per E. co/i verocl\"tossici
(ISS), protocolli analitici in cui è previsto l'utilizzo di multiplex PCR ed il contemporaneo Impiego
di un numero sempre maggiore di fluorofori per ogni corsa di PCR. I due canali dell'Opllwn
Il, a
differenza dei 5 dello Stratagene. non consentono l'utilizzo di tali metodiche.
Inoltre non è posSibile impiegare nell'Opticon alcuni nuovi kit AES in fase di release (es Vtec e
Stec) o nuovi kit già messi a punto come Sa/monella spp, ed E. cofj 0157:H7 in 8 ore su carne
cruda.
Volendo
visualizzare
un'esportazione
e quindi
analizzare
le curve nell'Opticon
in Excel" prassi questa indaginosa e dispendiosa
è necessario
elleltuare
in termini di Il'mpo e
precisione. A differenza dello Stratagene non è quindi possibile visualizzare i campioni positivi
durante la fase di amplificazione ma soltanlo alla fine della PCR.
Sulla base di quanto descritto, in preVisione della possibilità di riscattare l'apparecchi;,tura al
momento presente in sezione allo scadere del contratto (marzo 2013), per consel1tire di
uniformare gli eventuali contratti di manutenzione e di ottimizzare la gestione dei consumabili
con i laboratori della sede di Perugia (Dr.sse Scuota/Farneti) si suggerisce la possibilità di
sostituire l'Opticon Il con lo Stratagene MX3500P.
Visto
l'accreditamento
in corso
delle
due prove
(Sa/monella
spp.
e Campy/obacler
termotolleranti) si rende però necessario un periodo di prova dello Stratagene, di aln,eno tre
settimane. per poter effettuare le necessarie prove di verifica dei parametri di validazioll".
Si ricorda inoltre che il materiale al momento presente in sezione relativo all'Optic,,"
Il (Kit
estrazione e kit AdiaFood) non è utilizzabile sullo Stratagene e che per poter procedore alle
prove è necessaria l'acquisizione di kil e materiale plastico specifici,
Si fa presente, infine" che vista la scadenza del contratto prevista per marzo 2013 il lal,oratorio
ha in giacenza alcuni kit in uso (Usleria mot1ocylogenes, Sa/monella spp e Campy/obacler spp,)
e due confezioni integre del kit per E. cofj 0157:H:7 (U. 9903 110915-A1 Sc, 15,03.2013) per il
cui utilizzo si stimano siano necessari non meno di due-tre mesi. E' quindi necess; ,rio che
l'Opticon rimanga in laboratorio per il tempo necessario per l'utilizzo dei consumabili,
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ATTESTATO DI PUBBLICAZIONE
DISPOSIZIONE DI SERVIZIO
del Direttore Sanitario
nO:
4
del
04/12/2012
La disposizione viene pubblicata all'albo pretorio dell'Istituto
il giorno:
:, I. nlr ?gl't
.
,
•••••.••.
lo
lt
Perugia,
ESECUTIVITA' c~nséguita il
Trasmissione disposizione:
al Collegio dei Revisori
,:/1 .DIC.
2012