identificazione delle enterobatteriaceae

METODO NAZIONALE STANDARD
IDENTIFICAZIONE DELLE
ENTEROBATTERIACEAE
BSOP ID 16
Emesso da Standards Unit, Evaluations and Standards Laboratory
Centre for Infections
IDENTIFICAZIONE DELLE ENTEROBATTERIACEAE
Revisione no: 3 Data di revisione 28.09.10 Emesso da: Standard Unit, Department for Evaluations, Standards and Training
Riferimento BSOP ID 16i1i3
Questo MNS deve essere usato congiuntamente con gli altri MNS emessi dalla Health Protection Agency
www.evaluations-standards.org.uk
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STATO DEI METODI NAZIONALI STANDARD
I Metodi Nazionali Standard, che includono le procedure operative standard (POS) algoritmi e linee guida,
promuovono l’adozione di elevati livelli di qualità, contribuendo ad assicurare la possibilità di confronto
delle informazioni diagnostiche ottenute in laboratori diversi. Ciò consente la standardizzazione della
sorveglianza sostenuta dalla ricerca, sviluppo e verifica, promovendo nello stesso tempo la salute pubblica
e la fiducia del paziente nelle proprie strutture sanitarie. I metodi sono ben referenziati e rappresentano un
buon standard minimo per la microbiologia clinica e per la salute pubblica. Comunque, utilizzando i Metodi
Nazionali Standard, i laboratori dovranno tenere in considerazione le esigenze locali e potranno
intraprendere ricerche addizionali. I metodi forniscono inoltre un punto di riferimento per un loro ulteriore
sviluppo.
I Metodi Nazionali Standard sono stati sviluppati, revisionati ed aggiornati con una procedura aperta di
consenso ove le opinioni di tutti i partecipanti sono state tenute in adeguata considerazione ed i documenti
elaborati riflettono il consenso della maggior parte degli stessi.
I rappresentanti di alcune organizzazioni professionali, incluse quelle il cui logo appare sulla prima pagina,
sono membri dei gruppi di lavoro che sviluppano i Metodi Nazionali Standard. L’inclusione del logo di una
organizzazione nella prima pagina implica sostegno agli obiettivi ed al processo di preparazione dei metodi
standard. I componenti di queste organizzazioni scientifiche hanno partecipato allo sviluppo dei Metodi
Nazionali Standard ma le loro opinioni personali non rispecchiano necessariamente quelle
dell’organizzazione di cui sono membri. L’elenco attuale delle organizzazioni professionali partecipanti può
essere ottenuto tramite e-mail all’indirizzo [email protected].
Le prestazioni dei metodi standard sono condizionate dalla qualità di reagenti, strumentazione, procedure
commerciali o prove messe a punto in loco. I laboratori dovrebbero assicurare che queste siano state
validate e dimostrate idonee allo scopo prefissato. Devono essere adottate procedure di controllo di qualità
interno ed esterno.
Nonostante siano state osservate le più scrupolose attenzioni nella preparazione di questa pubblicazione,
la Health Protection Agency o qualsiasi organizzazione di sostegno non può essere ritenuta responsabile
dell’accuratezza o dell’utilizzo o di qualsiasi conseguenza derivante dall’uso o da modifiche delle
informazioni contenute in questo documento. Queste procedure sono intese solamente come una risorsa
generale per i professionisti che esercitano in questo settore, operanti nel Regno Unito, pertanto si dovrà
ricorrere ad altri consulenti quando ritenuto necessario. Se si apportano modifiche a questa pubblicazione,
si deve porre in evidenza dove sono state apportate modifiche al documento originale. La Health
Protection Agency (HPA) dovrà essere informata in ogni circostanza.
La HPA è una organizzazione indipendente che ha lo scopo di proteggere la salute della popolazione. Ad
essa confluiscono esperienze professionali già appartenenti ad organizzazioni ufficiali. Maggiori
informazioni riferibili alla HPA possono essere ottenute al sito www.hpa.org.uk.
La HPA è un’organizzazione che mira ad essere completamente in accordo con le direttive Caldicott. Ciò
significa prendere ogni possibile precauzione per prevenire la diffusione non autorizzata di informazioni sui
pazienti e di garantire che le informazioni relative agli stessi siano mantenute in condizioni di sicurezza1.
Maggiori dettagli possono essere ottenuti dal sito web www.evaluations-standards.org.uk. Contributi allo
sviluppo dei documenti possono essere forniti contattando l’indirizzo [email protected].
Si informa il lettore che la tassonomia completa di questo documento è aggiornata al momento della
pubblicazione
Per cortesia prendere nota che la bibliografia è attualmente formattata con il software Reference Manager. Se si
modifica o si cancella il testo senza avere installato nel computer il Reference Manager; la bibliografia non sarà
aggiornata automaticamente.
Riferimento suggerito per questo documento:
Health Protection Agency (2010). Identification of Enterobacteriaceae. National Standard Method BSOP ID
16 Emissione 3. http://www.hpa-standardmethods.org.uk/pdf_sops.asp.
IDENTIFICAZIONE DELLE ENTEROBATTERIACEAE
Revisione no: 3 Data di revisione 28.09.10 Emesso da: Standard Unit, Department for Evaluations, Standards and Training
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INDICE
STATO DEI METODI NAZIONALI STANDARD .......................................................................................
2
INDICE .......................................................................................................................................................
3
PROCEDURA DI MODIFICA ....................................................................................................................
4
SCOPO DEL DOCUMENTO .....................................................................................................................
5
INTRODUZIONE .....................................................................................................................................
5
INFORMAZIONE TECNICA .......................................................................................................................
7
1
CONSIDERAZIONI SULLA SICUREZZA .......................................................................................
8
2
MICRORGANISMI BERSAGLIO .....................................................................................................
8
3
IDENTIFICAZIONE .........................................................................................................................
9
3.1
3.2
3.3
3.4
3.5
3.6
ASPETTO MICROSCOPICO ……………………………………………………………………..……… 9
9
TERRENI DI ISOLAMENTO PRIMARIO ….……………………………………………………….……….
ASPETTO COLONIA ..……………………………..……………………………………………...……… 9
PROCEDURE DI PROVA ....………………………………...……………………,...……......…...…… 10
IDENTIFICAZIONE SUCCESSIVA ………………………….…………...………………………………... 10
CONSERVAZIONE E INVIO ...………..…………………..……......…………………….…..…...……... 10
4
IDENTIFICAZIONE DELLE ENTEROBATTERIACEAE - DIAGRAMMA DI FLUSSO ................... 11
5
REFERTAZIONE ......................................................................................................................,....... 12
5.1
5.2
5.3
5.4
5.5
6
IDENTIFICAZIONE PRELIMINARE ………..……………………………………………………………..
CONFERMA IDENTIFICAZIONE ……….. …………………………………….…….…….………………..
MEDICO MICROBIOLOGO …………………………………………………………………………………
DENUNCIA ALL’HPA …………………..…………………………………………………………………
GRUPPO CONTROLLO INFEZIONI ………………………………………………………..………………
INFORMAZIONI.................................................................................................................................. 14
6.1 LABORATORIO DI RIFERIMENTO ………………………………………………………………………
7
12
12
12
12
13
14
RINGRAZIAMENTI E CONTATTI ...................................................................................................... 14
.
BIBLIOGRAFIA ........................................................................................................................................ 15
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PROCEDURA DI MODIFICA
Documento di
riferimento controllato
Titolo del documento
controllato
BSOP D 16
Identificazione delle enterobatteriaceae
Ciascun Metodo Nazionale Standard possiede una registrazione separata con le modifiche. Le modifiche
di questa revisione sono riportate in questa pagina. Le precedenti modifiche sono disponibili presso la
[email protected].
Qualora vi sia una revisione di pagine o vengano emesse pagine nuove il proprietario di ciascun
documento controllato dovrebbe aggiornare la copia in laboratorio.
Modifica
Numero/
Data
3/
28.09.10
Emissione
no.
Scartata
2
Inserita
Emissione
no.
3
Pagina
Sessione(i)
interessate
Modifica
6
Introduzione
Correzione per produzione
d’idrogeno solforato delle
Salmonella Paratyphi A e S.
Typhi.
7
Principi
d’identificazione
Aggiunto testo per accettazione
dei sistemi commerciali
d’identificazione
11
Diagramma di
flusso
Nell’ultima casella aggiornata la
definizione d’identificazione
preliminare E. coli O157
(confermata localmente)
12
Notifica all’HPA
Titolo e testo modificati in
conformità alla nuova Health
Protection Regulations 2010.
15
Bibliografia
Bibliografia revisionata e
aggiornata
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IDENTIFICAZIONE DELLE ENTEROBATTERIACEAE
SCOPO DEL DOCUMENTO
Questo Metodo Nazionale Standard (MNS) descrive l’identificazione dei componenti la famiglia delle
Enterobatteriaceae. Numerose sono le specie incluse in questa famiglia. I laboratori di microbiologia clinica
sono soliti utilizzare le prove biochimiche per ottenere l’identificazione. Il suo livello dipende dalla sede
dell’infezione, dalla condizione immunologia dell’ospite e dalle richieste della sorveglianza epidemiologica.
A causa del loro numero, questo MNS si dedicherà alle specie e ai generi riscontrati con maggior frequenza
nei materiali clinici. L’identificazione delle Enterobatteriaceae è semplificata dal fatto che tre specie
rappresentano fra l’80 e il 95% degli isolati clinici. Queste sono Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae e
Proteus mirabilis2. Le altre possono essere facilmente identificate con le prove biochimiche.
INTRODUZIONE
Tassonomia
La classificazione delle Enterobatteriaceae è complessa ed è stata caratterizzata da prove biochimiche e
dalle caratteristiche antigeniche2. Recentemente l’applicazione di nuove tecniche quale l’ibridizzazione del
DNA ha condotto a numerose modifiche nella classificazione delle Enterobatteriaceae. Nel 1972 erano
conosciute 26 specie, ora sono di più di 1703.
Caratteristiche delle Enterobatteriaceae
Le Enterobatteriaceae sono costituite da bastoncini Gram-negativi, diritti, alcuni dotati di mobilità. La
maggior parte delle specie si sviluppa a 37°C, ma alcune crescono meglio a 25-30°C. Sono anaerobie
facoltative, oxidasi-negative e catalasi-positive (tranne Shigella dysenteriae tipo 1). Sono presenti ovunque e
possono essere riscontrate nel suolo, acqua, piante e animali.
Generi comuni della famiglia delle Enterobatteriaceae
Specie Citrobacter
Sono note undici specie delle quali nove sono state isolate da materiale clinico. Si trovano nelle feci
dell’uomo e degli animali come appartenenti alla flora normale e si sviluppano sui terreni di uso comune. Le
colonie sono di solito lisce e umide, anche se possono essere di tipo mucoso o rugoso. Alcuni ceppi di
Citrobacter sono dotati di profilo biochimico simile a quello delle specie Salmonella e agglutinano con i sieri
polivalenti anti Salmonella, fornendo in tal modo un’errata identificazione.
Specie Enterobacter
Sono note undici specie, delle quali solo otto sono state isolate da materiale clinico (consultare sezione 2).
Crescono rapidamente sui comuni agar, fermentano il glucosio con produzione di acido e gas e sono mobili
per presenza di flagelli peritrichi. Alcuni ceppi sono dotati di antigene capsulare K.
Specie Escherichia
Sono note sei specie, delle quali 4 causano malattia nell’uomo (consultare 2). Escherichia coli è quella più
frequentemente isolata e comprende numerosi sierotipi, alcuni dei quali sono responsabili di specifiche
patologie.
Un certo numero di ceppi di E. coli può produrre enterotossine o altri fattori di virulenza, inclusi quelli
associati all’invasività. Alcuni ceppi sono dotati di antigene capsulare K.
Per altre informazioni sull’identificazione delle E. coli O157 consultare BSOPID 22 - Identification of
Escherichia coli O157.
IDENTIFICAZIONE DELLE ENTEROBATTERIACEAE
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Hafnia alvei
Al genere Hafnia appartiene una sola specie, H. alvei. Si sviluppa rapidamente sui terreni comuni ed è
generalmente mobile. La motilità e più vivace a 30°C che non 37°C4. H. alvei può sembrare immobile,
essere dotata di profilo biochimico simile a quello delle salmonella e agglutinare con sieri polivalenti antisalmonella.
Specie Klebsiella
Il genere Klebsiella è costituito da cinque specie e quattro sottospecie. Le quattro specie, note come
Klebsiella pneumoniae, Klebsiella ozaenae, Klebsiella rhinoscleromatis e Klebsiella aerogenes sono ora
classificate come sottospecie della K. pneumoniae. K. pneumoniae sottospecie aerogenes è quella isolata
più frequentemente. Crescono tutte sui terreni comuni, non sono mobili e sono dotate di capsula.
Morganella morganii
Al genere Morganella appartiene una sola specie, Morganella morganii, divisa in due sottospecie E’
mobile con flagelli peritrichi ma alcuni ceppi non sviluppano flagelli a temperatura superiore a 30°C. M.
morganii può sembrare immobile, presentare profilo biochimico simile a quello delle salmonella e
agglutinare con sieri polivalenti anti-salmonella.
Specie Proteus
Sono note quattro specie di Proteus, delle quali tre causano malattia (consultare sezione 2). Tutti i ceppi
sono mobili e ureasi positivi. Possono sciamare su agar sangue, formando aree concentriche o una sottile
pellicola. Sono tutte resistenti alla polymixina B e alla colistina. Le specie Proteus possono sembrare
immobili, presentare profilo biochimico simile a quello delle salmonella e agglutinare con sieri polivalenti
anti-salmonella.
Specie Providencia
Il genere Providencia è stato dapprima definito per classificare microrganismi simili alle specie Proteus ma
ureasi negativi. Il genere comprende cinque specie, delle quali tre causano malattia (consultare sezione 2).
Sono mobili ma non sciamano. Sono tutte resistenti alla polimixina B e alla colistina.
Specie Salmonella
I sierotipi di Salmonella e Arizona ora appartengono alle due specie – Salmonella Bongori, (gia sottospecie
V) e Salmonella Enterica, composta da sei sottospecie: I =enterica, II = salamae, IIIa = arizonae, IIIb =
diarizonae, IV = houtenae, e VI = indica. La maggior parte dei sierotipi è mobile; tutte, tranne Salmonella
Typhi, producono gas dal glucosio. La maggior parte produce idrogeno solforato. Al contrario, Salmonella
Paratyphi A è di solito idrogeno solforato negativa e S. Typhi debole produttrice.
Per altre informazioni sulla sierotipizzazione delle specie Salmonella, consultare BSOPID 24 - Identification
of Salmonella Species.
Specie Serratia
Al genere Serratia appartengono dieci specie, (due sole sono di frequente isolamento dai campioni clinici).
Trattasi di Serratia liquefaciens e Serratia marcescens, quest’ultima produce spesso un pigmento rosso se
si sviluppa a 20°C. La maggior parte delle specie è mobile. I componenti di questo genere sono
caratterizzati dalla produzione di tre enzimi - lipasi, DNasi e gelatinasi. Sono inoltre resistenti alla
polimixina B e colistina, e questa proprietà può essere eterogenea, formando un’evidente immagine a
bersaglio.
Specie Shigella
Sono note quattro specie, Shigella dysenteriae, Shigella flexneri, Shigella boydii e Shigella sonnei. Sono
tutte immobili. Le specie Shigella sono molto infettive, in modo particolare S. dysenteriae5,6.
Per altre informazioni sull’identificazione delle specie Shigella, consultare BSOPID 20 - Identification of
Shigella Species
.
Specie Yersinia
Al genere Yersinia appartengono undici specie, tre delle quali (Yersinia pestis, Yersinia enterocolitica e
Yersinia pseudotuberculosis) sono patogene per l’uomo e gli animali7. Tutti i componenti del genere si
sviluppano rapidamente sui comuni terreni.
IDENTIFICAZIONE DELLE ENTEROBATTERIACEAE
Revisione no: 3 Data di revisione 28.09.10 Emesso da: Standard Unit, Department for Evaluations, Standards and Training
Riferimento BSOP ID 16i1i3
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Y. pestis non è esigente, ma dopo incubazione per 24 ore su agar sangue, le colonie sono di solito più
piccole di quelle delle Enterobatteriaceae. Y. pestis e sempre immobile. Le altre specie sono immobili a
37°C e mobili a 30°C.
Per altre informazioni sull’identificazione delle specie Yersinia consultare BSOPID 21 - Identification of
Yersinia Species from Faeces.
Altri generi della famiglia delle Enterobatteriaceae8-11
Gli altri generi della famiglia in grado di determinare infezione sono elencati nella sezione 2.
Principi d’identificazione
Morfologia della colonia, colorazione Gram, ossidasi e utilizzo di alcune prove biochimiche consentono di
identificare gli isolati dal materiale clinico. Patogeni enterici, come le specie Salmonella devono essere
identificati con prove biochimiche e tipizzati sierologicamente. Le specie Hafnia, Morganella e Proteus
possono sembrare immobili, essere dotate di profilo biochimico simile a quello delle salmonella e
agglutinare con sieri polivalenti anti-salmonella. Per la variabilità delle prove biochimiche in questo MNS
non sono descritti i profili biochimici di ciascuna specie. Saranno pertanto descritte solo alcune prove di
screening per i più frequenti generi e specie.
Se richiesto, gli isolati possono essere inviati al Laboratorio di Riferimento per identificazioni successive o
per conferma.
Deve essere posta particolare attenzione agli isolati con identificazione poco frequente. Prima d’accettare i
risultati di un sistema commerciale d’identificazione si devono considerare tutte le condizioni inerenti le
caratteristiche di crescita, la morfologia della coltura e quelle sierologiche.
INFORMAZIONE TECNICA
N/D
IDENTIFICAZIONE DELLE ENTEROBATTERIACEAE
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1
CONSIDERAZIONI SULLA SICUREZZA12-24
S. Typhi, S. Paratyphi A, B e C, S. dysenteriae tipo 1, E. coli O157, Salmonella sendai, Salmonella
cholera-suis e Yersinia pestis appartengono ai microrganismi del Gruppo di Rischio 3; gli isolati
sospetti devono essere manipolati in ambiente di contenimento 3.
Fare riferimento alle linee guida sulla sicurezza nella manipolazione dei microrganismi documentati
in questo MNS.
Eseguire le procedure di laboratorio che generano aerosol infettivi in cabina di sicurezza
microbiologica.
Le specie Shigella e E. coli O157 sono particolarmente infettive, solo 10 microrganismi possono
rappresentare la dose minima infettante. Sono state segnalate come causa d’infezione acquisita in
laboratorio.
Le linee guida precedentemente esplicitate devono essere supplementate con la COSHH locale e
con la valutazione del rischio
E’ essenziale il rispetto delle regolamentazioni di spedizione postale e di trasporto
2
MICRORGANISMI BERSAGLIO
Enterobatteriaceae segnalate come causa d’infezioni nell’uomo68-10
Cedecea
Citrobacter
Edwardsiella
Enterobacter
Escherichia
Ewingella
Hafnia
Klebsiella
Kluyvera
Leclercia
Morganella
Pantoea
Photorhabdus
Proteus
Providencia
Rahnella
Salmonella
Serratia
Shigella
Tatumella
Yersinia
Yokenella
davisae, lapagei, neteri, sp 3, sp 5
amalonaticus, braakii, farmeri, freundii, koseri, rodentium, sedlakii, werkmanii,
youngae
hoshinae, ictaluri, tarda
aerogenes, amnigenus, asburiae, cloacae, gergoviae, hormaechei, sakazakii,
taylorae
coli, fergusonii, hermanii, vulneris
americana
alvei
oxytoca, pneumoniae sottospecie aerogenes, ozaenae, pneumoniae, e
rhinoscleromatis
ascorbata, cryocrescens, georgiana
adecarboxylata
morganii
agglomerans, dispersa
luminescens
mirabilis, penneri, vulgaris
alcalifaciens, rettgeri, stuartii
aquatilis
enterica (>2000 serotipi)
fonticola, grimesii, liquefaciens, marcescens, odorifera, plymuthica,
proteamaculans, rubidaea
boydii, dysenteriae, flexneri, sonnei
ptyseos
aldovae, bercovieri, enterocolitica, intermedia, frederiksenii, kristensenii,
mollaretti, pestis, pseudotuberculosis, rohdei
regensburgei
Altri generi e specie delle Enterobatteriaceae possono essere associati raramente a malattie
nell’uomo.
IDENTIFICAZIONE DELLE ENTEROBATTERIACEAE
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3
IDENTIFICAZIONE
3.1
ASPETTO MICROSCOPICO
Colorazione Gram (consultare BSOPTP 39 - Staining Procedures)
Bastoncini Gram negativi, alcuni presentano colorazione bipolare (specie Yersinia)
3.2
TERRENI DI ISOLAMENTO PRIMARIO
Agar sangue (AS): 16-24 ore d'incubazione in 5-10% CO2 a 35-37°C
Agar MacConkey (MAC): 16-24 ore d’incubazione aerobica a 35-37°C
Agar cistina-lattosio-elettroliti deficiente (CLED, cystine-lactose-electrolyte deficient agar) con blu
di bromotimolo (CLED B) o indicatore di Andrade (CLED A): 16-24 ore d incubazione aerobica a
35-37°C
Terreni enterici selettivi, incubazione aerobica a 35-37°C per 16- 24ore:
Agar desossiccolato citrato (DCA) (desoxycholate citrate agar)
Agar Xilosio-lisina-desossicolato (XLD) xylose-lysine-desoxycholate agar)
Agar cefixime-tellurito-sorbitolo-MacConkey (CT-SMAC) (cefixime-tellurite-sorbitol-MacConkey
agar)
Agar cefsulodina-Irgasan (triclosan)-novobiocina (CIN) (cefsulodin-Irgasan (triclosan)-novobiocin)
incubato aerobica a 32°C per 24-48 ore
Terreni cromogeni incubati in aerobiosi a 35-37°C per 16-24 ore
3.3
ASPETTO COLONIA
AS – Bastoncini Gram-negativi, diametro 2-3 mm, piatta, convessa, grigia, liscia o mucosa, può
essere emolitica o sciamante.
MAC - Bastoncini Gram-negativi, aspetto rosa (lattosio fermentante) o incolore (lattosio nonfermentante), dimensioni e aspetto variabile nelle singole specie.
CLED B - Bastoncini Gram-negativi, può apparire gialla (lattosio fermentante) o blu (lattosio nonfermentante), dimensioni e aspetto variabile nelle singole specie.
CLED A - Bastoncini Gram-negativi, può apparire rosa (lattosio fermentante) o verde translucido
(lattosio non-fermentante), dimensioni e aspetto variabile nelle singole specie.
DCA - Bastoncini Gram-negativi, può apparire rosa (lattosio fermentante) o incolore (lattosio nonfermentante), può presentare centro nero (produttrice di H2S).
XLD - Bastoncini Gram-negativi, può apparire gialla (xilosio, lattosio o saccarosio fermentante) o
rosa (non-fermentante), e presentare centro nero (produttrice di H2S).
CT-SMAC - Bastoncini Gram-negativi può, apparire rosa (sorbitolo-fermentante) o incolore
(sorbitolo non-fermentante).
TCBS - Bastoncini Gram-negativi, può apparire gialla (saccarosio fermentante) o blu-verde
(saccarosio non-fermentante).
CIN - Bastoncini Gram-negativi, può presentare centro intensamente rosso (mannitolo
fermentante) circondata da un alone che conferisce l’aspetto di ‘occhio di toro.’
NOTA: Le colonie della specie Yersinia possono essere più piccole di quelle delle altre
Enterobatteriaceae.
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3.4
PROVE PRELIMINARI
Ossidasi (consultare BSOPTP 26 - Oxidase Test).
Tutte le Enterobatteriaceae sono ossidasi-negative.
Fermentazione del lattosio con risultati variabili in funzione del genere e della specie.
3.5
IDENTIFICAZIONE SUCCESSIVA
Confezione d’identificazione commerciale
Sierotipizzazione.
3.6
CONSERVAZIONE ED INVIO
Conservare l’isolato puro su becco di clarino di agar nutriente per l’invio al Laboratorio di
Riferimento.
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4 IDENTIFICAZIONE DELLE ENTEROBATTERIACEAE DIAGRAMMA DI FLUSSO
Campioni clinici
Piastre di isolamento primario
AS
CLED B o CLED A, MAC
DCA, XLD, CT-SMAC, TCBS, CIN agar
Fermetanti
carboidrati
f
Non fermentanti
carboidrati
Ossidasi
Eseguita da terreno non-selettivo
Identificazione
successiva
se clinicamente
indicato
Negativa
Positiva
Possibile
Specie Pseudomonas o
specie Pasteurella
(Consultare BSOP ID 17 & 13)
Identificazione successiva
Sierologia per possibile:
Specie Salmonella / Shigella (XLD / DCA)
E. coli O157 (CT-SMAC): tutte le identificazioni preliminari (confermate localmente)
di E. coli O157 devono essere inviate al Laboratorio di Riferimento
Y. enterocolitica (CIN)
(Consultare BSOP ID 20, 21, 22, 24)
Confezione commerciale per identificazione o altra identificazione
biochimica o invio al Laboratorio di Riferimento
Il diagramma di flusso e solo a carattere indicativo
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5
REFERTAZIONE
5.1
IDENTIFICAZIONE PRELIMINARE
Se rilevate appropriate caratteristiche di crescita, aspetto delle colonie, colorazione Gram della
coltura, ossidasi e risultati sierologici.
5.2
CONFERMA IDENTIFICAZIONE
Successiva ai risultati d’identificazione con confezioni commerciali o altre di tipo biochimico o
inviare al Laboratorio di Riferimento.
5.3
MEDICO MICROBIOLOGO
Informare il medico microbiologo di tutte le colture positive preliminari o confermate di Y. pestis, S.
Typhi, S. Paratyphi, specie Shigella, E. coli O157 e specie Salmonella (secondo le procedure
locali).
Il medico microbiologo deve inoltre essere informato se il modulo di richiesta contiene informazioni
relative a infezione da Y. pestis quali:
• sindrome ulcerativa-ghiandolare/polmonare
• setticemia
• viaggio, cacciatore, agricoltore, lavoro veterinario all’estero
Informazione relativa a casi di:
•
•
•
•
•
•
enterocolite
dissenteria
setticemia
sindrome emolitica-uraemica
affezione neurologica o stati confusionali
eruzione (che non impallidisce)
Devono essere segnalati al medico microbiologo anche i casi con identificazione preliminare o
confermata di febbre enterica, dissenteria ed enterocolite, in modo particolare se l’anamnesi del
paziente segnala:
•
•
•
•
recente viaggio all’estero
agricoltore (o visita in fattoria)
veterinario o lavoro in laboratorio
alcolismo, abuso di stupefacenti, immunodeficienza o altre condizioni gravi quale i tumori
Devono inoltre essere segnalati al medico microbiologo gli isolati con identificazione preliminare o
confermata di Enterobatteriaceae da casi d’intossicazione alimentare e da ricerche di situazioni
epidemiche.
Seguire i protocolli locali per la refertazione al clinico.
5.4
NOTIFICA ALL’HPA25,26
Dall’1 Ottobre 2010 i provvedimenti che riguardano i laboratori diagnostici diventano operativi. Le
Norme di Denuncia richiedono ai laboratori diagnostici di comunicare all’Health Protection Agency
(HPA) l’identificazione degli agenti causali elencati nella Scheda 2 della Direttiva. Le denuncie devono
pervenire per scritto, su carta o per via elettronica, entro sette giorni. I casi urgenti possono essere
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Revisione no: 3 Data di revisione 28.09.10 Emesso da: Standard Unit, Department for Evaluations, Standards and Training
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Questo MNS deve essere usato congiuntamente con gli altri MNS emessi dalla Health Protection Agency
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notificati il più presto possibile oralmente, si raccomanda entro 24 ore. Questi stessi devono essere
successivamente denunciati in forma scritta entro sette giorni. Secondo la Notification Regulations
2010 il laboratorio ricevente la notifica è l’ufficio locale dell’HPA. Se il caso è già stato notificato da un
professionista medico abilitato, al laboratorio diagnostico è ancora richiesta la denuncia del caso
qualora si riscontrino evidenze d’infezione imputabili ad agenti causali soggetti a tale disposizione.
La denuncia secondo la Direttiva dell’Health Protection (Notification) Regulations 2010 non sostituisce
l’informazione volontaria all’’HPA. La maggior parte dei laboratori NHS segnala spontaneamente
all’HPA gran parte delle diagnosi di laboratorio sostenute da agenti causali e molte sezioni dell’HPA
hanno definito accordi con i laboratori locali per segnalazioni urgenti di alcuni tipi d’infezione. Queste
iniziative devono continuare.
(Nota: La linea guida dell’Health Protection Legislation Guidance (2010) include la segnalazione per
HIV & STIs, HCAIs e CJD da includere nel ‘Notification Duties of Registered Medical Practitioners’, e
non nel ‘Notification Duties of Diagnostic Laboratories’).
In Scozia27 e Galles28 sono vigenti altre disposizioni.
Denunciare tutti gli isolati seguenti:
E. coli (identificazione preliminare [confermata localmente] di VTEC O157 e altri possibili ceppi di
VTEC)
Specie Salmonella
Specie Shigella
Yersinia pestis
Quando disponibili, i risultati di conferma e della tipizzazione devono essere inoltrati all’Health
Protection Unit il più celermente possibile per porre in atto appropriati interventi di protezione
sanitaria:
S. Typhi or S. Paratyphi
Specie Salmonella se si sospetta un’epidemia o in caso di alimentarista o di comunità chiusa quale
una casa di cura
Specie Shigella diverse da S. sonnei
S. sonnei se si sospetta un’epidemia o un caso in alimentarista o in comunità chiusa quale una casa di
cura
E. coli O157 con identificazione preliminare (confermata localmente) dal laboratorio diagnostico
Altre E. coli O157 produttrici di verocitotossina
Yersinia pestis
Quando disponibili, i risultati di conferma e della tipizzazione devono essere inoltrati all’Health
Protection Unit il più celermente possibile per porre in atto appropriate interventi di protezione
sanitaria.
5.6
GRUPPO CONTROLLO INFEZIONI
Informare il gruppo di controllo delle infezioni dI isolati sospetti e confermati di E. coli O157, specie
Yersinia, Salmonella e Shigella
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INFORMAZIONI
6.1
LABORATORIO DI RIFERIMENTO
Per informazioni sugli accertamenti disponibili, tempi di risposta, procedure di trasporto e altre,
riguardanti il laboratorio di riferimento, rivolgersi a: http://www.hpa.org.uk/cfi/reference_tests index.
htm
Laboratory of Enteric Pathogens
Centre for Infection
Health Protection Agency
61 Colindale Avenue
London
NW9 5HT
Contattare centralino principale del Centre for Infections: Tel. +44 (0) 20 8200 6173
7
RINGRAZIAMENTI E CONTATTI
Questo Metodo Nazionale Standard è stato sviluppato, revisionato e controllato dallo Standard
Methods Working Group for Bacteriology
(http://www.hpastandardmethods.org.uk/wg bacteriology.asp). Si ringraziano per i significativi contributi
il Dr Geraldine Smith del Centre for Infections, e il Dr David Tompkins dell’HPA Regional Microbiology
Network. Si ringraziano per la collaborazione i numerosi operatori dei laboratori di batteriologia e le
organizzazioni specialistiche che hanno fornito informazioni e commenti durante lo sviluppo di questo
documento, e il Redattore Medico per la revisione finale.
I Metodi Nazionali Standard Method sono emessi dalla Standards Unit, Department for Evaluations,
Standards and Training, Centre for Infections, Health Protection Agency London.
Per altre informazioni prendere contatti con:
Standards Unit
Evaluations and Standards Laboratory
Centre for Infections
Health Protection Agency
Colindale
London
NW9 5EQ
E-mail: [email protected]
Come da accordi intercorsi con l’Health Protection Agency, la presente traduzione è a cura del Dott.
Roberto Rescaldani, già Direttore del Laboratorio di Microbiologia e Virologia dell’Ospedale
Universitario San Gerardo dei Tintori di Monza.
E.mail: [email protected]
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BIBLIOGRAFIA
1. Department of Health NHS Executive: The Caldicott Committee. Report on the review of patientidentifiable information. London. December 1997.
2. Farmer JJ, III, Davis BR, Hickman-Brenner FW, McWhorter A, Huntley-Carter GP, Asbury MA, et
al. Biochemical identification of new species and biogroups of Enterobacteriaceae isolated from
clinical specimens. J Clin Microbiol 1985;21:46-76.
3. Hong Nhung P, Ohkusu K, Mishima N, Noda M, Monir Shah M, Sun X, et al. Phylogeny and
species identification of the family Enterobacteriaceae based on dnaJ sequences. Diagnostic
Microbiology and Infectious Disease 2007;58:153-61.
4. Winstanley TG, Limb DI, Wheat PF, Nicol CD. Multipoint identification of Enterobacteriaceae:
report of the British Society for Microbial Technology collaborative study. J Clin Pathol
1993;46:637-41.
5. Emmerson AM, Gillespie SH. Shigella . In: Emmerson AM, Hawkey PM, Gillespie SH, editors.
Principles and Practice of Clinical Bacteriology. Chichester: John Wiley & Sons; 1997. p. 389-98.
6. Peng J, Yang J, Jin Q. The molecular evolutionary history of Shigella spp. and enteroinvasive
Escherichia coli. Infection, Genetics and Evolution 2009;9:147-52.
7. Gray LD. Escherichia, Salmonella, Shigella and Yersinia. In: Murray PR, Baron EJ, Pfaller MA,
Tenover FC, Yolken RH, editors. Manual of Clinical Microbiology. 6th ed. Washington D.C.:
American Society for Microbiology; 1995. p. 450-6.
8. Holt JG, Krieg N R, Sneath P H A, Staley J T, Williams S T, editors. Bergey's Manual of
Determinative Bacteriology. 9th ed. Baltimore: Williams and Wilkins; 1994. p. 175-222
9. Stock I, Sherwood KJ, Wiedemann B. Antimicrobial susceptibility patterns, [beta]-lactamases, and
biochemical identification of Yokenella regensburgei strains. Diagnostic Microbiology and
Infectious Disease 2004;48:5-15.
10. Temesgen Z, Toal DR, Cockerill FR, III. Leclercia adecarboxylata infections: case report and
review. Clin Infect Dis 1997;25:79-81.
11. Chang CL, Jeong J, Shin JH, Lee EY, Son HC. Rahnella aquatilis sepsis in an immunocompetent
adult. J Clin Microbiol 1999;37:4161-2.
12. Advisory Committee on Dangerous Pathogens. 2004 Approved List of Biological Agents.
http://www.hse.gov.uk/pubns/misc208.pdf. p. 1-17.
13. Spina N, Zansky S, Dumas N, Kondracki S. Four laboratory-associated cases of infection with
Escherichia coli O157:H7. J Clin Microbiol 2005;43:2938-9.
14. Public Health Laboratory Service Standing Advisory Committee on Laboratory Safety. Safety
Precautions: Notes for Guidance. 4th ed. London: Public Health Laboratory Service (PHLS); 1993.
15. Control of Substances Hazardous to Health Regulations 2002. General COSHH. Approved Code
of Practice and Guidance, L5. Suffolk: HSE Books; 2002.
16. Health and Safety Executive. 5 steps to risk assessment: a step by step guide to a safer and
healthier workplace, IND (G) 163 (REVL). Suffolk: HSE Books; 2002.
IDENTIFICAZIONE DELLE ENTEROBATTERIACEAE
Revisione no: 3 Data di revisione 28.09.10 Emesso da: Standard Unit, Department for Evaluations, Standards and Training
15 di 16
Riferimento BSOP ID 16i1i3
Questo MNS deve essere usato congiuntamente con gli altri MNS emessi dalla Health Protection Agency
www.evaluations-standards.org.uk
Email: [email protected].
Pagina
17. Health and Safety Executive. A guide to risk assessment requirements: common provisions in
health and safety law, IND (G) 218 (L). Suffolk: HSE Books; 2002.
18. Health Services Advisory Committee. Safety in Health Service Laboratories. Safe working and the
prevention of infection in clinical laboratories and similar facilities. 2nd ed. Suffolk: HSE Books;
2003.
19. NHS Estates. Health Building Note 15. Facilities for pathology services. 2nd ed. London: The
Stationary Office; 2005.
20. BS EN 12469: 2000. Biotechnology - performance criteria for microbiological safety cabinets.
London: British Standards Institution (BSI); 2000.
21. BS 5726: 1992. Microbiological safety cabinets. Part 2. Recommendations for information to be
exchanged between purchaser, vendor and installer and recommendations for installation.
London: British Standards Institution (BSI); 1992.
22. BS 5726: 1992. Microbiological safety cabinets. Part 4. Recommendations for selection, use and
maintenance. London: British Standards Institution (BSI); 1992.
23. Advisory Committee on Dangerous Pathogens. The management, design and operation of
microbiological containment laboratories. Suffolk: HSE Books; 2001.
24. Burnens AP, Zbinden R, Kaempf L, Heinzer I, Nicolet J. A case of laboratory acquired infection
with Escherichia coli O157:H7. Zentralblatt fur Bakteriologie 1993;279:512-7.
25. Health Protection Agency. Laboratory Reporting to the Health Protection Agency: Guide for
Diagnostic Laboratories. 2008.
26. Department of Health. Health Protection Legislation (England) Guidance 2010.
http://www.dh.gov.uk/en/Publicationsandstatistics/Publications/PublicationsPolicyAndGuidance/D
H_114510. p. 1-112.
27. Scottish
Government.
Public
Health
(Scotland)
Act
2008.
http://www.scotland.gov.uk/Topics/Health/NHSScotland/publicact/Implementation/Timetable3333/Part2Guidance/Q/EditMode/on/ForceUpdate/on
.
28. The Welsh Assembly Government. Health Protection Legislation (Wales) Guidance 2010.
http://wales.gov.uk/topics/health/protection/communicabledisease/legislation/regulations/jsessioni
d=GysLMLLbvmnvTHVkVQTv8Hr6LQzLC8G7G4vpgFYpY99JhK2vJsKd!-1351106478?lang=en.
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