GNR Traffic Light™ PNA FISH
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GNR Traffic Light™ PNA FISH
Reagenti GNR Traffic Light PNA FISH comprende i seguenti componenti del kit: GNR Traffic Light™ PNA FISH® Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae e Pseudomonas aeruginosa Kit per identificazione da coltura C h KT011 X GN Fixation Solution Soluzione di fissaggio GN 3 ml di soluzione salina con detergente tamponata con fosfato. GNR Traffic Light PNA GNR Traffic Light PNA 1,5 ml di sonde PNA in soluzione di ibridazione. Contiene il 30% di formamide. 60x Wash Solution Soluzione di lavaggio 60x 50 ml di soluzione salina con detergente tamponata con Tris Mounting Medium Soluzione di montaggio 3 ml di inibitore fotosbiancante in glicerolo. 50 Precauzioni Uso previsto UE: per uso diagnostico in vitro. Il GNR Traffic Light PNA FISH è un esame qualitativo e multicolore basato sulla ibridazione dell’acido nucleico e che viene utilizzato per l’identificazione di Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae e Pseudomonas aeruginosa su vetrini per microscopia preparati da emocolture positive o da campioni di urina contenenti bastoncini (Gram negativi) osservati da colorazione di Gram o altre colorazioni microbiologiche. Esclusivamente per uso professionale da parte di personale addestrato nelle tecniche di laboratorio e con esperienza nella microscopia a fluorescenza. Precauzioni di sicurezza Il GNR Traffic Light PNA contiene il 30% di formamide. Può essere nocivo per i nascituri. Tenere lontano dalla portata dei bambini. Evitare l’esposizione - Richiedere istruzioni speciali prima dell’uso. La scheda tecnica di sicurezza è disponibile su richiesta. La formamide non è pericolosa una volta diluita nella soluzione di lavaggio e durante la fase di lavaggio. Il trasferimento a sottocoltura delle emocolture positive è necessario per il recupero degli organismi per i test di sensibilità e/o per la differenziazione di crescita mista. L’esame GNR Traffic Light PNA FISH è indicato per l’utilizzo come ausilio nella diagnosi di batteriemie da E. coli, K. pneumoniae e P. aeruginosa e di infezioni del tratto urinario. Stabilire le precauzioni contro i rischi biologici. Non mangiare, bere, fumare, usare cosmetici, conservare o preparare cibo nell’area di lavoro. UE: per uso diagnostico in vitro. Smaltire i reagenti in conformità alle normative nazionali, regionali e locali. Riepilogo e spiegazione Precauzioni tecniche I reagenti non devono essere utilizzati dopo le date di scadenza riportate sulle etichette. E. coli, K. pneumoniae e P. aeruginosa sono riconosciute come le cause di batteriemie e infezioni del tratto urinario (IVU) acquisite sia in ambito comunitario sia nosocomiale. I reagenti sono forniti in concentrazioni fisse. L’alterazione o la conservazione dei reagenti in modo non conforme alle condizioni raccomandate (descritte in “Conservazione dei componenti del kit”) può influire sul rendimento dell’esame. L’identificazione di E. coli, K. pneumoniae e P. aeruginosa si basa solitamente sull’identificazione presuntiva di bastoncini Gram negativi seguita da un’identificazione finale dopo sottocoltura e analisi biochimica (1). Evitare la contaminazione microbiologica dei reagenti. Il GNR Traffic Light PNA FISH è un metodo di ibridizzazione a fluorescenza in situ (FISH, Fluorescence In Situ Hybridization) multicolore che utilizza sonde a PNA che vanno a ibridarsi con le corrispondenti sequenze di RNA ribosomiale di E. coli, K. pneumoniae e P. aeruginosa. Il test consente di identificare rapidamente E. coli, K. pneumoniae e P. aeruginosa su vetrini per microscopia preparati da emocolture positive e da campioni di urina. Evitare la contaminazione crociata dei campioni e dei reagenti, in quanto questo potrebbe causare risultati erronei. Non lasciare che la punta del flacone contagocce tocchi la superficie del vetrino, in quanto ciò potrebbe provocare la contaminazione crociata del materiale tra i vetrini o la contaminazione del reagente. Non usare filtri diversi dal filtro a doppia banda (AC003). Principio della procedura Non usare vetrini per microscopia diversi da quelli raccomandati (AC001). Una miscela di sonde a PNA specifiche per E. coli marcate con fluoresceina, sonde a PNA specifiche per K. pneumoniae marcate con fluoresceina e tetrametilrodamina e sonde a PNA specifiche per P. aeruginosa marcate con Texas Red, viene aggiunta a un vetrino per microscopia preparato da una coltura. L’ibridazione viene effettuata a 55°C per 30 min. L’ibridazione è seguita da un lavaggio di postibridazione in acqua a 55°C per la rimozione dei coprioggetti, seguito a sua volta da un lavaggio in soluzione di lavaggio a 55°C per 30 minuti. Infine al vetrino viene aggiunta la soluzione di montaggio e viene quindi esaminato mediante microscopia a fluorescenza. È importante che il microscopio funzioni correttamente. Assicurarsi che la lampadina del microscopio sia regolata correttamente e che non abbia un tempo operativo superiore a quello raccomandato dalla casa costruttrice. Conservazione e preparazione dei componenti del kit Per garantire una prestazione ottimale del kit è importante che i componenti siano conservati e preparati secondo le istruzioni seguenti: 1 Conservazione Conservare i componenti del kit a 2-8°C. Portare i componenti del kit a temperatura ambiente prima di usarli e riportarli a 2-8°C dopo l’uso. Imbuti cytospin e citocentrifuga (solo per i campioni di urina). Procedura d’esame Tutte le fasi avvengono a temperatura ambiente, se non diversamente indicato. Preparazione del lavaggio in acqua Mettere 200 ml di acqua distillata o deionizzata nella vaschetta di colorazione e iniziare il riscaldamento a bagnomaria a 55°C. Prima di iniziare la procedura d’esame, preparare la soluzione di lavaggio alla concentrazione richiesta nella vaschetta di colorazione, aggiungere il coperchio e iniziare il preriscaldamento a bagnomaria (55 ± 1°C). Non riutilizzare la soluzione di lavaggio, ma prepararne una nuova alla concentrazione richiesta per ogni ciclo. In una seconda vaschetta di colorazione coperta posizionare 200 ml di acqua e preriscaldare allo stesso modo. Per la dimensione della vaschetta di colorazione e il volume della soluzione di lavaggio, consultare le note procedurali. Preparazione della soluzione di lavaggio Preparare la soluzione di lavaggio alla concentrazione richiesta, aggiungendo 4 ml di soluzione di lavaggio 60x, seguiti da 240 ml di acqua fresca deionizzata o distillata direttamente nella vaschetta di colorazione. Preparare una nuova soluzione di lavaggio alla concentrazione richiesta per ogni sessione. Conservare il concentrato rimanente a 2-8°C. Preparazione della soluzione di montaggio La soluzione di montaggio dovrebbe essere lasciata a temperatura ambiente per almeno 5 min. prima dell’uso. Ibridazione Raccolta e preparazione dei campioni Aggiungere il coprioggetto. Evitare le bolle d’aria. Aggiungere una goccia di GNR Traffic Light PNA al pozzetto sul vetrino per microscopia. Incubare per 30 ± 5 min. a 55 ± 1°C. Preparazione dei vetrini da emocoltura Lavaggio in acqua calda Collocare una goccia di soluzione di fissaggio GN in un pozzetto sul vetrino da microscopia. Trasferire i vetrini nell’apposito cestello Trasferire 10 µl o una piccola goccia da un ago di ventilazione di coltura alla soluzione di fissaggio GN e miscelare delicatamente per emulsionare. Immergere il cestello dei vetrini nell’acqua preriscaldata a 55°C per ≤ 1 min. e rimuovere il coprioggetti con attenzione. Spesso i coprioggetti scivolano via agitando delicatamente il vetrino nella soluzione di lavaggio. Talvolta i coprioggetti devono essere rimossi con le pinze. Fissare i vetrini riscaldandoli per 20 min. a 55-80°C o lasciandoli asciugare e fissarli mediante metanolo o fiamma. Lavaggio a stringenza controllata Preparazione dei vetrini da urina Trasferire i vetrini dal cestello alla soluzione di lavaggio preriscaldata a 55°C. Aggiungere 250 μl di urina estemporanea (<24 ore) nell’imbuto della centrifuga cytospin collegato al vetrino per microscopia. Incubare per 30 ± 5 min. a 55 ± 1°C. Citocentrifugare a 2.000 giri/min. per 5 min. (circa 450 g). Lasciare asciugare il vetrino all’aria. Aggiungere una goccia di soluzione di fissaggio. Montaggio Fissare i vetrini riscaldandoli per 20 min. a 55-80°C. Aggiungere una goccia di soluzione di montaggio al vetrino. Procedura del test Aggiungere il coprioggetto. Evitare le bolle d’aria. Esaminare il vetrino entro 2 ore, come descritto di seguito. Materiale fornito GNR Traffic Light™ PNA FISH® Non esporre i vetrini alla luce solare diretta o ad altre sorgenti di luce, in quanto ciò può provocare l’indebolimento della fluorescenza. KT011 Ogni kit contiene materiale sufficiente per 50 test. I reagenti sono forniti pronti per l’uso, tranne dove espressamente indicato diversamente. La data di scadenza del kit è indicata sull’etichetta della scatola esterna. Controllo della qualità Il materiale di controllo deve essere testato secondo le linee guida o i requisiti delle normative locali, regionali e/o nazionali o delle organizzazioni accreditate, inclusi i controlli cresciuti in mezzi liquidi. Materiale necessario e disponibile da AdvanDx Microscope Slides Vetrini per microscopio a 1 pozzetto AC001 Coverslips Coprioggetti, 22 x 22 mm, spessore: 0,15 mm AC002 Dual Band Filter Filtro a doppia banda AC003 Staining Dish AC004 Vaschetta di colorazione con coperchio e supporto per vetrino PNA FISH Workstation Il controllo della qualità per testare la fluorescenza deve essere eseguito a ogni test. I risultati del CdQ dovrebbero consentire il monitoraggio delle condizioni di test adeguate, specialmente per quanto riguarda la stringenza dell’ibridazione e la penetrazione della parete cellulare, poiché la metodologia PNA è concepita per ottimizzare la penetrazione nella parete cellulare più facilmente. Piastra riscaldante per vetrini (55 ± 1°C) AC005 Water Bath Bagnomaria (55 ± 1°C). AC006 GNR Traffic Control Slide Vetrino di controllo GNR Traffic Light CS011 Utilizzare il vetrino di controllo AdvanDx GNR Traffic (CS011) oppure preparare dei vetrini da colture liquide di laboratorio o da ceppi di riferimento di E. coli, K. pneumoniae e P. aeruginosa, come controllo positivo su vetrini separati oppure mescolati su un solo vetrino, e Klebsiella oxytoca come controllo negativo, come già descritto alla voce “Raccolta e preparazione dei campioni”. I vetrini possono essere conservati fino a 1 mese a temperatura ambiente. Non esporre i vetrini a elevata umidità in quanto ciò causerebbe la formazione di cristalli, cosa che comporta una ridotta durata di conservazione dei vetrini preparati per il controllo qualità o conservati in condizioni essiccate. Contiene un controllo positivo preparato da coltura liquida a base di E. coli ATCC n. 35218, K. pneumoniae ATCC n. 13882 e P. aeruginosa ATCC n. 10145 e un controllo negativo preparato da coltura liquida a base di K. oxytoca ATCC n. 43086. Materiale necessario ma non fornito Acqua, deionizzata o distillata. E. coli deve apparire in verde, P. aeruginosa deve apparire in rosso e K. pneumoniae deve apparire in giallo, come delineato nell’interpretazione dei risultati indicata qui di seguito. Microscopio a fluorescenza con obiettivo in olio da 60x o 100x. Olio per immersione. Deve essere conforme all’obiettivo del microscopio e non fluorescente. 2 Note procedurali Preparazione dei vetrini Si raccomanda di usare lo stesso tipo di fissaggio (calore, metanolo o fiamma) utilizzato per la colorazione di Gram. Limitazioni Controllo della temperatura È importante che la temperatura della piastra riscaldante (incubatore) per vetrino abbia raggiunto i 55°C prima di iniziare l'ibridazione e che la soluzione di lavaggio abbia raggiunto i 55°C prima dell'immersione dei vetrini. La temperatura deve essere controllata con un termometro, in quanto le letture esterne della temperatura potrebbero non essere accurate. I risultati rossi falsi positivi possono verificarsi con Brevundimonas diminuta, Herbaspirillum huttiense, e Acinetobacter radioresistens. I risultati verdi falsi positivi possono verificarsi con Shigella spp., Escherichia albertii e Escherichia fergusonii a causa dello somiglianza di sequenza. I risultati gialli positivi possono verificarsi con Escherichia vulneris. Test in parallelo mediante test PNA FISH differenti. I kit PNA FISH sono concepiti per il test in parallelo. La soluzione di lavaggio 60x e il mezzo di montaggio sono identici e possono essere scambiati tra loro tra un test e l’altro. Si raccomanda di utilizzare vaschette di colorazione separate con la soluzione di lavaggio preriscaldata per ciascun test. Il tipo e la condizione della strumentazione usata influenzeranno l’aspetto visivo dell’immagine ottenuta. La fluorescenza può variare in base al tipo di microscopio impiegato, alla sorgente luminosa e al livello di rRNA nelle cellule. Ogni laboratorio deve stabilire i propri criteri per la lettura dei risultati, adottando controlli adeguati. La soluzione di fissaggio GN è progettata per prestazioni ottimali nell’individuazione di batteri Gram negativi e non deve pertanto essere scambiata con altre soluzioni di fissaggio provenienti da altri test PNA FISH per batteri e lieviti Gram positivi. L’autofluorescenza verde falsa positiva può verificarsi in caso di uso di un filtro FITC al posto del filtro a doppia banda. I risultati falsi negativi possono verificarsi più raramente a causa di crescita mista o per un errore nella tecnica d’esame. Interpretazione dei risultati Esaminare i vetrini con un microscopio a fluorescenza. Il vetrino appare generalmente rossastro. E. coli viene identificato come bastoncini multipli di colore verde vivo fluorescente in campi visivi multipli, P. ferruginosa viene identificato come bastoncini multipli di colore rosso vivo fluorescente in campi visivi multipli e K. pneumoniae è identificato come bastoncini multipli di colore giallo vivo fluorescente in campi visivi multipli. Gli organismi non-E. coli, K. pneumoniae, e P. aeruginosa non appaiono fluorescenti. L’isolamento su mezzi solidi è necessario per differenziare la crescita mista con altri organismi. Il prodotto non è stato validato con campioni diversi dalle emocolture e dai campioni di urina estemporanea (< 24 ore). Risultati previsti Il tasso di risultati previsti combinati per E. coli, K. pneumoniae, e P. aeruginosa da flaconi di emocoltura positivi ai bastoncini Gram negativi è di circa il 37%, 18% e 13% rispettivamente, ma può variare a seconda dell’istituto e della popolazione di pazienti (2). In studi clinici, il tasso di risultati positivi per E. coli, K. pneumoniae, e P. aeruginosa da bastoncini (Gram negativi) proveniente da campioni d’urina è stata del 62%, 19% e 19% rispettivamente. Caratteristiche prestazionali Studi clinici Le prestazioni di GNR Traffic Light PNA FISH sono state validate in un totale di 358 normali flaconi da emocoltura positiva GNR provenienti dalle nostre cliniche negli Stati Uniti. Gli studi hanno mostrato il 100% di sensibilità (135/135) per E. coli, , il 98,7% di sensibilità (77/78) per K. pneumoniae e il 94,4% di sensibilità (34/36) per P. aeruginosa. La specificità è stata del 97,5% (115/118) per flaconi di emocoltura GNR positivi. Esempi rappresentativi dei risultati del test con E. coli in verde (in alto a sinistra), K. pneumoniae in giallo (in alto al centro), P. aeruginosa in rosso (in alto a destra), di un insieme di E. coli in verde, K. Pneumoniae in giallo e P. aeruginosa in rosso (in basso a sinistra) e di risultati negativi (in basso al centro). Studio Risoluzione dei problemi Risultati falsi positivi del controllo e del campione possono verificarsi in assenza del filtro a doppia banda (AC003) o in caso di contaminazione dei campioni. L’autofluorescenza falsa positiva può verificarsi in caso di uso di un filtro standard al posto del filtro a doppia banda. Sensibilità Sensibilità Sensibilità Sistema di E. coli K. pneumoniae P. aeruginosa Specificità emocoltura A 35/35 17/17 7/93 35/374 BACTEC B 31/31 30/30 11/11 36/36 BacT/ALERT C 48/48 28/28 8/8 29/305 BACTEC 1 2 D 21/21 2/3 8/8 15/15 VersaTREK Totale 100% (135/135) 95% CI (97,8-100) 98,7% (77/78) 95% CI (93,1-100) 94,4% (34/36) 95% CI (81,3-99,3) 97,5% (115/118) 95% CI (92,8-99,5) N=367 1. 2. 3. 4. Include 4 campioni addizionati con isolati clinici di P. aeruginosa. Un falso negativo per K. pneumoniae in una coltura mista di E. coli e K. pneumoniae. Entrambi i falsi negativi sono stati osservati in colture miste di P. aeruginosa e K. pneumoniae. Un falso positivo verde E. cloacae (negativo in seguito alla riesame) e un falso positivo rosso A. baumannii. 5. Un falso positivo rosso Acinetobacter radioresistens in coltura mista con E. faecalis Risultati falsi negativi del controllo e del campione possono verificarsi in assenza dei vetrini per microscopia AdvanDx (AC001) o se la temperatura non è controllata accuratamente durante l’ibridazione e il lavaggio. I risultati falsi negativi possono verificarsi più raramente e sono dovuti a crescita mista o a un errore nella tecnica d’esame. Le prestazioni di GNR Traffic Light PNA FISH sull’urina sono state descritte in due studi e riassunte di seguito, con i risultati del PNA FISH confrontati con i risultati ottenuti dalla sottocoltura e dalla successiva identificazione tramite agar standard e piastre di agar sangue, in concomitanza con API, Vitek 2 o con i sistemi di identificazione MicroScan. Consultare le sezioni “Precauzioni” e “Limitazioni” nel foglietto illustrativo o rivolgersi ad AdvanDx. 3 Studio Sensibilità Specificità Sensibilità Sensibilità E. coli K. pneumoniae P. aeruginosa E 93,3% (14/15) 100% (3/3) F 100% (11/11) Totale 96,2% (25/26) 100% (5/5) (0/0) 100% (8/8) 100% (4/4) (0/0) 100% (8/8) 100% (8/8) 100% (4/4) Metodo di screening dell’urina Bibliografia 1. Baron, E.J. 1998. Processing and interpretation of blood cultures, chap. 2.3. In: H.D. Isenberg (Ed.) Essential procedures for clinical microbiology, ASM Press, Washington DC. Colorazione di Gram Esame a fresco 2. Karlowsky, J. A., M. E. Jone, D. C. Draghi, C. Thornsberry, D. F. Sahm, and G. A. Volturo. 2004. Prevalence and antimicrobial susceptibilities of bacteria isolated from blood cultures of hospitalized patients in the United States in 2002. Ann. of Clin. Microbiol. and Antimicrob. 3:7. Sensibilità analitica Il limite di rilevamento per E. coli, K. pneumoniae e P. aeruginosa è risultato corrispondere approssimativamente a 105 unità formanti colonie per ml tramite le diluizioni seriali di colture positive. Ciò è coerente con la sensibilità analitica delle tecniche di colorazione basate su vetrini. Definizioni h i X M P H g l Specificità analitica Il GNR Traffic Light PNA FISH è stato utilizzato per testare un totale di 138 microrganismi compresi 119 ceppi Gram negativi, 13 organismi Gram positivi e 6 lieviti. Tutti (19/19) i ceppi di E. coli sono risultati verdi positivi, (15/15) K. pneumoniae sono risultati gialli positivi, (20/20) P. aeruginosa sono risultati rossi positivi e altri 56 bastoncini Gram negativi sono risultati negativi. Tre Shigella spp. (sierogruppo A, B e D), un Escherichia albertii e un Escherichia fergusonii hanno avuto una reazione crociata a creare un segnale verde. Un Brevundimonas diminuta, un Herbaspirillum huttiense e un Acinetobacter radioresistens hanno avuto una reazione crociata a creare un segnale rosso. Un Escherichia vulneris ha avuto una reazione crociata a creare un segnale giallo. Il GNR Traffic Light PNA FISH è stato inoltre testato su 13 ceppi di batteri Gram positivi e su 6 specie di lieviti, ognuno dei quali ha dato risultati negativi. Riproducibilità Sul GNR Traffic Light PNA FISH è stato analizzato un pannello di 19 ceppi su 14 vetrini in triplicato in tre giorni separati in tre diverse cliniche. Sommario dei risultati di riproducibilità per sito nei 3 giorni Sito 1 Concordanza in positivo sul verde Concordanza in positivo sul rosso Concordanza in positivo sul giallo Concordanza in negativo Concordanza sul totale Controllo positivo/negativo Sito 2 Sito 3 45/45 45/45 1 43/45 45/45 45/45 45/45 45/45 45/45 45/45 36/36 2 36/36 171/171 171/171 (100%) (100%) 9/9 9/9 33/36 Concordanza sul totale 133/135 (98,5%) 135/135 (100%) 135/135 (100%) 98,7% (77/78) 166/171 (97,1) 508/513 (99,0%) 9/9 27/27 Codice prodotto/numero di catalogo Consultare le istruzioni per l’uso Contenuto sufficiente per <n> test Produttore Rappresentante autorizzato Usare entro Codice lotto Limiti della temperatura di conservazione Consulenza tecnica e assistenza clienti Per qualsiasi richiesta contattare AdvanDx o il proprio distributore locale: Neomed s.r.l. – Via G. Di Vittorio, 2/a – 20017 Mazzo di Rho (Milano) – Italia Tel. 02 93900652 – Fax 02 93900968 e-mail : [email protected] 1. Un E. coli ha dato un falso colore rosso e uno ha dato un falso colore giallo 2. Un vetrino negativo ha prodotto risultati falsi verdi, rossi e gialli M P Sommario dei risultati di riproducibilità per giorno nei 3 siti AdvanDx, Inc. 400 TradeCenter Woburn, MA 01801 USA AdvanDx A/S Bygstubben 11 2950 Vedbæk Danimarca Tel.: Fax: Tel.: Fax: Giorno 1Giorno 2 Giorno 3 Concordanza in positivo sul verde Concordanza in positivo sul rosso Concordanza in positivo sul giallo Concordanza in negativo Concordanza sul totale Concordanza in positivo/negativo 45/45 45/45 43/451 45/45 45/45 45/45 45/45 45/45 45/45 36/36 36/36 33/362 171/171 171/171 (100%) (100%) 9/9 9/9 Concordanza sul totale 133/135 (98,5%) 135/135 (100%) 135/135 (100%) 98,7% (77/78) 166/171 (97,1%) 508/513 (99,0%) 9/9 27/27 +1 781 376 0009 +1 781 376 0111 +45 45 16 07 99 +45 45 16 07 98 [email protected] www.PNA-FISH.com Prodotto su licenza di Boston Probes, Inc. Il prodotto non deve essere usato per citochimica umana basata su vetrini, citogenetica oncologica basata su ISH e citometria a flusso. 14 October 2011 PN2013A L’acquisto di questo kit consente l’utilizzo dello stesso su licenza ai sensi dei seguenti numeri di brevetto: US 5,985,563; US 5,888,733; US 6,395,474; US 6,357,163; US 5,539,082; US 7,223,833; EP 862,650; EP 804,456 1. Un E. coli ha dato un falso colore rosso e uno ha dato un falso colore giallo 2. Un vetrino negativo ha prodotto risultati falsi verdi, rossi e gialli 4