bd-t-n`tx`ur` - Dipartimento di Scienze Biochimiche

'IAI FTNI DELLA
PI]BBLICAZIONEII
Curriculum Vitae di Paolo Sirabella
DATI PERSONALI
Luogo e
data
di
Roma,5 Maggio 1963
nescita
STUDI UNTYERSITARI
Laurea
degli Studi di Roma
Laurea in Fisica nel Luglio I 99 I , con la votazione di I I 0/ I I 0, presso lUniversità
percettivi: una
sistemi
e
"La Sapienza" discutenio una tesi sperimentale dal titolo "Reti neuronali
del
Applicata
di
Elettronica
lsa,lizcaziooaa multiprocessore", pieparata presso il Laboratorio
Bonori.
Maurizio
Dipartimento di Fisiia sotto la supervisione del hof.
Argomento della Tesi di Laurea:
plausibile
A. Approfondimento teorico di un modello neuronale adauto-oryanizzazione biologicamente
inerenti
ruiloppo di diversi esperimenti di simulaziong particolarmente :nrfutzxatnaproblematiche
linguaggio
del
"oo
il riconoscimento e classiiicazione automatici di dati complessi (nel caso specifico,
parlato);
processori di
B. progettazi one ercalizzznonehardware di un sistema multiprocessore (basato su
(in
gestione
di
firmware
e
del
parallela
mgdularg
,egnafaigitali DSps 56001) ad architettura
generico
modello
un
di
elettronica
permètprelarealinaz.ione
ASSEMBLER e ad alto livello; tali da
:
neuronale.
Perfezionamento
l99tly2
perfezionamento in "Metodi per l'Analisi di Segnati ed Immagini Biomediche" delf Università di
gruni, fac. di Ingegneria),
,,La Sapienza"
tesi sperimentale dal
Roma
@irettoic prof. Carlo
90" ryl
degli
parallelizzazione
progetto
di
titolo ',Applic-azioni biomediohe di sistemi connessionisti: un
algoritmi".
Dottorato di Rlcerca
l992ql-1994195
presso
Ilottorato di Ricerca in Biochimica (Coordinatore: Prof. Maurizio Brunod Fac. di Medicina),
nel
il Dipartimento di Scienze Biochimiche dellUniversità di Roma "La Sapienza"' Ha golseguito,
e
Dicembre 1996, il titolo di Dottore di Ricerca in Biochimica discutendo una Tesi dal titolo "Codifica
classificazione delle struttwe proteiche", sotto la supervisione del Prof. Alfredo Colosimo.
Argomento della Tesi di Dottorato:
di
A. Criteri di codifica delle struttgre primarie di proteine atti ad ottenere, con I'utilizzo sia di algoritnni
primarie
dipendente
stnrttue
delle
classificazione
una
multivariata
iipo conne.sionista che di analisi
anche da caratt€ristiche tridimensionali.
B. Codifica delle sequenze aminoacidiche attraverso una sequenza numerica (profilo) tale da conservare
struttura primaria.
e rendere più diremàente utilizzabile I'infonnazione fisico-chimica associata alla
pa la
notmalinate
previamente
Ciò ha consentito di sottoporre un insieme di strutture primarie,
ai classici
(Procust's
Algorithm,tBa),
Bed
lunghezza atuaverso rm metodo appositamente sviluppato
Map
(Self
Organizing
oggettivi
completamente
uigo*tri di classificazione non supervisionati, owero
Algorithms, SOMA).
(Onion's Peel
C. Validazione dei risultati ottenuti per mezzo di un criterio di codifica e classificazione
sviluppato.
Algorithm, OPA), appositamente
Cunicuhm Vitacdi Paolo Sirabella
aggiornato al
A7nl2.0l4
bd-t-n'tx'ur'
Descrizione sommativa delle competenze scientifico-tecnologiche acquisite
L'eterogeneita dei segmentl di ricerca affiontati é in realta caratteruzatadal comune denominatore della
applicùione delle teiniche dell'analisi statistica multivariata e degli algoritmi connessionisti nei
pi.iUf"-i di analisi e codifica di informazioni complesse. L'approccio, fino ad ora indirizzato verso il
se6ore della ric€rca di base in biofisica e in biochimica, é cosl generale da poter essere applicato con
allo
successo anche in contesti assolutamente differenti: dall'analisi delle serie temporali in economi4
multimodali
interazioni
delle
produttivi,
alla
elaborazione
processi
dei
ottimizzazione
della
studio
uomo-macchina, alla caratteriuuorn" e classificazione di informazioni complesse di qualsiasi tipo,
purché codificabili. Il settore che più si awicina a quello di competenza é quello dell' Information
Technologt e delt Electronic Data Processing(cDNA e
Recentementemente (dall'inizio del2003) ha tra i suoi interessi anche l'analisi di microarray
proteine.
di
2-dimensionali
di
GEL
e
analisi
oligonucleotidi) con diversi approcci statistici,
E inoltre uutorÉ di un algoritnrà per I'analisi di immaghi (Analisi Bidimensionale delle Riconenze) e
coautore di un'applicazià'n" p"r ttnatisi di segnali fMRI, entrambi oggetto di brevetto internazionale
presso il Rush Medical College di Chicagq USA.
E§PERIENZE ALLI ESTERO:
r
o
Nel corso della preparazione della Tesi di Dottorato ha frequentato il Laboratorio di Biofisica del Prof'
H.G. Hollz1tter presso I'Istituto di Biochimica dell' Università Humboldt di Berlino, impratichendosi
sugli algorimi di predizione della struttura ternuiadelle proteine con metodi ab initio,basati sulla
minimizzazio'ne della funzione eneryia.
A seguito di una proposta 6i sssrmzione presso il laboratorio EBI-EMBL di Hinxton (Cambridge) in
quaÈta di daubàe ittrator,ha approfondito le metodologie di gestione delle banche dan cenAalizzate
di sfutture proteiche.
ATTIVITA' DIDATTICO.FORMATIVA:
e
e
A partire dall'anno accademico lgg4llggs fino al 2O07DO08,ha tenuto annualmente diversi seminari
neil'a*bito dei Corsi di Dottorato in Biochimica e in Biofisica (presso i Dipartimenti di Scienze
Biochimiche, Chimica e Fisica dellUniversita di Roma "La Sapienza") e del "Col§o di Perfezionamento
in Metodi per I'Analisi di §egrrali ed Immagini Biomediche" presso il Centro Interdipartimentale di
Ricerca per I'Analisi Aei Uodetli e dell'Informazione nei Sistemi Biomedici - CI§B dellUniversità di
Roma "La SaPienza".
Dall'Ottobre l99l allafine del 1998, e dal Settembre 2000 a Giugroà}O7, compatibilmente con gli
impegni del Corso di Do6orato e con I'attività di ricerca svolta in sede universitaria, ha insegnato
Uàtetatica Fisica e Infonnatica nelle Scuole Medie §uperiori romane con contratti a tompo
o
e
determinato.
Dal Luglio 2007 è docente in nrolo di Matematica e Fisica presso il Liceo Scientifico Statale Talete.
Dall'anno accademico 2OO2]O3 svolge attivita didattica per I'insegnamento della Statistica nellambito
del Master in Bioinformatica presso lUniversita di Roma "La Sapienza".
ALTRE COMPETENZE ED E§PERIENZE CARATTERIZZAIITI:
o
r
r
o
o
Nel corso dell'attiviÈ di ricerca ha acquisito, tra I'altro, una notevole esperrcnza (cumulata in più di
dieci anni di utilizzo intensivo) nell'efficace gestione di tutte le risorse disponibili su rete Internet per
I'Information Retrieval e, nel caso specifico, utili allo studio della struttura delle proteine.
Al tempo stesso, ha raggiunto una solida esperienza nella gestione e amministrazione di sistemi di
calcolo e networking in diversi arnbienti (Windows 9X|NITD(P, MacOS, Unix, Linux, MSDOS).
E profondo conoscitore degli strumenti fondamentali del Desktop Publishing e_del-Web Publishing,
coit come della programmazione in diversi lingpaggi (C, C+r, Fortran, Visual Basic, Pascal, LaTeX,
HTML, Jav4 lavasiript, Awk, Perf CGI, ASP, MÉQL) e ambienti di analisi statistica e matematica
(Statistica-StatSoft,ldatlab, R, Mathematica, SPSS, Systa! ADE, MuPAD, UniSTAT)
Ha approfondito la conoscenza e I'utilizzo dei diversi software di amalisi dei microarrays di cDNA e
oligonucleotidi (MAS 5, dChip, SAM, PAM, Bioconductor, MAExplorer, TIGRMAE-TMeV) sianello
standard A$metrix che in quello a doppia fluorescenza.
Ha approfondito la sua competenza nella realizzazione e amministrazione di siti web finalizzati, nel
o, alla distribuzione di documentazione scientifica in tempo reale e alla gestione di basi di
"a.oip""it
dati. Attualmente svolge funzioni di webmaster del Centro Interdipartimentale di Ricerca per I'Analisi
Cuniculum Vitae di Paolo Sirabella
aggiomato al
07nln0l4
n-tXuu$\
Sapienza"
dei Modelli e dell'Inform azionenei Sistemi Biomedici dell'Universita di Roma "La
(http://w3.uniromal .iUCISB).
di vario
e pacchetti software di pubbtico dominio per I'anatisi di dati
E *t"r. di
tipo (struttme proteiche, serie temporali, matrici).
College di Chìcago,
Ei contitolare ài un brevetto intemazionale. depositato a cura del Rush Medical
(biomediche'
immagini
detle
campo
nel
di ricorrenze
ÙSÀ, p"r l'utilizzo d.ll'rrrtiti qr*tit
mapetica
risonanza
della
per
mezzo
cerebrale
sateiliàri, ..) e nel .u.po detlo studio deltattivita
(fMN).
tunzionale
r"*r*ri prffi*i
ti*
BOR§E DISTIJDIO E PREMI:
o
r
o
r
di sistemi
Fremio ENEA per larealizzazione della tesi dal titolo "Applicazioni biomediche
del Corso di
nell'ambito
svolta
atgorimi
",
prog"tto
diparrallelirzaziorcdegli
connessionistir'*
(1992].
perfezionamento a rraitoOi prr feodi*i di Segnati ed Immagini Biomediche
delle proteine"
Borsa di studio per la partecipazione atla Scuola Nazionale di Biofisica "Struttura
(1994).
Trento
tenutasi a Bressànone'" orgÀirrutudallUniversita degli Studi di
Method:.ilMolecular
Borsa di studio per la partJcipazione al corso "Bioinformatics: Computer
periodo
di ricerca svolto alla
il
con
Biology,,, (ICGÈ3, Tàeste), non ùtiltzzataper la contemporaneita
Università Humboldt di Berlino. (1995)
di Biofisica (II'PAB
Borsa di studio per lapafiecipazrone al-X[ congresso della società internazionale
suo lavoro di
del
gli
risultati
presentato
ultimi
ha
96), svoltosi ad Amstfoam nell'Agosto 96, dové
(1996)
Biochimica.
in
ricirca a conclusione del corso di Dottorato
PARTECIPAZIONE A COIIVEGIIII E §EMINARI:
o
.
r
o
r
r
o
,College onNeurophyisics : Object Recogrrition by Man and Machine", Trie§te, International Centre of
Theoretical PhYsics, Marzo 1992.
,,3io Congr. Naz. Societa ltaliana di Biochimica", Perugia, Univ. di Perugia, Settembre 1992 (Poster)
1993. (Poster)
,'go
Congresso Nazionale PROTEINE 93", Pann4 Univ. di Parma, Maggio
,,pVM: parallel Virtual Machine", Roma, CASPUR-Univ. di Roma "La Sapienza", Luglio 1993
Biolory", Erice (TP),
International School of Mathematics, lTth Course: "Statitical Tools in Human
Ettore Majorana Centre for Scientific Culture, Settembre 1993. (Posteo
,,Elaborazione di dati biomedici", Roma, Universita di Roma "La Sapienza", Centrolnterdipartimentale
- CISB - Università di
di Ricercaper I'Analisi dei Modelti e deil'tnformazione nei Sistemi Biomedici
Roma "La Sapienza", MaurZI 1994. (Poster)
delle proteine",
scuolaNazionale di Biofisica Bressanone - Università degli Studi di Trento, "struttura
o
o
o
r
o
r
Otùobre 1994
,,Elaborazione di dati biomedici", Roma, Università di Roma "La Sapienza", Centro Interdipartimenlale
- Universita di
di Ricerca per lAnalisi dei Modelli e deil'Informazione nei Sistemi Éiomedici - CISB
Roma "La Sapienza", Aprile 1996 . (Relazione Orale)
Agosto 1996'
XIIth Intern. nioptrysics Congress IUPAB 96, Amsterdam, The Netherlands, 11-16
(Poster)
Studi' 8XIII Congresso della Societa di Biofisica Pura e Applicata (SIBPA), Padova, Universi0 degli
12 Settembre 1996. (Poster)
in
IV International Congress ofthe Society of Mathematical Biolory, "Theory-99^NgthSmatics
orale)
(Relazione
1999.
Luglio
3
29
GiugrroBiology and Medicirie, Amsterdam, thl Netherlands,
Acta Éiophysica Romana 2000, Università di Roma "Tor Vergata". (Relazione orale)
ruolo della bellezza
Ha inoltre svolto, su incarico del MUSIS, una lezione monografica sul tema 'It
nell'Aprile 1995
svoltesi
Scienza"
e
Conferenzè
"Arte
nella scooerta scientifica" nell'ambito def ciclo di
stati pubblicati
sono
Conferenze
di
tali
atti
Gli
Romain Campidoglio,
@ca
a cura del MUSIS e del Ministero dell'Universita e della Ricerca Scientifica.
PUBBLICAZTOM
Pubblicazioni come editor
1.
del 'Third lnternational
Medical Data analvsis - Lecture Notes in Computer Science 2526 ' Proceedings
Cuniculum Vitae di Paolo Sirabella
asgiomdoal 07l0ln0l4
P.
Symposium - ISMDA 2002 - Roma October 2002", Springer. Editors: A.Colosimo, A. Giuliani,
Sirabella
Articoli
su riviste soggett€ a referee:
A. Colosimo, P. Sirabella - "Novel approaches to the prediction of higher struchnes in proteins", Ital.
1.
J. Biochem.,
42,l,lan-Feb
1993.
(1996)
A. Giuliani, A.M. Mancini, O. Ghirardi, M.T. Rarracci, T. Voroninq P. Sirabella, A. Colosimo
- ,,Micro- and macrostruchre of leaming in active avoidance: a quantitative approach.", Neurobiology
2.
of Learning andMemory 65, p. 82-90' EDF)
p. Sirabella, A. Colosimo (1999) - 'Coding and classiffing primary and tertiary struchres of
proteins.", Progress in Biophysics & Molecular Biology, 65 - Suppl' l, p' 38
Cioti*i, RlBenigni, P. Slrabetla, J.P. Zbilut, A. Colosimo (2000) - 'Nonlinear Methods in the
p-136Analysis ofproteins Sequences: A Case Study in Rubredoxins", Biophysical Journal, 2000, 78,
3.
i.
4.
148
Ppn
sequence spacesby
Engineering, 13, p'
Protein
structures.",
chimeric
on
study
case
recru?ence iuantificationanalysisla
A. Giuliani, P. §irabella, R. Benigri, A. Colosimo (2000) "Mappingprotein
5.
671-678
epF)
p. SiraUelta]. Giuliani, A. Colosimo, J.W. Dippner (2001) - "Deconvolving climate effects on cod
recruitment by principal component analysis and canonical correlation", Marine Ecology Progress
Series, 21 6, p. 213-222
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chemistry
medicinal
the
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iiot
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psicologica-e_fisiologica
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T.
Johansen,
T.
Giuliani,
9. g.O. pàÀer, B. Berdal, R. Blust, O. Brbq A. Colosimo, B. De Wachter, A.
P'
I'
Serendero,
F.J.
Sartoris,
Fischer, R. Knust, G. Lanrnig G. Naevdal, A. Nedenes, G. Nyhammer,
growth
Sirabeila, S. Thorkildsen, ù. Zulùurtr"u (2001) - Climate induced temperature effects on
effect
cause_and
for
a
developing
fish:
marine
$rpothesis
performance, fecundity and recruitment in
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viviporus),
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morhua)and
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Capitoli di libri e dispense:
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di Segrrali e Immagini
euaderni Didattici del Corso di Perfezionamento in Metodi di Elaborazione
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Maggio
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Lasapiwra,Dic.l996,p'
la6'
§u Proceedings di convegni e congressi:
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Colosimo e r. §irauela - "A preliminary study on proieins' classification
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workshop:
study on proteins
a
Colosimo, f. SiraUeUa, A. Giuliani (lgg6)--"Recurrelce plotanalysis 1 qT
univ- di Roma "La sapienza"
sequences.',, w*Éh;p; "Elaborazione di dati biomedici, ilu, cIsB,
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p.Montanari, A.Colosimo, P.sirabella "The Application of aGenetic Algorithm tolhe Protein Folding
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(1ee8)
structures"'
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1999)
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proteins iientinea uy RQA parameten" - Proteine 2002, settembre
p. Sirabetta,I. Canini, D. Avitabile - "Molecular sigrature ofhuman dendritic
S. parlato, L. Gabriele,
meeting on
cells generated after exposure of GM{SF treated monocytes to lFN-alpha'l f{ery{ional
p'99
0393'562A
ISSN
04/C1
Congressi
ISTISAN
Roma
Superiore di §anita
i.
cancer
uu..in"*,irtitotò
(Aprile 2004)
activated by
10. S. parlato, L. Gabriele, p. Sirabella, I. Canini, F. Belardelli - "Molecular mechanisms
International
study''fl;'N-afpha dwing Ure ÉC activation/ differentiation prooess: a microarray
Sapienza"
Roma
"La
di
UniversitÀ
- CISq, Settembre 2004
20M
Living
in
the
co-pù",.ity
Meeting
Spatial
Colosimo-"Analyzing
It. M. Bianciardiii. Sirabella, G. H-agberg, A' Giuliani, l-Zbtlut A.
in the
Complexity
Meeting
Intenrational
Distributions of nnnf BOLb Si$ats ffnqe variabtes" (EDE)
2004
settembre
cIsB,
Living 2004 - univer§ità di Roma "Lasapiertzd'-
ATTTVITA'LAVORATIVA
1991 1998
e Fisica nelle scuole statali
Titolare di contratti a tempo determinato per I'insegnamento di Matematica
di istruzione secondaria superiore.
twz t»5
DottoratodiRicercapressolUniversitàdiRoma''LaSapienza''
1996 2004
stipulati con lUniversi6
Titolare di diversi contratti di lavoro autonomo (consulenza / collaborazione)
di Roma "La Sapienza"
1999 2000
Comtnità Europe&
Titolare di rm contratto di consulenza per m progetto di ricercq finanziato dalla
Sapienza"
Roma
di
"La
dellUniversità
presso il Dipartimento di Scienze Biochimiche
Mag.20fi)
nella Scuola
Vincitore di concorso riservato per I'insegnamento della Matematica e della Fisica
secondaria superiore. eila datJdi oggi è in attesa di inserimento in nrolo'
§ett. 2fi10 Giu' 2fi)2
Fisica presso il Liceo
Titolare di contratti a tempo determinato per I'insegrramento di Matematica e
corsi di abilitazione per
nei
docente
stato
Ginnasio Stataie Virgitio di Roma. nesso la stessistruttura è
la European Computer Driving Licence (ECDL)'
Mar.2fi)l
Superiore'
Vincitore di concorso riservato per I'insegnamento dell'tnformatica nella Scuola Secondaria
in
ruolo'
Alla data di oggr è in attesa di inserimento
Nov.2ffi0 Giu.2fi)l
finanziato dalla Comunità
Titolare di un contatùo di consulenza scientifica per un progetto di ricerc4
CISB dellUniversita di
nuropea e dalla ferccom tatia S.p.a. , presso il òentro fntJrdipartimentale
Currioulum Vitae di Paolo Sirabella
aggiomato al
07l0la0l4
pa"U,-^--\
Roma "La Sapie,lrza" € presso la Telecom Italia SpA
SetL 2fi12 Sett 2fiH
Titolare di Assegro di Ricerca biennale presso il Dipartimento di Fisiologia Umana e Farmacologia
dellUniversità di Roma "La Sapienza"
2W2 -2UÙ6
Negli anlli scolastici 1a12AOYO3 al 2005/06 ha otte,nuto la cattedra di Inforrnatica e Sistemi presso
Oiversi istituti tecnici di Roma, o alternativamente, cattedra di Matematica e Fisica nei licei romani.
2005 - 2fi)6
Ammini§trefiore di rete e responsabile dei laboratori di informatica presso il Liceo Scientifico Statale
Talete di Roma, ove ha insegnato Matematica e Fisica
2fi)3-tutt'oggi
(sotto
Negù-anni accademici dalZO}ZlO3 a12006107 e di nuovo nelà}llll2 ha svolto attività didattica
pres§o
svoltosi
Bioinforrnatica
in
Master
del
nell'ambito
forma di conmtti di lavoro autonomo)
lUniversità di Roma "La Sapienza".
2A03-2007
Dalla fine del2003 a12007 ha svolto atività di consulente scientifico dell'Istituto Superiore di Sanità
per lmalisi di microarray da oligonucleotidi (standard Asmetrix e a doppia fluorescenza)-
20A7 -
htt'oggi
ètitolare in ruolo per I'insegnamento della Matematica e della Fisica negli Istituti
Statali di Istruzione Secondaria Superiore ed è attualmente in servizio presso il Liceo Scientifico Talete.
dove è anche coordinatore del Progetto Lauree Scientifiche e del progetto ECDL.
Oatilugtio
2OO7
Cunicuhan Vitae di Paolo Sirabefla
aggiomato al
07l0ln0l4