Pubmed - Biblioteca di Ateneo

La ricerca
bibliografica in
ambito
infermieristico
Seconda Lezione:
Pubmed
A cura di Annalisa Maiorano
Banche dati internazionali
1
Pubmed: indice delle spiegazioni
Contenuti;
storia;
criteri di selezione delle riviste usati dai redattori;
la ricerca libera,
l’automatic term mapping,
la ricerca per frasi,
la ricerca per campi,
la funzione details.
Pubmed: la ricerca tramite Mesh;
Pubmed: il trattamento dei risultati;
le funzioni: History, Clipboard, Details, Related
Articles, Links;
• i menu: Journal Database, Single Citation Matcher,
Cubby, Clinical Queries
• Le banche dati interne a Pubmed
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Pubmed:
2
CHI LA PRODUCE?
• Pubmed è prodotto dal National Center for
Biotechnology Information (NCBI) presso
la National Library of Medicine.
Contenuti:
• Pubmed rappresenta certamente la più grande
concentrazione
del
sapere
sanitario
presente
attualmente sul panorama mondiale.
• Attualmente recensisce oltre 4800 riviste di carattere
sanitario provenienti da tutto il mondo per un totale di
oltre 12 milioni di citazioni (circa 30.000 nuove citazioni
al mese e 500.000 inserimenti nuovi ogni anno) (nel solo
2.400 sono stati inseriti 571.000 titoli in piu’) raccolte in
oltre
40
basi
di
dati
specialistiche.
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pubmed/J_Medline.txt
• Recensisce circa 1/6 dell’intera produzione mondiale
biomedica, di cui però oltre il 40% e’ statunitense e
l’88% e’ pubblicato in lingua inglese.
3
Pubmed – Medline: contenuti 2
Pubmed fornisce accesso a:
-MEDLINE (1966-): 4.600 riviste da più di 70 paesi (12
milioni di citazioni).
La lista delle riviste indicizzate e’consultabile all’indirizzo
http://www.nlm.nih.gov/tsd/serials/lji.html
-OLDMEDLINE (1951-1965): 2 milioni di citazioni
-PREMEDLINE (Preliminary medline) (referenza + abstract
senza Mesh); aggiornamenti quotidiani da mar a sab.
I record di PreMedline si riconoscono perche’ hanno la
nota -[PubMed - in process] o [PubMed - as supplied by
publisher]
quando
sono
citazioni
ricevute
elettronicamente dagli editori; aggiornamenti quotidiani
da mar a sab.
Pubmed-Medline: contenuti 3
• In Medline sono presenti anche alcune riviste di
area non biomedica, ma indicizzate per gli
articoli concernenti gli scopi della biomedicina.
• Le riviste con priorità 1 vengono indicizzate
immediatamente e completamente, mentre
quelle 2 e 3 successivamente e in minor
dettaglio. Così questa e’ la ragione per cui un
articolo può rimanere in Premedline dai 15 gg. ai
2 mesi.
4
Un po’ di storia…
• Medline contiene la versione elettronica dell’Index
Medicus, repertorio bibliografico a stampa creato nel
1879 da John Shaw Billings, M.D., direttore della Library
of the Surgeon-General's Office, dal 1865 al 1895.
• L’Index Medicus voleva essere a “complete and accurate
index of current medical literature”.
• Esso comprendeva, libri, pamphlets, riviste. Il primo
anno comprendeva 20,000 articoli, indicizzando 570
riviste.
• Negli anni più recenti, indicizzando ormai solo riviste,
arrivava a comprendere 3.300 titoli (vs. gli oltre 4600 di
Medline oggi).
Un po’ di storia 2…
1879, Billings:<<Cosa sarà delle biblioteche, dei
cataloghi e delle bibliografie tra un millennio, o
anche un centinaio di anni, se continuerà la
progressione geometrica che ha governato la
stampa, negli ultimi decenni? […] Verrà un
tempo nel quale le nostre biblioteche
diventeranno grandi città, e nel quale sarà
necessaria l’opera di tutti gli abitanti della terra,
non coinvolti nella produzione scientifica, per
catalogare e sistemare la produzione letteraria
annuale>>
5
Un po’ di storia 3…
• Negli anni ’60 la NLM inizia a studiare un
Medical Literature Analysis and Retrieval
System (MEDLARS), che viene messo a punto
nel 1964.
• Nel 1965 la NLM e alcuni centri pilota negli USA
eseguono le prime ricerche su richiesta (tempo
di evasione ¾ settimane)
• 1971: Medlars online a pagamento (=Medline)
• 1978: ISS unico interlocutore per l’Italia di
Medlars
• 1978-1999: 166 istituzioni italiane collegate a
Medlars, attraverso un sistema a pagamento
• 1997: messa in rete gratuita di Medline
Un po’ di storia 4…
• Oltre all’Index Medicus, Medline contiene la
versione
elettronica
dell’Index
to
Dental
Literature, dell’ International Nursing Index e
dell’ Hospital Literature Index + altre fonti
d'informazione su specifici settori.
QUALCHE DATO NUMERICO:
• Ogni anno si eseguono circa 500 milioni di
ricerche in Pubmed
• Alla NLM lavorano circa 600 persone
6
Criteri di selezione delle riviste
indicizzate in Pubmed
• ARGOMENTO:
biomedicina
(riviste
di
confine
difficilmente vengono indicizzate)
• QUALITA’ DEL CONTENUTO: originalità, novità delle
ricerche
• QUALITA’ DEL LAVORO EDITORIALE: comitato dei
revisori, trasparenza negli obiettivi, nella selezione degli
articoli, dichiarazione esplicita dei conflitti di interesse.
• QUALITA’ DI PRODUZIONE: stampa, diffusione, veste
grafica
• PUBBLICO DI RIFERIMENTO: professionisti in ambito
sanitario
FRAME ORRIZONTALE: RIGA NERA
ACCESSO AI DB NCBI: NUCLEOTIDE,
PROTEIN E GENOME DATABASES
MASCHERA DI
RICERCA
LIBERA
CORPO CENTRALE
DELLA PAGINA
VARIA A VARIARE
DEL SERVIZIO
O DB SELEZIONATO
FRAME VERTICALE: ACCESSO AGLI HELP, AI MESH E
ALTRI SERVIZI DI PUBMED E RELATED RESOURCES:
BANCHE DATI INTERNE A PUBMED
7
LA RICERCA “LIBERA”
• La ricerca in libera si effettua con il linguaggio naturale.
• Più termini vengono automaticamente combinati con
l’operatore AND.
• I termini introdotti nella stringa di ricerca della prima
maschera vengono cercati in alcune liste di termini e, se
la stringa non è presente nel suo complesso, essa viene
frantumata sino a trovarne le ricorrenze. Questa
frantumazione porta a risultati poco pertinenti, questa e’
la ragione per cui e’ meglio preferire una ricerca con il
Mesh.
• ATT.NE stopwords (Stopword(s) Ignored )
Le stopwords
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html#Stopwords
8
La mappatura
•
1.
2.
3.
•
•
Per ogni termine immesso nella ricerca libera Pubmed
effettua una “mappatura ” dei termini inseriti attraverso una
consultazione di 3 tabelle in un preciso ordine: l’automatic
term mapping
La prima tabella consultata e’ quella dei termini Mesh
(=soggetti). Se il termine ricercato e’ un mesh la ricerca si
ferma al mesh e alle sue esplosioni e alla ricerca come
subheadings (se e’ riconosciuto anche come tale). In questo
caso il sistema cercherà sia come Mesh che come TW (text
word)
Se il termine precedente non e’ un mesh si passa alla tabella
dei periodici: il sistema ricerca il termini tra i titoli inseriti in
pubmed
Se la precedente ricerca ha esito nullo, si passa alla ricerca
tra gli autori (solo se il termine e’ però seguito da una lettera)
Se tutte le precedenti ricerche hanno avuto esito negativo il
sistema cercherà quel termine come [All Fields]
Se ci sono più termini il sistema fa la mappatura procedendo
da destra
L’AUTOMATIC TERM MAPPING
I termini della ricerca libera sono confrontati nell’ordine, con 3
diverse tabelle A) Mesh e affini B) Periodici C) Autori
A: Tabella dei termini MeSH
Subheadings
Termini MeSH
Publication types (Review, Clinical Trial, Retracted
Publication, Letter)
Termini derivati dall’UMLS che hanno sinonimi o varianti
lessicali in Inglese (vedi dopo)
Concetti supplementari come sostanze chimiche
B: Tabella delle riviste mediche :
Titolo completo della rivista
Abbreviazione standard MEDLINE
ISSN
C: Indice degli autori
A cura di Annalisa Maiorano
9
UMLS: unified medical
language system
• Metha-tesauro che comprende circa 70
classificazioni e terminologie biomediche ed
infermieristiche. L’UMLS raccogli milioni di
termini definiti nelle varie classificazioni e
nomenclature e definisce circa 400.000
"concetti" unici, rappresentanti di un insieme di
sinonimi e varianti
• Nasce nel 1986 nel quadro di un progetto per la
creazione di un linguaggio medico accessibile
universalmente attraverso sistemi informativi
computerizzati.
• Il MeSH e’un sottoinsieme dell’UMLS
Il sistema ha
mappato il termine ache
in pain e il termine causes
nel mesh causality
e nel subheading etiology.
Ogni termine e’ poi ricondotto
a una ricerca per parole nel
titolo e nell’abstract
limitata al subset non medline
proprio per non perdere
i risultati del premedline (che
non hanno mesh)
e al termine introdotto
come
parola chiave.
10
Es.: terapia farmacologica nei bambini in libera
RICERCA
Drug therapy asthma
children
RISULTATO
Qui
ricominicia
TRADUZIONE
Rimuove il termine a
Negativo
destra
Rimuove il termine a
Drug therapy asthma
Negativo
destra
Drug therapy
[subheading] OR
Il termine è trovato nella
Drug therapy
MeSH Translation Table Drug therapy [MeSH
Terms] OR Drug therapy
[Text Word]
Rimuove il termine a
Asthma children
Negativo
destra
Il termine è trovato nella Asthma [Mesh terms]
Asthma
MeSH Translation Table OR Asthma [Text word]
Il termine è trovato nella Child [MeSH terms] OR
Children
MeSH Translation Table children [text word]
Drug therapy asthma children: details
11
Es.: zinc pyrithione shampoo:
[all fields]
RICERCA
RISULTATO
TRADUZIONE
Zinc pyrithione shampoo
Negativo
Rimuove il termine a
destra
Il termine è trovato nella
MeSH Translation Table
Zinc pyrithione
Positivo
shampoo
Negativo
("zinc pyrithione"[Substance
Name] OR zinc
pyrithione[Text Word])
("zinc pyrithione"[Substance
Name] OR zinc
pyrithione[Text Word]) AND
shampoo[All Fields]
zinc pyrithione shampoo: details
12
LA RICERCA PER FRASI:
Elementi di sintassi che annullano l’automatic term mapping
• “…” Se la frase e’ tra virgolette. Es.:
“Tongue
depressor”
• […] Se c’e’ l’indicatore di campo. Es.:
Tongue
depressor [TW]
• -
Se c’e’ il trattino tra i termini. Es.: Tongue-
• *
Se c’e’ il troncamento.
•
depressor
Es.: Tongue depressor*
In pubmed mi puo’ servire annullare la mappatura automatica quando
ricerco frasi o quando cerco piu’ di una parola che non sia un unico
Mesh: l’abbassa-lingua non ha un mesh corrispondente, inserendo due
parole Pubmed mi mapperebbe i termini separatamente con un AND
(frantumamandomi cosi’ la frase), con le virgolette ottengo una ricerca
piu’ ristretta e precisa (frase esatta).
A cura di Annalisa Maiorano
13
14
Con 3 parole
Con 3 parole
15
Ricerca per campi
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=helppubmed.table.
pubmedhelp.T37
16
17
Qualche esempio utile di ricerca per campi:
•
Ricerca per numero PMID : ogni referenza bibliografica indicizzata da
Pubmed ha un suo numero (PubMed unique Identifier). Posso
semplicemente scriverne il numero in libera, per reperire la referenza
corrispondente; non importa aggiungere [PMID]. La ricerca per PMID e’
utile per recuperare referenze, già da voi selezionate e stampate, in
maniera rapida, per visualizzarne, ad esempio, gli abstract.
•
Ricerca per numero ISSN: non importa specificare [IS] in libera; immettere
sempre il trattino tra le quattro serie di numeri.
•
Ricerca per argomento o per parola su una specifica rivista:
All’argomento o parola aggiungo l’operatore AND e il titolo della rivista
seguito da [TA] . Es. Anorexia [MeSH] AND International journal of eating
disorder[TA] Attenzione a non confondere TI con TA; TI e’ il il titolo
dell’articolo e TA e’ il titolo della rivista
•
Ricerca per autore se soggetto dell’articolo: Autore [PS] trovero’ tutti gli
articoli scritti su un autore e non dell’autore.
•
Ricerca di revisioni sistematiche: argomento AND systematic [sb]
A cura di Annalisa Maiorano
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Altri consigli:
•
Ricerca per numero EC/RN :
numeri per specifico enzima o
sostanza chimica assegnati
dalla Enzime commission o dal
Chemical Abstract service.
Basta scrivere il numero
seguito da [RN]
•
Ricerca per data: Se mi
interessano solo gli articoli es.
pubblicati
da
maggio
a
dicembre del 2004 digiterò
2004/05/01:2004/12/01[DP];
Se mi interessano solo gli
articoli inseriti (cioe’ indicizzati)
da maggio a dicembre del
2004
digiterò
2004/05/01:2004/12/01[edat]
•
Ricerca per full text gratuiti
di Pubmed central : se mi
interessano solo gli articoli
accessibile a testo completo e
gratuiti digiterò l’argomento o
la parola e la dicitura AND
pubmed pmc [sb] . Es.:Se mi
interessano articoli a testo
pieno sui polmoni digiterò lung
[MeSH] AND pubmed pmc
[sb]. I full text gratuiti sono
identificati
dall’icona
arancione-verde
•
Ricerca su sole riviste
infermieristiche:
AND
jsubsetn ad esempio lung
[MeSH] AND jsubsetn [text]
A cura di Annalisa Maiorano
E nello specifico la ricerca per campo
autore…
• Wilson : Pubmed non lo riconosce come autore
perché non e’ seguito da un iniziale così lo cerca
cerca come [all fields]
• Wilson A (o Wilson A [AU]): Pubmed lo riconosce
autore e lo legge come troncatura quindi troverà
Wilson AB, Wilson AN ecc..
• “Wilson A”: Pubmed non lo riconosce come autore e
lo cerca in tutti i campi: [all fields]
• “Wilson A” [AU] : Pubmed lo riconosce come autore
• Se voglio solo Wilson AN posso scrivere le doppie
iniziali con spazio o senza AN o A N
A cura di Annalisa Maiorano
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Wilson A [AU] 3105 risultati
“Wilson A” [AU] 736 risultati
20
Primo autore
• Se vogliamo cercare
solo quegli articoli di
un autore quando
esso figuri solo come
PRIMO AUTORE: 2
possibilità:
• 1) in libera dopo il
nome
dell’autore
inserisco il tag [first
author]
• 2) vado in single
citation matcher (vedi
lezione successiva) e
abilito la funzione
ONLY AS FIRST
AUTHOR
L’indicizzazione degli Autori
• 1966 - 1984: nessun limite al numero degli autori
• 1984 - 1995: si citano i primi 10, con "et al"
all’undicesima occorrenza
• 1996 - 1999: aumentato il limite da 10 a 25; il 26.
e seguenti diventa "et al.".
• 2000 - : MEDLINE non limita il numero di autori
21
Il “troncamento”
• Il carattere di troncamento * cerca tutti i termini
che iniziano con una determinata radice
individuando le prime 600 variazioni (se
dovessero essercene di più, il sistema dà questo
messaggio: ad es. tox* Wildcard search for 'tox*' used only the first
600 variations. Lengthen the root word to search for all endings )
• Il troncamento disabilita il “term mapping”
e
l’esplosione automatica del Mesh (Per esempio, heart
attack* non cerchera’ il termine MeSH , Myocardial Infarction, e non
includerà nella ricerca i suoi MeSH sottostanti: Myocardial Stunning;
Shock, Cardiogenic).
• L’uso della troncatura non include lo spazio:
inserendo chicken* il sistema trova chickens e
non chicken pox (ma trova chickenpox).
Uso degli operatori booleani
• Devono essere scritti in MAIUSCOLO
• Pubmed li processa da sinistra a destra; per
alterare tale ordine è necessario inserire tra
parentesi tonde (=nesting) i termini che
costituiscono un unico concetto
• Es.: “child” [MeSH] AND (“anorexia” [MeSH] OR
“anorexia nervosa” [MeSH]) AND “Schools”
[MeSH]
• http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=helppubm
ed.section.pubmedhelp.Searching_PubMed#pubmedhel
p.Combining_search_ter
22
Le parentesi
Senza le parentesi
23
La funzione LIMITS
Uso e contenuti
• Posso attivare la funzione dei “LIMITS”
all’elenco dei risultati ottenuti, oppure prima di
lanciare la ricerca “in libera”
• Posso limitare la mia ricerca a uno specifico
campo aprendo la finestra da ALL FIELDS
24
Selezione dei campi con la
funzione limits
Alcuni esempi: tipi di fields
Ricerca sul periodico
Lung: n.b.
I risultati sono in ordine di
data
di pubblicazione
Ricerca per grant number
(n. finanziamento; solo per progetti
USA)
Ricerca limitata a
campo
autore Lung
Ricerca per campo
affiliation (oppure [AD]
da libera): istituzione da
cui dipende il 1° autore:
es.: Department of
Pediatric Endocrinology
25
Glossario campi da fields dei limits
•
Pharmacologic Action MeSH Terms [PA] = Substances known
to have a particular pharmacologic action. Each pharmacologic
action term index is created with the drug/substance terms
known to have that affect. This includes both MeSH terms and
terms for Supplementary Concept Records.
Azione
farmacologica determinata nell’organismo da principio attivo di un
farmaco (vedi esempio successivo)
•
Grant Number [GR] Research grant numbers, contract
numbers, or both that designate financial support by any
agency of the US PHS (Public Health Service). The three pieces
of the grant number (LM05545 - number, LM - acronym, and
NLM - institute mnemonic) are each individually searchable
using the [gr] tag.
•
Secondary Source ID [SI] The SI field identifies secondary
source databanks and accession numbers of molecular
sequences discussed in MEDLINE articles.
The field is
composed of the source followed by a slash followed by an
accession number and can be searched with one or both
components,
e.g.,
genbank
[si],
AF001892
[si],
genbank/AF001892 [si].
PA= azione farmacologica
26
Nimesulide: PA dell’Aulin (da Mesh)
E tutti gli altri fans:
27
[SI]
Ricerca per tipi di pubblicazione
28
Glossario tipi di pubblicaz.
• Clinical trial: studio condotto sul campo (ospedale, reparto).
• Editorial: articolo che esprime, di solito, il punto di vista, il commento, di un
periodico su una specifica area di interesse, scritto dal direttore o dai collaboratori di
fiducia.
• Letter:
si tratta, solitamente, di lettere ai direttori di periodici, scritte da autori che
esprimono opinioni e idee su una specifica area di interesse.
• Meta-Analysis:
sintesi di numerosi studi (già pubblicati, sperimentali o
osservazionali) per trarre conclusioni su una specifica area di interesse.
• Practice guideline: linee guida: documenti sviluppati sistematicamente
per aiutare i medici ed i pazienti a scegliere la più appropriata assistenza sanitaria in
specifiche circostanze cliniche.
• Randomized controlled trial:
studi casuali (random) controllati
(assegnazione casuale dei soggetti nel gruppo di controllo e nel gruppo sperimentale
per eliminare qualsiasi tipo di interferenza sistematica all’interno dei gruppi, rispetto
agli attributi che possono incidere sulla variabile dipendente studiata)
• Review: sintesi di risultati di studi già condotti, stato dell’arte.
A cura di Annalisa Maiorano
E se vogliamo cercare una dei 129 particolari
tipi di pubblicazione?
• http://www.nlm.nih.gov/mesh/pubtypes2005.html
29
•
Per esempio vogliamo cercare tutti i commenti di un determinato articolo:
•
Cerchiamo comment: lo selezioniamo e ….
…Nella online note troveremo che
TAG usare per fare la ricerca
in libera:
n. Pmid seguito da [Pmid]
di 1 articolo AND COMMENT (PT)
30
• Con le online note dei pubblicazione type possiamo
così trovare particolarissimi tipi di pubblicazioni:
interviste, fotografie, leggi, articoli di quotidiani,
aneddoti, tutte e 4 differenti fasi dei clinical trials,
diari, saggi, guide, erbari, istruzioni, manuali di
laboratorio, brevetti, poster, pubblicazioni effimere,
congressi, enciclopedie, dizionari, casi legali,
questionari, tests, pamphlet umoristici, manoscritti,
protocolli infermieristici, scale di validazione listini
prezzi di farmaci, particolari tipi di review, rapporti
tecnici, ritrattazioni di pubblicazioni, errata corrige… e
addirittura sermoni.
A cura di Annalisa Maiorano
ENTREZ DATE: data di ingresso nella BD
31
Publication date
Altri limits:
• AGES: elenco dettagliato di archi di età
• Only items with ABSTRACTS: seleziona
solo gli articoli con abstract (N.B. articoli
precedenti il 1975 non hanno abstract)
• LINGUE: vasta scelta (singola)
• SPERIMENTALE/CLINICO
(animale/umano)
• GENERE (maschile /femminile)
32
Ages:
Languages:
33
Subsets
Sottoinsiemi=subsets
– Subject subset=Argomenti: (AIDS, Bioethics, Cancer, Complementary
Medicine,History of Medicine, Space Life Sciences, Toxicology) (oppure
AIDS [SB] ecc…)
– Journal Citation /Subset= Periodici: selezione di periodici di argomento
clinico (oppure AND jsubsetaim), odontoiatrico (oppure AND jsubsetd) e
infermieristico (oppure jsubsetn)
– Subject Subset:
– Citations to articles on specialized topics. The following subject subsets
are available: AIDS, Bioethics, Cancer, Complementary Medicine,
History of Medicine, Space Life Sciences, Systematic Reviews, and
Toxicology. Each uses its own specialized search strategy to aid in the
retrieval of citations on these topics. Subject subsets (except Systematic
Reviews) may be selected from the Subsets pull-down menu in
Limits. Systematic Reviews can be searched from the Clinical Queries
screen. Alternatively, each subject subset can be searched using the
respective search value of aids, bioethics, cancer, cam, history,
space, systematic, or tox and the [SB] search tag. Example: asthma
AND cam [sb]
Note: Do not confuse the subject subsets for AIDS, Bioethics, Cancer,
History of Medicine, and Space Life Sciences with the Journal/Citation
Subsets for the same topics, i.e., jsubsetx, jsubsete, jsubsetq, and
jsubsets.
34
•
Journal/Citation Subsets
•
Citations of articles from specialized journals or of articles on specialized
topics in other journals.
AIM Abridged Index Medicus is a list created 20 years ago of 120 core
clinical English language journals. Corresponds to "Core clinical journals"
subset in Limits:
D dentistry journals
E citations from bioethics journals or selected bioethics citations from other
journals
H health administration journals, non-Index Medicus
IM Index Medicus journals
K consumer health journals, non-Index Medicus
N nursing journals
Q history of medicine journals and selected citations from other journals
S citations from space life sciences journals
T health technology assessment journals, non-Index Medicus
X AIDS/HIV journals (selected citations from other journals 1980-2000)
To search for a Journal/Citation subset use jsubset?, where ? stands for the
subset value, listed above, e.g., neoplasms AND jsubsete.
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Subject Subset: complementary medicine
35
Journal/Citation Subsets: N nursing journals
THE
END
THE END
36