Curriculum Vitae et Studiorum - Laboratorio di Evoluzione Microbica

 Dipartimento di Biologia Evoluzionistica “Leo Pardi” Curriculum Vitae et Studiorum Personal information Name and Surname: Marco Fondi Born in Pistoia, Italy, September 9th 1980 Home Address: Via de’ Vanni 9a, 50142 Florence (FI) Home tel.: 055-­‐0113824 Office Address: Dep. Of Evolutionary Biology, University of Florence, Via Romana 17/19, 50125 Florence, Italy Present Position: PhD student Office tel.: 055-­‐2288308 Office fax.: 055-­‐2288250 Mobile: +39-­‐328-­‐9573014 E-­‐mail: [email protected] Education and Background: 1- Gennaio 2012 – presente. FEMS Advanced Fellowship in collaborazione con il prof.
Pietro Liò, Università di Cambridge. Titolo del progetto: “Genome-scale functional
modeling of Antarctic bacteria: biotechnological potentials of extreme environment
adapted metabolism”.
2- Gennaio 2011 – Dicembre 2011. Borsista (Borsa di studio Fondazione Adriano
Buzzati Traverso) presso il presso il dipartimento di Biologia Evoluzionistica “Leo
Pardi” (Laboratorio di Evoluzione Microbica e Molecolare, prof. Fani). Progetto: Alla
ricerca di nuovi antibiotici: genomica di batteri antartici
3- Marzo 2010-Dicembre 2010. Assegnista di ricerca presso il presso il dipartimento di
Biologia Evoluzionistica “Leo Pardi” (Laboratorio di Evoluzione Microbica e
Molecolare, prof. Fani). Titolo del progetto: Genomica comparativa di comunità
microbiche isolate dal suolo in diverse condizioni climatiche.
4- 2007-2009: PhD student in Genetics in the Lab. of Molecular and Microbial
Evolution (Head Prof. Renato Fani), Dep. Of Animal Biology and Genetics, University
of Florence.
5- 2006: Fellowship grant at the Dep. Of Animal Biology and Genetics, University of
Florence.
6- 2005: Master Degree in Biological Science, University of Florence.
7- 1999: High School Degree Liceo Scientifico “Amedeo di Savoia Duca D’Aosta”
Area di Ricerca Le principali aree di ricerca del Dr. Marco Fondi includono la Genomica e la Bioinformatica, con uno spiccato interesse per l'evoluzione microbica, per i meccanismi molecolari e le forze responsabili dell’evoluzione dei geni e dei genomi. In particolare, l’esperienza di ricerca del Dr. Marco Fondi si è incentrata, fino ad oggi, sulle seguenti tematiche: 1. Analisi, attraverso un approccio di genomica comparativa, della variabilità genetica esistente in comunità microbiche naturali diverse e dei meccanismi molecolari coinvolti nella comparsa di tale variabilità. 2. Individuazione e quantificazione, mediante l'utilizzo di pipeline bioinformatiche, appositamente progettate, del livello di trasferimento genetico orizzontale esistente fra i microrganismi con particolare interesse allo scambio inter ed intra-­‐
specifico di molecole plasmidiche. 3. Sviluppo e realizzazione di strumenti bioinformatici che consentano la manipolazione, l'interpretazione e l’integrazione di grandi quantità di dati di origine biologica. 4. Genetica batterica: evoluzione molecolare e filogenesi dei geni coinvolti in importanti processi di origine biologica come la fissazione dell'azoto, la biosintesi dell'istidina e la degradazione di sostanze di origine xenobiotica (degradazione degli idrocarburi). Competenze Tecniche Informatiche Linguaggio di Programmazione Perl Sistema Operativo Windows -­‐ Linux – MacOSX Analisi Computazionali di Sequenze Biologiche MUST Package, BLAST, FastA, SeaView, ClustalW/X, Muscle, T-­‐Coffee, MAFFT, HMMer, Mummer, Mauve Package Analisi Filogenetiche PAUP*, PHYLIP, Tree-­‐Puzzle, PhyML, RAxML, MrBayes, Mega4 Software di assemblaggio ed analisi di dati provenienti da sequenziamento massivo Velvet, Abyss, AllPaths, Mira, SOAP, SolexaQA Identificazione di polimorfismi di sequenza (SNPs, indels) BWA, SAMtools package, Varscan, MAQ, Bowtie Data-­‐mining di dati biologici e di sequenza Ad hoc Perl, AWK e Bash pipelines Internet BioInformatics resource ftp, ssh and WWW in DOS/MS Windows, UNIX/Linux. ATTIVITA’ SVOLTA 2006-­‐presente 1. Attività formativa: partecipazione a corsi, seminari e convegni •
Il DNA: 50 anni di conoscenza Firenze, Salone dei Cinquecento, Palazzo Vecchio, 8 Aprile 2003. •
L’evoluzione molecolare a Firenze (Firenze 1 Dicembre 2004) •
Cortona Procarioti 2005 (Cortona 31 Marzo-­‐ 2 Aprile 2005) •
1° Congresso dei Biologi Evoluzionisti Italiani (Ferrara 24-­‐26 Agosto 2005) •
7° Congresso FISV (Federazione Italiana Scienza della Vita) (Riva del Garda 22-­‐25 Settembre 2005) •
2° EUCheMS SCHOOL ON PROTEIN CHEMISTRY (Alba di Canazei -­‐ 15-­‐20 gennaio 2006) •
BITS 2006, Convegno Annuale della Società di Bioinformatica (Bologna 28, 29 Aprile 2006O) •
SIBE 2006, I cogresso della Società Italiana di Biologia Evoluzionistica – II congresso dei Biologi Evoluzionisti Italiani. (Firenze 4-­‐7 Settembre 2006) •
Convegno “Dall’origine della Terra alla Comparsa della Vita”, Firenze, Aula Magna P.zza San Marco 4, 17 Dicembre 2007 •
Cortona Procarioti 2007 , Cortona 2–4 /04/2007 •
Bits 2007, congresso Società Italiana di Bioinformatica, Napoli 26-­‐28/04/2007 •
Scuola estiva di Genomica SIBE (Società Italiana Biologia Evoluzionistica), Monte Bondone, 19-­‐22/06/2007 •
Biosphere Origin and Evolution International Meeting (B.O.E.), Loutraki (Grecia), 28/10 – 02/11/2007 •
Convegno “Dall’origine della Terra alla Comparsa della Vita”, Roma, Istituto di Anatomia Comparata, 6 Marzo 2008 •
Annual Meeting of the Society of Molecular Biology and Evolution (SMBE), Barcellona, 5-­‐8 Giugno 2008 •
One day Bits meeting 2008, congresso Società Italiana di Bioinformatica, Roma 4 Luglio 2008. •
XII ISSOL (International Society for the Study of the Origin of Life) meeting, Firenze 24-­‐29 Agosto 2008 •
ECCB 2008 (European Conference on Computational Biology), Cagliari 21-­‐26 Settembre 2008 •
13th Congress of the African Association for Biological Nitrogen Fixation, Hammamet, Tunisia. December 15th – 18th 2008 Seminari interni alla scuola di dottorato “Ubaldo Montelatici”, Università di Firenze: •
Antonio Frandi. Bacillus subtilis biomineralization: analysis of gene expression during calcite crystal precipitation. 05 marzo 2009 •
Bruno Bertolasi. Flussi genici e variabilità genetica neutra ed adattativa in popolazioni di Ulmus minor. 26 marzo 2009 •
Giorgio Citterio. Studio della strutturazione genetica in popolazioni relitte di Quercus ubescens della Sardegna centrale. 26 marzo 2009 •
Grazia Pallara. La tolleranza ai metalli pesanti nelle piante: i geni coinvolti e gli effetti della micorrizzazione. 23 aprile 2009 •
Francesco Nieddu. Caratterizzazione molecolare della calcone sintasi in cultivar toscane di Olea europaea L.23 aprile 2009 •
Giuseppe Padula. Addomesticazione e diffusione del pesco (Prunus persica Batsh.): gene pool e miglioramento genetico. 21 maggio 2009 •
Giulia Talini. Evoluzione di sistemi autoreplicanti in ambienti prebiotici. 9 luglio 2009 •
Manuela Pintus. Produzione di bioemulsionanti da parte di Gordonia BS29. 9 luglio 2009 •
BITS '09, Sixth Annual Meeting of the Bioinformatics Italian Society, March 18 -­‐ 20, 2009, Genoa, Italy. •
28th SIMGBM Meetging (Società Italiana, di Microbiologia Generale e Biotecnologie Microbiche), Spoleto, 11-­‐13 Giugno 2009. •
11° Congresso FISV (Federazione Italiana Scienza della Vita), Riva del Garda 23-­‐25 Settembre 2009. •
Prokagenomics 2009, 4th European Conference on Prokaryotic Genomics, 4-­‐7 Ottobre 2009, Georg-­‐August University, Göttingen, Germany. •
Scuola di Genetica in Cortona, Corso di Evoluzione Molecolare, Cortona 29-­‐30 Ottobre 2009. •
Streamlined and Synthetic Genomes, Valencia, Spain, November 16-­‐17, 2009 •
Prof. Antonio Lazcano, (Facultad de Ciencias,Universidad Autonoma de Mexico), Back to the Miller experiment: what have we learned about prebiotic synthesis of amino acids?, Dip. di Biologia Evoluzionistica, Firenze •
Cortona Procarioti 2010, Cortona 14–15/04/2010 •
SMBE 2010 -­‐ Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution Lyon, France -­‐ July 4-­‐8, 2010 •
Acinetobacter 2010, 8th International Symposium on the Biology of Acinetobacter Rome 1 – 3 September 2010 •
SIBE 2010, IV congresso della Società Italiana di Biologia Evoluzionistica, Milano 2-­‐4 Settembre 2010 •
IBS 2010, 4th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society 14-­‐18 September 2010, Palacongressi, Rimini Italy 2. Attività divulgativa/didattica svolta 2.1 Progetto OpenLab (divulgazione della cultura scientifica) •
Nel perido compreso fra Gennaio 2006 e Maggio 2006 ha svolto attività di tutorato nell’ambito del progetto OPENLAB volto alla divulgazione scientifica all’interno degli istituti di scuola superiore secondaria (Totale incontri: 33 . Durata: 2h ciascuno). •
Nel perido compreso fra Gennaio 2007 e Maggio 2007 ha svolto attività di tutorato nell’ambito del progetto OPENLAB volto alla divulgazione scientifica all’interno degli istituti di scuola superiore secondaria. •
Nel perido compreso fra Dicembre 2007 e Maggio 2008 ha svolto attività di tutorato nell’ambito del progetto OPENLAB volto alla divulgazione scientifica all’interno degli istituti di scuola superiore secondaria. 2.2 Cultore della materia Anno accademico 2008-­‐2009: Nomina di Cultore della materia in “Scienze Biologiche”, Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali di Firenze. 2.3 Seminari svolti all’interno del corso di “Laboratorio di Bioinformatica”, corso di laurea in Biotecnologie AA 2007-­‐2008: •
La bioinformatica ed il web. Database e loro utilizzo. La ricerca bibliografica. L’algoritmo BLAST. (data: 02-­‐05-­‐2008 durata: 2h) •
Recupero di sequenze da banca dati. Allineamenti multipli di sequenza (MSA). Basi di Evoluzione Molecolare. (data: 05/06/12-­‐05-­‐2008 durata: 4h) •
Elementi di filogenesi: metodi e algoritmi. La filo genomica. (data: 13/19/20-­‐05-­‐2008 durata: 4h) •
Evoluzione delle vie metaboliche: metodi di analisi e casi studio. (data: 3/4/5-­‐06-­‐
2008 durata: 4h) •
Genomica comparativa. (data: 9/10/11-­‐06-­‐2008 durata: 4h) Esercitazione: simulazione di protocolli di analisi bioinformatica. (data: 16/17/18-­‐06-­‐
•
2008 durata: 4h) 2.4. Seminari svolti all’interno del corso di “Laboratorio di Bioinformatica”, corso di laurea in Biotecnologie AA 2007-­‐2008: 1. Introduzione al corso, risorse web, principali tipi di file. (data: 20-­‐04-­‐2009 durata: 2h) 2. La bioinformatica ed il web. Database e loro utilizzo. La ricerca bibliografica. L’algoritmo BLAST. (data: 27/28/29-­‐04-­‐2009 durata:4h) 3. Recupero di sequenze da banca dati. Allineamenti multipli di sequenza (MSA). Editing di sequenze, BioEdit Package (data: 11/12/13-­‐04-­‐2009 durata:4h) 4. Basi di evoluzione molecolare, Filogenesi (metodi ed applicazioni), Mega4 Package. (data: 11/12/13-­‐04-­‐2009 durata:4h) 5. Predizione strutture proteiche, Consurf Package. (data:25/26/27-­‐04-­‐2009 durata:4h) 6. Esercitazione: simulazione di protocolli di analisi bioinformatica. (data: 3/8/9-­‐06-­‐
2009 durata: 4h) 2.5 Seminari svolti all’interno del corso di “Bioinformatica (modulo: Bioinformatica dei Genomi Moderni)”, corso di laurea in Scienze Biologiche AA 2009-­‐2010: 1. Introduzione al corso, risorse web, principali tipi di file. (data: 22-­‐01-­‐2010 durata: 2h) 2. La bioinformatica ed il web. Database e loro utilizzo. La ricerca bibliografica. L’algoritmo BLAST. (data: 25-­‐01-­‐2010 durata:4h) 3. Recupero di sequenze da banca dati. Allineamenti multipli di sequenza (MSA). Editing di sequenze, BioEdit Package (data: 27-­‐01-­‐2010 durata:4h) 4. Basi di evoluzione molecolare, Filogenesi (metodi ed applicazioni), Mega4 Package. (data: 1/02/2010 durata:4h) 5. Esercitazione: simulazione di protocolli di analisi bioinformatica. (data: 12/02/2010 durata: 4h) 2.6. Seminari svolti all’interno del corso di “Ingegneria Genetica corso di laurea in Scienze Biologiche AA 2009-­‐2010: 1. L'analisi del mobiloma: gli elementi genetici mobili (data: 29/10/2009durata: 3h) 2.7. Attività di correlatore per i seguenti progetti di tesi (laurea magistrale): •
Burkholderia cepacia COMPLEX: IDENTIFICAZIONE MEDIANTE LAMP E INIBIZIONE DELLA CRESCITA DA PARTE DI BATTERI ANTARTICI. TARABELLA BARBARA Facoltà: Facolta' di scienze matematiche fisiche e naturali. Anno di laurea: 2009 •
ANALISI EVOLUTIVA E COMPARATIVA DI SISTEMI DI EFFLUSSO RND NEL GENERE Burkholderia. PERRIN ELENA Facoltà: Facolta' di scienze matematiche fisiche e naturali. Anno di laurea: 2009 •
ORIGINE ED EVOLUZIONE DELLA FISSAZIONE DELL'AZOTO: UNA ANALISI FILOGENOMICA. LUANA PRESTA Facoltà: Facolta' di scienze matematiche fisiche e naturali. Anno di laurea: 2010 •
ANALISI DEL POOL GENETICO MOBILE DEGLI ENTEROBATTERI. FEDERICA DE GIORGIO Facoltà: Facolta' di Agraria, Farmacia, Medicina e Chirurgia,Scieneze Matematiche Fisiche e Naturali. Corso di Laurea interfacoltà di Biotecnologie. Anno di laurea: 2010 •
IDENTIFICAZIONE ED ANALISI DI GENI PLASMIDICI ATIPICI. EMANUELE BOSI Facoltà: Facolta' di Agraria, Farmacia, Medicina e Chirurgia,Scieneze Matematiche Fisiche e Naturali. Corso di Laurea interfacoltà di Biotecnologie. Anno di laurea: 2010 •
BURKHOLDERIA CENOCEPACIA: ANALISI PROTEOMICA E STUDIO IN VIVO DELLA PATOGENICITA’. MARIA SIMONA TARCA Facoltà: Facolta' di Agraria, Farmacia, Medicina e Chirurgia,Scieneze Matematiche Fisiche e Naturali. Corso di Laurea interfacoltà di Biotecnologie. Anno di laurea: 2011 •
. ROBERTO SEMERARO Facoltà: Facolta' di Agraria, Farmacia, Medicina e Chirurgia,Scieneze Matematiche Fisiche e Naturali. Corso di Laurea interfacoltà di Biotecnologie. Anno di laurea: 2011 2.8. Incarichi didattici • Docente Supplente del Corso di Lab. di Informatica, corso di laurea in Scienze Biologiche, Università degli Studi di Firenze a.a. 2010-­‐11. • Docente Supplente del Corso di Lab. di Informatica, corso di laurea in Scienze Biologiche, Università degli Studi di Firenze a.a. 2011-­‐12. 3. Comunicazioni svolte a seminari e convegni nazionali ed internazionali 1. Fondi M, Brilli M, Fani R (2005). The “Common Pathway” and the evolution of metabolic routes (7° Congresso FISV, Riva del Garda, 22-­‐25 Settembre 2005). 2. Fondi M, Brilli M, Fani R. On the origin and evolution of biosynthetic pathways: integrating microarray data with structure and organization of the Common Pathway genes, Cortona Procarioti 2005, 31 Marzo-­‐ 2 Aprile. 3. Fondi M e Brilli M, Il metabolismo primordiale: geni e genomi, ciclo di Seminari Itineranti, Dall’origine della Terra alla Comparsa della Vita, Firenze, 17 Dicembre 2007 4. Fondi M, Il metabolismo primordiale: geni e genomi, ciclo di Seminari Itineranti, Dall’origine della Terra alla Comparsa della Vita, Roma, 6 Marzo 2008 5. Fondi M, Brilli M, Papaleo MC, Maida I, Bacci G, Emiliani G, Fani R Mobilome: a comparative and evolutionary analysis, Cortona Procarioti 2008, 14-­‐15/03/2008. 6. Fondi M, Il metabolismo primordiale: geni e genomi, ciclo di Seminari Itineranti, Dall’origine della Terra alla Comparsa della Vita, Messina, 13 Maggio 2008 7. Marco Fondi, Maria Cristiana Papaleo, Luigi Michaud, Angelina Lo Giudice, Vivia Bruni and Renato Fani, Genome adaptation to Extreme Environments, I convegno della società italiana di Astrobiologia, Cortona 29-­‐30 maggio 2008. 8. Marco Fondi, The ancestral metabolism: origin and evolution of metabolic pathways. 28o meeting della Società Italiana di Microbiologia Generale e Bioteconologie Microbiche (SIMGBM), Spoleto 11-­‐13 Giugno 2009. 9. Marco Fondi, I plasmidi e l’evoluzione microbica. Scuola di Genetica in Cortona, Corso di Evoluzione Molecolare, Cortona 29-­‐30 Ottobre 2009 10. Marco Fondi, Isabel Maida, Elena Perrin, Maria Cristiana Papaleo and Renato Fani. The Horizontal Flow of Plasmid Resistome: Clues from Similarity Networks Analysis, Cortona Procarioti 2010, Cortona 14-­‐15 aprile 2010 11. M. Fondi, M. C. Papaleo, A. Mengoni, I. Maida, E. Perrin, M. Vaneechoutte, L. Dijkshoorn and R. Fani. Exploring the evolutionary dynamics of plasmids: the Acinetobacter pan-­‐plasmidome. Acinetobacter 2010, 8th International Symposium on the Biology of Acinetobacter Rome 1 – 3 September 2010 12. Marco Fondi, Isabel Maida, Elena Perrin, Maria Cristiana Papaleo and Renato Fani. The Horizontal Flow of Plasmid Resistome: Clues from Similarity Networks Analysis. IBS 2010, 4th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society 14-­‐18 September 2010, Palacongressi, Rimini Italy 4. Stage in laboratori nazionali ed internazionali 1. Periodo, 22 Novembre 2008 – 22 Dicembre 2008: visiting student presso l’unità di ricerca BMGE dell’ Istituto Pasteur (Parigi), sotto la supervisione della dott.ssa Simonetta Gribaldo. 2. Periodo, 06-­‐13 Aprile 2010–: visiting student presso l’Istituo di Tecnologie Biomediche (ITB) del CNR di Milano nel contesto del progetto “Sequenziamento ed assemblaggio del genoma del batterio Acinetobacter venetianus”. 3. Periodo, 31 Ottobre -­‐ 5 Novembre 2010–: visiting researcher presso University of Helsinki, Department of Applied Chemistry and Microbiology, Division of Microbiology. 5. Società • Membro della Società Italiana di Biologia Evoluzionistica (SIBE). • Membro della Società Italiana di Bioinformatica (BITS). • Membro della Società Italiana Microbiologia Generale e Bioteconologie Microbiche (SIMGBM). 6. Riconoscimenti, premi e borse di studio 1. Premio SIMGBM-­‐ Franco Tatò 2010 per la migliore tesi di Dottorato in Microbiologia Generale per la tesi dal titolo "Bioinformatics of Genome Evolution: from Ancestral to Modern Metabolism. Phylogenomics and comparative genomics to understand microbial evolution" 2. Young Scientist Grant (sponsored by FEMS and ESCMID) per Acinetobacter 2010, 8th International Symposium on the Biology of Acinetobacter Rome 1 – 3 Settembre 2010 3. Premio Firenze University Press, Tesi di Dottorato 2010, per l'Area Scientifica per la tesi dal titolo "Bioinformatics of Genome Evolution: from Ancestral to Modern Metabolism. Phylogenomics and comparative genomics to understand microbial evolution" 4. FEMS Advanced Research Fellowship 2012, titolo del progetto: Genome-­‐scale functional modeling of Antarctic bacteria: biotechnological potentials of extreme environment adapted metabolism 5. Short Term Travel Fellowship, Science Foundation of Ireland Incoming STTF Programme. 7. Pubblicazioni scientifiche (2006-­‐2011) 7.1 Articoli scientifici “peer reviewed” pubblicati su riviste internazionali (dalla più recente) 1: Bosi E, Fani R, Fondi M. The mosaicism of plasmids revealed by atypical genes detection and analysis. BMC Genomics. In press (manuscript id. 6997964255297599 ) 2: Papaleo MC, Fondi M, Maida I, Perrin E, Lo Giudice A, Michaud L, Mangano S, Bartolucci G, Romoli R, Fani R. Sponge-­‐associated microbial Antarctic communities exhibiting antimicrobial activity against Burkholderia cepacia complex bacteria. Biotechnol Adv. 2011 Jun 29. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 21742025. 3: Bazzini S, Udine C, Sass A, Pasca MR, Longo F, Emiliani G, Fondi M, Perrin E, Decorosi F, Viti C, Giovannetti L, Leoni L, Fani R, Riccardi G, Mahenthiralingam E, Buroni S. Deciphering the Role of RND Efflux Transporters in Burkholderia cenocepacia. PLoS One. 2011 Apr 19;6(4):e18902. PubMed PMID: 21526150; PubMed, Central PMCID: PMC3079749 4: Maida, M. Fondi, M. C. Papaleo, E. Perrin and R. Fani The gene flow between and chromosomes: insight from bioinformatics analysis Accepted for pubblication on Open Applied Informatics Journal 2011 [in press] 5: Papaleo MC, Perrin E, Maida I, Fondi M, Fani R, Vandamme P. Identification of species of the Burkholderia cepacia complex by sequence analysis of the hisA gene. J Med Microbiol. 2010 Oct;59(Pt 10):1163-­‐70. Epub 2010 Jul 22. PubMed PMID: 20651037. 6: Fondi M, Fani R. The horizontal flow of the plasmid resistome: clues from inter-­‐
generic similarity networks. Environ Microbiol. 2010 Jul 15. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 20636373. 7: Perrin E*, Fondi M*, Papaleo MC, Maida I, Buroni S, Pasca MR, Riccardi G, Fani R. Exploring the HME and HAE1 efflux systems in the genus Burkholderia. BMC Evol Biol. 2010 Jun 3;10:164. PubMed PMID: 20525265; PubMed Central PMCID: PMC2891726. * Equal contributors 8: Brilli M, Fondi M, Fani R, Mengoni A, Ferri L, Bazzicalupo M, Biondi EG. The diversity and evolution of cell cycle regulation in alpha-­‐proteobacteria: a comparative genomic analysis. BMC Syst Biol. 2010 Apr 28;4:52. PubMed PMID: 20426835; PubMed Central PMCID: PMC2877005. 9: Fondi M, Bacci G, Brilli M, Papaleo MC, Mengoni A, Vaneechoutte M, Dijkshoorn L, Fani R. Exploring the evolutionary dynamics of plasmids: the Acinetobacter pan-­‐
plasmidome. BMC Evol Biol. 2010 Feb 24;10:59. PubMed PMID: 20181243; PubMed Central PMCID: PMC2848654. 10: Papaleo MC, Russo E, Fondi M, Emiliani G, Frandi A, Brilli M, Pastorelli R, Fani R. Structural, evolutionary and genetic analysis of the histidine biosynthetic "core" in the genus Burkholderia. Gene. 2009 Dec 1;448(1):16-­‐28. Epub 2009 Aug 13. PubMed PMID: 19683039. 11: Fondi M, Emiliani G, Liò P, Gribaldo S, Fani R. The evolution of histidine biosynthesis in archaea: insights into the his genes structure and organization in LUCA. J Mol Evol. 2009 Nov;69(5):512-­‐26. Epub 2009 Nov 3. PubMed PMID: 19888544. 12: Fondi M, Emiliani G, Fani R. Origin and evolution of operons and metabolic pathways. Res Microbiol. 2009 Sep;160(7):502-­‐12. Epub 2009 May 22. Review. PubMed PMID: 19465116. 13: Emiliani G, Fondi M, Fani R, Gribaldo S. A horizontal gene transfer at the origin of phenylpropanoid metabolism: a key adaptation of plants to land. Biol. Direct. 2009 Feb 16;4:7. PubMed PMID: 19220881; PubMed Central PMCID: PMC2657906. 14: Fani R, Fondi M. Origin and evolution of metabolic pathways. Phys Life Rev. 2009 Jan 8. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 20416849. 15: Brilli M, Mengoni A, Fondi M, Bazzicalupo M, Liò P, Fani R. Analysis of plasmid genes by phylogenetic profiling and visualization of homology relationships using Blast2Network. BMC Bioinformatics. 2008 Dec 21;9:551. PubMed PMID: 19099604; PubMed Central PMCID: PMC2640388. 16: Fani R, Brilli M, Fondi M, Liò P. The role of gene fusions in the evolution of metabolic pathways: the histidine biosynthesis case. BMC Evol Biol. 2007 Aug 16;7 Suppl 2:S4. PubMed PMID: 17767732; PubMed Central PMCID: PMC1963479. 17: Fondi M, Brilli M, Emiliani G, Paffetti D, Fani R. The primordial metabolism: an ancestral interconnection between leucine, arginine, and lysine biosynthesis. BMC Evol Biol. 2007 Aug 16;7 Suppl 2:S3. PubMed PMID: 17767731; PubMed Central PMCID: PMC1963480. 18: Fondi M, Brilli M, Fani R. On the origin and evolution of biosynthetic pathways: integrating microarray data with structure and organization of the Common Pathway genes. BMC Bioinformatics. 2007 Mar 8;8 Suppl 1:S12. PubMed PMID: 17430556; PubMed Central PMCID: PMC1885841. 7.2 Articoli scientifici “peer reviewed” pubblicati su riviste nazionali 1: Fondi M, Emiliani G, Fani R. Il Metabolismo primordiale. Origine ed Evoluzione delle Vie Metaboliche. Biologi Italiani, In stampa. 7.3 Capitoli di libro 1. Marco Fondi, Giovanni Emiliani, Renato Fani. The primordial metabolism: on the origin and evolution of metabolic pathways and operons, In “Life and Time”, edited by; S. Casellato, P. Burighel, A. Minelli, CLEUP (Coop. Libraria Editrice, Università di Padova), pp. 87-­‐113. 2. Giovanni Emiliani, Marco Fondi, Pietro Liò, Renato Fani, Evolution of metabolic pathways and evolution of genomes, In “Geomicrobiology: Molecular & Environmental Perspective”. 7.4 Contributi a congressi nazionali ed internazionali 8-­‐ Brilli M, Scappini S, Frandi A, Fondi M, Fani R (2005). Structure and evolution of the histidine biosynthetic pathway. 1° Congresso dei Biologi Evoluzionisti Italiani, Ferrara. 9-­‐ Brilli M, Fondi M, Scappini S, Fani R (2005). On the evolution of metabolic pathways. 1° Congresso dei Biologi Evoluzionisti Italiani, Ferrara. 10-­‐ Fondi M, Brilli M, Fani R (2005). The “Common Pathway” and the evolution of metabolic routes. 7° Congresso FISV, Riva del Garda. 11-­‐ Brilli M, Scappini S, Frandi A, Fondi M, Fani R (2005). Structure and evolution of the histidine biosynthetic pathway. 7° Congresso FISV, Riva del Garda. 12-­‐ Fondi M, Brilli M, Fani R. (2006). On the origin and evolution of biosynthetic pathways: integrating microarray data with gene structure and organization. BITS 2006, Convegno Annuale della Società di Bioinformatica. 13-­‐ Brilli M, Fondi M, Fani R. (2006). Analysis of operon genes using a compendium of expression data. BITS 2006, Convegno Annuale della Società di Bioinformatica. Conference Proceedings Abstract 20. 14-­‐ Fondi M, Brilli M, Fani R. (2006). On the origin and evolution of biosynthetic pathways: integrating microarray data with structure and organization of the Common Pathway genes. SIBE 2006 (I congresso della società Italiana di Biologia Evoluzionistica, II Congresso dei Biologi Evoluzionisti Italiani). 15-­‐ Fondi M, Brilli M, Paffetti D, Emiliani G, Fani R. On the origin and evolution of nif genes. SIBE 2006 (I congresso della società Italiana di Biologia Evoluzionistica, II Congresso dei Biologi Evoluzionisti Italiani). 16-­‐ Papaleo MC, Russo E, Maida I, Ferri L, Perrin E, Fondi M, Brilli M, Fani R. Structural, functional and evolutionary analysis of histidine biosynthetic genes of Burkholderia. SIBE 2006 (I congresso della società Italiana di Biologia Evoluzionistica, II Congresso dei Biologi Evoluzionisti Italiani). 17-­‐ Brilli M, Liò P, Fondi M, Mengoni A, and Fani R. Studying plasmid evolution using network analysis: the Blast2Networks software. SIBE 2006 (I congresso della società Italiana di Biologia Evoluzionistica, II Congresso dei Biologi Evoluzionisti Italiani). 18-­‐ Brilli M, Liò P, Fondi M and Fani R. Histidine biosynthesis a paradigm for the study of the origin and evolution of metabolic pathways. BITS 2007, Naples, Italy 26-­‐
28/04/2007 (pp. 231-­‐2/272). 19-­‐ Brilli M, Liò P, Fondi M, Ricci S, Mengoni A, Bazzicalupo M, Fani R, BlastGraph: a bioinformatics tool to study plasmid homology and evolution, Congresso Nazionale SIB (Società Italiana di Biometria), Pisa, 20-­‐22 Giugno 2007 (pp. 225-­‐8). 20-­‐ Papaleo MC, Brilli M, Fondi M, Frandi A, Liò P, Fani R. On the origin and evolution of operons: the piece-­‐wise assembly of histidine biosynthetic genes in proteobacteria. BAGECO 9 Bacterial Genetics and Ecology, Werningerode, Germany 23-­‐27/06/2007 (p. 98). 21-­‐ Fioravanti A, Brilli M, Fondi M, Frandi A, Papaleo MC, Fani R. Structure and organization of histidine biosynthetic genes in Firmicutes. FISV 2007, Riva del Garda, Italy 26-­‐29/09/2007 (p. D11.03). 22-­‐ Papaleo MC, Russo E, Perrin E, Brilli M, Fondi M, Frandi A, Fani R. Identification of Burkholderia cepacia complex species by LAMP or SNuPE analysis of his genes. FISV 2007, Riva del Garda, Italy 26-­‐29/09/2007 (p. D08.09). 23-­‐ D’imperio L, Frandi A, Brilli M, Fondi M, Bazzicalupo M, Biondi EG, Mengoni A, Fani R. Analysis of the hint gne promoter of Escherichia coli. FISV 2007, Riva del Garda, Italy 26-­‐29/09/2007 (p. 01.14). 24-­‐ Matteo Brilli, Marco Fondi, Cristiana Papaleo, Antonio Frandi, Renato Fani. On the origin and evolution of metabolic pathways: the histidine biosynthesis paradigm. Biosphere Origin and Evolution, Loutraki Greece, 28/10 – 2/11/2007 (p. 126). 25-­‐ Fondi M, Brilli M, Emiliani G, Paffetti D and Fani R. The primordial metabolism: an ancestral interconnection between leucine, arginine, and lesine bioaynthesis. Biosphere Origin and Evolution, Loutraki Greece, 28/10 – 2/11/2007 (p. 133). 26-­‐ Marco Fondi, Giovanni Emiliani, Simonetta Gribaldo, Donatella Paffetti, Raffaello Giannini, Renato Fani, The origin of phenylpropanoid metabolism: the evolutionary puzzle of phenylalanine ammonia lyase, SMBE Barcelona 5-­‐8 Giugno 2008 (p. P-­‐331). 27-­‐ Giovanni Emiliani, Marco Fondi, Simonetta Gribaldo, Renato Fani, Origin of land plants: a molecular insight, I convegno Società italiana di Astrobiologia, Cortona 29-­‐
30 Maggio 2008 28-­‐ Marco Fondi, Maria Cristiana Papaleo, Luigi Michaud1, Angelina Lo Giudice 1, Vivia Bruni1 and Renato Fani, Genome adaptation to estreme environments, I convegno Società italiana di Astrobiologia, Cortona 29-­‐30 Maggio 2008 29-­‐ Marco Fondi, Giovanni Emiliani, Maria Cristiana Papaleo and Renato Fani, Origin and evolution of metabolic pathways, I convegno Società italiana di Astrobiologia, Cortona 29-­‐30 Maggio 2008 30-­‐ Maria Cristiana Papaleo, Marco Fondi, Elena Perrin, Isabel Maida, Barbara Tarabella, Renato Fani , Identification of Burkholderia cepacia complex species by SNUPE and LAMP analysis of histidine biosynthetic genes, International Burkholderia cepacia Working Group (IBCWG), Ca’ Tron di Roncade (Treviso), Italy (p. 10). 31-­‐ Fondi M, Brilli M, Bacci G, Emiliani G, Maida I, Papaleo MC, Fani R, Comparative plasmidomics: insights into microbial evolution, 7th ECCB conference (European Conference on Computational Biology) and 5th BITS meeting, Cagliari, 22-­‐26 Settembre 2008 (poster D-­‐21). 32-­‐ Fondi M, Brilli M, Bacci G, Emiliani G, Maida I, Papaleo MC, Fani R: Plasmidome: a comparative and evolutionary analysis, Società Italiana di Bioinformatica (Bits) One-­‐
day meeting Roma, 4 Luglio 2008 (p. 10). 33-­‐ Matteo Brilli, Marco Fondi, Pietro Liò and Renato Fani The origin and evolution of Nitrogen fixation genes, XII ISSOL (International Society for the Study of the Origin of Life) meeting, Florence 24-­‐29 August 2008 (p. 171). 34-­‐ Marco Fondi, Giovanni Emiliani, Simonetta Gribaldo, Renato Fani, Origin of Phenylalanine Ammonia Lyase: a key event for land colonisation, XII ISSOL (International Society for the Study of the Origin of Life) meeting, Florence 24-­‐29 August 2008 (p.173-­‐4). 35-­‐ Marco Fondi, Matteo Brilli, Maria Cristiana Papaleo, Renato Fani: The origin and evolution of bacterial metabolism regulation: the HisZ, HisGs and HisGl case-­‐study. IUMS 2008, Meetings of the three divisions of the International Union of Microbiological Societies 2008, 5-­‐9 August, Instanbul (p. BP-­‐385). 36-­‐ Maria Cristiana Papaleo, Isabel Maida, Marco Fondi, Elena Perrin, , Barbara Tarabella, Edda Russo, Renato Fani, Identification of Burkholderia cepacia complex species by SNUPE and LAMP analysis of histidine biosynthetic genes, IUMS 2008, Meetongs of the three divisions of the International Union of Microbiological Societies 2008, 5-­‐9 August, Instanbul (p.BP-­‐552). 37-­‐ Maria Cristiana Papaleo, Isabel Maida, Antonio Frandi , Marco Fondi, Renato Fani, Plasmid analysis of a cultivable bacterial community isolated from soil, FISV 2008, Riva del Garda, Italy 24-­‐27/09/2008 (Abstract UAI: 76bf03970711172532). 38-­‐ Maria Cristiana Papaleo, Marco Fondi, Elena Perrin, Isabel Maida, Barabara Tarabella, Renato Fani, Identification of Burkholderia cepacia complex species by SNuPE and LAMP analysis of histidine biosynthetic genes FISV 2008, Riva del Garda, Italy 24-­‐
27/09/2008 (Abstract UAI: 49569ca20630163232). 39-­‐ AntonioFrandi, Maria Cristiana Papaleo, Isabel Maida, Marco Fondi, Fabrizia Riffa, Caterina Di Sabato, Alice Campani, Renato Fani, SoilSink: environmental changes and soil bacterial communities, structure and dynamics of six italian soils. FISV 2008, Riva del Garda, Italy 24-­‐27/09/2008 (Abstract UAI: 804b1e280712144937). 40-­‐ Marco Fondi, Giovanni Emiliani, Simonetta Gribaldo, Renato Fani, On the origin of Plant phenylalanine ammonia lyase: a key molecular event leading to land colonization , SIBE 2008 (Società Italiana di Biologia Evoluzionistica), Alghero 2-­‐5 Ottobre 2008 (p. 40). 41-­‐ Marco Fondi, Maria Cristiana Papaleo and Renato Fani, On the origin and evolution of metabolic pathways, SIBE 2008 (Società Italiana di Biologia Evoluzionistica), Alghero 2-­‐5 Ottobre 2008 (39). 42-­‐ Fondi M, Bacci G, Emiliani G, Brilli M, Maida I, Papaleo MC, Fani R, Plasmidome: a comparative and Evolutionary analysis, SIBE 2008 (Società Italiana di Biologia Evoluzionistica), Alghero 2-­‐5 Ottobre 2008 (37). 43-­‐ Isabel Maida, Elena Perrin, Maria Cristiana Papaleo, Giovanni Emiliani, Renato Fani, Marco Fondi. Comparative genomics of the genus Burkholderia: insights into pathogens evolution. BITS '09, Sixth Annual Meeting of the Bioinformatics Italian Society, March 18 -­‐ 20, 2009, Genoa, Italy (p. 86-­‐7). 44-­‐ Elena Perrin, Isabel Maida, Maria Cristiana Papaleo, Renato Fani, Marco Fondi. In silico comparative analysis of antibiotics RND-­‐efflux pumps in Burkholderia genus. BITS '09, Sixth Annual Meeting of the Bioinformatics Italian Society, March 18 -­‐ 20, 2009, Genoa, Italy (p. 131-­‐132) 45-­‐ Giovanni Emiliani, Marco Fondi, Maria Cristiana Papaleo, Alessio Mengoni, Renato Fani.Comparative evolutionary analysis of chloroplast genomes. BITS '09, Sixth Annual Meeting of the Bioinformatics Italian Society, March 18 -­‐ 20, 2009, Genoa, Italy (pp. 127-­‐8). 46-­‐ Marco Fondi, Maria Cristiana Papaleo, Alessio Mengoni, Giovanni Bacci, Matteo Brilli, Renato Fani. Exploring the evolutionary dynamics of plasmids: the Acinetobacter pan-­‐plasmidome. SIMGBM 28th meeting, Spoleto 11-­‐13 June 2009 (p.143). 47-­‐ Isabel Maida, Maria Cristiana Papaleo, Marco Fondi, Barbara Tarabella, Elena Perrin, Angelina Lo Giudice, Luigi Michaud, Santina Mangano, Vivia Bruni and Renato Fani. Potential novel antibiotics from Antarctic bacteria against human pathogens. SIMGBM 28th meeting, Spoleto 11-­‐13 June 2009 (p. 214). 48-­‐ Maria Cristiana Papaleo, Elena Perrin, Isabel Maida, Marco Fondi and Renato Fani, Plasmid analysis of a cultivable bacterial community isolated from soil SIMGBM 28th meeting, Spoleto 11-­‐13 June 2009 (p. 183). 49-­‐ Elena Perrin, Isabel Maida, Maria Cristiana Papaleo, Marco Fondi and Renato Fani. Comparative genomics analysis of Burkholderia genus: insights in the adaptation to a pathogenic lifestyle. SIMGBM 28th meeting, Spoleto 11-­‐13 June 2009 (p. 190). 50-­‐ Isabel Maida, Elena Perrin, Maria Cristiana Papaleo, Renato Fani and Marco Fondi. Comparative genomics analysis of Burkholderia genus: insights in the adaptation to a pathogenic lifestyle, Bageco10, 10th International Symposium on Bacterial Genetics and Ecology. Uppsala, Sweden 15-­‐19 June 2009 (p. 153). 51-­‐ Marco Fondi M, Giovanni Bacci, Matteo Brilli, Maria Cristiana Papaleo, Alessio Mengoni, Renato Fani. The Acinetobacter pan-­‐plasmidome: insights into ecological adaptations. Bageco10, 10th International Symposium on Bacterial Genetics and Ecology. Uppsala, Sweden 15-­‐19 June 2009 (p. 159). 52-­‐ Maria Cristiana Papaleo, Marco Fondi, Isabel Maida, Barbara Taraballa, Elena Perrin, Angelina Lo Giudice, Luigi Michaud, Santina Mangano, Vivia Bruni and Renato Fani. Potential novel antibiotics from Antarctic bacteria against human pathogens. Bageco10, 10th International Symposium on Bacterial Genetics and Ecology. Uppsala, Sweden 15-­‐19 June 2009 (p. 283). 53-­‐ M.C. Papaleo, M. Fondi, R. Fani Plasmid analysis of a cultivable bacterial community isolated from soil. Bageco10, 10th International Symposium on Bacterial Genetics and Ecology. Uppsala, Sweden 15-­‐19 June 2009 (p. 284) 54-­‐ Emiliani G, Fondi M, Papaleo MC, Mengoni A, Fani R. Comparative genomics and evolutionary analysis of chloroplasts. Italian Society of Agricultural Genetics Annual Congress, Torino, Italy – 16/19 September, 2009 (Abstract 7.08). 55-­‐ Emiliani G, Fondi M, Gribaldo S, Fani R. A horizontal gene transfer at the origin of plant phenylpropanoid metabolism. . Italian Society of Agricultural Genetics Annual Congress, Torino, Italy – 16/19 September, 2009 (Abstract 7.09). 56-­‐ M. Fondi, L. Presta, I. Maida, E. Perrin, M. C. Papaleo, B. Tarabella, R. Fani, On the origin and evolution of nitrogen fixation genes, FISV 2009, Riva del Garda (p. D09.02). 57-­‐ I. Maida, E. Perrin, M. C. Papaleo, R. Fani, M. Fondi. Pathogenomics of Burkholderia genus: insights in the adaptation to a pathogenic lifestyle. Prokagenomics 2009. Gottingen, Germany (pp. 120-­‐1). 58-­‐ M. Fondi, M. C. Papaleo, A. Mengoni, G. Bacci, M. Brilli, R. Fani. Exploring the evolutionary dynamics of plasmids: the Acinetobacter plasmidome. Prokagenomics 2009. Gottingen, Germany (pp. 176-­‐7). 59-­‐ Analysis of the gene flow between plasmids and chromosomes: the Burkholderia vietnamiensis G4 study-­‐case I. Maida, M. Fondi, M.C. Papaleo, E. Perrin and Renato Fani Cortona Procarioti 2010, Cortona 14-­‐15 aprile 2010 60-­‐ Elena Perrin, Marco Fondi, Maria Cristiana Papaleo, Isabel Maida, Silvia Buroni, Maria Rosalia Pasca, Giovanna Riccardi, Renato Fani, Exploring the HME and HAE1 efflux systems in the genus Burkholderia, Cortona Procarioti 2010, Cortona 14-­‐15 aprile 2010 61-­‐ Marco Fondi, Isabel Maida, Elena Perrin, Maria Cristiana Papaleo and Renato Fani. The Horizontal Flow of Plasmid Resistome: Clues from Similarity Networks Analysis, Cortona Procarioti 2010, Cortona 14-­‐15 aprile 2010 62-­‐ Marco Fondi, Giovanni Emiliani, Isabel Maida, Elena Perrin, Maria Cristiana Papaleo, Renato Fan. On the origin and evolution of nif genes. SMBE 2010 Lyon, France July 4-­‐8, 2010 63-­‐ M. Fondi, G. Emiliani, E. Rizzi, G. Corti, M.C. Papaleo, E. Perrin, I. Maida, F. Baldi, M. Vaneechoutte, L. Dijkshoorn, G. De Bellis& R. Fani: THE GENOME OF THE HYDROCARBON-­‐DEGRADING BACTERIUM ACINETOBACTER VENETIANUS VE-­‐C3. 8th International Symposium on the Biology of Acinetobacter, Rome 1-­‐3 September 64-­‐ M. Fondi, M. C. Papaleo, A. Mengoni, I. Maida, E. Perrin, M. Vaneechoutte, L. Dijkshoorn & R. Fani: EXPLORING THE EVOLUTIONARY DYNAMICS OF PLASMIDS: THE ACINETOBACTER PAN-­‐PLASMIDOME, 8th International Symposium on the Biology of Acinetobacter, Rome 1-­‐3 September 65-­‐ M. Fondi, G. Emiliani, E. Rizzi, G. Corti, M.C. Papaleo, E. Perrin, I. Maida, F. Baldi , G. De Bellis, R. Fani: THE GENOME AND THE EVOLUTION OF THE HYDROCARBON-­‐
DEGRADING BACTERIUM ACINETOBACTER VENETIANUS VE-­‐C3. SIBE 2010, IV congresso della Società Italiana di Biologia Evoluzionistica, Milano 2-­‐4 Settembre 2010 66-­‐ Isabel Maida, Marco Fondi, Maria Cristiana Papaleo, Elena Perrin and Renato Fani: THE EVOLUTIONARY DYNAMICS OF PLASMIDS AND CHROMOSOMES INHABITING THE SAME BACTERIAL CYTOPLASM. SIBE 2010, IV congresso della Società Italiana di Biologia Evoluzionistica, Milano 2-­‐4 Settembre 2010 67-­‐ Elena Perrin, Marco Fondi, Maria Cristiana Papaleo, Isabel Maida, Maria Rosalia Pasca, Silvia Buroni, Giovanna Riccardi and Renato Fani: New Potential Drugs Targets For Burkholderia: Insights From In Silico Analyses. IBS 2010, 4th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society 14-­‐18 September 2010, Palacongressi, Rimini Italy 68-­‐ I. Maida, M. Fondi, M.C. Papaleo, E. Perrin, R. Fani The Genus Burkholderia: Insight into Pathogens Life-­‐Style. IBS 2010, 4th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society 14-­‐18 September 2010, Palacongressi, Rimini Italy 69-­‐ M. C. Papaleo, I. Maida, E. Perrin, M. Fondi, A. Logiudice, L. Michaud and R. Fani: New antibiotic sources for Burkholderia cepacia. IBS 2010, 4th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society 14-­‐18 September 2010, Palacongressi, Rimini Italy 70-­‐ Marco Fondi, Isabel Maida, Elena Perrin, Maria Cristiana Papaleo and Renato Fani. The Horizontal Flow of Plasmid Resistome: Clues from Similarity Networks Analysis. IBS 2010, 4th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society 14-­‐18 September 2010, Palacongressi, Rimini Italy 71-­‐ Isabel Maida, Marco Fondi, Maria Cristiana Papaleo, Elena Perrin, Giovanni Emiliani and Renato Fani. THE EVOLUTIONARY DYNAMICS OF PLASMIDS AND CHROMOSOMES INHABITING THE SAME BACTERIAL CYTOPLASM: THE BURKHOLDERIA VIETNAMIENSIS G4 CASE. International Biosafety Working Group Meeting. April 13 – 16, 2011 Prague, Czech Republic. 72-­‐ Silvia Buroni, Silvia Bazzini, Claudia Udine, Andrea Sass, Maria Rosalia Pasca, Francesca Longo, Giovanni Emiliani, Marco Fondi, Elena Perrin, Francesca Decorosi, Carlo Viti, Luciana Giovannetti, Livia Leoni, Renato Fani, Eshwar Mahenthiralingam, Edda De Rossi, Giovanna Riccardi. THE ROLE OF RND EFFLUX TRANSPORTERS IN BURKHOLDERIA CENOCEPACIA LIFE. International Biosafety Working Group Meeting. April 13 – 16, 2011 Prague, Czech Republic. 73-­‐ Maria Cristiana Papaleo, Isabel Maida, Elena Perrin, Marco Fondi, Angelina Lo Giudice, Santina Mangano, Luigi Michaud, Maria Luisa Tutino, Donatella de Pascale, Gianluca Bartolucci, Renato Fani. NEW POTENTIAL ANTIBIOTIC SOURCES FOR BURKHOLDERIA CEPACIA. International Biosafety Working Group Meeting. April 13 – 16, 2011 Prague, Czech Republic. 74-­‐ M. Fondi, E. Bosi, E. Perrin, I. Maida, M.C. Papaleo, R. Fani. THE MOSAICISM OF PLASMIDS REVEALED BY ATYPICAL GENES DETECTION AND ANALYSIS. 4th Congress of European Microbiologists, FEMS 25-­‐30 June 2011, Geneve, Swiss. 75-­‐ M. Fondi, R. Fani, M. Virta, M. Tamminen ANALYSIS OF PLASMIDS RELATIONSHIPS THROUGH GENE SHARING NETWORKS 4th Congress of European Microbiologists, FEMS 25-­‐30 June 2011, Geneve, Swiss. Firenze, 5/8/2011 Marco Fondi